Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001297720.2

Sequence Length

1624 nt

GC Content

0.4840

CUCCUUUCCCAGCUCUCCUGCCUGUCCGCCAUGUUUUCAGGCCGGGUCUGGCUUGGUCUUCCCCCGUAAGGAAAUGGCCGGGGAGCUCCAGGGGACCCAGGCGCCGUCGCUUCGGCGGAGCCUGGGCUGACCAGCCAGGACAGCGGGGUAAACCCGAACAAUUCUGCGCGAGGUAGGGAGGCCAUGGCGUCCGGCAGUAACUGGCUCUCCGGGGUGAAUGUCGUGCUGGUGAUGGCCUACGGGAGCCUGGUGUUUGUACUGCUAUUUAUUUUUGUGAAGAGGCAAAUCAUGCGCUUUGCAAUGAAAUCUCGAAGGGGACCUCAUGUCCCUGUGGGACACAAUGCCCCCAAGGACUUGAAAGAGGAGAUUGAUAUUCGACUCUCCAGGGUUCAGGAUAUCAAGUAUGAGCCCCAGCUCCUUGCAGAUGAUGAUGCUAGACUACUACAACUGGAAACCCAGGGAAAUCAAAAGAUCCCAUUUCAUUCUGAAGGCCGGCAUCCCCGUUCCUUAAUGGGCAAGAAUUUCCGCUCCUACCUGCUGGAUCUGCGAAACACUAGUACGCCUUUCAAGGGUGUACGCAAAGCACUCAUUGAUACCCUUUUGGAUGGCUAUGAAACAGCCCGCUAUGGGACAGGGGUCUUUGGCCAGAAUGAGUACCUACGCUAUCAGGAGGCCCUGAGUGAGCUGGCCACUGCGGUUAAAGCACGAAUUGGGAGCUCUCAGCGACAUCACCAGUCAGCAGCCAAAGACCUAACUCAGUCCCCUGAGGUCUCCCCAACAACCAUCCAGGUGACAUACCUCCCCUCCAGUCAGAAGAGUAAACGUGCCAAGCACUUCCUUGAAUUGAAGAGCUUUAAGGAUAACUAUAACACAUUGGAGAGUACUCUGUGACGGAGCUGAAGGACUCUUGCCGUAGAUUAAGCCAGUCAGUUGCAAUGUGCAAGACAGGCUGCUUGCCGGGCCGCCCUCGGAACAUCUGGCCCAGCAGGCCCAGACUGUAUCCAUCCAAGUUCCCGUUGUAUCCAGAGUUCUUAGAGCUUGUGUCUAAAGGGUAAUUCCCCAACCCUUCCUUAUGAGCAUUUUUAGAACAUUGGCUAAGACUAUUUUCCCCCAGUAGCGCUUUUUUCUGGAUUUGCAUUCAGGUGUUAUUCUUAAUGUUUCUGUCAAAGCUUCUUAAAAAUCUUCACUUGGUUUCAGCCAUAGUUCACCUUCCCUGUUCCAGGUUUAUUUAAUUCCAAAGGUGAGAGUUGGAGUGAGAUGUCUUCCAUAUCUAUACCUUUGUGCACAGUUGAAUGGGAACUGUUUGGGUUUAGGGCAUCUUAGAGUUGAUUGAUGGAAAAAGCAGACAGGAACUGGUGGGAGGUCAAGUGGGGAAGUUGGUGAAUGUGGAAUAACUUACCUUUGUGCUCCACUUAAACCAGAUGUGUUGCAGCUUUCCUGACAUGCAAGGAUCUACUUUAAUUCCACACUCUCAUUAAUAAAUUGAAUAAAAGGGAAUGUUUUGGCACCUGAUAUAAUCUGCCAGGCUAUGUGACAGUAGGAAGGAAUGGUUUCCCCUAACAAGCCCAAUGCACUGGUCUGACUUUAUAAAUUAUUUAAUAAAAUGAACUAUUAUCAAAUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-522.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -555.97

