Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001303441.2
Sequence Length
1436 nt
GC Content
0.6128
CUCUCUUCCCCCCCAUCUUAGUGGCCUGAGCGGCUUGACCAGAGCUGCUGCAACUGCAGCAAGAGGUAGGGCUCAGGCGUUGGGAAUUGCACCGACAGGCAGUCGCACAGAAAGGCACACAGAUGUAGUGGUGUGCAUAGCCCUUGACAGCGAAUAGGAGGACAGUACAGGACAUGAGUCCUGGUGAGGGACCCGAGGAGCAGGACAGAGAAGACGGCCCCUGAAUCCCAUUUGGCCCCUUGCUGGCUGGAGGUGUGAAAACCAGCGGUGGAGGCAGCCUUCGGGGCCUGCAUUUGAGAAUAAGGGUGUCACUAGUUCCAGGCGUCUGCUGAAAGAUUUGGAACAGAAGAUGAUGGCCACUCCGAACCAGACCGCCUGUAAUGCAGAGUCACCAGUGGCCCUGGAGGAGGCCAAGACCUCUGGUGCCCCGGGGAGCCCCCAAACACCCCCUGAGCGUCAUGACUCUGGUGGUUCCCUGCCCCUGACACCGCGGAUGGAGAGCCACUCAGAGGAUGAAGAUCUUGCUGGGGCUGUCGGUGGCCUGGGCUGGAACAGUAGGAGUCCCCGGACCCAGAGCCCAGGGGGCUGCUCAGCGGAGGCUGUGCUGGCCCGGAAGAAACACCGUCGGCGGCCAUCGAAGCGCAAAAGGCACUGGCGACCCUACCUGGAGCUGAGCUGGGCUGAGAAACAACAGCGGGAUGAGAGGCAGAGCCAGAGGGCCUCCCGGGUCCGCGAAGAGAUGUUCGCCAAAGGCCAGCCCGUGGCCCCCUACAACACCACCCAGUUCCUGAUGAAUGACAGGGACCCGGAGGAGCCCAACUUGGAUGUGCCCCAUGGGAUCUCCCACCCAGGUUCCAGUGGGGAGAGUGAGGCCGGGGACAGUGAUGGGCGGGGCCGAGCGCACGGUGAGUUCCAGCGGAAGGACUUCUCUGAGACUUACGAACGCUUCCACACCGAGAGCCUGCAGGGCCGCAGCAAGCAGGAGCUGGUGCGAGACUACCUGGAGCUGGAGAAGCGGCUGUCGCAGGCGGAGGAGGAGACUAGGAGGCUGCAGCAGCUGCAGGCGUGCACCGGCCAGCAGUCCUGCCGCCAGGUGGAGGAGCUGGCUGCCGAGGUCCAGAGGCUCCGGACCGAAAACCAGCGGCUUCGUCAGGAGAACCAGAUGUGGAACCGAGAGGGCUGCCGCUGUGAUGAGGAGCCGGGUACCUAGGGGUGCCUCCCAGCCUGGUGGACCCAAGGAGAAGGUCCCAUUUCGUGCACACUCAGGCCAGCUGGGUCUCAAGGAGGCAGGUGGCAGAUGAAAACCACCGUCAACACCCUGUGCGCCCUGAGAACAGCUAAAUCGGUUCAGACUCCCACCUCACCGUUUCCAUAGUUGGCUCUUUUGUGUCAUCUUACCCUUUACAGAGAAAUUAAAUGGCCUUGGUGGGACCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-589.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -613.62
Frequency: 0.0000
Diversity: 318.38
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((.((.(((((..(((((((.((((((((.....))))))))((.(((((.((..(((......)))..))(((((........)))))..))))).))......)))).)))))))).....((.((((((((((((..((((...((((((.......((((((....))))))....((((....(((.((.(...........).)).)))...))))....(((((..(((.((((...((((((...(((((.(((...(((..(((((((((((................((((.(.((.(((.((((((((((......((..(((..((........)).))).)).....)))).)))))).)))..)).).))))...)))))))))))..)))...))).)))))(((((((((...)))).......(((..((((((((..((((((((((((((...((.((....)).))..)).))))))).))))).))))......)))))))((((.(((((.((((((((.........((.(((....)))))..))))))))(((((((.((((....)))).)).)))))........))))).))))(.((((((.....(....(((.((.((..((((((.((((((....((((((((........))))...(((.(.((((.(.((((.((((((.(((((((((((((......)))))....(((((.....)))))......(((........))).(((........))))))))))).)).))))...)))).).))))))))(((....)))..))))))))))))))))...)).)))))..).....)))))).)))))).(((((....(((((((.(((.((((....))))))).)))))))...))))).))))))...)))).))))))))(((.((.((....)))).)))....)).))))..))))...))).)))))).))).)))).))))))))...((.(.((((((...)))))).)((((((((((((((..((((.((((...))))))))))))))))((..((((((.(((((.(((.((......(((((((.((.((.((....(((....)))..))..)).))..)))))))......))..)))((((((....))))))....)))))..))))))...)).((((......)))))))))).....(((((((((..(((((.((..(((((((...((((........))))..))))...)))..))))))).))))).....)))).....(((((((...(((((((((....))).(((((.(((.............))))))))....))))))....)))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((({(((({{,,..{{|((((((((.,(((.,{{.,,||((({((....))))),...}}},},))))))))(((((........))))).{{{{{{{||.......,{|{{{{,,,,,.....||}|||,,,,{,{((..((((...(((({(.......((((((....))))))....((((..{.(((.((.(...........).)).)))}..))))....(((((..(((.((((...((((((...(((((.(((...(((..(((((((((((.,,..,.........,((((,(,((.(((,(((({(((({.....,||,,|||,,|{.....,,.)).))}.}},,.,.)))}|,)}))).,}},,)).).)}}}.,,)))))))))))..)))...))).)))))(((((((({...}|||...,,{{(({,{(({,((((..((((((((((((((,.,((.,{....,).))..)).))))))).))))).))))...,},}|||})}((((,(((((,(((((((({{..,....({.{{{,}|,}.}}}..}))))}))|||||{(.((((....)))).}),))))),,......}}))).))))|,|{{(({..,,.{....(((.((.((..(((((,{((((((,...((((((((........)))).,.{{{.(.((((.{.((((.((((((,(((((((((((((......)))))....(((((.....)))))......,,,........}},.(((........))))))))))).)).))))...)))).}.))))})}|(((....))),.))))))))))))))))...)).))))),,}}...,))}))).)))))).(((((....(((((((.(((.((({....))))))).)))))))...))))).))))))...)))).))))))))(((.(,,((....)))).)))....)).))))..))))..}),)}))))))},,,}),)).))))))))...((.(.((((((...)))))).)((((((((((((((..((((.((((...)))))))))))))))){{..((((({.{(((({({{.{{......(((((((.((.((.((....(((....)))..))..)).))..))))))).,....)),,))|{(((((....)))))),,|,}}}}),,))))))...||.{{,{.,,,..}}},))))))..,,.{((((((((..(((({.((..(((((((...((((........))))..)))).,,))).,))))))).))))).....)))}..,..{((((((...((((({{{{.,,.|||,{({,,,(({.............}}})))),....))))))....)))))))))...
Back