Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001300749.3
Sequence Length
4958 nt
GC Content
0.4250
AGAGCUGGGGAAAUGGGCCCGCGAGCCAGGCCGGCGCUUCUCCUCCUGAUGCUUUUGCAGACCGCGGUCCUGCAGGGGCGCUUGCUGCGUUCACACUCUCUGCACUACCUCUUCAUGGGUGCCUCAGAGCAGGACCUUGGUCUUUCCUUGUUUGAAGCUUUGGGCUACGUGGAUGACCAGCUGUUCGUGUUCUAUGAUCAUGAGAGUCGCCGUGUGGAGCCCCGAACUCCAUGGGUUUCCAGUAGAAUUUCAAGCCAGAUGUGGCUGCAGCUGAGUCAGAGUCUGAAAGGGUGGGAUCACAUGUUCACUGUUGACUUCUGGACUAUUAUGGAAAAUCACAACCACAGCAAGGAGUCCCACACCCUGCAGGUCAUCCUGGGCUGUGAAAUGCAAGAAGACAACAGUACCGAGGGCUACUGGAAGUACGGGUAUGAUGGGCAGGACCACCUUGAAUUCUGCCCUGACACACUGGAUUGGAGAGCAGCAGAACCCAGGGCCUGGCCCACCAAGCUGGAGUGGGAAAGGCACAAGAUUCGGGCCAGGCAGAACAGGGCCUACCUGGAGAGGGACUGCCCUGCACAGCUGCAGCAGUUGCUGGAGCUGGGGAGAGGUGUUUUGGACCAACAAGUGCCUCCUUUGGUGAAGGUGACACAUCAUGUGACCUCUUCAGUGACCACUCUACGGUGUCGGGCCUUGAACUACUACCCCCAGAACAUCACCAUGAAGUGGCUGAAGGAUAAGCAGCCAAUGGAUGCCAAGGAGUUCGAACCUAAAGACGUAUUGCCCAAUGGGGAUGGGACCUACCAGGGCUGGAUAACCUUGGCUGUACCCCCUGGGGAAGAGCAGAGAUAUACGUGCCAGGUGGAGCACCCAGGCCUGGAUCAGCCCCUCAUUGUGAUCUGGGAGCCCUCACCGUCUGGCACCCUAGUCAUUGGAGUCAUCAGUGGAAUUGCUGUUUUUGUCGUCAUCUUGUUCAUUGGAAUUUUGUUCAUAAUAUUAAGGAAGAGGCAGGGUUCAAGUUUCUGAGUUCCUGCAUGCCGGUGAUCCCUAGCUGUGACCUCUCCCCUGGAACUGUCUCUCAUGAACCUCAAGCUGCAUCUAGAGGCUUCCUUCAUUUCCUCCGUCACCUCAGAGACAUACACCUAUGUCAUUUCAUUUCCUAUUUUUGGAAGAGGACUCCUUAAAUUUGGGGGACUUACAUGAUUCAUUUUAACAUCUGAGAAAAGCUUUGAACCCUGGGACGUGGCUAGUCAUAACCUUACCAGAUUUUUACACAUGUAUCUAUGCAUUUUCUGGACCCGUUCAACUUUUCCUUUGAAUCCUCUCUCUGUGUUACCCAGUAACUCAUCUGUCACCAAGCCUUGGGGAUUCUUCCAUCUGAUUGUGAUGUGAGUUGCACAGCUAUGAAGGCUGUACACUGCACGAAUGGAAGAGGCACCUGUCCCAGAAAAAGCAUCAUGGCUAUCUGUGGGUAGUAUGAUGGGUGUUUUUAGCAGGUAGGAGGCAAAUAUCUUGAAAGGGGUUGUGAAGAGGUGUUUUUUCUAAUUGGCAUGAAGGUGUCAUACAGAUUUGCAAAGUUUAAUGGUGCCUUCAUUUGGGAUGCUACUCUAGUAUUCCAGACCUGAAGAAUCACAAUAAUUUUCUACCUGGUCUCUCCUUGUUCUGAUAAUGAAAAUUAUGAUAAGGAUGAUAAAAGCACUUACUUCGUGUCCGACUCUUCUGAGCACCUACUUACAUGCAUUACUGCAUGCACUUCUUACAAUAAUUCUAUGAGAUAGGUACUAUUAUCCCCAUUUCUUUUUUAAAUGAAGAAAGUGAAGUAGGCCGGGCACGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAAGCGGGUGGAUCACGAGGUCAGGAGAUCGAGACCAUCCUGGCUAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUAAUAAAAAUACAAAAAAUUAGCUGGGCGUGGUGGCAGACGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGAAGGCUGAGGCAGGAGAAUGGCAUGAACCCAGGAGGCAGAGCUUGCAGUGAGCCGAGUUUGCGCCACUGCACUCCAGCCUAGGUGACAGAGUGAGACUCCAUCUCAAAAAAAUAAAAAUAAAAAUAAAAAAAUGAAAAAAAAAAGAAAGUGAAGUAUAGAGUAUCUCAUAGUUUGUCAGUGAUAGAAACAGGUUUCAAACUCAGUCAAUCUGACCGUUUGAUACAUCUCAGACACCACUACAUUCAGUAGUUUAGAUGCCUAGAAUAAAUAGAGAAGGAAGGAGAUGGCUCUUCUCUUGUCUCAUUGUGUUUCUUCUGAGUGAGCUUGAAUCACAUGAAGGGGAACAGCAGAAAACAACCAACUGAUCCUCAGCUGUCAUGUUUCCUUUAAAAGUCCCUGAAGGAAGGUCCUGGAAUGUGACUCCCUUGCUCCUCUGUUGCUCUCUUUGGCAUUCAUUUCUUUGGACCCUACGCAAGGACUGUAAUUGGUGGGGACAGCUAGUGGCCCUGCUGGGCUUCACACACGGUGUCCUCCCUAGGCCAGUGCCUCUGGAGUCAGAACUCUGGUGGUAUUUCCCUCAAUGAAGUGGAGUAAGCUCUCUCAUUUUGAGAUGGUAUAAUGGAAGCCACCAAGUGGCUUAGAGGAUGCCCAGGUCCUUCCAUGGAGCCACUGGGGUUCCGGUGCACAUUAAAAAAAAAAUCUAACCAGGACAUUCAGGAAUUGCUAGAUUCUGGGAAAUCAGUUCACCAUGUUCAAAAGAGUCUUUUUUUUUUUUUUGAGACUCUAUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGCAUGAUCUCGGCUCACUGUAACCUCUGCCUCCCAGGUUCAAGCGAUUCUCCUGUCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGGCGUGCACCACCAUGCCCGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCGAACUCUCCUGACCUCGUGAUCCGCCUGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGAGAUUACAGGUGUGAGCCACCCUGCCCAGCCGUCAAAAGAGUCUUAAUAUAUAUAUCCAGAUGGCAUGUGUUUACUUUAUGUUACUACAUGCACUUGGCUGCAUAAAUGUGGUACAAGCAUUCUGUCUUGAAGGGCAGGUGCUUCAGGAUACCAUAUACAGCUCAGAAGUUUCUUCUUUAGGCAUUAAAUUUUAGCAAAGAUAUCUCAUCUCUUCUUUUAAACCAUUUUCUUUUUUUGUGGUUAGAAAAGUUAUGUAGAAAAAAGUAAAUGUGAUUUACGCUCAUUGUAGAAAAGCUAUAAAAUGAAUACAAUUAAAGCUGUUAUUUAAUUAGCCAGUGAAAAACUAUUAACAACUUGUCUAUUACCUGUUAGUAUUAUUGUUGCAUUAAAAAUGCAUAUACUUUAAUAAAUGUAUAUUGUAUUGUAUACUGCAUGAUUUUAUUGAAGUUCUUGUUCAUCUUGUGUAUAUACUUAAUCGCUUUGUCAUUUUGGAGACAUUUAUUUUGCUUCUAAUUUCUUUACAUUUUGUCUUACGGAAUAUUUUCAUUCAACUGUGGUAGCCGAAUUAAUCGUGUUUCUUCACUCUAGGGACAUUGUCGUCUAAGUUGUAAGACAUUGGUUAUUUUACCAGCAAACCAUUCUGAAAGCAUAUGACAAAUUAUUUCUCUCUUAAUAUCUUACUAUACUGAAAGCAGACUGCUAUAAGGCUUCACUUACUCUUCUACCUCAUAAGGAAUAUGUUACAAUUAAUUUAUUAGGUAAGCAUUUGUUUUAUAUUGGUUUUAUUUCACCUGGGCUGAGAUUUCAAGAAACACCCCAGUCUUCACAGUAACACAUUUCACUAACACAUUUACUAAACAUCAGCAACUGUGGCCUGUUAAUUUUUUUAAUAGAAAUUUUAAGUCCUCAUUUUCUUUCGGUGUUUUUUAAGCUUAAUUUUUCUGGCUUUAUUCAUAAAUUCUUAAGGUCAACUACAUUUGAAAAAUCAAAGACCUGCAUUUUAAAUUCUUAUUCACCUCUGGCAAAACCAUUCACAAACCAUGGUAGUAAAGAGAAGGGUGACACCUGGUGGCCAUAGGUAAAUGUACCACGGUGGUCCGGUGACCAGAGAUGCAGCGCUGAGGGUUUUCCUGAAGGUAAAGGAAUAAAGAAUGGGUGGAGGGGCGUGCACUGGAAAUCACUUGUAGAGAAAAGCCCCUGAAAAUUUGAGAAAACAAACAAGAAACUACUUACCAGCUAUUUGAAUUGCUGGAAUCACAGGCCAUUGCUGAGCUGCCUGAACUGGGAACACAACAGAAGGAAAACAAACCACUCUGAUAAUCAUUGAGUCAAGUACAGCAGGUGAUUGAGGACUGCUGAGAGGUACAGGCCAAAAUUCUUAUGUUGUAUUAUAAUAAUGUCAUCUUAUAAUACUGUCAGUAUUUUAUAAAACAUUCUUCACAAACUCACACACAUUUAAAAACAAAACACUGUCUCUAAAAUCCCCAAAUUUUUCAUAAACUCAGUUUUAAACUAACUUUUUUUCAAACCACAAUCUGAUUUAACAAUGACUAUCAUUUAAAUAUUUCUGACUUUCAAAUUAAAGAUUUUCACAUGCAGGCUGAUAUUUGUAAUUGUGAUUCUCUCUGUAGGCUUUGGGUAUAAUGUGUUCUUUUCCUUUUUUGCAUCAGCGAUUAACUUCUACACUCUAACAUGUAGAAUGUUACUACAAUAUUAAAGUAUUUUGUAUGACAAUUUUAUUUGAAAGCCUAGGAUGCGUUGACAUCCUGCAUGCAUUUAUUACUUGAUAUGCAUGCAUUCUGGUAUCUCAAGCAUUCUAUUUCUGAGUAAUUGUUUAAGGUGUAGAAGAGAUAGAUAUGGUGGAUUUGGAGUUGAUACUUAUAUAUUUUCUAUUUCUUGGAUGGAUGAAUUUGUACAUUAAAAGUUUUCCAUGGCAGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1679.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1768.42
