Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001303450.2

Sequence Length

2385 nt

GC Content

0.6172

ACGGCCUGGUUUGCACCCCUGGUUUAGGGUCUUCGGCCCCGGCUCUGGCGUCCCUGGCUGCCAAGCCUGAGGCCCGCAGUCCUACUCCCGCCGAGACCCGCCGCUCCGGUCCUGCCCCGAACUGCCCACGGCCGGCAGCGCUUCCAGGCCCUGAAAAAAACUCUCUUCCUGUGUCUGGCCAGAGGUAUAGAGAGAGACAGGUUCAACUCUAAGGCCUGAAAAGGAACAAGGCCCACCGGAAGCAAUGGCCACUGUCCCUGGCCUCCAGCCCCUGCCAACCUUGGAGCAGGACCUGGAACAGGAAGAGAUCCUGAUUGUGAAGGUGGAGGAGGACUUCUGCUUGGAAGAGGAGCCCUCCGUGGAGACGGAGGACCCCAGCCCUGAGACUUUCCGCCAGCUCUUCCGGCUCUUCUGCUACCAGGAGGUGGCUGGGCCCCGGGAGGCCCUGAGCCGCCUCUGGGAGCUGUGCUGCCGCUGGCUGCGGCCGGAGCUGCGCACCAAGGAGCAGAUCCUGGAGCUGCUGGUGCUGGAGCAGUUCCUGACUGUGCUGCCGGGGGAGAUCCAGGCUCGGGUACGCGAGCAGCAGCCGGAGAGCGGUGAGGAGGCCGUGGUCCUUGUGGAAGGGCUGCAGCGGAAGCCCAGGAAACACAGGCAGCGGGGCUCAGAGCUGCUUUCUGAUGACGAGGUGCCCCUCGGGAUAGGGGGACAGUUCUUAAAACACCAGGCAGAGGCUCAGCCAGAGGAUCUGUCCCUGGAGGAAGAGGCUCGAUUCUCCAGCCAGCAGCCCCCAGCCCAGCUGAGCCACAGGCCACAGAGGGGCCCGCUGUUGUGGCCAGAGAGAGGCCCUCCAGCUCCCCGGCAUCAGGAGAUGGCGUCAGCCUCGCCCUUCCUUUCGGCCUGGUCCCAGGUGCCCGUGAACUUGGAGGACGUGGCUGUAUACCUUUCUGGGGAGGAGCCAAGAUGCAUGGACCCAGCUCAGCGGGACGCGCCGCUGGAGAAUGAAGGACCUGGGAUCCAGUUGGAGGACGGCGGUGAUGGCAGGGAGGAUGCCCCGUUGAGAAUGGAGUGGUACCGAGUGCUCUCGGCACGAUGCCAGGGGCCUGGCCACCCGCUCCCAGGUCAGAGGCCAGCCCCAGUCAGGGGCUUGGUCAGGCCUGAUCAGCCAAGAGGCGGCCCCCCACCAGGAAGACGGGCUUCCCAUGGGGCUGACAAGCCGUACACCUGCCCCGAAUGUGGCAAAGGCUUCAGCAAGACGUCCCACUUGACCAAGCACCAGCGCACACACACGGGCGAGCGGCCUUACAAGUGCCUAGUCUGUGGGAAGGGCUUUAGCGACCGCUCCAACUUCAGCACGCACCAGAGGGUGCACACAGGCGAGAAGCCCUACCCGUGCCCCGAGUGUGGGAAGCGCUUCAGCCAGAGCUCCAGCCUGGUCAUCCACCGCAGGACACACAGCGGGGAGCGGCCCUAUGCCUGCACCCAGUGCGGGAAGCGCUUCAACAACAGCUCGCACUUCAGCGCCCACCGCCGGACGCACACAGGUCACAUUCUGAGGUCUGGGUGCACAUGAAUUUGAGGGACCCCUCGUCUGCUGCAGGGAGCCCUGCUGUACCCCAGCCUUCCCAGGACGUGGUCUCCAGCUUCUUCAUCCUGCCAGAGUUUCCAAAUGGAGCCCGGGGCUCUGCAGCAUUCCAGUCCCCUUUGCAGAUCCAUAGCUGCUCUGCAGGGCGGAAGACACCUGGGGCGGGAAAGCACCCCUGAGUUCCAUCUUCCUGACAUGUUGCCUGGGAUGUGACGGGCCUGACAUCUCCCCAGGGCCGGGGCCCAGGGCUGCGUUUGCUCCUGGCCCCUUAGUGUCUGGAAUGUGGCCUUCCACGGUUGCCCCACUUUGUCUUUCUAAGGUAAGAAGCCUUCACCUUCCAGCUUUUGUCUGGCCUGUGCUGCGUGGGAGCCACUGGUCUGUGCACAUCCACGGUGGGUGAGUGGCCAAGACAAGCAGUGUGAUAGAGUCCUUGGUGGGUUUAGUCAUCUCGGAAGUCGUAGGGCAGCUAUGGAAACCACUGGGUUCUGGAACGUUCCAGCCAGGCAGUGGUUGUUCCUCAUAGGUAGGUGGCCUUGGCCUUCAUCCCAGCCUGGGAUGCUCCAUUGCAUUUGUCACCUAGUCACUGUAUAUACGUGCACAUUUGACCUUUUGGCACAGCCCAGGUUCCAGGUGCGUGACCUGCCCUUUUUCUCAUUCCCUUAACUGACAUUAUUUAGUGUCAGAGGCCGAGCACAGUGGCUCCCACCUAUAAUCCUAGCACUUUGGGAGGCCAACGCGGGUGGAUUGCUUGAGCCCAGGAGUUCAAGAGCAGCCUGGGCAAUAUAGAAAGACCUCUUCCCUAC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-1035.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -1076.76

