Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001300855.2
Sequence Length
1697 nt
GC Content
0.5875
GAGUCAGAACCCAGCAGCCGUGUACCCCGCAGAGCCGCCAGCCCCGGGCAUGUUCCGAGACUUCGGGGAACCCGGCCCGAGCUCCGGGAACGGCGGCGGGUACGGCGGCCCCGCGCAGCCCCCGGCCGCAGCGCAGGCAGCCCAGCAGAAGUUCCACCUGGUGCCAAGCAUCAACACCAUGAGUGGCAGUCAGGAGCUGCAGUGGAUGGUACAGCCUCAUUUCCUGGGGCCCAGCAGUUACCCCAGGCCUCUGACCUACCCUCAGUACAGCCCCCCACAACCCCGGCCAGGAGUCAUCCGGGCCCUGGGGCCGCCUCCAGGGGUACGUCGAAGGCCUUGUGAACAGCCCGGAGGAAGAGGAGCGCCGCCGAGUAAGGCGCGAGCGGAACAAGCUGGCUGCGGCCAAGUGCAGGAACCGGAGGAAGGAACUGACCGACUUCCUGCAGGCGGAGACUGACAAACUGGAAGAUGAGAAAUCUGGGCUGCAGCGAGAGAUUGAGGAGCUGCAGAAGCAGAAGGAGCGCCUAGAGCUGGUGCUGGAAGCCCACCGACCCAUCUGCAAAAUCCCGGAAGGAGCCAAGGAGGGGGACACAGGCAGUACCAGUGGCACCAGCAGCCCACCAGCCCCCUGCCGCCCUGUACCUUGUAUCUCCCUUUCCCCAGGGCCUGUGCUUGAACCUGAGGCACUGCACACCCCCACACUCAUGACCACACCCUCCCUAACUCCUUUCACCCCCAGCCUGGUCUUCACCUACCCCAGCACUCCUGAGCCUUGUGCCUCAGCUCAUCGCAAGAGUAGCAGCAGCAGCGGAGACCCAUCCUCUGACCCCCUUGGCUCUCCAACCCUCCUCGCUUUGUGAGGCGCCUGAGCCCUACUCCCUGCAGAUGCCACCCUAGCCAAUGUCUCCUCCCCUUCCCCCACCGGUCCAGCUGGCCUGGACAGUAUCCCACAUCCAACUCCAGCAACUUCUUCUCCAUCCCUCUAAUGAGACUGACCAUAUUGUGCUUCACAGUAGAGCCAGCUUGGGGCCACCAAAGCUGCCCACUGUUUCUCUUGAGCUGGCCUCUCUAGCACAAUUUGCACUAAAUCAGAGACAAAAUAUUUCCCAUUUGUGCCAGAGGAAUCCUGGCAGCCCAGAGACUUUGUAGAUCCUUAGAGGUCCUCUGGAGCCCUAACCCCUUCCAGAUCACUGCCACACUCUCCAUCACCCUCUUCCUGUGAUCCACCCAACCCUAUCUCCUGACAGAAGGUGCCACUUUACCCACCUAGAACACUAACUCACCAGCCCCACUGCCAGCAGCAGCAGGUGAUUGGACCAGGCCAUUCUGCCGCCCCCUCCUGAACCGCACAGCUCAGGAGGCGCCCUUGGCUUCUGUGAUGAGCUGAUCUGCGGAUCUCAGCUUUGAGAAGCCUUCAGCUCCAGGGAAUCCAAGCCUCCACAGCGAGGGCAGCUGCUAUUUAUUUUCCUAAAGAGAGUAUUUUUAUACAAACCUACCAAAAUGGAAUAAAAGGCUUGAAGCUGUGGCCUGAGUGCCUCACUGGACCCAGAGGCCAAUGGGAGAGUAUUUGGAGCCCUAGGUCCCAGCCUUAGCUCUACAGACUCACUGCAUGACCUUGGACAAAUUCUUUGAUAUUUUUGGACUUUGUCUUAUCUGACAAGUGGGGCUACAUCCGCUCGGCCUCAUCUCCGGGACUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-595.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -624.02
Frequency: 0.0000
Diversity: 411.22
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........((((((((...((((((......((((((.(((...)))..(((((..((.((((((........)))))).))..)))))))))))))))))(((.(((.(((((.(((...))).)).)))..))).)))..............((((((((((..(((.......)))..))))).))))).)))))..))).(((....((((((.....)))))))))....((((...((((((.((((.((((((.......(((((..........((((.(((....))).))))..)))))........)))))).)))).)))))).)))).(((((((((((..((((.(((((.........)))))(((((((....((((.((((.(((...((((((((.(((.((......))..)))..)))))))))))((((.(((........((((((.((....((((((((((((.............)))))))..(((((.((((((((.......))))))((....))......)).)))))........((((((((....(((((((((.(((((..((((.((.(((..(((..((......))...)))..)))))))))))))).)))((((......))))...((((((.......))))))..........................))))))