Frequency: 0.0000
Diversity: 1275.11
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((..(.(((.((.......)).))).)))))))(((((((((......((((((.((((((((..((((((.....))))))......((((...(((((......)))))...)))))))))))).)))))).(((.(((....((((...))))))).)))((((((((((((((((...)))))...(((((.((....((.(((((((..........)))))))))...)).)))))(((((....)))))))))))).))))......(((((((.((((.(((((....(((((((.(((((.........((........))..((((((.(((((.((..((...))..)).).))))..)))))).......))))).))))))).((((((.(((((((((((.((((.(((..((((((((..........)))))))).......((((.(((........)))...)))).(((((((((.(((...))).(((.......))).......)))))))))....((((((...(((....)))....))))))..(((((.((((....)))).))))).((((((((((((((......(((((((((((((((.(((((((.(((.....))).)))).......(((.(((....))))))(.((((.....((((((((.((((......((((((.((((((((((((.....((((..(((((((....(((((((.......(((((.....(((....)))..(((..(..((((((........))))))..)..)))((.(((((.((((((.(((....(((((((((((.(.....((((((((((((...........)))))))))...)))).)))))))))))....))).)))..((((.((((((.(((((((.........((.((((....((((((((...)))).))))....)))).)).((((((.(((......)))..))))))....))))))).))..)))))))))))))))).))...)))))....)))).))).....)))))))..)))))))))))........)))))((((((((((((....)))))).......((((.......))))(((..((((........))))..)))..................))))))....(((((.....((((((((.((...............(((((.........(((((....)))))..)))))....((((((........))))))(((((((.(((((......(((((((((..(((((.......(((((....))))).......))))))))))))))((((((.....)))))).....)))))...)).)))))..))))))))))..))))).))))))...)))).))))))))....)))).)..))).)))..)))))))).....))))...(((..(((((((((.((((((.....(((((((((((((((((((..((((((...)))))).))))))))))))).((((((((((...))))))))))((((.(.((((...........)))).)..))))((((((((((...(((((....))))))))))))).)).....((((.......))))..((..(((((((((.(((((((.((((((....))))))((((((((.((..........(((((.((..........)).))))).........))))).))))))))))))..(((((.((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((...((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((..((((((.((((((((((((((.(((((((((((((((((...(((((((((((((((((((((.((.((((((((((((((((((.((.((((((..((((((((((.(((((((((((((((.(((.((((.(((((((((((((.(((((((.(((((((((((.((((...........................................((((.((((...)))).))))..((((((...))))))...((((.((....((((.....))))..((((((......))))))...(((((.....)))))...)).))))..........)))).)))