Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001300796.2
Sequence Length
2420 nt
GC Content
0.3971
GAAUUGCGCUUCCGCCAUCUUUCCAGCCUCAGUCGGACGGGCGCGGAGACGCUUCUGGAAGCUUGUAUUGGUUGGUGAUGGUGGUACUGGAAAAACGACCUUCGUGAAACGUCAUUUGACUGGUGAAUUUGAGAAGAACCACCUUGGGUGUUGAGGUUCAUCCCCUAGUGUUCCACACCAACAGAGGACCUAUUAAGUUCAAUGUAUGGGACACAGCCGGCCAGGAGAAAUUCGGUGGACUGAGAGAUGGCUAUUAUAUCCAAGCCCAGUGUGCCAUCAUAAUGUUUGAUGUAACAUCGAGAGUUACUUACAAGAAUGUGCCUAACUGGCAUAGAGAUCUGGUACGAGUGUGUGAAAACAUCCCCAUUGUGUUGUGUGGCAACAAAGUGGAUAUUAAGGACAGGAAAGUGAAGGCGAAAUCCAUUGUCUUCCACCGAAAGAAGAAUCUUCAGUACUACGACAUUUCUGCCAAAAGUAACUACAACUUUGAAAAGCCCUUCCUCUGGCUUGCUAGGAAGCUCAUUGGAGACCCUAACUUGGAAUUUGUUGCCAUGCCUGCUCUCGCCCCACCAGAAGUUGUCAUGGACCCAGCUUUGGCAGCACAGUAUGAGCACGACUUAGAGGUUGCUCAGACAACUGCUCUCCCGGAUGAGGAUGAUGACCUGUGAGAAUGAAGCUGGAGCCCAGCGUCAGAAGUCUAGUUUUAUAGGCAGCUGUCCUGUGAUGUCAGCGGUGCAGCGUGUGUGCCACCUCAUUAUUAUCUAGCUAAGCGGAACAUGUGCUUCAUCUGUGGGAUGCUGAAGGAGAUGAGUGGGCUUCGGAGUGAAUGUGGCAGUUUAAAAAAUAACUUCAUUGUUUGGACCUGCAUAUUUAGCUGUUUUGGAACGCAGUUGAUUCCUUGAGUUUCAUAUAUAAGACUGCUGCAGUCACAUCACAAUAUUCAGUGGUGAAAUCUUGUUUGUUACUGUCAUUCCCAUUCCUUUUCGUUUAGAAUCAGAAUAAAGUUGUAUUUCAAAUAUCUAAGCAAGUGAACUCAUCCCUUGUUUAUAAAUAGCAUUUGGAAACCACUAAAGUAGGGAAGUUUUAUGCCAUGUUAAUAUUUGAAUUGCCUUGCUUUUAUCACUUAAUUUGAAAUCUAUUGGGUUAAUUUCUCCCUAUGUUUAUUUUUGUACAUUUGAGCCAUGUCACACAAACUGAUGAUGACAGGUCAGCAGUAUUCUAUUUGGUUAGAAGGGUUACAUGGUGUAAAUAUUAGUGCAGUUAAGCUAAAGCAGUGUUUGCUCCACCUUCAUAUUGGCUAGGUAGGGUCACCUAGGGAAGCACUUGCUCAAAAUCUGUGACCUGUCAGAAUAAAAAUGUGGUUUGUACAUAUCAAAUAGAUAUUUUAAGGGUAAUAUUUUCUUUUAUGGCAAAAGUAAUCAUGUUUUAAUGUAGAACCUCAAACAGGAUGGAACAUCAGUGGAUGGCAGGAGGUUGGGAAUUCUUGCUGUUAAAAAUAAUUACAAAUUUUGCACUUUUUUGUUUGAAUGUUAGAUGCUUAGUGUGAAGUUGAUACGCAAGGAAAAUGGUCCAUGUUUACCCACAGUUUUCAGGUACUCCUAGACUUUAAAGAUGUCUUGAACAUUUAAGUUCUUCAGCAGUUCACACUACACCGUUUUUUUGUUUUUUUUUCCCCCCCGGGAGGGUUUUUUUGUAGGGCAGCACAGCAGAGCAGGACAUGGAUGAAAUACUAGGAAUAUGCACAGUGGGGCAGUGUGGGGGCUUCUCAGUAAUGGAGAACAGUUGGUGAAACUUUUUUUUUUUUUUAACUAAGCAUUUAAUUUAUCUUGCAUAUUUUCCACAUUUAAAAAUGAAUUAGGUCUAUUAGGAUAAUUAGGAGUUUGAUCCCAUCAACACUAUUCUUGUAGCAGUUAGGAAUCUUGAGCUAUUUUUUUCUCAUACGAUUACUAUAGUCCAGUUUACCAAAGUUUUCUUUAGAUGUCUGAUAAUCUUGAGAUGAUUGCUUACCUUAAAAGGUAUAGAAAGGAUCACUUAAAUAUAUGGAAAAAUGAAAUAAGGGUGAAGCUGAAUAAAGUUCUACUUACUGUAUUAACUGGCAACAGUUGAGUUUCUUAAGAUCUGAAUUGCUGUGUAUGUUACGCUGUAUUCAGAACCAGUUUCUAACCAGCCUGUGAGAUGGGAAGUUUUUUCCCCAUAAUUGGGAUGAAACCUUUCAUUCAGGUAUUUUGAAUUGAAGGUGUAUGUGUUGUUUGUAACCUUGUGGAGAUUGCAAGUGGUGUUGACAUUCUGGAUCUUCUAUGUAACAGUUGAAAUUUGGAAGUGACGUCACUUACCUGUCUAACGUGGUGUGGGAGAGAAUUUACAAGUCCUUUAUUGAAAGAAUAAUUGUUGCAAAAUAUAUUGCUUCUACUUUGCCUGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-640.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -689.61
