Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001303504.2
Sequence Length
1300 nt
GC Content
0.5800
GCCGGAAGUAGGAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGUCGAAAGCGGAGUGAAAGAGGGAGGCAGGGAGCCGGAGAGCCGGAACCGGAGUCGCAGCGGCGGAGACCCCUGUGCGGUGCGGAGGGGGCGGCGGCCCCGACUCUGACCCGCGCCGGGGGUGGGCCAUGGCGGAGAUCAGCGACCUGGACCGGCAGAUCGAGCAGCUGCGUCGCUGCGAGCUCAUCAAGGAGAGCGAAGUCAAGGCCCUGUGCGCUAAGGCCAGAGAGAUCUUGGUAGAGGAGAGCAACGUGCAGAGGGUGGACUCGCCAGUCACAGUGUGCGGCGACAUCCAUGGACAAUUCUAUGACCUCAAAGAGCUGUUCAGAGUUCGCUAUCCUGAUCGCAUCACACUGAUCCGGGGCAACCAUGAGAGUCGCCAGAUCACGCAGGUCUAUGGCUUCUACGAUGAGUGCCUGCGCAAGUACGGCUCGGUGACUGUGUGGCGCUACUGCACUGAGAUCUUUGACUACCUCAGCCUGUCAGCCAUCAUCGAUGGCAAGAUCUUCUGCGUGCACGGGGGCCUCUCCCCCUCCAUCCAGACCCUGGAUCAGAUUCGGACAAUCGACCGAAAGCAAGAGGUGCCUCAUGAUGGGCCCAUGUGUGACCUCCUCUGGUCUGACCCAGAAGACACCACAGGCUGGGGCGUGAGCCCCCGAGGAGCCGGCUACCUAUUUGGCAGUGACGUGGUGGCCCAGUUCAACGCAGCCAAUGACAUUGACAUGAUCUGCCGUGCCCACCAACUGGUGAUGGAAGGUUACAAGUGGCACUUCAAUGAGACGGUGCUCACUGUGUGGUCGGCACCCAACUACUGCUACCGCUGUGGGAAUGUGGCAGCCAUCUUGGAGCUGGACGAGCAUCUCCAGAAAGAUUUCAUCAUCUUUGAGGCUGCUCCCCAAGAGACACGGGGCAUCCCCUCCAAGAAGCCCGUGGCCGACUACUUCCUGUGACCCCGCCCGGCCCCUGCCCCCUCCAACCCUUCUGGCCCUCGCACCACUGUGACUCUGCCAUCUUCCUCAGACGGAGGCUGGGCGUGGGGGGGGCUGUCCUGGCUCUGCUGUCCCCCAAGAGGGUGCUUCGAGGGUGAGGACUUCUCUGGAGAGGCCUGGAGACCUAGCUCCAUGUUCCUCCUCCUCUCUCCCCACUUGAACCAUGAAGUUUCCAAUAAUUUUUUUUUCUUUUUUUCCUUCUUUUUUCUGUUUGUUUUUAGAUAAAAAUUUUGAGAAAAAAAAUGAAAAAAUUCUAAUAAAAGAAGAAAAAUGGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-526.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -548.40
Frequency: 0.0000
Diversity: 373.07
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((...(.((((.((..((((.((..((((.(((((.(((.((..((...(((((.(((((((.(((((...((.((...((((((((..((.((.(...(((((.(((...))).))))).).)).))..))))))))..(((((((((.(((((((.(((((((((((((((((.(((......))).))).(((((......)))))((((..((((.(((.((((((.((...(((((.(((((....((((((....)).)))).............))))).)))))(((.(((((.(.(((...)))))))))..))).((((((.((((.((....)).)))).)))))))).)))))).))))))).)).))...))))))..((((.((((((..(.(.(((((((.....((((...((((((((......((((((.(((((..(((......)))..)))))))))))..(((((.((((((((((((...........))))((((((...))))))))))))))....)))))(((((((.((.(((((.((((((((...))))))....(((((........))))).......((.((((......))))))...((((...((.(((((......))))).))...))))))..)))).).)))))))))))))))))...)))))))))))).)..)))))).))))...((((.(((.....)).).)))).....)))))))))))))))..)))))).)))..((((((((((((((((((.....)).))))).))))..(((((((((......((((.((....)).))))......(((((((.((((((((.((......)).))))))((((((......)))))))))))))))..........((((((.(.((........)).))))))))))))))))....)))))))))))))))))))))))))))))).))))).))))).)))).)).))))..)))))))..)))))......(((((((((..((((((((((..(((((.(((((...((.(((.....))).))....))))).)))))......((((.(((.(((((......))))).))).))))....)))))))))).....))....)))))))......(((((((((((((........(((((((..(((.((((((((.......))))))))..)))..))))))).......))))))))))))).)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((..{({(,((,((,,((((,((..((((.(((((.{((.((,{({...(((((.(((((((.(((((...,||{{..,((((((((,,((,((,,...(((((,(((,,.}||,|||||,|.}}.)),,)}})))))..||||||{||,|(({((({(,((((,...,,,,||,}|||}.,|,{|||,|||.{{,{||{|||,|||||{{{{|.(((,{(((.((((((.((...(((((.(((((....((((((....})}})))...,.....,...))))).)))))(((.(((((.(.(((...)))})))))..))).((((((.((((.((....)).)))).)))))))).)))))).))))))){|,{{{...,|||}|||((((.{(((((..(.(.(((((((.....((((...((((((((......((((((.(((({.{(((......))),))))))))))))..(((((.((((((((((((...........))))((((((...)))))))))))))),...)))))(((((({,{(.(((({.{{((((((...))))))....(((((........))))).......((.((({,.....}))))).||{(((...((.(((((......))))).)),,,}))})),.)))).}.)})))))))))))))))...)))))))))))).)..)))))).)))).},}},,,}}}}}..|}}.},))).}.}}})))))))}}}}||||..}})))).}))..(((((({(((((((((((.....)).))))).))))..(((((((((.,,,..{,,{.((....)).}}|||...|,(((((((.((((((((.((......)}.)))))}((((((......))))))}})))))))|,,,......((({{{{(.{(........)).))))))))))))))))..,,))))))))))))))))))))))))))))),.)}))),))))}.}))}.)).)))),.,.))))|..|}}||......{||||{{{|.,((((((((((..(((((.(((((,..((.(((.....))).))..,.))))).)))))......((((((({.(((((......))))).),.}))))})).)))))))))).....}},...,)))))}......{((((((((((((,{,.....(((((((..(((.((((((((.......))))))))..)))..))))))).......))))))))))))),))}
Back