....))))))))...))))).)).))))))........)))..))))((((.(....).))))(((..((....))..))).))))))))(((((.(((..............))).)))))....(.((((((...)))))).)..(((((((((((...((((((((........((((..(..(((((.............((((..(((((..((((..((.....)).))))...)))))................(((....)))...))))..((((((((....((.((((((((((((((((..........))))...........)))))))).))))))))))))))..((((.((((..((((.......))))..))))))))..)))))..).)))).(((((((((((((..((...))..))))).)))))).))............(((....)))....(((((((.....((((((((.((((..(((......((.((....)).)).(((((..........)))))......((((.(((((.((....(((....)))..)).)))))))))..((((((........((..((((((((.(......).)))))))).)).(((((.((((.((..(((((((...((...(((((....))))).))..))))))))).)))).)))))((((......))))(((((((((.((((((((.......((.((((....))))....))........)))))))).)))....)))))))))))).)))..)))).)))...)))))......)))))))...((((((...((((....))))..))))))(((.....))).........(((((((.(((...........))).))))))))))))).))))))))))).)))))))))..)))).)))))))).)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.............,..(((((((((((......((((((.(((...)))..(((((..((.{(((((........)))))).))..)))))))))))))))))}})))){{((,(.((.....(((((.((((...{.(((((,(,{((((({...((((((((((..(((.......}))..))))).})))).({{(,((((((((({,{.((((((.....))))))...((.((({(...((((((.((((.((((((..{....(((((..........((((.(((....))).))))..))))).,......)))))).)))).)))))).)}))}).)),.((.(((((,(({((((((((......)))))},||{{{,{,.||((((((.(({{{..((((((,..{((((({.({..,,..|||.|}}}||||{(({((((.(((........((((((.((....((((((((((((.............)))))))..(((((.((((((((.......))))))((....))......)).)))))........((((((((....(((((((((.(((((..((({,{(,(((..{{(..((......))...})),,))}}}))))))))).}})}}},.......(((..(((((.,,..{,...)),,,.))))}..)}}........,......,}))))....))))))))...))))).)).))))))........)))..)))),{,|||,,|.|,},}}||||,,,||..|||{{|}.||,|,||}(((|,.||,}}},}}}.......,||{||,,,....,.((((((...)))))).)..,)}))},,,}}}))))))..)),,.}..})))},.}}},)))))).))))).}}.,.}((({{(,,,,.}||||}.}},,....)})))},}},)))),}))))}.}}......(((....)))..,}..{{.((((((((....((.(({(((((((((((({..,....},.)))).,.,,..,,,,})))))))}}))))})))))))}.)),.,...((((((((,,,,.........,||||((((((.,....,)))))}(((((((((((((..((...))..)))))},))))).))..........(((((.({{.{{{...((((((({,...((((((((.((((..(((......(,.((....}}.}}.(((((..........)))))......{{,,.{{{((.({....((((.....)}})).))})))}))..((((((,....,.,((..((((((((.,......).)))))))).)).(((((.((((.((..(((((((...((...(((((....))))).))..))))))))).)))).)))))((((......)))){((((((((.{(((({{((,....}||,{{{{....}},,....,,.,,.....))}))))}.)))....)))))))))))).)))..)))).)))...)))))...,},))))))).,,||((({...((((....}))}..)))))}.,,.....,,)}}})).)},))},,,,.}))))))).....}))|||{((((......))))))),))))).}.,.)))))))))....))})))).}},
Back