Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001303437.1
Sequence Length
2376 nt
GC Content
0.5631
CAAUCUUUAAGAAGCUGCUACAGCUAUAAUGUAAGGUUAAGAGUUUAUUCUUUCAAAGCAGGUCUCCUCAUCUCUUAAACGCUAUACAUAUGAAGUAGAUAAAAACUGGUUUCUUUUUUGGUAGCAUUUAGGAUCUACAAAAGUGAUCCUUCAAUUACUUGGAAUUUCAAAAAAUUGAGGUUACCUAGUAACAAUGCACCAGUAGAACACAAAAUACUCUGACUUUGUUUAGUCUGUGGGAAAAGAAAAAUCUUUAAACUGGAAAGAUUUUGUAGUCUUACAAAGAUUACAUUGGAAUUGGAAUUACUGUAGUUCGUUUUUCCCUCUAGGAGGGCAGCCAUUUCUCUAAAAGUUGUGUAAAAGUUAAGACUAGGAUUUCAAAAUGCAAGCAGAUGUUGAUGAAGCAUACGAAAUGGGCAACUCCGUUUCUAUUUCGGAGCCGCAGCGACUCCGACUUUGUGCCCCAACCCUGUAAAGGGCAAAACCUCAUCCCUUCGGUGUAAACUUUCAAGAGAAGUGGGGCAGCACACUUUAGGCGUUUCACCAAGAGGCUGGCGACAUGCUAGGUCAGGUUGUCCGGAGAAUCGGGGCUGAAUGGGAGAGAUCUUGAGGGCAAGAGCCUCAGAGACCUUCAGGCACCGAGCUCGUGAAGGUUUCCAAGUGCCCCUCUCUAGCUGCUCCCAGGGGGAAUUAGUGGUUGCUACAGUAGUUUAAGAGGGUCGUGGUUUUUCGCAACCCGGGCGGCGAGAUGGCGCUUUGGUGUAAGCGAGGUAAGGUGGGUGCACUGGGAUCUCCGCUCUCGGAGCCUCCAGCUGACUGCCACGCCGACUUGUGGCCAGACCUGCGACCUCCGCCCUCCCCCGCGGCGCCAGCCUCUGGAAUCUGGCGUCGCCCCCACCUCUCCAGUCGAAGUGGGAGUCCCUCUGUGCGGGGCCUCGCCGCCAUACCCAGGCCGAAUGGGGGUGGGGAGGGAAGCUGGCAGAGCUCGGCCUCAGGAUCCGCGCCCCUGUGGAAAGACCGCAGAGGGAAGCCGUUUCACCAGCCUCUCCCCUUCUGGGGUCUCGGGAAACACGCGGAGGACAGUACAGGACAUGAGUCCUGGUGAGGGACCCGAGGAGCAGGACAGAGAAGACGGCCCCUGAAUCCCAUUUGGCCCCUUGCUGGCUGGAGGUGUGAAAACCAGCGGUGGAGGCAGCCUUCGGGGCCUGCAUUUGAGAAUAAGGGUGUCACUAGUUCCAGGCGUCUGCUGAAAGAUUUGGAACAGAAGAUGAUGGCCACUCCGAACCAGACCGCCUGUAAUGCAGAGUCACCAGUGGCCCUGGAGGAGGCCAAGACCUCUGGUGCCCCGGGGAGCCCCCAAACACCCCCUGAGCGUCAUGACUCUGGUGGUUCCCUGCCCCUGACACCGCGGAUGGAGAGCCACUCAGAGGAUGAAGAUCUUGCUGGGGCUGUCGGUGGCCUGGGCUGGAACAGUAGGAGUCCCCGGACCCAGAGCCCAGGGGGCUGCUCAGCGGAGGCUGUGCUGGCCCGGAAGAAACACCGUCGGCGGCCAUCGAAGCGCAAAAGGCACUGGCGACCCUACCUGGAGCUGAGCUGGGCUGAGAAACAACAGCGGGAUGAGAGGCAGAGCCAGAGGGCCUCCCGGGUCCGCGAAGAGAUGUUCGCCAAAGGCCAGCCCGUGGCCCCCUACAACACCACCCAGUUCCUGAUGAAUGACAGGGACCCGGAGGAGCCCAACUUGGAUGUGCCCCAUGGGAUCUCCCACCCAGGUUCCAGUGGGGAGAGUGAGGCCGGGGACAGUGAUGGGCGGGGCCGAGCGCACGGUGAGUUCCAGCGGAAGGACUUCUCUGAGACUUACGAACGCUUCCACACCGAGAGCCUGCAGGGCCGCAGCAAGCAGGAGCUGGUGCGAGACUACCUGGAGCUGGAGAAGCGGCUGUCGCAGGCGGAGGAGGAGACUAGGAGGCUGCAGCAGCUGCAGGCGUGCACCGGCCAGCAGUCCUGCCGCCAGGUGGAGGAGCUGGCUGCCGAGGUCCAGAGGCUCCGGACCGAAAACCAGCGGCUUCGUCAGGAGAACCAGAUGUGGAACCGAGAGGGCUGCCGCUGUGAUGAGGAGCCGGGUACCUAGGGGUGCCUCCCAGCCUGGUGGACCCAAGGAGAAGGUCCCAUUUCGUGCACACUCAGGCCAGCUGGGUCUCAAGGAGGCAGGUGGCAGAUGAAAACCACCGUCAACACCCUGUGCGCCCUGAGAACAGCUAAAUCGGUUCAGACUCCCACCUCACCGUUUCCAUAGUUGGCUCUUUUGUGUCAUCUUACCCUUUACAGAGAAAUUAAAUGGCCUUGGUGGGACCAAAUGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-929.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -973.87
