Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001301244.2
Sequence Length
1217 nt
GC Content
0.5292
GCUCGCACUCCCGCUCCUCCGCCCGACCGCGCGCUCGCCCCGCCGCUCCUGCUGCAGCCCCAGGGCCCCUCGCCGCCGCCACCAUGGACGCCAUCAAGAAGAAGAUGCAGAUGCUGAAGCUCGACAAGGAGAACGCCUUGGAUCGAGCUGAGCAGGCGGAGGCCGACAAGAAGGCGGCGGAAGACAGGAGCAAGCAGCUCGAGGAGGACAUCGCGGCCAAGGAGAAGUUGCUGCGGGUGUCGGAGGACGAGCGGGACCGGGUGCUGGAGGAGCUGCACAAGGCGGAGGACAGCCUCCUGGCCGCCGAAGAGGCCGCCGCCAAGGCUGAAGCCGACGUAGCUUCUCUGAACAGACGCAUCCAGCUGGUUGAGGAAGAGUUGGAUCGUGCCCAGGAGCGUCUGGCAACAGCUUUGCAGAAGCUGGAGGAAGCUGAGAAGGCAGCAGAUGAGAGUGAGAGAGGCAUGAAAGUCAUUGAGAGUCGAGCCCAAAAAGAUGAAGAAAAAAUGGAAAUUCAGGAGAUCCAACUGAAAGAGGCCAAGCACAUUGCUGAAGAUGCCGACCGCAAAUAUGAAGAGGUGGCCCGUAAGCUGGUCAUCAUUGAGAGCGACCUGGAACGUGCAGAGGAGCGGGCUGAGCUCUCAGAAGGCAAAUGUGCCGAGCUUGAAGAAGAAUUGAAAACUGUGACGAACAACUUGAAGUCACUGGAGGCUCAGGCUGAGAAGUACUCGCAGAAGGAAGACAGAUAUGAGGAAGAGAUCAAGGUCCUUUCCGACAAGCUGAAGGAGGCUGAGACUCGGGCUGAGUUUGCGGAGAGGUCAGUAACUAAAUUGGAGAAAAGCAUUGAUGACUUAGAAGACGAGCUGUACGCUCAGAAACUGAAGUACAAAGCCAUCAGCGAGGAGCUGGACCACGCUCUCAACGAUAUGACUUCCAUAUAAGUUUCUUUGCUUCACUUCUCCCAAGACUCCCUCGUCGAGCUGGAUGUCCCACCUCUCUGAGCUCUGCAUUUGUCUAUUCUCCAGCUGACCCUGGUUCUCUCUCUUAGCAUCCUGCCUUAGAGCCAGGCACACACUGUGCUUUCUAUUGUACAGAAGCUCUUCGUUUCAGUGUCAAAUAAACACUGUGUAAGCUAUUUCUGUUUGCUAUUCUUUUUACUUCUUAUUUAUUGACAUUUUAGUUUCAACAUUGAAUAAAACUACAAAGCUGCUUCACACAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-419.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -440.66
Frequency: 0.0000
Diversity: 326.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((...((((((((.(((..(((((.((.(((..((...((..((((((((((.(((....))).((((.((((((((..(.((...((.(((........)))))...((((..((((((((((((......)))))..))))))).))))(((....)))..)).)..))))))))....(..((((.....))))..))))).....)))))..)))))..)).)).))).))))))).))).)))))))).)))))((((((((((((((....((((((((....))))).((((........))))(((.....)))....)))...)))))))))))...(((((((.(((.(((((((.((......)).))))).))...)))))))))).(..(((((((...)))))))..)((((((((((.(.(((.((((((((((((((((((((((...(((.((((((((..(((((..................(((...(((((.........))))).....)))((((...)))).....(((.....)))..........(((((((........))))))).......((..((((.......))).)..)))))))..))))))))..)))...))))))((((((..................(((((............))))).(((.(((.(((..(((((.((....(((..(((((((((((....(((((.(((....))).)))))..((((((.(.(((((.((.(((((.((((((((((..((((((((((((......)))).....(((((..((.((((((((((..(((((((((..((((...)))).))))).......((((.....))))......))))(((......)))))))....))))))))..))))).))))))))..))))))........)))).)).))).))))))).).)))).)).))))))))....)))..)))....)).)))))..))).))).)))(((((.......)))))....((((((........)))))))))))).......((((((.......)))))).((((((.......))))))...)).)))))).)))))))).))).).))))))))))....................))).............
Thermodynamic Ensemble Prediction
((({({{{((((((((.(((..(((({{{(.(((..((...((.,((((((((((.(((....))).((((.((((((((..,.{{...(,{(((........))))}...((((..((((((((((((......)))))..))))))).))))(((....)))..}}.,..)))))))).......((((.....)))).}))))).....)))))..}))})..)).)).))).)}))))).))).)))))))}.,,}))}},(((((((((((....((((((((....))))).(((,{{{.....))),|||,....)))....)))...))))))))))),..(((((((.(((.(((((((.((......)).))))).))...)))))))))).,..(((((((,..|}}}))),.,((((((((((.{,(((.((((((((((((((((((({{,...|||.,(((((((..(((((.......,,.........{((...{(({(.....,,..||}||.,,{{{{|{((,...|||}......(((.,((.|...........))))))|,},.,,}})))),)).,}.,,.((..((((.......))).)..)))))))..)))))))|,,|||...{|||||,,((((.,{{..............(((((............))))).(((.(((.(((..(((((.({....(((..(((((((((((.,({((,(({({(,..,|||{|||||{.{{((((.{.,{(({,({.{{{||,|{||{||||||}|||||||{|,,,......,}||{{{{{(((((..((.((((({{,,(,.({(((((((..((((...)))).))))}..}},.||{{{,.,,,||}}......))))}}....,,,||.,}}}},,,))))))))..))))).,,)))))),,,||))}|,,|.,.|})}||}}.}}).}})))))}).))))},,,))))))))....)))..)))....)).)))))..))).))).))),|,|}..}))).,))))},..((((((........))))))||}}}},,,....((((((.......)))))).((((((.......))))))...))))))))),,))))))).}}}.,.}}}))))})).....,,.......,,.,,,}))}},,.........
Back