Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001303238.2

Sequence Length

2850 nt

GC Content

0.5968

AGACGUGACCCAGGGCAGACUGGUAGCAAAGCCCCCACGCCCAGCCAGGAGCACCGCCGAGGACUCCAGCACACCGAGGGACAUGCUGGGCCUGCGCCCCCCACUGCUCGCCCUGGUGGGGCUGCUCUCCCUCGGGUGCGGGCGGCCCAGAGCACCCACUCACCAGCCGGCCUCGUCCCUCAGUCCUCUCUCAGGAGUGCACGAAGUUCAAGGUCAGCAGCUGCCGGGAAUGCAUCGAGUCGGGGCCCGGCUGCACCUGGUGCCAGAAGCUGAACUUCACAGGGCCGGGGGAUCCUGACUCCAUUCGCUGCGACACCCGGCCACAGCUGCUCAUGAGGGGCUGUGCGGCUGACGACAUCAUGGACCCCACAAGCCUCGCUGAAACCCAGGAAGACCACAAUGGGGGCCAGAAGCAGCUGUCCCCACAAAAAGUGACGCUUUACCUGCGACCAGGCCAGGCAGCAGCGUUCAACGUGACCUUCCGGCGGGCCAAGGGCUACCCCAUCGACCUGUACUAUCUGAUGGACCUCUCCUACUCCAUGCUUGAUGACCUCAGGAAUGUCAAGAAGCUAGGUGGCGACCUGCUCCGGGCCCUCAACGAGAUCACCGAGUCCGGCCGCAUUGGCUUCGGGUCCUUCGUGGACAAGACCGUGCUGCCGUUCGUGAACACGCACCCUGAUAAGCUGCGAAACCCAUGCCCCAACAAGGAGAAAGAGUGCCAGCCCCCGUUUGCCUUCAGGCACGUGCUGAAGCUGACCAACAACUCCAACCAGUUUCAGACCGAGGUCGGGAAGCAGCUGAUUUCCGGAAACCUGGAUGCACCCGAGGGUGGGCUGGACGCCAUGAUGCAGGUCGCCGCCUGCCCGGAGGAAAUCGGCUGGCGCAACGUCACGCGGCUGCUGGUGUUUGCCACUGAUGACGGCUUCCAUUUCGCGGGCGACGGGAAGCUGGGCGCCAUCCUGACCCCCAACGACGGCCGCUGUCACCUGGAGGACAACUUGUACAAGAGGAGCAACGAAUUCGACUACCCAUCGGUGGGCCAGCUGGCGCACAAGCUGGCUGAAAACAACAUCCAGCCCAUCUUCGCGGUGACCAGUAGGAUGGUGAAGACCUACGAGAAACUCACCGAGAUCAUCCCCAAGUCAGCCGUGGGGGAGCUGUCUGAGGACUCCAGCAAUGUGGUCCAUCUCAUUAAGAAUGCUUACAAUAAACUCUCCUCCAGGGUCUUCCUGGAUCACAACGCCCUCCCCGACACCCUGAAAGUCACCUACGACUCCUUCUGCAGCAAUGGAGUGACGCACAGGAACCAGCCCAGAGGUGACUGUGAUGGCGUGCAGAUCAAUGUCCCGAUCACCUUCCAGGUGAAGGUCACGGCCACAGAGUGCAUCCAGGAGCAGUCGUUUGUCAUCCGGGCGCUGGGCUUCACGGACAUAGUGACCGUGCAGGUUCUUCCCCAGUGUGAGUGCCGGUGCCGGGACCAGAGCAGAGACCGCAGCCUCUGCCAUGGCAAGGGCUUCUUGGAGUGCGGCAUCUGCAGGUGUGACACUGGCUACAUUGGGAAAAACUGUGAGUGCCAGACACAGGGCCGGAGCAGCCAGGAGCUGGAAGGAAGCUGCCGGAAGGACAACAACUCCAUCAUCUGCUCAGGGCUGGGGGACUGUGUCUGCGGGCAGUGCCUGUGCCACACCAGCGACGUCCCCGGCAAGCUGAUAUACGGGCAGUACUGCGAGUGUGACACCAUCAACUGUGAGCGCUACAACGGCCAGGUCUGCGGCGGCCCGGGGAGGGGGCUCUGCUUCUGCGGGAAGUGCCGCUGCCACCCGGGCUUUGAGGGCUCAGCGUGCCAGUGCGAGAGGACCACUGAGGGCUGCCUGAACCCGCGGCGUGUUGAGUGUAGUGGUCGUGGCCGGUGCCGCUGCAACGUAUGCGAGUGCCAUUCAGGCUACCAGCUGCCUCUGUGCCAGGAGUGCCCCGGCUGCCCCUCACCCUGUGGCAAGUACAUCUCCUGCGCCGAGUGCCUGAAGUUCGAAAAGGGCCCCUUUGGGAAGAACUGCAGCGCGGCGUGUCCGGGCCUGCAGCUGUCGAACAACCCCGUGAAGGGCAGGACCUGCAAGGAGAGGGACUCAGAGGGCUGCUGGGUGGCCUACACGCUGGAGCAGCAGGACGGGAUGGACCGCUACCUCAUCUAUGUGGAUGAGAGCCGAGAGUGUGUGGCAGGCCCCAACAUCGCCGCCAUCGUCGGGGGCACCGUGGCAGGCAUCGUGCUGAUCGGCAUUCUCCUGCUGGUCAUCUGGAAGGCUCUGAUCCACCUGAGCGACCUCCGGGAGUACAGGCGCUUUGAGAAGGAGAAGCUCAAGUCCCAGUGGAACAAUGAUAAUCCCCUUUUCAAGAGCGCCACCACGACGGUCAUGAACCCCAAGUUUGCUGAGAGUUAGGAGCACUUGGUGAAGACAAGGCCGUCAGGACCCACCAUGUCUGCCCCAUCACGCGGCCGAGACAUGGCUUGCCACAGCUCUUGAGGAUGUCACCAAUUAACCAGAAAUCCAGUUAUUUUCCGCCCUCAAAAUGACAGCCAUGGCCGGCCGGGUGCUUCUGGGGGCUCGUCGGGGGGACAGCUCCACUCUGACUGGCACAGUCUUUGCAUGGAGACUUGAGGAGGGAGGGCUUGAGGUUGGUGAGGUUAGGUGCGUGUUUCCUGUGCAAGUCAGGACAUCAGUCUGAUUAAAGGUGGUGCCAAUUUAUUUACAUUUAAACUUGUCAGGGUAUAAAAUGACAUCCCAUUAAUUAUAUUGUUAAUCAAUCACGUGUAUAGAAAAAAAAUAAAACUUCAAUACAGGCUGUCCAUGGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-1149.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -1198.12

