Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001303233.2

Sequence Length

1591 nt

GC Content

0.5192

AGACUGCAUCCCGACAUUGGUUUACAUUUCUCUUGACUGAGAAUGGUGCCACGUGUGGUCUGUAAGUAGCAUCUCUGAGGGUCCCCAAGGAACAUGGCUGGGAGCCGUGAGGUGGUGGCCAUGGACUGCGAGAUGGUGGGGCUGGGGCCCCACCGGGAGAGUGGCCUGGCUCGUUGCAGCCUCGUGAACGUCCACGGUGCUGUGCUGUACGACAAGUUCAUCCGGCCUGAGGGAGAGAUCACCGAUUACAGAACCCGGGUCAGCGGGGUCACCCCUCAGCACAUGGUGGGGGCCACACCAUUUGCCGUGGCCAGGCUAGAGAUCCUGCAGCUCCUGAAAGGCAAGCUGGUGGUGGGUCAUGACCUGAAGCACGACUUCCAGGCACUGAAAGAGGACAUGAGCGGCUACACAAUCUACGACACGUCCACUGACAGGCUGUUGUGGCGUGAGGCCAAGCUGGACCACUGCAGGCGUGUCUCCCUGCGGGUGCUGAGUGAGCGCCUCCUACACAAGAGCAUCCAGAACAGCCUGCUUGGACACAGCUCGGUGGAAGAUGCGAGGGCAACGAUGGAGCUCUAUCAAAUCUCCCAGAGAAUCCGAGCCCGCCGAGGGCUGCCCCGCCUGGCUGUGUCAGACUGAAGCCCCAUCCAGCCCGUUCCGCAGGGACUAGAGGCUUUCGGCUUUUUGGGACAGCAACUACCUUGCUUUUGGAAAAUACAUUUUUAAUAGUAAAGUGGCUCUAUAUUUUCUCUACGCCAUCACUGGGUCCUCUUCUUAUUCUUCUCUCCAAGCUGGGUUAACAGUAGACAGGACCCAUUUCUGUGUGAUGUUAGGAGGGAAUGAAGUCUUAUGCUGGGGAGGUGGGCAAGUAUCAAUUUCCUUAAUAUCUUGAAUCCUGUGGGUCCAAAAUGUGGCUUGGAAAUCUAAGUAGCAUGUGGCUUAAUUACUAAUCCCACCCUUUGCUGUUGCAUCCCAGCCCUAUUCCUGGUGCAUUUAUGCCCAGAGAGGUGGCAUUAUUUCCUGGGGUGGCAUUCAGCUCCUCUUGAGUUGGUGCCACAGCAUUUGUGGGCUUUGAAGCAAAGGUACAGGAAAUGUCAAGGGUGCCACCCCGGCAACCUUGAGCAAGUCACCCCUCCUAUUUGUAAAAUGAGGAAGGAAAGGUAACAAACUGUGGAGUCAGAGAGAAGUAGGUUGGAAUCCUCUUUGUCAUUUAGUAGCUGUUUGACCUAAGGUGGUUUACUGAACUUCUCAGUUUCUCCAUCUGUAAAAUGAGAAUUCUAGCAACUCGUAGGGUAUUUGUGAGAUGUUGCAGGCAAAGCCCCCAGCACCAUGCCUGUCCUAGCUUAAGCACCCACCAGGUGUCGAUAAGUAAUUGUUCUUCCCUGGACUGCCUGCACAUCUAGGGCACCCCAGGAAGAGUCACCGCACUCUGUUUCGGGGCUCGGCUCUCUGAGGGGAGGGCAUCCUGUAUGGGGAGGAGGGUCUGGACCAGAGCUGUCCCUGAUCGCUAGAAUCAACGGCAGAAUUCUUGUUAUUUUAAUAAUAAUUAAUAAUUUAGUGCUUCCACUAAAUAAAAAUCAUUGGAAUGGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-583.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -612.35

