Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001300928.2
Sequence Length
1410 nt
GC Content
0.4113
CUCUUCGCGACCGCUGCGCGCGAGCCCCGUGUCCCCACGGCGGGCAGCAGCGGCGGCGGCGGCGGCUGAACGCGGAGGGGGCGGAGGGAGCCCGCGGCGGCGGCAGCAGCUACAGCGAAAUGGCGGAGACCGUGGCUGACACCCGGCGGCUGAUCACCAAGCCGCAGAACCUGAAUGACGCCUACGGACCCCCCAGCAACUUCCUCGAGAUCGAUGUGAGCAACCCGCAAACGGUGGGGGUCGGCCGGGGCCGCUUCACCACUUACGAAAUCAGGGUCAAGACAAAUCUUCCUAUUUUCAAGCUGAAAGAAUCUACUGUUAGAAGAAGAUACAGUGACUUUGAAUGGCUGCGAAGUGAAUUAGAAAGAGAGAGCAAGGGUCGCUGGUCAUCCUCUGGCACAGAACGAACGUUGUCUUCACAUGUUUUUACAAGAUGAAAUAAUAGAUAAAAGCUAUACUCCAUCUAAAAUAAGACAUGCCUGAAAUUUGGCAAGAAGGGGCAAAAACGUGACUAUUAAUGAUUGAUAAGCACCAGUGAAGAAGUUCUAACUUUUAGCAUGCUGCACAGAAACUGGUAUAACAUGCCUUCAGUAUACUAACACUCAUAUGCUCAGUUUUGUUUUGUUUUGGCAGUUGACAAGAAGUUAAUUUGCUUUAGUAAAAAUCCCUCAUUCCAGCCUUUCUAUAUAAAUAGCUCUUUCUUGCUGUUUUAAUGUGGUGCACACUAUAGCCUCACAAACCUGUUAUUCCAGUGUAAUCUGCAGUGUCGUAACUAAAGUUACUGGCUUGGUCUUAUUUGCACAGUUUUUGCGUCUUGUUUGCUUCUUGCAUCUGAUUAACUAGAAUAUUUCUCUUUCCCCCUUUUAAUUUGUGAUGUCACUUGACCCCAUUUAUGUGUAGGAGCACUACACCAUUGGUUUCCAAUACUGCACACAUAAGAUACAUACUUGUGUGCAGAAAGUAUCUUCCUCCAGGCUUGUAAUACCCUUCACAUGGAAGAUUAAUGAGGGAAAUCUUUAUAUUCUGUAUAAAAACAAAAGCAAAUUUAUAUACUAAAAUCAUUUGUCUAAAAAUUUAAGUUGUUUUCAAAUAAAAAUUAAAAUGCAUUUCUGAUAUGCACUGAUUGUGUUGCCUCCAGCUUUUUUUGCUCUCUAUGAGUGACUACUUAAGUCACUUGUUGAGAGGGAUUAUUUACUAAUUAUAUACUUCUCAUUCCUGUAACUCCAUUCCCUUUAAACAGUGGUGAUAUCAAAUAUACUUCCAUCCAUUGAAUGGGGUAUUUUUAACAACAACAAAAGUGAUAUACUAAAAAAUGUAUUGCUUAAGGCUUAUUGAAUCAUUUUGAAGCACUUUGUGUAUUUGAAAACUGCUUUAUAAUCUCAUUUAUUAAAAGGACUUUCAAAGAUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-384.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -412.31
Frequency: 0.0000
Diversity: 280.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((..(((((((.((((.(((((.(((((((.(.(((..((((.((.((....)).)).))))..))).).)))))))..))).)).)))))))))))..(((((((...((((.(((.((((.((.((((((((.(((.((((((........)))))).............((((...((.....))..........(((....))).((..((.....))..))))))))))))))))).))...)))).))).)).))...(((((((((......((((((....(((((...)))))...((((....)))).))))))....))))))))).)))))))...)))))...((((((((((((((.(.((((((((((.....)))).)))..))).).)))).((((((((((((....(((((.....((((.......))))....))))).....))))))))..))))....((((((((((.(((((((((((.............((((((.((((((..((((((....)))))).))..((((((.....(((((.((((((.......((((((..........))))))........(((((((..((((((((((.....))))).)))))..))))))).........................(((((((........)))))))...(((((.((........)).)))))....)))))).)))))......))))))((((((((....))))).))).))))))))))..))).)))))))).)))).)))))).......((((......))))...))))))))))..(((((((((..((((.(((....))).........((((((.....))))))....(((((((....(((((((((.............))))))))).....(((((((...(((.(......).)))......))))))).......)))))))(((((((...))))))).......((((((...............))))))..........((((.(((((((((((........(((((((((....((((((((..((((((((.....(((.......)))(((.((((((((((.....)))))))))).)))((((((.......................))))))...(((((((((.........(((((((................)).))))))))))))))........)))).)))).)))).)))).....)))))))))((..(((((((...(((....))).)))).))).)).))))))))))).)))).......))))..)))))))))................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{(({((,.(((((((.((((.(((((.(((((((.(.(((..((((.((.((....)).)).))))..))).).)))))))..))).)).))))))))))),.(((((({...{(,{.(((.((((.((.((((((((.(((.((((((........))))))..............{{,...{{....||,.,,..,,{,,(((....))).|,},|,...{{|,...}))})))))))))))).))...)))).))}.}}.}}...(((((((((......((((((...,{({(,.,.,||}},..||,,,,..}))}.))))))....))))))))).))))))),,,)}},....((((((((((((((.(.{(((((((((.....)))).)))..))}.).)))).{(({((((((((....(((((.....((((.......))))....))))).....))))))))..}))}....{(((({((((.(((((((((((.............((((((.((((((.,((((((....)))))}.||{{((((((.,...(((((.((((((.{.....((((((..........}))))}.,|....,{((({,,..((((((((((.....)))))}}})))..,}}}))}.........................(((((((........)))))))...(((((.((........)).)))))....)))))).)))))......))))))||{(((((....))))),}))}))))))))))..))).)))))))).)))).))}})),}}}}}.((((......))))...))))))))))..(((((((((..((((.(((....))),{{,.....((((((.....)))))).{{(((...)))}}.(((((((((.............))))))))).....(((((((...(((.,......,.)))......)))))))..,||,||},..,,|{{{{{{...||}}}}}.......{{(((({{.,...........,})})}.,....,,..((((.(((((((((((........{((((((({..,.(({{((((..{(((((((.....{{{.....,,,||(((.((((((((((.....)))))))))).)))||{||..,...............,...,,,.....,,,(((((((({........,((((({(,..............,}}.))))))))))))))........)))),,))}.))))|}|||.....}}}))))))||,.{{{(({{..,{{{....}}}})))).}}}.}}.))))))))))).)))).......))))..)))))))))........,,......
Back