Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001302670.1
Sequence Length
1189 nt
GC Content
0.5576
AACCGAAGGGGCGAGGCGGGUCCGGGGGUGGUGCGCUCCAAUUGGGUGCUGUCCCCAGGGGGUGGGGCCUGAUCCCCUAUUUCCCGGCGCGCCGGGAUCCUGCCACAGCUGCUGCCCACACCGCGCUCAGCGCCUUCACUGCCAUCCCCGCUGUCCUUGCCGCCCCCGCCAUGGGCCUAGAGCUGUUUCUUGACCUGGUGUCCCAGCCCAGCCGCGCCGUCUACAUCUUCGCCAAGAAGAAUGGCAUCCCCUUAGAGCUGCGCACCGUGGAUUUGGUCAAAGGGCAGCACAAGAGCAAGGAGUUCUUGCAGAUCAACAGCCUGGGGAAACUGCCGACGCUCAAGGAUGGUGAUUUCAUCUUGACCGAAAGCUCGGCCAUCCUGAUUUACCUGAGCUGUAAGUACCAGACGCCGGACCACUGGUAUCCAUCUGACCUGCAGGCUCGUGCCCGUGUUCAUGAGUACCUGGGCUGGCAUGCCGACUGCAUCCGUGGCACCUUUGGUAUACCCCUGUGGGUCCAGGUGUUGGGGCCACUCAUUGGGGUCCAGGUGCCCAAGGAGAAGGUGGAACGCAACAGGACUGCCAUGGACCAGGCCCUGCAAUGGCUGGAGGACAAGUUCCUGGGGGACAGGCCCUUCCUCGCUGGCCAGCAGCCGGUGGCUCUCGGCUAUGAACUGUUUGAGGGACGGCCACGACUGGCAGCAUGGCGUGGACGAGUGGAGGCUUUCCUGGGUGCUGAGCUAUGCCAGGAGGCCCACAGCAUCAUCUUGAGCAUCCUGGAACAGGCGGCCAAGAAAACCCUCCCAACACCCUCACCAGAGGCCUAUCAGGCUAUGCUGCUUCGAAUCGCCAGGAUCCCCUGAAGGGUCUGGGAUGGGGGCCAGGAGAUUAGCAACAAGGAUUCAUUCUGUUACUUACUUGCCCCUUUUUAUCUUUCCCUCUUGCCCCAGUCCCUUCUCUCCAGCUUCAUGUGAAGCUCUGCACAGACAAGACACUCAGUGUCCUUGGCAGUGCUGCUACUCCUCAGGUGCAGCAUACAUAACCAGUAAGAGACUAAAUCUGCAAUAUAUAAAGAGCUCCUACAAAUCAGUAACAUGAAGAACACUCAAAAAUUGGCAAAUGUCAUCAGUGUUUUAAACAGAAUAAAGAUUCCAAACACUUUGAAUAGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-430.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -452.68
Frequency: 0.0000
Diversity: 382.79
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((.((((((((((...((((((((((((((((.....))))))...((....))(((((((((((..........((((((....))))))........))).....)))).))))((((...)))).......))))))))))))).)))))))((((.......)))).....(((((((.((((((....(((((.((.(((((..(((((.....(((((.....)))))))))).........).)))).))...).))))..)))))).))))))).........((((((((((((((((.........(((((..(((.(((.(((((((((((((..((((.........)))).....))))))))........))))).....(((((((...........)))))))((.((((.((((((((.....(((.(.(((((((.(((((((.....((...((.(((...(((..(((((((..((...(((((.((((.((((.....)))).)))).....))))))))))))))...)))...)))))...))..))))..))))))))))).)))))))))..)).))))))....(((((...))))).((((.(((((((((((((((.((((...)))))).))))).).......))))))).)))).(((..(((((((((((.((.....(.(((((.((((.(((.((((........((((((.((.((.((......)))).)).))))))....)))).))).))))..)))))).....((((....)))).....)).))))))))))))))..))).)))..))))).((((((.(((((..(((((..(((.((..((...((((..................))))...))..)).)))..)))))....))))).))))))((((.((((((....))))))((((.(((....(((((...))))).)))))))((((((.(((.....)))))))))(((.......))).))))....)))))))........))))))))).....(((......)))((((((((.......((((....))))..)))))))).....((((....))))......)))))..........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((((((({,((((((...((((((((,,,||,}}....((.(((((...((((((((.((((((((.((((((,..((((((....)))))),{,.{,,,,,({{,..{{|,.....||||.,,))||,......||||||||,||||{||||||,((({...,..,)))}.,.{.{((({{{.{{{{{({(({({.|{{{{,{{{,.,.(((((.....(((((.....)))))))))).....,...}.}))).))|}}).,,....)))}}).))))))).{,{|{{{.,,,,|||||||{{{,{..,{{{{.,|({||...,(({{(,(((({(((((((,,...|}}}},},..,},.},,))))),,}}}}......,,}}}))})}..|{|,{{({.{{{{{....))))),|...}}}}...((((((,....(((.(.(((((((,((,((((.,,..{{...((.,((...(((..((((((,.,((...(((((.((((,((({,....}})),)))).,,..))))))))))))))...)))...)))))...))..)))),,}}})))))))).))))))))}.})))|))|({{.....}}}})))))))))))))).)))).)))).))))).))(({.(((((((((........)}}}))))).},))).(((..(((((((((((.(({....{,(((((.((((.(((.((((........((((((.((.{{.{{......}})).)).))))))..,.)))).))).))))..))))),.....((((....))))....,)).)))))))))))))).{{|.{{{|{{{{{,..,.,|||}}}|||}}((((((.(((.{,.{(({(,,.,({{....,))))))}}),.))}))))))..........)))}))))))}).)}))))))((({.{{((((.,,,}}}|||(({{.{{{.,,,(((((...))))),)))))}|((((((.{((.....)))))))))}.........{{{.{{,.,,...}}}}}.........})))))),}||...{{{......)))|{((((((.......((((....))))..))))))}}.....{{{{....}))}.||,..,})))....)))}..................
Back