Frequency: 0.0000

Diversity: 747.35

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.........(((((((((.(((((.((...........))...)))))..((((((((.....(.((.((((.((((((((......((((....((((((((..........))).))))).)))))))))))))))).)).)((.((((((((.((((.(((.((((((((((.(((((..(((((((((((((((((...........(((((((((((((((((..((((.(((((((((((((((((((((...))))..((((.....))))....)))))))...))))))))).....).))))...))))))...))))))).....(((((((((.((((...........)).)).))).)))))).(((.....)))...))))....(((((((.((......)))))))))......((.(((....((((((..((......))..)))).))....))).))...(((((.(((((..((((...(((((..(((((.((.(((((.(..((((((((.......((((..((((.........))))..)))).((((((((((((((((..(((.(((...))).((((.(((..((((.((((.((..((..((((.....))))..)))))))).)))))))))))...((((..((....)).))))....((.((......)).)).......((.(((((((((.(((((.((((((......(((((((((...............))))))))).((((((((((.......))))))).)))...)))))).)))...)).)).))))))))))))..)).))))))))))))))((((((((((...((((.(.(((........))).).))))(((((((((((.((((........))))....(((.((.(((.(((((((.((..(((((..(((((..(((((...)))))...))).)).......(((((.(((((((.........((((((.(((.(((((((((((((((......)))))))).............))))))).((.(((((((..(((((..........)))))..)....)))))).)).......(((....((((((((((((((......)).))))......(((((((.((((..((((....)))).............((((((.....))))))......(((.((((..((..((((.......((..((((((.((((((..(((.(((.(((((.(((((..(((........)))..)))))..(((((........)))))....((((((...))))))..)))))..))).....)))...)))))).))))))..))..(((.(((((((((((((((((....((.((((.....))))))...)).))).)))).)))))))).)))(((..((((((........))))))..)))..))))..))..)))).)))((((..((.(((((.(((((.((((((((......)).)))).((.((((((((((..((....(((((..((((..((.(((.(.((((....)).)).)...))).))....))))..)))))..)).))))))))).).))(.((((((((......((((...(((...)))..))))...)))))))).)...)).))))).)))))....((..(((((.((.(((.((((.(((..(((((((((((.(((((........))))).))).....)))))))).)))..))))))))).)))))..))))..)))))))))))))))(.(((....))).).))))))))...))).)))..))))))((((((((((((((..........))).))))).....))))))..))).))))))))))))))..))))))))).))).)).))).)))))))))))...))))(((((..((((.((.(((((..(((((...))))).....))))).)))))))))))..)))))).((((((((((..((......))....)))))...)))))))))))))..))))))))(((.(.(.(((.....))).).).))).)))))....)))))...(((..(((((((....))))))))))(((((((.(((((((((((......(((((((........((((((.(((((..((....(((((((((((((......))))))))..(((((..((((.(......).))))....))))).))))).(((((((((((((((.((...(((..(((....)))....)))...)).))))))).)))))))).((..(((((((.((...(((((((((.((((...)))).)).)))))).)....)).))))))).)).))..)))))..)))))).....)))).))).....)))))))))))))))))).((((.((............)).)))).((((((((........)))))))))))).))))).)))))))))))))))))(((.((((((((((....))).))))))).)))..(((((((....))))))).)))))..)))))..))))))))))..)))..)))).)))))..))).)).((((((.((....))))))))...))))))))(((((((........)))).)))...(((.............)))((((((......))))))......(.(((((.(((............))).))))).))))))).)))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

