Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001302504.1

Sequence Length

1390 nt

GC Content

0.4129

AAGCCCCUGGCUGUUUAUACUCCGGAGGGUGUCCCCGUGCGUCAUCGGUGGAGUGGACCAAAACUGGUGAUCUGUUUGCCCUGUGUGACCUUGCCCAGAACCCUGCUGACUGAGAGAACACAUCUGCUGGAAGUCCUCUGGGAUUCAAGGUACAGGGAAUGAAGAGUAGUUUUACAGAAAAAAGAGGACAAUAUUGGGAUCACCUUUGACCUUUCCAUUUGGAAAUAAUAUUUUCUAUUGUGUUAUAGAAAGGUGGGAAGCUUUCAUCCAGAACAAUGAAUUUCAUAAAGGACAAUAGCCGAGCCCUUAUUCAAAGAAUGGGAAUGACUGUUAUAAAGCAAAUCACAGAUGACCUAUUUGUAUGGAAUGUUCUGAAUCGCGAAGAAGUAAACAUCAUUUGCUGCGAGAAGGUGGAGCAGGAUGCUGCUAGAGGGAUCAUUCACAUGAUUUUGAAAAAGGGUUCAGAGUCCUGUAACCUCUUUCUUAAAUCCCUUAAGGAGUGGAACUAUCCUCUAUUUCAGGACUUGAAUGGACAAAGUGGUCUGACUGACAGCUUGGGUAACUUGAAGAACCUUACAAAGCUCAUAAUGGAUAACAUAAAGAUGAAUGAAGAAGAUGCUAUAAAACUAGCUGAAGGCCUGAAAAACCUGAAGAAGAUGUGUUUAUUUCAUUUGACCCACUUGUCUGACAUUGGAGAGGGAAUGGAUUACAUAGUCAAGUCUCUGUCAAGUGAACCCUGUGACCUUGAAGAAAUUCAAUUAGUCUCCUGCUGCUUGUCUGCAAAUGCAGUGAAAAUCCUAGCUCAGAAUCUUCACAAUUUGGUCAAACUGAGCAUUCUUGAUUUAUCAGAAAAUUACCUGGAAAAAGAUGGAAAUGAAGCUCUUCAUGAACUGAUCGACAGGAUGAACGUGCUAGAACAGCUCACCGCACUGAUGCUGCCCUGGGGCUGUGACGUGCAAGGCAGCCUGAGCAGCCUGUUGAAACAUUUGGAGGAGGUCCCACAACUCGUCAAGCUUGGGUUGAAAAACUGGAGACUCACAGAUACAGAGAUUAGAAUUUUAGGUGCAUUUUUUGGAAAGAACCCUCUGAAAAACUUCCAGCAGUUGAAUUUGGCGGGAAAUCGUGUGAGCAGUGAUGGAUGGCUUGCCUUCAUGGGUGUAUUUGAGAAUCUUAAGCAAUUAGUGUUUUUUGACUUUAGUACUAAAGAAUUUCUACCUGAUCCAGCAUUAGUCAGAAAACUUAGCCAAGUGUUAUCCAAGUUAACUUUUCUGCAAGAAGCUAGGCUUGUUGGGUGGCAAUUUGAUGAUGAUGAUCUCAGUGUUAUUACAGGUGCUUUUAAACUAGUAACUGCUUAAAUAAAGUGUACUCGAAGCCAGUAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-361.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -388.13

Frequency: 0.0000

Diversity: 497.05

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

......((((((...((((((.(((.((....)))))...(((((((((((......))...))))))))).......((((((...((((((((((((((((.((.((.((........)))).)).))..))..))))))...))))))))))))......(((((((..(((((....(((((.(((((((((((((((..(((.((((((((((.((((((......))))))..))).....))))))).))).(((....(((......((((...))))...)))....))).((((((((.(((((((.(((.((((((((.((....((((..((.....(.((((.((((((..(((((((((.........))))........)))))..)))))).)))).).....))))))....)).)).)))))).)))..))))))).)))))))).((((((((.......((((((((.....)))))))).(((....))).......))))))))...(((.(.((((..(((((((((.(((((((((..........))))....)))))....(((.....)))...(((((((.(((((...((((......))))...(((.........))).................(((((((((((((..(((...))).)))..(((((...((((....))))...)))))))))))))))......(((.(((((....)))))...)))(((((((((......)))...)))).))........((((((.....(((.....))).....)))))).))))).)))))))..........(((((...((.(((((((.(((((.(((((..((((.((.(((.(((...(.(((((((.(((((((......))).))))..((.(((((((..........))))))).))((((.(((((((...((((((((.((((((((((((((.......)))))))......))).))))........((((((..................))))))........))))))))....)).)))))))))..))))))).)..))).))))).)))).))))).)))))((((....))))(((((.(((......(((((.....))))).....))).)))))......))))))).))..)))))..)))))))))..)))).))))..((((((((((.....(((((((...)))))..)).....))))))))))............))))))))))))).......)).)))))...)).))))))))))......)))))).....))))))..............

Thermodynamic Ensemble Prediction

..,,,,(({((({,,((((({.((({(({,..|||||...{{{{{|||{||,,,,.,|||..||||}|}}|{{,{,,.((((((...((((((((((((,{{(.((.{{.{(........}})),}).)).,))..))))))...))))))))))))..,,,.(((({(({,{{(,,....{{(((,{{{{{{{{(((((({,{{{{,{{((((((({.{|||{{.....,||||||..}}}..},.)))))))|||},|{{,{{{(({,,,...{(({,,,||,,.,{((.{..,,|,.((((((((.(((((((.(((.((((((((.((....{(({.,{(.,.,.{.((((.((((((..(((((,{{{,..,,,{...,,,|,......)))))..)))))}.)))).,,{|,,}}},))}}}.)).)).)))))).)))..))))))).)))))))).((((((((...,,.,{{((((((.....)))))))|.||{....,,}.,,.,,.))))))))...,(({(,(((({{(({,,,{{{.{((((((((..........}}}),.,.))))),...(((.....)))...,,,(((({(((,(,{{(({{......|,}|(..(((.........}}}..}}....,}}}))).}|||||||||||||}}|||}}..||{|,|{.(((((...((({....})))...))))),)),)))),...}}}}|,|,||{{{,,,,))))}...|||(((((((((......)))...)))).)}........((((((.....{({.....})).....)))))).|||||.}|||,||{{........|||||..,||,{||||{{,{{{{{,|||||.,,{{{.(({((({(,{,..{.{{(({(,.((((({{...,..}}}.}|||,.||,|((((((..........))))))).,)))})}}||}}}....||||||}|}|||||||{{{|||{,,...,,|}||||}...,}})})}),)),.}}},,}|}}|||}},,..}})}.})),},|{{{{{{{,....,,}}))))},....||||,||||,},..,)))))}}),.,}}})))))})))).),)),.))))}{{((,,..||||{{{{({{{{..,{{{{(({{,{{{,||||,...}}},,,||||||...|||||,|||{||{{||}||{.|||||||||{{|}||,||,,.,,{{{{{{{{,}}}}},||||||}..,,,,)}}}))}}.}))))))))})}}}||{,||{,.}}))))))}})))..,,,.,)),))}}}..,}},)))}}))))),.....)))))),,},,)))))}..............