Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001303443.2
Sequence Length
1344 nt
GC Content
0.6168
CUCUCUUCCCCCCCAUCUUAGUGGCCUGAGCGGCUUGACCAGAGCUGCUGCAACUGCAGCAAGAGGAGGACAGUACAGGACAUGAGUCCUGGUGAGGGACCCGAGGAGCAGGACAGAGAAGACGGCCCCUGAAUCCCAUUUGGCCCCUUGCUGGCUGGAGGUGUGAAAACCAGCGGUGGAGGCAGCCUUCGGGGCCUGCAUUUGAGAAUAAGGGUGUCACUAGUUCCAGGCGUCUGCUGAAAGAUUUGGAACAGAAGAUGAUGGCCACUCCGAACCAGACCGCCUGUAAUGCAGAGUCACCAGUGGCCCUGGAGGAGGCCAAGACCUCUGGUGCCCCGGGGAGCCCCCAAACACCCCCUGAGCGUCAUGACUCUGGUGGUUCCCUGCCCCUGACACCGCGGAUGGAGAGCCACUCAGAGGAUGAAGAUCUUGCUGGGGCUGUCGGUGGCCUGGGCUGGAACAGUAGGAGUCCCCGGACCCAGAGCCCAGGGGGCUGCUCAGCGGAGGCUGUGCUGGCCCGGAAGAAACACCGUCGGCGGCCAUCGAAGCGCAAAAGGCACUGGCGACCCUACCUGGAGCUGAGCUGGGCUGAGAAACAACAGCGGGAUGAGAGGCAGAGCCAGAGGGCCUCCCGGGUCCGCGAAGAGAUGUUCGCCAAAGGCCAGCCCGUGGCCCCCUACAACACCACCCAGUUCCUGAUGAAUGACAGGGACCCGGAGGAGCCCAACUUGGAUGUGCCCCAUGGGAUCUCCCACCCAGGUUCCAGUGGGGAGAGUGAGGCCGGGGACAGUGAUGGGCGGGGCCGAGCGCACGGUGAGUUCCAGCGGAAGGACUUCUCUGAGACUUACGAACGCUUCCACACCGAGAGCCUGCAGGGCCGCAGCAAGCAGGAGCUGGUGCGAGACUACCUGGAGCUGGAGAAGCGGCUGUCGCAGGCGGAGGAGGAGACUAGGAGGCUGCAGCAGCUGCAGGCGUGCACCGGCCAGCAGUCCUGCCGCCAGGUGGAGGAGCUGGCUGCCGAGGUCCAGAGGCUCCGGACCGAAAACCAGCGGCUUCGUCAGGAGAACCAGAUGUGGAACCGAGAGGGCUGCCGCUGUGAUGAGGAGCCGGGUACCUAGGGGUGCCUCCCAGCCUGGUGGACCCAAGGAGAAGGUCCCAUUUCGUGCACACUCAGGCCAGCUGGGUCUCAAGGAGGCAGGUGGCAGAUGAAAACCACCGUCAACACCCUGUGCGCCCUGAGAACAGCUAAAUCGGUUCAGACUCCCACCUCACCGUUUCCAUAGUUGGCUCUUUUGUGUCAUCUUACCCUUUACAGAGAAAUUAAAUGGCCUUGGUGGGACCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-555.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -577.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 417.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((...((.((.((((.((.((.((((((((((.....)))))))).))...)).)))))))).))......((((((....))))))((((((((((.(((((((..(((...(.((((((...(((((.((.((((((((((..(((((((.((((((((((((((((.(.(((.((((((((((.((..(((((((((.......((.(((((((.(((((((..((((......)))))))))))...)).))))).)).((((..((.((.((((..((....((((((((....(((((((...)).))))).((((((.((((....((((...))))...))))....))).))).))))))))((((..(((((((((((...(((((..(.((..(((.((((((((((....))))).)))))((((.(((((.((((((((.........((.(((....)))))..))))))))(((((((.((((....)))).)).)))))........))))).)))))))..)).)..)))....(((.((.((..((((((.((((((....((((((((........))))...(((.(.((((.(.((((.((((((.(((((((((((((......)))))....(((((.....)))))......(((........))).(((........))))))))))).)).))))...)))).).))))))))(((....)))..))))))))))))))))...)).)))))))...)))....))))))))..(((((....(((((((.(((.((((....))))))).)))))))...))))))))).(((.((((((.(.(((((.(.(((.(((((((((((((((.(....((((.(((((.....((((((.((..((.............))..))))))))..))))).))))).)))))))))......)))))).(((((.(.....).)))))))).).))))).)))))))))).......))..))))))..))..))))...)))))))))..))..))))))))))(((.(.....).))).(((((((....))))))).))).))))))(((((.........)))))..))))..)))).))).))))))).)))(((((.((..(((((((...((((........))))..))))...)))..)))))))...))))))).)))))))............)))))).)...))).))))))).).))).)))))).......))))).......((((((....))).)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((({...,{{((.((((.((,((.((((((((((.....)))))))).)}...)).}})))))).))......{(((((....)))))|((((((((({.(((((((..(((...(,((((((...(((((.((.((((((((((,,(({((((.{{((((((,,.(((((.(,({{.(((,,(((((((({((,{({{{{{.......{(,(({({((.((({(((,,((((,.....}}}}}|||}}},..,}.}}})).)).,|||,.,,|||}{||||||{.,,||}}.}.}}|}.|||||||||}}}}..}}}...}}|,}}|||(({{{(((,,,{||||..,{{{{(((.{(({,((((..((((((((((((((,.,((,,{....,).))..)).))))))).))))).))))...,},}}}})))|{|||{{({({((((((((((..,....{,.||,.}}}}.))),,,)))),))|||||,|,|{{{,,.,))}|,||{|||||,{......||))},}}}|||{{{{({..{,,{....{{(.((.((..(((((,{((((((,...((((((((........)))).,.{{{.(.((((.{.((((.((((((,(((((((((((((......)))))....(((((.....)))))......,,,........}},.(((........))))))))))).)).))))...)))).}.))))})}|(((....))),.))))))))))))))))...)).)))))},}).,.})),))).))))))}{{|||,...(((((((.(((.((({....))))))).)))))))...})))),),)}||,.,}||||}}}}}||{|({{(..{(,,{,||||{||||,|.,,.|(|{,,|{{||....((((((((.{{((.(...,.,{....))....),)))).}))))))).||}.||||||(((((((..((((.((((...))))))))))))))))}|,.|||||,},||||||}|.,{,.....{{{|||{,{{.|{.||,,..{||,,,,)))..))..)),)),,)))|||}|.....)}))),{((((((....))))))),))),))))))(((((.........)))))..}}}},,)))).))).))))))),)))(((({,((.,(((((((...((((........))))..)))),,,)}).,)})))))...))))))).)))))))............))))))},.,.))).))))))).).))).)))))),......))))}.......{(((((....))).))}..
Back