Frequency: 0.0000

Diversity: 741.65

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..((((.((........)).))))..(((((((.(((((.((((.(((((((...))).)))))))).).)))).(((((((..(((.....)))((((((((((((((((..((........))....)))))).)))).((((((((.((((......((((((.(((.((......)).)))...)))))).((((((((...((((...((((...........))))(((((....((((((((((.......)))))(((((..((((((.......).)))))..))))).(((((.....))))))))))...))))).((..(((((((((((((....((.(.(((((((....))))))).).))(((((((...((((.((((.(((((.((((((.....(((.((.(((((((((((((((......)))))..)))))))))).)))))...((((((((.(((....)))((((((((((((((.(.(((..........))).)))))))....)))))))).....((((((((.(((....))).)))...)))))))).)))))))))))))))))))).))))((((((.((((.......(((((........)))))))))..))).)))..))))))).((((((((((((((.(..(((((....)))))..)))))))).))))))).......))))))))))).))..)))))))))))))).((((((((.((...))..)))))))).(((((((.....((((..(((.(((...)))..)))..))))..))))))).((((.(.(((((((((..((..((((.(((((((((((((((..((((....(((.........)))...(((((((((((((((.......(((((...(((((...(((.(((((((((((.....((((.(((((((((((((((((((......)))))).((((((...((((((...(((....)))(..((((((((.(((((((..(((((.(..(((((....(((((((...(.((.(((((.((((...)))).))))))).)....)))))))((((((...((((((((((.....))))).))))).)))))).((((((..(.((.(((((.((....)).....)))))..)).)..))))))..((((.......((((........))))..)))))))))..).)))))..)))).)))((.((.((.((((......((((.....)))).....)))))).))))..(((.((((((((..((.(((((........)))..(((((....))))).....)))).)))))))).)))((((...((((((((((((((((((.(((((.((....)))))))..(((.((((.(......).)))))))(((......)))((((((...)))))))))))))))).........))))))))..)))).))))))))..).....)))))).))))))..)).)))))).).)))).))))((((....))))...(((.(((((....))))).)))......)))))))))))...)))...))))))))))..(((((.(((((......(((((((..((((..(((........)))..))))..))...)))))....))))))))))))))..).))))))))))(((......)))))))...))))).)))))).....)))).))))..))..))))).....)))).)...))))((((((.(((((.......)).))))))))))))).))))))))..((((((((((.(((.((...((((((......)))))).....((...(((...(((((....).))))...)))..))(((((((((((((...(((((((....(((((((.((.(((((..(((...((((((.((.....(((..(((((......)))))..))).((((.(((.((.(((((((((((((((....(((((....))))).....)))))))..))))......)))).)).)))))))...(((((((...))))))).)))))))).)))))))).)).)))))))......)))))))...(((((...(((...))).))))).(((((.....)))))........(((....(((...((((((((....)))))))))))..)))..)))))))))))))...........))))).))))))))))..)))))))))))))....(((((((.(((....)))..)))))))........))))))).........