Frequency: 0.0000

Diversity: 323.04

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..((((((..((.((((((((..((..(((((......)))))..)))))).))))))..))).)))(.(((.(((((.((((((...(((((..((((((..(((....)))((.((((((((((((((((((((((((((....))))))))((((...((((((((((((..(((((.(((((......))))).)))))((((...((.....))...)))).((((((.(.((((.(((...((.........))...))))))).)))))))(((.((((((.......)))))).))))).))))))))))....)))).((((((((...)))..)))))(((((.(.(((((.(((((((.....))))(((...)))....))).))))).).)))))...)))).)).)).))))).)).(((((((((.(((.(((.(((((...))).)).(((((((.(.....))))))))(((((.....)))))(((........))))))))).)))))))))....(((((((((.(((((....(((....)))..(((((....)))))...((((...)))).....(((((.....)))))...))))).)))))))))........)))))..)))))).)))))...))))))(((((((...)))))))((((((((((.((((.(((((.(((((((.....))))))).))))).))))..((.((((((((((....((((((((((((((..(((...............((((......))))))).)))))))).......))))))...)))))))))).)).....((((((((.((((((..((((...........................((((.(((..((((.((((((....)))))).)))).)))))))..))))...))))))(((((((((.(((((((((((((((((((((.(((....))))))).))((((((..(((((((((..(((((((.((((((.....)))))))))))))...........(((((......))))).)))))))))((((((.((((.....)))).))))))....))))))((((((..((....))..))).)))..((........))((((((..(..(((((((.(((..(((((.((((.((((..(((...)))..))))..)))).))))))))..)))))))..)..)))))).........(((...........))))))))))...)).).))))).))).)))))).))))))))...)).))))))))(((((.(((((.....)))))...)))))...(((((((((.(((..(((((.........)))))..)))))))))).)).....(((((..((.((((((..((((((.(.((((.....)))).)..))))))..)))))).)).)))))(((((..(((((....).))))..))))).....(((((((....)))))))......((((((((....))))))))........)))))))).).

Thermodynamic Ensemble Prediction

..{(((((..((,{(((((((..{(,.(((((......))))),,}})))).))))))..))},,}|,.(({{((({{.((((((...(((((..((((((|.{{{....)||((.((({{(((((((((((((((((((((....))))))))((((...((((((((((((..(((((.{((((......))))).))))){{({...||...,,}}.,.}))),((((((.(.((((.(((...,{.{....}..}}...))))))).)))))))|((.((((((.......)))))).))))).))))))))))....)))).((((((((...)))..)))))(((((.(.(((((.((({{{{.....}}}}{||,..}}}....))).))))).).)))))...)))).)).)).))))).}}.(((((((((.(((.(((,((((,.,,|}}.}}.(((((((.{.....}))))))){{{{{..,,.})}))|||........,,})}}))).)))))))))....(((((((((.(((((..,.(((....))).,(((((....)))))...((((...)))).....(((((.....)))))...))))).))))))))).,......))))).|)))))).)))))...)))))),|||||{...))))}},((((((((((.((((.(((((.(((((((.....))))))).))))).))))..{{.((((((((((..{.((((((((((((((..(({.{{{.,,..(,{,....,)))..,,.)))))).)))))))).......))))))}..)))))))))).)).....((((((((.((((((,,((((,,,,........,.,.,}}),......{(((,(((..((((.((((((....)))))).)))).))))))}..}}}}...))))))(((((((((.((((({(((((((((((((((.(({....})))))).}}((((((..{((((((((,.((((((,,((((((.....))))))))))))).,{.,,,.|,,|{{{{,..,}}))}}}.)))))))}|((((((.((((.....)))).)))))).,..))))))((((((..((....))..)))},))...|,,..,..,|,((((((..{..(((((((.(((..(((((,((((.((((..(((...)))..))))..)))).))))))))..)))))))..)..)))))),,,,.....{{{...........))})))))))...}},).))))).)))}}))))).))))))))...))}})))))))(((((.(((((.....)))))...)))))...,{{((((((((((..(((((.........)))))..)))))))))),)),,,,.(((((..((.((((((..((((((,(.((((.....)))).).,))))))..)))))).)).)))))(((((..(((((....),})))..)))))..,..{((((({....}}))})),,....((((((((....))))))))......,.}}))}})),),