Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001300856.2
Sequence Length
1504 nt
GC Content
0.5818
GAGUCAGAACCCAGCAGCCGUGUACCCCGCAGAGCCGCCAGCCCCGGGCAUGUUCCGAGACUUCGGGGAACCCGGCCCGAGCUCCGGGAACGGCGGCGGGUACGGCGGCCCCGCGCAGCCCCCGGCCGCAGCGCAGGCAGCCCAGCAGAUCAGCCCGGAGGAAGAGGAGCGCCGCCGAGUAAGGCGCGAGCGGAACAAGCUGGCUGCGGCCAAGUGCAGGAACCGGAGGAAGGAACUGACCGACUUCCUGCAGGCGGAGACUGACAAACUGGAAGAUGAGAAAUCUGGGCUGCAGCGAGAGAUUGAGGAGCUGCAGAAGCAGAAGGAGCGCCUAGAGCUGGUGCUGGAAGCCCACCGACCCAUCUGCAAAAUCCCGGAAGGAGCCAAGGAGGGGGACACAGGCAGUACCAGUGGCACCAGCAGCCCACCAGCCCCCUGCCGCCCUGUACCUUGUAUCUCCCUUUCCCCAGGGCCUGUGCUUGAACCUGAGGCACUGCACACCCCCACACUCAUGACCACACCCUCCCUAACUCCUUUCACCCCCAGCCUGGUCUUCACCUACCCCAGCACUCCUGAGCCUUGUGCCUCAGCUCAUCGCAAGAGUAGCAGCAGCAGCGGAGACCCAUCCUCUGACCCCCUUGGCUCUCCAACCCUCCUCGCUUUGUGAGGCGCCUGAGCCCUACUCCCUGCAGAUGCCACCCUAGCCAAUGUCUCCUCCCCUUCCCCCACCGGUCCAGCUGGCCUGGACAGUAUCCCACAUCCAACUCCAGCAACUUCUUCUCCAUCCCUCUAAUGAGACUGACCAUAUUGUGCUUCACAGUAGAGCCAGCUUGGGGCCACCAAAGCUGCCCACUGUUUCUCUUGAGCUGGCCUCUCUAGCACAAUUUGCACUAAAUCAGAGACAAAAUAUUUCCCAUUUGUGCCAGAGGAAUCCUGGCAGCCCAGAGACUUUGUAGAUCCUUAGAGGUCCUCUGGAGCCCUAACCCCUUCCAGAUCACUGCCACACUCUCCAUCACCCUCUUCCUGUGAUCCACCCAACCCUAUCUCCUGACAGAAGGUGCCACUUUACCCACCUAGAACACUAACUCACCAGCCCCACUGCCAGCAGCAGCAGGUGAUUGGACCAGGCCAUUCUGCCGCCCCCUCCUGAACCGCACAGCUCAGGAGGCGCCCUUGGCUUCUGUGAUGAGCUGAUCUGCGGAUCUCAGCUUUGAGAAGCCUUCAGCUCCAGGGAAUCCAAGCCUCCACAGCGAGGGCAGCUGCUAUUUAUUUUCCUAAAGAGAGUAUUUUUAUACAAACCUACCAAAAUGGAAUAAAAGGCUUGAAGCUGUGGCCUGAGUGCCUCACUGGACCCAGAGGCCAAUGGGAGAGUAUUUGGAGCCCUAGGUCCCAGCCUUAGCUCUACAGACUCACUGCAUGACCUUGGACAAAUUCUUUGAUAUUUUUGGACUUUGUCUUAUCUGACAAGUGGGGCUACAUCCGCUCGGCCUCAUCUCCGGGACUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-515.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -540.04
Frequency: 0.0000
Diversity: 361.63
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((((.((.(((((....((((..((((((...(((..(((....((((((....))))))..)))))).)).)))))))).))))).))))))..(((.(((.(((((.(((...))).)).)))..))).)))........(((((((((((..((((.(((((.........)))))(((((((....((((.((((.(((...((((((((.(((.((......))..)))..)))))))))))((((.(((........((((((.((....((((((((((((.............)))))))..(((((.((((((((.......))))))((....))......)).)))))........((((((((....(((((((((.(((((..((((.((.(((..(((..((......))...)))..)))))))))))))).)))((((......))))...((((((.......))))))..........................))))))....))))))))...))))).)).))))))........)))..))))((((.(....).))))(((..((....))..))).))))))))(((((.(((..............))).)))))....(.((((((...)))))).)..(((((((((((...((((((((........((((..(..(((((.............((((..(((((..((((..((.....)).))))...)))))................(((....)))...))))..((((((((....((.((((((((((((((((..........))))...........)))))))).))))))))))))))..((((.((((..((((.......))))..))))))))..)))))..).)))).(((((((((((((..((...))..))))).)))))).))............(((....)))....(((((((.....((((((((.((((..(((......((.((....)).)).(((((..........)))))......((((.(((((.((....(((....)))..)).)))))))))..((((((........((..((((((((.(......).)))))))).)).(((((.((((.((..(((((((...((...(((((....))))).))..))))))))).)))).)))))((((......))))(((((((((.((((((((.......((.((((....))))....))........)))))))).)))....)))))))))))).)))..)))).)))...)))))......)))))))...((((((...((((....))))..))))))(((.....))).........(((((((.(((...........))).))))))))))))).))))))))))).)))))))))..)))).)))))))).)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
........{{{{.((.(((((,,,,(({{..{{((((,,.(((,,({(,..,(((({{,,..|||||}..}}}}}),)),)}))}))),))))),)))))),}{({.(((.{((((.(((...))).)).))),.))).)))........(((((((((((..((((.(((((.........)))))(((((((...,((((((,,.,|||}.,((((((((.(((,((..,...}}..))}..)))))})|((.((((,({(.......,((((((.((....((((((((((((.............)))))))..(((((.((((((((.......))))))((....))......)).)))))........((((((((....(((((((((.(((((..((({.{(,(((..{{(..((......))...})),,))}}}))))))))).}})}}},.......(((..(((((.,,..,,...)),,,.))))}..)}}........,......,}))))....))))))))...))))).)).))))))........}})..}}}|{{{(,|..,.},}}))|||||{{{{,.({(({(,.,|.{{{(,((({,.{{,,,,.,,,.......,||{||}}}....,.((((((...)))))).)..,)}))}}}}))),,))),},}},.....,,}},,..}}}}}),}}.....{{{{{{.{((({{(((((..((((..({.....}}.))))...))))).........,......{((....)))...|..((.((((((((....((.((((((((((((((({..,....|..}))}.........,.,)))))))}}))))))))))))).))......((((((((.,...........|||||{(((((.{....,)))))}(((((((((((((..((...))..)))))}}))))).))..........(((((.({{.{{{...((((((({,...((((((((.((((..(((......(,.((....}}.}}.(((((..........)))))......{{,,.{{{((.({....((((.....)}})).))})))}))..((((((,....,.,((..((((((((.,......).)))))))).)).(((((.((((.((..(((((((...((...(((((....))))).))..))))))))).)))).)))))((((......)))){((((((((.{(((({{((,....}||,{{{{....}},,....,,.,,.....))}))))}.)))....)))))))))))).)))..)))).)))...)))))...,},))))))).,.|(((((...((((....}))}..)))))}.,,.....,,)}}})).)},))}|||,.}))))))).....)))))){((((......)))))))))))}}...)))))))..)))).)))))))).)))
Back