Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001303506.2
Sequence Length
1461 nt
GC Content
0.5804
GCCGGAAGUAGGAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGUCGAAAGCGGAGUGAAAGAGGGAGGCAGGGAGCCGGAGAGCCGGAACCGGAGUCGCAGCGGCGGAGACCCCUGUGCGGUGCGGAGGGGGCGGCGGCCCCGACUCUGACCCGCGCCGGGGGUGGGCCAUGGCGGAGAUCAGCGACCUGGACCGGCAGAUCGAGCAGCUGCGUCGCUGCGAGCUCAUCAAGGAGAGCGAAGUCAAGGCCCUGUGCGCUAAGGCCAGGUCAGGAAUUGGGCUGGGCUGGCCUGGCUGUGGUGACCCUGGUCUUCUCCUGUCUCCAGAGAGAUCUUGGUAGAGGAGAGCAACGUGCAGAGGGUGGACUCGCCAGUCACAGUGUGCGGCGACAUCCAUGGACAAUUCUAUGACCUCAAAGAGCUGUUCAGAGUAGGUGGCGACGUCCCUGAGACCAACUACCUCUUCAUGGGGGACUUUGUGGACCGUGGCUUCUAUAGCGUCGAAACGUUCCUCCUGCUGCUGGCACUUAAGGUUCGCUAUCCUGAUCGCAUCACACUGAUCCGGGGCAACCAUGAGAGUCGCCAGAUCACGCAGGUCUAUGGCUUCUACGAUGAGUGCCUGCGCAAGUACGGCUCGGUGACUGUGUGGCGCUACUGCACUGAGAUCUUUGACUACCUCAGCCUGUCAGCCAUCAUCGAUGGCAAGAUCUUCUGCGUGCACGGGGGCCUCUCCCCCUCCAUCCAGACCCUGGAUCAGAUUCGGACAAUCGACCGAAAGCAAGAGGUGCCUCAUGAUGGGCCCAUGUGUGACCUCCUCUGGUCUGACCCAGAAGACACCACAGGCUGGGGCGUGAGCCCCCGAGGAGCCGGCUACCUAUUUGGCAGUGACGUGGUGGCCCAGUUCAACGCAGCCAAUGACAUUGACAUGAUCUGCCGUGCCCACCAACUGGUGAUGGAAGGUUACAAGUGGCACUUCAAUGAGACGGUGCUCACUGUGUGGUCGGCACCCAACUACUGCUACCGCUGUGGGAAUGUGGCAGCCAUCUUGGAGCUGGACGAGCAUCUCCAGAAAGAUUUCAUCAUCUUUGAGGCUGCUCCCCAAGAGACACGGGGCAUCCCCUCCAAGAAGCCCGUGGCCGACUACUUCCUGUGACCCCGCCCGGCCCCUGCCCCCUCCAACCCUUCUGGCCCUCGCACCACUGUGACUCUGCCAUCUUCCUCAGACGGAGGCUGGGCGUGGGGGGGGCUGUCCUGGCUCUGCUGUCCCCCAAGAGGGUGCUUCGAGGGUGAGGACUUCUCUGGAGAGGCCUGGAGACCUAGCUCCAUGUUCCUCCUCCUCUCUCCCCACUUGAACCAUGAAGUUUCCAAUAAUUUUUUUUUCUUUUUUUCCUUCUUUUUUCUGUUUGUUUUUAGAUAAAAAUUUUGAGAAAAAAAAUGAAAAAAUUCUAAUAAAAGAAGAAAAAUGGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-594.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -618.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 355.38
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((...(.((((.((..((((.((..((((.(((((.(((.((..((...(((((.(((((((.(((((...((.((...((((((((..((.((.(...(((((.(((...))).))))).).)).))..))))))))..(((((((((.(((((((.(((((((((((.(((((((((..(((((((...(((.(((..((.(((((.((((.(((...((...((((((((...(((((.(((((..(((((((.((((........)))).)))))))(((((.((....)))))))(((((((.(..(((((....)).))).).)))))))....))))).)))))((((((((((.(.((..((.(((((......((((((....))))))..........))))).))..)).).)))))).)))).............((((.....))))))))))))...)))))))))...))))).))....))).)))...)))))))..)...))).))))))))(.(((((........))))).)((((.((((((..(.(.(((((((.....((((...((((((((......((((((.(((((..(((......)))..)))))))))))..(((((.((((((((((((...........))))((((((...))))))))))))))....)))))(((((((.((.(((((.((((((((...))))))....(((((........))))).......((.((((......))))))...((((...((.(((((......))))).))...))))))..)))).).)))))))))))))))))...)))))))))))).)..)))))).))))...((((.(((.....)).).)))).....)))))))))))))))..)))))).)))..((((((((((((((((((.....)).))))).))))..(((((((((......((((.((....)).))))......(((((((.((((((((.((......)).))))))((((((......)))))))))))))))..........((((((.(.((........)).))))))))))))))))....)))))))))))))))))))))))))))))).))))).))))).)))).)).))))..)))))))..)))))......(((((((((..((((((((((..(((((.(((((...((.(((.....))).))....))))).)))))......((((.(((.(((((......))))).))).))))....)))))))))).....))....)))))))......(((((((((((((........(((((((..(((.((((((((.......))))))))..)))..))))))).......))))))))))))).)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((({{{(.,,(,(,((,((..((((.((..((((.(((((.(((.((.,({...(((((.(((((((.(((((...{,{((...((((((((..((.((.(...(((((.(((...))).))))).}.)).))..))))))))..(((((((((.(((((({{(((((((((((,((((({(((..{{(({{{.,,({(({(((,{(((((((({.((({.....,{.},||{,,(((...(((((.(((((..(((((((.((((........)))).)))))))(((({.((...,)}})))){((((((.{..(((((....))}})).).))))))}....))))).))))),||}||||{..,|{{.,||}))))))),...{{((((,,..|||}||....,,.,}))})))))}{{({((({(({,|.((({,,,,|,,...,..||||,,,..}}})||},},|||{{|,||||||}|,.}}}|||},..,})}),},||{||}}||||,,|{,.}||||}||},,|{.(((((........))))).)||||,|||{{{.,|,|.|||||{{...,,|||{...{(((((((......((((((.(((({.{(((......))),})))))))))))..(((((.((((((((((((...........))))((((((...)))))))))))))),...)))))(((((({{((.(((((.((((((((...))))))....(((((........))))).......((.((({,.....)))))).|{{(((...((.(((((......))))).)),,.)))}))..)))).).))))))))))))))))),,,))))))))}))),),,)))))).)))}.{,{(({.{((.....)).}.)))),.,},)))))))))))))))..)))))).)))..((((((((((((((((((.....)).))))).))))..(((((((((.,,,..{,{{.((....)).})))|...|.(((((((.{(((((((.((......)).)))))}((((((......))))))}}))))))),,,,......(((((({(.((........)).))))))))))))))))....))))))))))))))))))))))))))))},.))))).))))).)))).)).))))..},)))))..))))),.....(((((((((..((((((((((..(((((.(((((,..((.(((.....))).))..,.))))).)))))......((((((({.(((((......))))).),.}))))})).)))))))))).....)),...}))))))......{((((((((((((.{,.....(((((((..(((.((((((((.......))))))))..)))..))))))).......))))))))))))).))}
Back