Frequency: 0.0000

Diversity: 546.51

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...((((((((((.((((((((.((((....((((((.((((((....))))))((((((((.......))))..))))((((((((.((((((((((((((.((((((...)))))).))))))((((.((.....)).))))(((.....)))........((((.....))))((((((((..((........))...)))).)))).((((....((.((((((((((((.(((..((((((((.((((((..(((((..........(((((((..(((.....))).)))))))((((..((((....))))..))))((((.((.(((.((...)).))))).))))........(((((((((...)))).))))).(((((((............)))))))((((((((.(((........))).))...........(((....)))((((..((....))))))..((((((((...((((((...(((((((((.((.(((((.........((((((........)))...)))........(((((((((...))))))))).((.(((...((((.(........).))))))).)).....))))).)).))))).))))...))))))))))))))...........(((((....)))))..))))))......)))))..)))))).).....).)))))))).).))))))))))..)).)).....))))......)))))))).)).)))))).....(((((.(((((...)))))...((((.((((..((((((...((((...)))).((((((((((....)).))))))))...(((........)))....)))))).))))))))......((((((((((.(((((..((((.(((..(((((...)))))))).))))((((((.((((((.............)))))).))))))((((((............((((((((((.((.((((.(((((.((((((((((....((((((.........))))))...))))))).)))..))))).)))).)).)))...........((((((((......((((((....))))))))))))))......((((......))))...............(((((((....)))).)))........((((...))))...((((((((((((((((((((..(((((.((....)))))))..))).)))))))).)...)))))))))))))))))))))))))).))))....))))))....)))))..))))))....)).)).))))))))))....))))))))(((((((..(((((...((........))..)))))(((.(((((.(((((((......((((........)))).........(((((......(((.........))).......)))))....(((((...(((...))))))))((((.(((.....((((..((((....))))))))))))))))))))))))))).))).........((((((....))))))....)))))))......

Thermodynamic Ensemble Prediction

...,{(((((((((((((,(((,{(((,,,,((....,{(((({{{,.,|))}}|||||,,,..,,,..))}...))).||||||||.{{|||||(((((((.((((((...)))))).))))))}{{{,((.({((({{,,,((((.....)))).....}||||.||..||},|(((((((((((({...(((.{{..,{{(((,{{{((((({{{((..(((((((((,{({(({..((((({{(((.((((((((({,,.{{,,,..{(((((((..(({.....})).)))))))},}}..((((...{|||,,.{{,{((((,{{.|||,||....}}))))}.}}}|,||,..,,||{{{{(((,,,||||{||},,.}||}}|,))}}},},})))))))).))))))))).{(({,,,,.,.||}{{{....,,,...,(((....)))|(((..((....))))))..,|||{|||}.}|||||,}}}|((((((,,..|}||||{.,{..,,({((({{{........)))...))),,,.....(((((((({...}))))))))....}))}}.}}}}..}}))),...))).))))).}..}}.)))))}))}))||,.,|||{{{{||||,,|},|||{{.....,|||.(((((....)))))|.{{{{(,,(({..,{|||....)),)}...))),})))),},|||,|,,,}}},))).)).))))}}}))))...}}.|}}}}}}}.)|,}}}}}}....,||,,,.|||||,,...}}||,,{{{{.((((.,{(((({...((((,,,|||}.(((((((({(....,|.}))))))}...{{..,,,,,.,|||.,.,}})))).})))})}},.||,||,,{{{||||.||||,..((((.(((..(((({...}))))))).))))((((((.((((({.....,,......}))))).)))))).,,{{,{{,.{{{{,{{{({((((((((.,{.((((.(((((.((((((((((....((((((.........))))))...))))))).})),.))))).)))).},.|||....,{{{{{{((((((((......{(((({....})))))))))))),......(((((((({...{{{{,{,...,{{{..,{((({{{....|||},||,..,{{{..,{{(,{{|}}|,,{(,{{{{{,,(((((((((((..(((((.((....)))))))..))).)))))))).}...}}})))))))))))}}..,))))})),))),....})))},}},,}}})),..}))),)))))))))})).)))))},,.,,||)))}},}|||{{,..{{||{...|{...,}...}},})))))}|..{||{{,|||||||.||,,.||||.....,,.}}}}..,.,,,,,||||{......(((.........))).....,})))})},,||||||...{,,...,}}))}}}((({.{({.....((((..((((....))))))))})))))}}}}}))}))))),}},.........{(((({.,,,},,,},....}}}},},,,,...