Frequency: 0.0000
Diversity: 571.94
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((....(((((...)))))....((.((((.(((....))).)))).)).....((.((((((((((((((...((((.(((....(((((((.......((..((((...(((((.(((((.((((((.((....))))))))....(((((.((((((((((....)))))))).)).))))).)))))))))).))))..))......))).))))))).))))...))))).....(((((((((.......)))))))))((((((((...))))))))..........(((((((((((((((((..((((((((.((.((((((((((((((((.((((((...............((.(.(((....))).).))...(((((.....)))))..(((((((......)))))))....((((((.((...)).)))))).....(((((............)))))......((((.....))))..))))))..)))))))))(((((((..((((..(((((.((.(((......))).)).)))))))))...)))))))(((((...(((((....((((((...((((..((((....))))..))))(((((((((.....)))..))))))))))))...)))))))))).)))))))))))))))))..).)))..)))))))))))))....((((.((((....)))).)))).(((((((.(((.((((((((.......))))))..(((.(((((((.......((((....))))((((.((((((.((((((((......))))).)))..(((((.((((((((((((.((((((((((((((...))...)))))))))).(((((.((.......)).))))).....(((.(((.(((((((((((.(((..((((((((....(.((((((((((((((.(((.((((((..(((((((((....((.(((((((((.....)))))).)))..)).......((((((...((((....))))((((.(........).))))......((((((....))))))(((((((..(((((((.((((...............))))..)))...)))).))))))).)))))).(((((....(((((.(((...(((..(((((((((((................((((.(.((.(((.((((((((((......((..(((..((........)).))).)).....)))).)))))).)))..)).).))))...)))))))))))..)))...))).))))).....((((...))))..))))).)))))).)))..).))))).))))))))).))))..)).)).)..((.((.((((.(.((((((((....))))).)))))))).)).)))))))))).)))..........((((((((.((((.(((((...)))))((.((((....)))).))((((((.((.(......).)).).)))))(((.((.((.....)).))..)))((((((.((((((....((((((((........))))...(((.(.((((.(.((((.((((((.(((((((((((((......)))))....(((((.....)))))......(((........))).(((........))))))))))).)).))))...)))).).))))))))(((....)))..))))))))))))))))....)).)))))))))).......)))))))))(((((....(((((((.(((.((((....))))))).)))))))...))))))).))).))).(((((((.(((((((((...((((((((......)).)).))))..)))......)))))).).)))))))).))))).).)..))))).))))))))))).))))))))))).))).)).))).))))))).(((...((((((..(((........))).))))))..)))......(((((((.((.((.((....(((....)))..))..)).))..))))))).)))))))))))((((.((...((((........))))...))))))..)))))...((((((((.((.(.((((.((((((((((..(((((.((..(((((((...((((........))))..))))...)))..))))))).)))))....((((..((........)).))))...(((....))).(((((.(((.............))))))))........))))).))))).)).)))))))).................
