Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001301738.2

Sequence Length

1983 nt

GC Content

0.5693

GUUCAUUUUUCACUCCUCCCUCCUAGGUCACACUUUUCAGAAAAAGAAUCUGCAUCCUGGAAACCAGAAGAAAAAUAUGAGACGGGGAAUCAUCGUGUGAUGUGUGUGCUGCCUUUGGCUGAGUGUGUGGAGUCCUGCUCAGGUGUUAGGUACAGUGUGUUUGAUCGUGGUGGCUUGAGGGGAACCCGCUGUUCAGAGCUGUGACUGCGGCUGCACUCAGAGAAGCUGCCCUUGGCUGCUCGUAGCGCCGGGCCUUCUCUCCUCGUCAUCAUCCAGAGCAGCCAGUGUCCGGGAGGCAGAAGAUGCCCCACUCCAGCCUGCAUCCAUCCAUCCCGUGUCCCAGGGGUCACGGGGCCCAGAAGGCAGCCUUGGUUCUGCUGAGUGCCUGCCUGGUGACCCUUUGGGGGCUAGGAGAGCCACCAGAGCACACUCUCCGGUACCUGGUGCUCCACCUAGCCUCCCUGCAGCUGGGACUGCUGUUAAACGGGGUCUGCAGCCUGGCUGAGGAGCUGCGCCACAUCCACUCCAGGUACCGGGGCAGCUACUGGAGGACUGUGCGGGCCUGCCUGGGCUGCCCCCUCCGCCGUGGGGCCCUGUUGCUGCUGUCCAUCUAUUUCUACUACUCCCUCCCAAAUGCGGUCGGCCCGCCCUUCACUUGGAUGCUUGCCCUCCUGGGCCUCUCGCAGGCACUGAACAUCCUCCUGGGCCUCAAGGGCCUGGCCCCAGCUGAGAUCUCUGCAGUGUGUGAAAAAGGGAAUUUCAACGUGGCCCAUGGGCUGGCAUGGUCAUAUUACAUCGGAUAUCUGCGGCUGAUCCUGCCAGAGCUCCAGGCCCGGAUUCGAACUUACAAUCAGCAUUACAACAACCUGCUACGGGGUGCAGUGAGCCAGCGGCUGUAUAUUCUCCUCCCAUUGGACUGUGGGGUGCCUGAUAACCUGAGUAUGGCUGACCCCAACAUUCGCUUCCUGGAUAAACUGCCCCAGCAGACCGGUGACCAUGCUGGCAUCAAGGAUCGGGUUUACAGCAACAGCAUCUAUGAGCUUCUGGAGAACGGGCAGCGGAACCUGCAGAUGACAGCAGCUUCUCGCUGUCCCAGGAGGUUCUCCGGCACCUGCGGCAGGAGGAAAAGGAAGAGGUUACUGUGGGCAGCUUGAAGACCUCAGCGGUGCCCAGUACCUCCACGAUGUCCCAAGAGCCUGAGCUCCUCAUCAGUGGAAUGGAAAAGCCCCUCCCUCUCCGCACGGAUUUCUCUUGAGACCCAGGGUCACCAGGCCAGAGCCUCCAGUGGUCUCCAAGCCUCUGGACUGGGGGCUCUCUUCAGUGGCUGAAUGUCCAGCAGAGCUAUUUCCUUCCACAGGGGGCCUUGCAGGGAAGGGUCCAGGACUUGACAUCUUAAGAUGCGUCUUGUCCCCUUGGGCCAGUCAUUUCCCCUCUCUGAGCCUCGGUGUCUUCAACCUGUGAAAUGGGAUCAUAAUCACUGCCUUACCUCCCUCACGGUUGUUGUGAGGACUGAGUGUGUGGAAGUUUUUCAUAAACUUUGGAUGCUAGUGUACUUAGGGGGUGUGCCAGGUGUCUUUCAUGGGGCCUUCCAGACCCACUCCCCACCCUUCUCCCCUUCCUUUGCCCGGGGACGCCGAACUCUCUCAAUGGUAUCAACAGGCUCCUUCGCCCUCUGGCUCCUGGUCAUGUUCCAUUAUUGGGGAGCCCCAGCAGAAGAAUGGAGAGGAGGAGGAGGCUGAGUUUGGGGUAUUGAAUCCCCCGGCUCCCACCCUGCAGCAUCAAGGUUGCUAUGGACUCUCCUGCCGGGCAACUCUUGCGUAAUCAUGACUAUCUCUAGGAUUCUGGCACCACUUCCUUCCCUGGCCCCUUAAGCCUAGCUGUGUAUCGGCACCCCCACCCCACUAGAGUACUCCCUCUCACUUGCGGUUUCCUUAUACUCCACCCCUUUCUCAACGGUCCUUUUUUAAAGCACAUCUCAGAUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-749.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -785.86

