Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001300857.2

Sequence Length

1396 nt

GC Content

0.5759

GAGUCAGAACCCAGCAGCCGUGUACCCCGCAGAGCCGCCAGCCCCGGGCAUGUUCCGAGACUUCGGGGAACCCGGCCCGAGCUCCGGGAACGGCGGCGGGUACGGCGGCCCCGCGCAGCCCCCGGCCGCAGCGCAGGCAGCCCAGCAGGAGACUGACAAACUGGAAGAUGAGAAAUCUGGGCUGCAGCGAGAGAUUGAGGAGCUGCAGAAGCAGAAGGAGCGCCUAGAGCUGGUGCUGGAAGCCCACCGACCCAUCUGCAAAAUCCCGGAAGGAGCCAAGGAGGGGGACACAGGCAGUACCAGUGGCACCAGCAGCCCACCAGCCCCCUGCCGCCCUGUACCUUGUAUCUCCCUUUCCCCAGGGCCUGUGCUUGAACCUGAGGCACUGCACACCCCCACACUCAUGACCACACCCUCCCUAACUCCUUUCACCCCCAGCCUGGUCUUCACCUACCCCAGCACUCCUGAGCCUUGUGCCUCAGCUCAUCGCAAGAGUAGCAGCAGCAGCGGAGACCCAUCCUCUGACCCCCUUGGCUCUCCAACCCUCCUCGCUUUGUGAGGCGCCUGAGCCCUACUCCCUGCAGAUGCCACCCUAGCCAAUGUCUCCUCCCCUUCCCCCACCGGUCCAGCUGGCCUGGACAGUAUCCCACAUCCAACUCCAGCAACUUCUUCUCCAUCCCUCUAAUGAGACUGACCAUAUUGUGCUUCACAGUAGAGCCAGCUUGGGGCCACCAAAGCUGCCCACUGUUUCUCUUGAGCUGGCCUCUCUAGCACAAUUUGCACUAAAUCAGAGACAAAAUAUUUCCCAUUUGUGCCAGAGGAAUCCUGGCAGCCCAGAGACUUUGUAGAUCCUUAGAGGUCCUCUGGAGCCCUAACCCCUUCCAGAUCACUGCCACACUCUCCAUCACCCUCUUCCUGUGAUCCACCCAACCCUAUCUCCUGACAGAAGGUGCCACUUUACCCACCUAGAACACUAACUCACCAGCCCCACUGCCAGCAGCAGCAGGUGAUUGGACCAGGCCAUUCUGCCGCCCCCUCCUGAACCGCACAGCUCAGGAGGCGCCCUUGGCUUCUGUGAUGAGCUGAUCUGCGGAUCUCAGCUUUGAGAAGCCUUCAGCUCCAGGGAAUCCAAGCCUCCACAGCGAGGGCAGCUGCUAUUUAUUUUCCUAAAGAGAGUAUUUUUAUACAAACCUACCAAAAUGGAAUAAAAGGCUUGAAGCUGUGGCCUGAGUGCCUCACUGGACCCAGAGGCCAAUGGGAGAGUAUUUGGAGCCCUAGGUCCCAGCCUUAGCUCUACAGACUCACUGCAUGACCUUGGACAAAUUCUUUGAUAUUUUUGGACUUUGUCUUAUCUGACAAGUGGGGCUACAUCCGCUCGGCCUCAUCUCCGGGACUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-461.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -483.79

Frequency: 0.0000

Diversity: 377.84

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((........((.(((((((((((......((((((.(((...)))..(((((..((.((((((........)))))).))..))))))))))))))))).)))))...))(((..(...(((((((((.(((((.......((((((.(((........((((((.((....((((((((((((.............)))))))..(((((.((((((((.......))))))((....))......)).)))))........((((((((....(((((((((.(((((..((((.((.(((..(((..((......))...)))..)))))))))))))).)))((((......))))...((((((.......))))))..........................))))))....))))))))...))))).)).))))))........)))..)))))).((..((.((....)).))..))..((((((((((.((...(((((.(((..............))).)))))......(((((((.((.(((((.......((((.......(((((.((((.....((((..(..(((((.............((((..(((((..((((..((.....)).))))...)))))................(((....)))...))))..((((((((....((.((((((((((((((((..........))))...........)))))))).))))))))))))))..((((.((((..((((.......))))..))))))))..)))))..).)))).(((((((((((((..((...))..))))).)))))).))..............((((((...........................)))))).........((.((....)).)).(((((..........)))))......((((.(((((.((....(((....)))..)).)))))))))....(((......)))((..((((((((.(......).)))))))).))...)))).)))))...(((((((...((...(((((....))))).))..))))))).)))).......))))))).))))))))).))))))))))..((((.....))))((((....)))).......(((...)))........)))))..))))))))).)..)))....(((((....((((((.(((((.((((...((((((...((((....))))..))))))...)))).)).)))......(((((((.(((...........))).))))))).........((((((......)))))).))))))...))))))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.,((({{......({.(((((((((((......((((((.(((...}}}..(((((..((.{(((((........)))))).))..)))))))))))))))))}}))))..,||((.({{...|||,||,|{|{{(((,,,,...((((((.(((........((((((.((....((((((((((((.............)))))))..(((((.((((((((.......))))))((....))......)).)))))........((((((((....(((((((((.(((((..((({.{(,(((..{{(..((......))...})),,))}}}))))))))).}})}}}|.......(((..(((((.,,..,,..,))}},.))}}}..)}}........,......,}})))....))))))))...))))).)).))))))........)))..)))))).||,,{|}||},..||{|,.,||..||{{{{|{((.{{.|,((({{.{{{,,,.,,,.......}||,||}}}......((((((,.,|}||||{}...||}|||,..||{{{({((({(,,..,,.,((,,{{({.,,,,,......,,,,,,.((((({(((((..((((..{{.....}}.))))...)))))................(((....)))...|,.{{.((((((((....((.((((((((((((((((.......|..))))...........,)))))))}}))))))))))))).}|,,,.,,(({{((((.......,,,,..|}}}}|(((((,|....,})))),(((((((((((((..((...))..)))))}}))))).))..........,{{{({(((,,,,...,{{{{{{.....{{{{{{{{.||||,,{{{......{,.((....}}.}}.(((((..........))))).,....,,,..{{{{(.({....{(({...,,)}})).))}))}}))..|{((({.....}},((..((((((((.,......).)))))))).)).{{{((,{(((.{{..(((((((...((...(((((....))))).))..))))))))).)))}.)}}})||||,,.,},))))||,||||||,||{({((((.....}}}}||{{....}},}....,..{,....,)),,,,,,.))),,,.})))))))))}).))),.})}},||}...}}})),,.,}}))}||||...((((((...((((....))))..))))))...,}}}.}}}}},}}.,,.|||{{{{.|||,,}},.....})))})|||||,.....)))}}))))))..,},}.,))).)),},)}}})}}))),,,.