((((((.......)))))))))))))).)))).....((.(((((((.((...((((((.(((((.(((..(........)..))).))))).....))))))((((((((........)))))))).(((((((((((((.(.((((((((((.(((((((..((((((...((((......)))).......))))))..))))).((.(((((((.(..(((((((....))))....)))..).))))))))).(((..((((((.(((((((....))))))).))))))..)))......)).))))))))((.(((((...))))).))......((((.((.(((.(((((((.((((((......)))))).....)))))))))))))))))).)))))))...............))))))).(((.((((((....)))))).)))..)))))))))))........((((((((............))))))))...))).))))))))))))).)))).))).))))))))))))))).))))))))))..)))))).)).)))))))))))))))))).)).)))))))))))))))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))).))))))..)))))))))))))))))))))).)))))))))..)))))))))))))))))))))))))...))))))))))))))))).)))))))))))))))))))).))))).((.(((((....((((..(((....)))..)))).(((((((...((.....))...)))))))..))))).))....(((((((((((((((.((((((....))))))))))))...).))))))))...)))))))))..)).......((((((((((..((((.......((((((..(((.((((((.((((...........)))))))))))))..))).))).....((((((...))))))..(((((((((.....)))))..))))...........))))..)))))))..)))(((.....)))...........((((..(((((.(((((........((((.((..(((((((((((..........))))).))))))...)).))))............((((((((.((((((..(((((..(((((((.(..((((((...(((.....(((.((((.(((((...............(((((((((((((......))))....((((.((((((.....))).)))...)))).....((((......))))....)))))))))(((((......)))))...........((((...............))))..((((...((((((((....(((((..((((((.((((((((....((((((......(((....)))((((.((((....)))).)))).)))))).....)))))))).))))))..)))))....)).))))))...)))).....((((((..(((((((..............................((((((...(((((((((.(((((((.....))))))).(((((......((((((....((((((.....(((((.(((((((((((((............))))))))......(((((....)))))...(((((((((......((((((..((((.((...(((((.........))))).))..))))..))))))((((.((..(((((.((((....))))...)))))))))))....)))))))))((((.(.....(((((........))))).......).)))).((((((...(.(((.((.....)).))).)....))))))))))).)))))))))))...))))))..)))))(((((..........)))))....)))))))))))))))))))..)))))))))........))))).)))).))))))...)))))).))))))))...)))))..)))))).))))))))))))).))))).))))...............(((((((((..........))))))))).)))))).......)))))))))))))))..)))...............))))))))).)))))...................((((.((((..............................))))))))..(((((...)))))....))).)))))))))))......(((...(((((((((((......))))))..)))))...)))..)))).)))))).....))))).)))).)))))))..))))))).))....((((((((((.((((((.....)))))).(((((.((......)).))))).(((((((...((.((((...((((((((.((((.((((((((((((((((.....))).)))))))))....)).)).)))))))))))))))).))..)))))))