Frequency: 0.0000

Diversity: 477.90

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

....(((((((..((.....(((.(((...((..(((........)))..))...)))))).....)).))))))).(((((.((((.......(((.((.(((((....(((....((.(((((.(.(((((...((((.((((...(((...(.(((((.((((((((((((((((((((...((((.((.((......)))).))))........(((((((..((((..(((.(((...)))))))))))))))))....((((..(((((((((((...(((.(((((.((.....(((((((((..((((((((((((((...(((((((.((.((((((.((((((((.((((((((..((((((((((((((.......(((((((((((((..((((((((((.((((.(((((.(.((........)).))))))))))..)))))))..(((.((((((((.((((...............)))))))))))))))((((((.((....((......))....)).))))))...(((((((((((((((.......(((((..((((((((((((((((((((((((((((((.((...(((((...............))))).)).))))..((((.((.((((.(((((.((((....)))).....((((((((((.........((((((((...(((((((((..((((((((((.((((..((((((((((.......)))))..((((((.(((......)))))))))..))))))))).)))).)))))).....))))).)))).))))))))..............................(((((...(((.(((((...((((.(((.........(((.......))).(((((((((((..((.......))..)))..))))).)))...)))..))))....)))))))))))))..))))).)).))).)))))))))))..))))....))))))))...............((((((((((((((((((.((((........)))).))).))))))))......)))))))))).)))))))).)))))..........(((.(((..(((((.(((((.....)))).).)))))))))))(((((((((......((((....))))..)))).)))))..))...))))).......)))))))))..)))))).....)))))))))))))))).(((((((((((.....((((......))))))))))))))).(((((...)))))....)))))))))))...........)))..))))....((((((((((((((((..((((((....)))..)))..))))...)))))).....))))))...)))).))))).))).))....)))).)).)))))))...........((.(((((((((((((.....)))))))...))).))).))((((((.....)))))))))))))...........(((((((((..((((.((......)).))))..))....)))))))(..(((((((((.(((.(((((..((((........(((((.(((((((...((((((((.....(((....)))....)))).))))..)))))))))))))))).))))).))).)).)))))))..))))))).)..)))))))))....)))))))....))).)))).((..((((((((((.(((.(......)))))))))).)))).)).............))).))))..)))).......((......)))))))))))))..)))))).)))))))))...))).)))).)))))))))..).)))))))))).....)))))))))))))).)))))...((.((((...)))).))...........

Thermodynamic Ensemble Prediction

....{{{{{({..,,.....{{{.{{(...,,,,{({,.,,,,,,},,,,}}...}||||,..,,}),.}}}}}}}.{((((.((((.....,.{{{,{|,({(((.,..(((...,{|.(((((.(.(((({..,((((.((((...(((...(.((({{{(({((((({(((((((((((...,,(({({{{..||,,{{|||.||||,,,,....(((((((..((((..(((.(((...)))))))))))))))))....|||,...,,,.}})}|||{,(,(,(((((,((.{...(((((((((,,((((((((((((({...{((((((.{(.((((((.((((((((.((((((({{{(({(((((((((((.......(((((((((((({..((((((((((.((({{(((((.(.((.......,)).))))))))))..))))))),,|((.((((((((.((((.,...........,.))))))))))))}))((((((.((....((......))....)).)))))).{,(((((((((((((((.......(((((.,({(((((((((((((((({(((((((({{(.,,.................,...,.....}.)).,)),..((((.({.((({{(((((.((((....)))).....((((((((((.......,,({((((((...(((((((((..((((((((((.((((..((((((((({.......})))}..(((({{{(((......)))))))))..})))})))).)))).)))))).....))))).)))).)))))))),...,,.........,.,............(((((...(((.(((((...((((.(((.........{((.......))).{((((((((((..{(.......})..)))..)))))},))...)))..))))....)))))))))))))..))))).)).))).)))))))))))..))))...))))))))),......,.,.....((((((((((((((((((.((((........)))).))).))))))))......)))))))))).)))))))).)))))........,{((,,{{{.{(((((.(((((.....)))).).)))))))))))||(((((((......((((....))))..)))).)))}}..}}...}))))...,...)))))))))..}))))).,,,.}))))))))))))))).((((((((((({,,..,{{{.,,,..}}})))))))))))).{((((...))))}.,..)))))))))))...{{{.....}))}|}}|}},..((((((((((((((((..((((((....))),.)))..))))...)))))).....})))))...}))).)))))}})).)}....)))).)}.))))))}.......,,..((.(({{({(((((((,...,)))))))...))).))),)}((((((.....)))))))))))))..,.,......({((((.((..((((.((......)).))))..)).)))).)},,||..(((((((({,(((.(((((..((((........((({({(((((({...{(((((({,....(((....)))....)))).)))}..)))})))))))))))).))))).))).)),))))))),)))))))),)..)))))))))...,)))|||||...,,,.,,||{((..,,,{|||||,.,||.,......)))}))||}}.,}))},,......,......,}}.)))).})))).......||.....,)))))))))))))..})}|}).}))))))),...))).)))).)))))))}),,,.)))))))))}..,,.)))))))}}))))).)))))..,||.{{{,...,})).}},,....,,...