Frequency: 0.0000
Diversity: 697.81
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((.((((((..(((.(((.((....)).))).))).)))))).)))...(((((((.((((((((((((...(((((((((((((...((((...)))).....(((....)))((((((...((((((((((((...)))(((((((((.(((..(((((((..(((...((((((..((((.......))))..))).)))....(((.(.(((.(((....)))))).).)))...((((((((((............)))).)))))).((((.(((((((...))))))).))))..........((((((.....)))))).(((((((((.((((((((.(((((.....(((((.((((((...)))))).)))))...(((((((.((((((((((((((((......))))))))((((((........((((((.((((...............(((((.......)))))((.((((((((.(.(((.(((((((((...(((....)))..)))).(((((.((((....(((((((((((((.(((((..((((((((((((.((......)).)))))))...((.((((((..(((....))))))))).))....((((((((((..(.(((.((........(((((((..(((((...))))).......(((((......)))))(((((....((((((...(.((((((.....)))))).)..))))))....)))))(((((.......)))))....((((((.((((((((((..((((((..(...((((((..(((((.((((........))))........((((((.......((((((((........))))))))(((((((.((.((........(((((...))))).............((.(((((..((((((((((((((((((((.((((.....(((((..........((..(((((.(((.(((((((((.((((((...(((((..(((((............((.(((((......)))))))))))))))))..)))....)))))))))))).)))...)))))..))........))))).....)))).........((((((((((((((.((((((....((((((((...........((..((((((((((.(((.(((((((((((((((((((......(((.(((((((((.((..(((...)))...))))))))))).))))))))....))))))))))))))..........(((....)))......)))))))))))))..))....))))))))))))))....))))))))))....))))..............)))))...)))))....((((((...))))))..))))))))))....))))).))(((((((((((........))))))))))).............(((((((((((....(((((((...)))))))...))))))))))))).)).)))))))...)))))).......))))).........)))))).((((.........)))).)..))))))..)))))))))).))))))......)))))))........)).))))..))))))))))..)))))..))).......)))))))))).)))))...)))).)))))..........))))).))).).)))))))).)))))).))))))....))))))..))))))))...)))))))....(((............)))...))))))))))))......).)))))))))....)))..)))))).)..)))..)).))))))).......(((((..(((((...)))))))))).))))))))).....))))))...))))))..)))..((((.((((.((((........)))).)))).)))).(((((((....))))).))..((..((((((.....(((......)))......))))))..))((((...))))..((((.....(((((((....)))))))......)))).(((((((.((.(((((...))))).)))))))))))))....)))))).(((((...(((((((.(((((.((((.......)))).))))).))))))))))))..........((((((.((.(((((((((((((.(((...))).)))))))......))))))..)).))))))..(((((((((((...(((.((((.(((.........((.(((.