...))))))))))....(((.((((.((((...((((....))))....)))).)))).)))...(((((.((((((.........)))))))))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((((({,.(.(((.((.......)).))).)}}}})),((((({((,,,.,,((((((.((((((((.,((((((.....))))))......((((...{((({......)))))...)))))))))))).)))))).,{{.,((..||((((,,,}}||||,,|||,{{((({{{((((({({(({{,||.||{{,{{,,,,,|.|||||||}..}},,),,},)))}},)))}}},).......(((((....)))))|||||||{||||{{{.,.{,,((((.(((({((({,....(((((((.(((((,,,,,....{(,.......,,..((((((.(((({.{(,.({...,}..)).}.))))..)))))).....,.))))).))))))).{{{{{({((({,((({,(,(,((((({..((((((((.,,.,{{{{,||||||||{..{....,{({{,,((((({{((({...(({,.(((((((((.(({...|}}.(((.......))).......)))))))))....((((((...(((....)))....))))))..(((((.((((....)))).))))){(({(((((..{{((......|}}|,|}}|||,{((((((((((.(((.....))).))))((((((((({....,((.((((((((((..(((....{{...((((((...((((.((((.(.((((((.,,....(((,((...||.|||,,{((.,,,,...}}}.....{.{{{{.(({...}}|}}}}.}.,,,.(((((,{{{{....||||||{{|{.{{{,,,{}}}.,.,,),},}...,,,|{||||||,||.},,,)))}.))))).))))))},)))).))))))))))})...)))..)))))))))).))))))))))))))))))},)),.,)))))))}}}}},,||.{{{{,...{{{{(({{...}))).,}},....})}}}),}||||||}|||}}..,,)),,.})))))}}}}},))}.}}).,})))))))}}))))))))}}..},),)))},.}||,,|||.|}}}}}..}},||||,,,,,.,,,..,||,|.,,,.|((({({((((((....)))))).......((((.......))))|((,.((((........)))),,))}.,,,{|,.,,,......,||}|}},||||||||},||.{{((({{{.({.,.,,..........(((((........,((({{...,|}},|.,})))).,..((((((........)))))){({(({{,(((((......(((((((((..(((((,{{....(((((....,)))}.....}}))))))))))))))((((((.....)))))).....}))))...))}})))}.,|||})}}})),,}},}|||||{||{{{{{.,.,))))))))))}|||,|}||||,|}||||||||||||.....,}||...{(({((((((((({{((((((.,...{((((((((((((({{(({..{{{(((,,,||||||.}}}}|}}}}})}|,((((((((((...))))))))))|{((,(,((((...........}}}}....}|||,,((((((((.,,(({{{....))))})))))))).)}.....((((.......))))..((..(((((((((.(((((((.((((((....))))))((((((((.{{.,........(((((.((..........}}.))))).........})))))))))))))))))..(((((.((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((.,.((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((..((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((...(((((((((((((((((((((.((.((((((((((((((((((.((.((((((..((((((((((.(((((((((((((((.(((.((((.(((((((((((((.(((((.(((((((((.....}|||.............................{(((((((((((,,({((,,(((.{,||||})))),.|||{((,,.{|,,{{,,{,.({.(((({{{{{(,,...)))),.||||||.,}.,,|}||}}...(((((.....))))){{||,,,.))}},,,,,..,(({((((,(((((,...,))))})))).)))},}).)))}|||,,|||(((((({,((...((((((.(((((.(((..(........)..))).))))).....))))))((((((((........)))))))).