Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001303507.2
Sequence Length
1350 nt
GC Content
0.5793
GCCGGAAGUAGGAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGUCGAAAGCGGAGUGAAAGAGGGAGGCAGGGAGCCGGAGAGCCGGAACCGGAGUCGCAGCGGCGGAGACCCCUGUGCGGUGCGGAGGGGGCGGCGGCCCCGACUCUGACCCGCGCCGGGGGUGGGCCAUGGCGGAGAUCAGCGACCUGGACCGGCAGAUCGAGCAGCUGCGUCGCUGCGAGCUCAUCAAGGAGAGCGAAGUCAAGGCCCUGUGCGCUAAGGCCAGGUGUGCGGCGACAUCCAUGGACAAUUCUAUGACCUCAAAGAGCUGUUCAGAGUAGGUGGCGACGUCCCUGAGACCAACUACCUCUUCAUGGGGGACUUUGUGGACCGUGGCUUCUAUAGCGUCGAAACGUUCCUCCUGCUGCUGGCACUUAAGGUUCGCUAUCCUGAUCGCAUCACACUGAUCCGGGGCAACCAUGAGAGUCGCCAGAUCACGCAGGUCUAUGGCUUCUACGAUGAGUGCCUGCGCAAGUACGGCUCGGUGACUGUGUGGCGCUACUGCACUGAGAUCUUUGACUACCUCAGCCUGUCAGCCAUCAUCGAUGGCAAGAUCUUCUGCGUGCACGGGGGCCUCUCCCCCUCCAUCCAGACCCUGGAUCAGAUUCGGACAAUCGACCGAAAGCAAGAGGUGCCUCAUGAUGGGCCCAUGUGUGACCUCCUCUGGUCUGACCCAGAAGACACCACAGGCUGGGGCGUGAGCCCCCGAGGAGCCGGCUACCUAUUUGGCAGUGACGUGGUGGCCCAGUUCAACGCAGCCAAUGACAUUGACAUGAUCUGCCGUGCCCACCAACUGGUGAUGGAAGGUUACAAGUGGCACUUCAAUGAGACGGUGCUCACUGUGUGGUCGGCACCCAACUACUGCUACCGCUGUGGGAAUGUGGCAGCCAUCUUGGAGCUGGACGAGCAUCUCCAGAAAGAUUUCAUCAUCUUUGAGGCUGCUCCCCAAGAGACACGGGGCAUCCCCUCCAAGAAGCCCGUGGCCGACUACUUCCUGUGACCCCGCCCGGCCCCUGCCCCCUCCAACCCUUCUGGCCCUCGCACCACUGUGACUCUGCCAUCUUCCUCAGACGGAGGCUGGGCGUGGGGGGGGCUGUCCUGGCUCUGCUGUCCCCCAAGAGGGUGCUUCGAGGGUGAGGACUUCUCUGGAGAGGCCUGGAGACCUAGCUCCAUGUUCCUCCUCCUCUCUCCCCACUUGAACCAUGAAGUUUCCAAUAAUUUUUUUUUCUUUUUUUCCUUCUUUUUUCUGUUUGUUUUUAGAUAAAAAUUUUGAGAAAAAAAAUGAAAAAAUUCUAAUAAAAGAAGAAAAAUGGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-540.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -562.93
Frequency: 0.0000
Diversity: 300.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((...(.((((.((..((((.((..((((.(((((.(((.((..((...(((((.(((((((.(((((...((.((...((((((((..((.((.(...(((((.(((...))).))))).).)).))..))))))))..(((((((((.(((((((.(((((((((((.(((((((((..(((((((...((((((((..((((((((..((((........)))).........((((((.((......)))))).))))))))))...((((((....)))))).........)))))))).(((.((((((....(((.....)))...)))))).)))..((((((.....(.(((....(((.....)))))).).....))))))..)))))))..)...))).))))))))(.(((((........))))).)((((.((((((..(.(.(((((((.....((((...((((((((......((((((.(((((..(((......)))..)))))))))))..(((((.((((((((((((...........))))((((((...))))))))))))))....)))))(((((((.((.(((((.((((((((...))))))....(((((........))))).......((.((((......))))))...((((...((.(((((......))))).))...))))))..)))).).)))))))))))))))))...)))))))))))).)..)))))).))))...((((.(((.....)).).)))).....)))))))))))))))..)))))).)))..((((((((((((((((((.....)).))))).))))..(((((((((......((((.((....)).))))......(((((((.((((((((.((......)).))))))((((((......)))))))))))))))..........((((((.(.((........)).))))))))))))))))....)))))))))))))))))))))))))))))).))))).))))).)))).)).))))..)))))))..)))))......(((((((((..((((((((((..(((((.(((((...((.(((.....))).))....))))).)))))......((((.(((.(((((......))))).))).))))....)))))))))).....))....)))))))......(((((((((((((........(((((((..(((.((((((((.......))))))))..)))..))))))).......))))))))))))).)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((({{(.,,(,(,((,((.,((((.((..((((.(((((.(((.((.,({...(((((.(((((((.(((((...{,{((...((((((((..((.((.(...(((((.(((...))).))))).}.)).))..))))))))..(((((((((.(((((({{(((((((((((.(((((((((..(((((((...((((((((..((((((((..((((........)))).........((((((.((......)))))).})))))))))...((((((....))))))........,)))))))).{((,((({((,.,,(((,,.,,|}}...}}}}}}}}}}..||||(({.,,,{,(({.,,.{||,}},}}}|))).,.},)})))})},,)))))))..),..)))}}))))}}}{.(((((........))))).}((((.((((((..(.(.(((((((.....((((...((((((((......((((((.(((({.{(((......))),})))))))))))..(((((.((((((((((((...........))))((((((...)))))))))))))),...)))))(((((({,((.(((({.((((((((...))))))....(((((........))))).......((.((({,.....)))))).||{(((...((.(((((......))))).)),,.)))}))..)))).).)))))))))))))))))...)))))))))))).)..)))))).)))).{.{(({.{((.....)).).)))),..,.)))))))))))))))..)))))).)))..((((((((((((((((((.....)).))))).))))..(((((((((.,,,..{,{{.((....)).})))|...|.(((((((.{(((((((.((......)).)))))}((((((......))))))}}))))))),,,,......(((((({(.((........)).))))))))))))))))....))))))))))))))))))))))))))))},.))))),))))).)))).)).))))..}.)))))..})))),.....(((((((((..((((((((((..(((((.(((((,..((.(((.....))).))..,.))))).)))))......((((((({.(((((......))))).),.}))))})).)))))))))).....)),...,))))))......{((((((((((((.{,.....(((((((..(((.((((((((.......))))))))..)))..))))))).......))))))))))))).))}
Back