Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001300929.2
Sequence Length
1469 nt
GC Content
0.4023
CUCUUCGCGACCGCUGCGCGCGAGCCCCGUGUCCCCACGGCGGGCAGCAGCGGCGGCGGCGGCGGCUGAACGCGGAGGGGGCGGAGGGAGCCCGCGGCGGCGGCAGCAGCUACAGCGAAAUGGCGGAGACCGUGGCUGACACCCGGCGGCUGAUCACCAAGCCGCAGAACCUGAAUGACGCCUACGGACCCCCCAGCAACUUCCUCGAGAUCGAUACAAAUCUUCCUAUUUUCAAGCUGAAAGAAUCUACUGUUAGAAGAAGAUACAGUGACUUUGAAUGGCUGCGAAGUGAAUUAGAAAGAGAGAGCAAGGUCGUAGUUCCCCCGCUCCCUGGGAAAGCGUUUUUGCGUCAGCUUCCUUUUAGAGGAGAUGAUGGAAUAUUUGAUGACAAUUUUAUUGAGGAAAGAAAACAAGGGCUGGAGCAGUUUAUAAACAAGGUCGCUGGUCAUCCUCUGGCACAGAACGAACGUUGUCUUCACAUGUUUUUACAAGAUGAAAUAAUAGAUAAAAGCUAUACUCCAUCUAAAAUAAGACAUGCCUGAAAUUUGGCAAGAAGGGGCAAAAACGUGACUAUUAAUGAUUGAUAAGCACCAGUGAAGAAGUUCUAACUUUUAGCAUGCUGCACAGAAACUGGUAUAACAUGCCUUCAGUAUACUAACACUCAUAUGCUCAGUUUUGUUUUGUUUUGGCAGUUGACAAGAAGUUAAUUUGCUUUAGUAAAAAUCCCUCAUUCCAGCCUUUCUAUAUAAAUAGCUCUUUCUUGCUGUUUUAAUGUGGUGCACACUAUAGCCUCACAAACCUGUUAUUCCAGUGUAAUCUGCAGUGUCGUAACUAAAGUUACUGGCUUGGUCUUAUUUGCACAGUUUUUGCGUCUUGUUUGCUUCUUGCAUCUGAUUAACUAGAAUAUUUCUCUUUCCCCCUUUUAAUUUGUGAUGUCACUUGACCCCAUUUAUGUGUAGGAGCACUACACCAUUGGUUUCCAAUACUGCACACAUAAGAUACAUACUUGUGUGCAGAAAGUAUCUUCCUCCAGGCUUGUAAUACCCUUCACAUGGAAGAUUAAUGAGGGAAAUCUUUAUAUUCUGUAUAAAAACAAAAGCAAAUUUAUAUACUAAAAUCAUUUGUCUAAAAAUUUAAGUUGUUUUCAAAUAAAAAUUAAAAUGCAUUUCUGAUAUGCACUGAUUGUGUUGCCUCCAGCUUUUUUUGCUCUCUAUGAGUGACUACUUAAGUCACUUGUUGAGAGGGAUUAUUUACUAAUUAUAUACUUCUCAUUCCUGUAACUCCAUUCCCUUUAAACAGUGGUGAUAUCAAAUAUACUUCCAUCCAUUGAAUGGGGUAUUUUUAACAACAACAAAAGUGAUAUACUAAAAAAUGUAUUGCUUAAGGCUUAUUGAAUCAUUUUGAAGCACUUUGUGUAUUUGAAAACUGCUUUAUAAUCUCAUUUAUUAAAAGGACUUUCAAAGAUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-388.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -417.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 356.04
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((..(((((((.((((.(((((.(((((((.(.(((..((((.((.((....)).)).))))..))).).)))))))..))).)).)))))))))))..)).....(((((((((((.((((((((((((.(.((..((((((((........))))))......))..)).)))).)))).................(((....)))......))))))))))))...))))......((((....)))).)))))........(((((((.((((.((((((((.((((.((((((((((((((((((.(((((..(((((((((((((.((((....))))....)))))...)).)))).))..))))).....)))))......................(((((((((((((........((((.(((((((((((.....)))).)))..)).)).)))).((((((((((((....(((((.....((((.......))))....))))).....))))))))..))))....((((((((((.(((((((((((.............((((((.((((((..((((((....)))))).))..((((((.....(((((.((((((.......((((((..........))))))........(((((((..((((((((((.....))))).)))))..))))))).........................(((((((........)))))))...(((((.((........)).)))))....)))))).)))))......))))))((((((((....))))).))).))))))))))..))).)))))))).)))).))))))...(((((.(((((...((((((((.....((((((...........(((..(((....)))..)))....((((((.....)))))).(((((...))))).(((((((((.............))))))))).....(((((((...(((.(......).)))......)))))))......)))))).....))))))))....(((((((....((((((.((.((...........)).)).))))))...)))))))........)))))..)))))..........((((.....)))))).)))))))))))))))))))))((((((((((.....))))))))))(((((((....................)))))))........(((((((((.........(((((((................)).)))))))))))))).................((((((((((........))))))))))....))).)))).)))))))).))).((((..(((..(((................)))..)))..))))..).)))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{{{,((..(((((((.((((.(((((.(((((((.(.(((..((((.((.((....)).)).))))..))).).)))))))..))).)).)))))))))))..)),{{({{{({({{,(((.((.(.(((((((,,.{{..,,((((((........))))))......,}..}}.,))).)))).},)}}}}.....,,,,{(({,,,,|,.....||}||||||{{{{{.,|||||,{{..,{{(((((..........,))))))|,|||,..,}||},}}}})}|,.,,,|,,,{{{,{{((((((,(((.,(((({.,{{{{,{{|||||.||}.,}}})),},,}}}||||{,||},}|||||||{|||||||||||||,|..,,,,.|}}|||||,,,....(((((((((((((,.......((((.(((((((((((.....)))).)))..)),,).)))).{(((((((((((....(((((.....((((.......))))....))))).....))))))))..)))}....{(((({((((.(((((((((((.............((((((.((((((.,((((((....)))))}.||{{((((((.,...(((((.((((((.{.....((((((..........}))))}.,|....,{((({,,..((((((((((.....)))))}}})))..,}}}))}.........................(((((((........)))))))...(((((.((........)).)))))....)))))).)))))......))))))||{(((((....))))),}))}))))))))))..))).)))))))).)))).}))))),,.,||,...|,,,...{(((((((.....((((((.,..,,.,,..(((..(((....)))..)))..,.((((((.....)))))).(((((...))))).(((((((((.............))))))))).....(((((((...(((.,......,.)))......))))))),,,.}.)))))).....)))))))),...{((((((....((((((.{{.{(.,,.....,,,)).}}.})))))...))))))}........||||{...{((((.......))))}.,,,}}}}}))),})))))))))),}|,|||||,((((((((((.....)))))))))),|||||{||.,,...............,})))},,}}}}}},{{{(((((,.........|||||{|.,,},,,}}},...}}})}),,},}}|||||||,,,,,,,,..,,..,,.((((((((((........)))))))))).,{{{{{..,{{,...,)}}}}})).}}}}}}}}..||||||,.}}||||||,|,,,,..}}}},}))))}}.}}}},}}}}.....
Back