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((....(((((((.(((((....{{..,,{.{(({{,..,,.)))).}...,}.(((((((((.{(((({,...(({{.{{,...{(((((((.......{(,,((((...(((((.(((((.((((((.((....))))))))....(((((.((((((((({....)))))))).)).))))).)))))))))).))))..)}......))),})))))).}}}},,||||},.....{((((((((.......))))))))|((((((({...}))))))),.........((((((((((((({({{..((((((((.((.((((((((((((((((.((((((.,,,...,{{,...||,.{,,{{,....,},|...,..{{{|{..,..})))}..((((((({....,)))))))....((((((.((...)).))))))...,.{((((...,..,.....))))}..,,,.,{{{.....))),..))))))..)))))))))(((((((..((((..(((((.((.(((......))).)).)))))))))...)))))))(((((...(((((....{((((,...||{(({((,{....}))))}||{((((((((((.....))}..)))))))))))}...)))))))))).)))))))))))))))))..}.})}..)))))))))))))....((((.((((....)))).)))).(((,(((((.((((((((((,,...,|}|||||..{((((,,,({(((((..(((((....))))),.))))),)}.},|))||}}}}.}}))),))),|.{(((({{{|{({{({{(({{{,((((((((((((...}}...)))))))))){((((({{(.{{{.{{|..{||||.(((((.......))))))))}),{{{.......||||||,||||||||}||{}}|,,{(({||.,,)),||||,||,||.||||||||{((((((.....)))))){|||.,((((((({.,,,,{((((((,(((((.(((((((,,....,.|,{........,,.((((((....)))))).,..))))))).)))))..))...},).,}}}|}}}}}},....,}},,|||||({{(((.((((...((((((...(((((.(((...(((..(((((((((((.,,..,.........,((((,(,((.(((,((((((((({.....,||,,|||,,|{.....,,.)).))}.}},,.,.)))}|,)}))).,}},,)).).)}}}.,,)))))))))))..)))...))).)))))(((((((({...}|||...,,{{(({,{(({,((((..((((((((((((((,.,({.,{....,).))..)).))))))).))))).))))...,},}|||}))((((,(((((,(((((((({{..,....({.{{{,}|,}.}}}..}))))}))|||||{(.((((....)))).}),))))),,......}}))).))))|,||{(({..,,.{....(((.((.((..(((((,{((((((,...((((((((........)))).,.{{{.(.((((.{.((((.((((((,(((((((((((((......)))))....(((((.....)))))......,,,........}},.(((........))))))))))).)).))))...)))).}.))))})}|(((....))),.))))))))))))))))...)).))))),,}}...,))}))).)))))).(((((....(((((((.(((.((({....))))))).)))))))...))))).))))))...)))).))))))}|{((.(.,{{....)))),)))).},...}}}}}.))))),),,))))}}})))))))}})),)))))))))....))))).)))))))(({,,..}}}..{{{{{{||..{(({,((((,.||}}}}|}}}}}}}}}}{{..((((({.,(((({({{.|{......(((((((.((.((.((....(((....)))..))..)).))..))))))).}.,..))}}))||(({((....))))))},|,}})))}}))))))...)).))})}{(((((((.((.(.((((.((((((((((..(((({.((..(((((((...((((........))))..)))).,,)}).,)}))))).))))}.,,.((((..{(........)).)))).},{{{....})},,({,,{{{{,............}}}))))}........))))).))))).)).)))))))}.................
Back