Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001297646.2
Sequence Length
1299 nt
GC Content
0.5905
AGUGCCUGCAGCCGGUGCUGUCCACAGGGAGCUCCAGCCCUUCUCACACUCGACCCGCAGAGGAUGGCCCUAGAGGAGUCUGUGGCGUUUGGGGCCUGAACCAGCUGGGAGGACAGCACGAGGGGCUGGUGGGCAGCCUGGGACUGGGUCACACCGGGGGCCUGGACAACACUGGCUCGUGGGGCUGAGGACUGAGGAGAGCCUGGCCCAGCCGUGGCAGUUACAAGAGGCUUAACCUGAGGGGCAGCAGAGUCUCAGGAAGAGAUUCUGGGAUAGGAAAAAGCUACCCCCGUUGCCUGGAAGACAGCUAUCUGCUGGAAACCACCCACCUUCACCAUGUCUGACGAGGAAGUUGAACAGGUGGAGGAGCAGUACGAAGAAGAAGAGGAAGCCCAGGAGGAAGAGGAAGUUCAAGAAGAGGAGAAACCGAGACCCAAACUCACUGCUCCUAAGAUCCCAGAAGGGGAGAAAGUGGACUUCGAUGACAUCCAGAAGAAGCGUCAGAACAAAGACCUAAUGGAGCUCCAGGCCCUCAUCGACAGCCACUUUGAAGCCCGGAAGAAGGAGGAGGAGGAGCUGGUCGCUCUCAAAGAGAGAAUCGAGAAGCGCCGUGCAGAGAGAGCGGAGCAGCAGAGGAUUCGUGCAGAGAAGGAGAGGGAGCGCCAGAACAGACUGGCGGAGGAAAAGGCCAGAAGGGAGGAGGAGGAUGCCAAGAGGAGGGCAGAGGACGACCUGAAGAAGAAGAAAGCUCUGUCUUCCAUGGGAGCCAACUACAGCAGCUACCUGGCCAAGGCUGACCAGAAGAGAGGCAAGAAGCAGACAGCCCGGGAAAUGAAGAAGAAGAUUCUGGCUGAGAGACGCAAGCCGCUCAACAUCGAUCACCUUGGUGAAGACAAACUGAGGGACAAGGCCAAGGAGCUCUGGGAGACCCUGCACCAGCUGGAGAUUGACAAGUUCGAGUUUGGGGAGAAGCUGAAACGCCAGAAAUAUGACAUCACCACGCUCAGGAGCCGCAUUGACCAGGCCCAGAAGCACAGCAAGAAGGCUGGGACCCCAGCCAAGGGCAAAGUCGGCGGGCGCUGGAAGUAGAGAGGCCAGAAAGGCCCCUCGAGGCAGAGACCCUCCGCCCUCUUGCACACCAGGGCCGCUCGUGGGACUCCACAUCCUCCAGCCCCCACAAUCCUGUCAGGGGCUCCCUGACAGUCCUGGGGGUGGAGAGGCCAUCCCGGGGCGUCCCCCGCGUCUGUGUCCUUGCUGCCUUCAUCCCCUGGGGCCUGUGAAUAAAGCUGCAGAACCCCC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-497.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -520.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 238.87
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((..(((((((((.((((..(((((((((((((......((..(((((...((..(((((((((.(.........).)))))))))....)).)).)))..))......))))))))))..)))..))))))..(((((.....(((((((((.......((((.(.((..(((((.(((.((......))))))))))...)).).))))......)))))...))))..(((((((((((((((.....))))))))(((.(((.......))).))).)))))))((....((((.....))))....)))))))((((((((.(((.((((......)))).))))))))))).)))))))........(.(((...((((((.(((.((((.............((.....))..........(((.((.(((((....(((.....(((...(((((((.(((((((((..((((.....((.(((........)))))..))))(((...)))..))))))).)))))))))....))))))...))))).)))))..(((..((((((((...)))))...)))..))).((((.(.....).)))).((((((.(((((....(((((...((...((((.((((((......))))))..((......))....(((.((.(((((((((((...(((((((((((......((.....)).......))))))))))).)))..........(((.((((.(((((((..((....))....(((.(((..(.......(((((.((((..(........)..))))))))).......)..))).)))........((.(((((((........)))))))))...)))).))))))))))((((.(((.((...((((((.(((.......(((..((((.((......)).))))....))).......))).))).)))...(((((((..((((...((((....((...)).....((((((....))))))..))))...)))))))(((.((((..((((((.((((.....)))).)))(((((.(((...))).).)))).)))...)))).)))))))))))).)))).))))))))..)))))......(((((((((...))))))))).(((.(((((((.....))))))).)))..))))))...)))))))))))))))))))).))))))))).))).).......))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,..(((((((..(((((((((.((((..(((((((((((((......((..((({{.,.|,..(((((((((.(.........).)))))))))....}}.||,)}}..}},,}...))))))))))..)))..))))))}|(((((,.,.(((.(((((,{......,},))))).)))(((({.((.((.{((..,,))))))))))))}|},},}},.....||}}}...))),..{((((((((((((((.....))))))))(((.(((.......))).))).))))))}((....((((.....))))....)))}}},((((((((.(((.,(((......)))}.))))))))))).}))))))........(.(((...((((((.(((.((((....{{.......{{.....}}..{{{(....(((.((.(((((....(((.....(((...(((((((.(((((((((..,((,...,.{(.(((........)))})..))),|||...))}..))))))).)))))))))....))))))...))))).)))))..,.,))}|((((((...||,,,...})),.,)).((((.{.....}.)))).(((((({(((((....(((((...((.,(((((((.((.(.,(((.(((((..........)))))..(((.((.(((((((((({...(((((((((((......((.....,,.,,....))))))))))).))),,,,......(((.((((.(((((((..((....))....(((.(((..,...,...((((({((((..(........)..)))))))))...,...}..))).)))........((.(((((((........)))))))))...))))},)))))))))(({{.{{(,,{.,,((((((.(({,,.,,.,{({..((((.((......)).})))..,.)}}...,}.,})).))).)))|.|((((({(..{(({..,((((....({...||..,..((((((....))))))..}}))...}}}||}|(((.((({..,,,(((.((((.....)))).))){{(({.{{{...))).)))))),)))...)))),))))}))})))).)))).))))))))..)))))......))))}.)).)))))))(((.((((({(((((((.....))))))))))))))),,))...)))))))))))))))))))).))))))))).))).).......))))))).,,....
Back