.........(((((((((.(((((.((...,,......))...))))){.((((((((..{{.{,((.((((.((((((((...{{.((((....||||((((,,{....,..})),))))}.)),,))))))))))))})).)||,|{({((((.((((.(((.((((((((((.(((((..((((({(((((((((((.........(((((((((((((((((((..((((.(((((((((((((((((,{,(,,{||,},,({{{.....))})...,)))))))...))))))))}...,}).))))...))))))...))))))|...{.((((,,,,({(((((......,|.{||.||{||}..|}||}.{({.....}}},.,}.,,....|||||{}|||..,}}})))))))),,.....{{(((((({{.(((((......),,))).}}.)))))},..,.}))))))(((((.(((((..((((...(((((..(((((.({.(((((.(..((((((((.......((((..((((.........))))..)))).{(((({(((({{(((,{{(((,{...,,{{{.{({((((,..{(((,({{.,||,}||,,{{{{.,,,,||||,.|,||||||,||}||||}}}}...((((..{{....}).))))....,,.,,,,{,...,.)).,.....||.{{{((((({.(((({,(((((({,{...(((((((((...............))))))))).{{(,{{{(((,...,,,|||}}}|||||...}))))).}}}.,,}},||,||||}||,||||..}..}}}))))))))))){{({(({|||.,|{{(|,(,(((........))),).))))||{{{{(((((.{{{{..{{,.,,|,,.,|,.(((.((.(((.{((((((,((..(((((.,({(((..(((((...)))))...))).)).......((((,,(((((((..,,....,|,((((,,...|||||((((((((((......))))))))............,))))))),{{,(((((({..({{((.{,,,.....))}}}..}....)))))).}}.,,,,,.{{{..,.((((((((((((((......}).))))......(((((((.((((..{{((....))}}.............((((((,...,)))))).....,(((.,(((((,{..((((({.,(((......}}||,({{{{(((({..{({,((,{{.(((((..(((........)))..)))))..{||{|,|,{{{{..,,....}}}|,((({{{{|,|,,..|{||{{.{|.{{{({((({{({{({{|.|{||.|{{|{{,(((.(((((((({((((((({....{(.((((.....)))))}...,,.,})}))),.)))))))).))},,,..((((((.,......))))))..))))))))))}))}}))),})))||.)))),.)|)|))|),(({(({.{.{{,({.....(((({..,...,,,|||||..}}.},,,||||}},|,|}}|}}||..}}||||},,,)).,,.,..,}}}.,....,}}))}))),)}))))},,|||}|||{|,{{{{((({((({.,....((((..,({{..,)}}..))))...,}}))))}}},}))).,)))}}}))},....{{..(((((.((.(((.((((.(((..(((((((((((.(((((.,....,.))))).)))}....}))))))).)))..))))))))).))))),,))},.,}})}))))))))))){.{{{,,.,}}}.|.)))))))),,,}}}.}||,,})})}}(((((({(((|(((|{||.....}))},))),),}},.))))))..))).))))))))))))))},))))))))).))).)).))).)))))))}}}}..,}}}}||||||.|||||||,||{{|,,|{,||,,,|}}}},}}..)))),,)))))))))})}))))))),||{|||,|||,..,...,{,.....})||||...))))}))))))))..)))))),,((({({{,(((.....}}),),,.)))}))))).},,)))))...(((..(((((((....))))))))))(((((((.(((((((((((......(((((((....{,..((((((.(((((..((....(((((((((((((......)))))))).,(((((..((((.{......,.))))....))))),})))).(((((((((((((((.((...(((.,(((....))).,..)))...)).)))))))))))))))).,{..(((((((.((...{(((((({(.((({...}))).)).)))))).)....)).))))))).}).))..)))))..))))))...,,))))},)).....)))))))))))))))))).((((.((............)).)))).((((((((........)))))))))))).))))).))))))))))))))))}(((.((((((((((....))).))))))).)))..(((((({....})))))).)))))..)))))..))))))))))..)))..)))).))))},,|}}.}}.{((({{{{(....)))))))}...))))))))|..,,,,....,,..,,,,..|||,,||{.,,....}}.,,.,,}{{{{{{......}}}}}}......(.(((((.(((............))).))))).))))))).)))...