Thermodynamic Ensemble Prediction

..((((.((.....,,,}}.))),..(((((((((((({.((((.(((((((...})},)))))))).).)))).(((((((..{{(..,,.))){{{{({{(((((((((.{(,.,......}|.,,.)))))),}}}|{,,{((((({.,{{......,(((((((((((,...{{{{{{||||,|||||}|||,..,,|}}..}}}},.|}|||,....{,..,.,{{|(...{{,..{{...||||,.,,}}}})))))(((((..((((((......,}.)))))..)))))}|||||}}}},,}}}}.,{{.{{{(({(((((..,.((((({((((({{{{(({(,(((((((....))))))).,,|{(((((((...,{(({((((.(((({{((((((.....(((.(({(((((((((((((((......)))))..)))))))))))),})).,,(((((((({({(,{.{|||((({(({({({((..(.((({.,,,..{{{|||{||,,,,,...})))))))).}..},)}}|,}|,}|}.}}.})).)))}}}),)},))).)))))))))))))))))))).)))|((({((((((({,.{{},|||||,,.,,.,.})))).{{...{{{{||(((((((,(((((((((((((((({,(..(((((....)))))..}))))))).)))))))..........(((.|.((((((((,.{.((..{{{{..((((((((.({...}}..}))))))).,.})}},.}}..,,,..)))))))).,.,))).,,,.})).)}}))))))))),)}.{{{|,((((((..((..((((.(((((((((((((((..((((.,..(((.........))},.,(((((((((({((({,...,{|{.{,.{{{((((,,...((,,,,,|||,,|,}}}},.....||||,,|||||,||{||||}.....}}||||{(((,,,...(,(((({{{{{{.,,,||}(..((((((((.{((({((,.(({{(,|..(((((,...((((((({.{(.((.(((((.((({...}))).)))))))|)..,,}})))))((((((...((((((((((.....))))),,)))).)))))).{({(((..{.((.(((((,{{....}}..,..))))).,)}.)..)))))}.,{|||.....,,{(((,|....|,)))}..)|||}}}}|..|.}}}}}..)))).}}),||....||{|,|....,{((((....{||||....}),)))..)))})}|((.((((((((..((.(((((........)))..(((((....))))).....)))).)))))))).)))((({...(((((({,((((((((((.(((((.((....)))))))..(((.((((.(......).)))))))(((......}))((((((...))))))))))))))))....,,..))))))),,..)})),))))))))..}.,.,.||||||.},,}))},||,}}||||||,,,.,....|{(((,..,|||}|,.,,,.|||||,..,)))))}))}}}}})))))))))))),}.},})}}})))).(((((.((((({,(((((..,...(((((((..((((..(((........)))..)))}..))...))))).,..)))))))))))..)))))))))))))))(((......}))))))...)))))}}))))).....)))).))))..))..))))))..,.))))}}))))))}|{||||||||||}}.....))})))|||}}|..{|{|,},||,.,(((({{,,|||}||,,,},.}}}}..,,},}}}}}}}|}.}}}})))))})))))|||||,,,,).},))}}}}|||||,((((((((((((({,,(((((((,{..(((((((.((.(((((.,{{,...((((((.((..,.(((({.((((({.....,,,,,..|({{((((.(((.((.(((((((((((((((....(((((....))))).....))))))),.,)))......)))).)).)))}))}.}}|,,||||.}}.))))),,)))))))).})}))))).)).)))))))......))))))}...(((((...(((...))).))))}.(((((.....))))).,,.....,,,....(((...((((((((....)))))))))))..))),.))))))))))))).......,,||)))},,))))))))),..)))))))))))))....(((((((.((,....,))..)))))))......},}}))))),,.......