((.....)).))).)).........)))))...)).)))...))))))))))).))))))..)))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{,..(((,((((((,.{((.(((.((....)).))).})).)))))).))),}}(((((((.(((((({((({(,{{{(((((({(({{,...{{{{,,.}))}.....(((....))),((((,.{{(,,,,||||||}}}..,((((((((((.(((..{((((((..(((...(({(((..((((.......))))..))).))),,,.((({(,(((.(((....))))))}).)))...(((((({,,,............}}}}.)))))).{{{{.{((((((...)))))),.)))},.........((((((.....)))))).{((((((((.{({(((((.{{{{|,,|,,(((((.((((((...}))))}.|}})).,,,,..((.{(((((.((((((((((......))))))))|||,{,,,((,,..|)))}.,|......}}.}}}}))}}.,,|||,.,,...}}}}}|,.{(((({((,(.{((,((({{{{{{,,}|{{...,)))..}}},.(((((.((((....(((((((((((((.((((.{,{(((((((((((.((......)).)))))))...((.((((((..{({....})))))))).})....((((((((((..(.(((.((,({,..,,((({{((,.(((((...})))).,||,..(((((......))))),{|||.,|,{{{,,{.,,|}(((({(,,,.,||}}}).},,)))}}}..,,}}},,{((((|....},)))),,,,.((((({.((((((((((..((((((,,(,..((.((((((((((((((((({,.{{{......})}.})))))||}}}....((((((((........))))))))(((((((.((.((,.......(((((...))))).,,,,,,...,,,{{,|||||..((((((((((,,{((({(((,(({(.,,..{(((,....|},...||,,{((((.(((.(((((((((.{{(((({{.(({{,..||{||}}||}}....,,|{|||||{,..,..}}|}|,,})))}}}}}}..}}}..,,,,.))))))))).)))...)))))..}}..,,,,..}}}}}...,.}))}.........{({(((((((((({,((((((...{((((((((,,,,,,...,,{{..((((((((({,(((.(((((((((((((((((((......(((.(((((((((.{(,,{{{...))}...))))))))))).))))))))....)))))))))))))}..,....,{.{((....))),.....)))))))))))))..}}....,}))))))))))))....})))))))))....}))).,,.,,,.......}})))),,})}}}.,,,|{{{{|,,,)))}}}..))))))))))....}}))).)))||{(((((((........)))))))}||,.............{((((((((((....,((((((...)))))),...))))))))))))).)).)))))))......,)))))))))))..}}},,,,(((.,,.))}{{{{......,..)))),)..))))))..)))))))))).})))))......}))))}}..,,....,..)))}..))))))))))..)))})}.)))).,,...)})))))))).)))))...)))).))))).....,},})))))),}}},},}}|}}}||,}}},...,}}))},.{{||||,|{{|}},,,,,.}}}}.}}}},}..(((............)))...,})))))))))}.....,).)))))))))....)))..)))))).)..))).,)}.)))))))}....{{((((({{((((({..||||,,,,|,,|||||||||{{{,{|||},,,,,})||||{{|||..,{{{.(({{.(({{..,.....}}}|,|||},||||.{{(((((....))))).,,..{{,,||||||,..,.|,|,,....,,},,,,..,)))|}|||||.....|}},.,,|||,..,,.(((((((....)))))))....,.,,,}.((((((,,((.(((((...))))).))))))))).}|||||{},||}}.(((((...(((((((.(((((.((((,{....})))).))))).))))))))))))..,,,,}}}}|(((((.{{,{..,,.,,|,,,|||}|{{{{({{{,|.{(((({{{{{.||,|{{||{||,|||.,{,...,,||,|},}}}}|||||||}},}))))).}|.,}}}.}}},,))))})))}))}}....))}))))),,..,..,,...})))))))))),})))))..)))))))...........
Back