(((((((((((((.(.((((((((((.(((((((..((((((|..{(((......}))).......))))))..))))).((.(((((((.(..(((((((....))))....)))..).))))))))).(((..((((((.(((((((....))))))).))))))..)))......)).))))))))((.(((({...})))).)),.....(((((((.((,,(((((((.((((((......)))))).....)))))))))))))))))).)))))))...............))))))).{((.((((((....)))))),})}..))))))))),....||,..,}},|))))))))))))})),},))))).))))).))))))))))))).)))).))).))))))))))))))).))))))))))..)))))).)).)))))))))))))))))).)).)))))))))))))))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))).))))))..)))))))))))))))))))))).)))))))))..))))))))))))))))))))))))).,.))))))))))))))))).)))))))))))))))))))).))))).((,((({,....{{{{..{{,....}}}..}))),(((((((...((.....)).,.}))))))..,}))),)}....((((((((((((((,{((((((....))))))))))))...}.))))))))...)))))))))..)),}},,,,||||||||||}}|{||,,,,,,.{{{{{{..{{{.((((,((((((...........))))))}))}}||,,|}|,}}}.....((((({...})))))..(((((((((.....))))},.,}}}...,,.,....}}}|..}}}}}}},}))}||{|,...,,|.,,.,,,..,,({{{..{{{{{.{(((({..,,{{.{(((,{...||||||(((((.,{...,,,.}}})}},}}}}}.,,}},))))}}}},,},,,,.{(((((({.((((((..(((((.,(((((((.,..((((((...,((({...{{{.((((.(((((...............(((({{{({({{{....,,||,,....{|{{.{{{{{{.....}}|{|||{{{|||,,,{{{((((...}}}||}}....,}}}))))},((((......))))}..,,,{|...,|,,{,|,.|||,,......,,....{{{{.,.{(((((({....(((((..((((({.((((((((....{{{{{,....,,(((.,,,||}{{{(.{{{,..,.}}}),))),})))))).....)))))))).))))))..))))}..,,)).)))))}...}))),,,,.((((((..{{{((((..............................((((((...(((((((((.{({((((.....)))))},.{{{{{....,.((((((....((((({.....(((((.(((((((((((((............))))))))......(((((....))))),.,(((((((((......{{,,(({{((((.{,...(((((.........))))).,}..}})}..}))))}({{(,(({,((({{.((((....))))..,))})})})))}}}},)))))))))||||,|,,,||{((((........)))))...},,,),))}).((((((...{.(((.((.....)).))).}....))))))))))).)))))})))))...)))))}..,}}},(((((..........)))))....)))))))))))))))))))..}))))))))........))))).)))).}}},,.}}})))))).,)))))))...)))))..)))))).})))))))))))).))))}.,}))},,.........},.(((((((((..........)))))))))})))))).......))))))))))))))},,)))...............,,.....,))}}}}}|||||}}}|,..,,,...........{({{....,..,,,,....,..,,,,,,,,,.,,,{{{({,.{((((...)))))}}}}}...,}||}}}}}}}......(((...(((((((((({......})))))..)))))...)}}.,))}),})))))}.,..}}))).}}}}.}}}}}}},{||}}}}),}}.,..((((((((({.{{{{{|,,,,,)})))}.(((((.((......)}.))))).|((({{{,{{{{{((((...((((((((.((((.((((((((((((({((.....})).)))))))))....)).)}.)))))))))))))))).})}})))))))...)))))))))),}},|||,,|||,||||,}}|||{.,,,}}}}.,,,}}},,|}|},}}},,,|{(({.|{|(({.,.......)))))))))))))).....
Back