Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001303524.1
Sequence Length
1976 nt
GC Content
0.5643
ACUUUAGCUAAACCCGGUUCCAAAGGGGUGGGAGUCGUCGGAGAGGAAUGGCCUCUGUAUCUCCGGAGACGGAAACACCAGGACGAAGAGGCCCUAAGAACAGCCAGUUCCUAGCGCAGAGCCGCGCCCGCCAUGAGGGAGAUCGUGCACAUCCAGGCGGGCCAGUGCGGGAACCAGAUCGGCACCAAGUUUUGGGAAGUGAUCAGCGAUGAGCACGGCAUCGACCCGGCCGGAGGCUACGUGGGAGACUCGGCGCUGCAGCUGGAGAGAAUCAACGUCUACUACAAUGAGUCAUCGUCUCAGAAAUAUGUGCCCAGGGCCGCCCUGGUGGACUUAGAGCCAGGCACCAUGGACAGCGUGCGGUCUGGGCCUUUUGGGCAGCUUUUCCGGCCUGACAACUUCAUCUUUGGCCAGACGGGUGCAGGGAACAACUGGGCGAAAGGGCACUACACGGAGGGCGCGGAGCUGGUGGACGCAGUGCUGGACGUGGUGCGGAAGGAGUGCGAGCACUGCGACUGCCUGCAGGGCUUCCAGCUCACGCACUCGCUGGGCGGCGGCACGGGCUCAGGCAUGGGCACGCUGCUCAUCAGCAAGAUCCGUGAGGAGUUCCCGGACCGCAUCAUGAACACCUUCAGCGUCAUGCCCUCGCCCAAGGUGUCGGACACGGUGGUGGAGCCCUACAAUGCCACACUGUCGGUGCACCAGCUGGUGGAGAAUACAGACGAGACCUACUGCAUCGACAACGAGGCGCUCUAUGACAUCUGCUUCCGCACUCUGAAGCUGACAACGCCCACCUACGGGGACCUCAACCACCUGGUGUCCGCCACCAUGAGUGGGGUCACCACCUCGCUGCGCUUCCCGGGCCAGCUCAAUGCUGACCUGCGCAAGCUGGCGGUGAACAUGGUGCCCUUCCCGCGCCUGCACUUCUUCAUGCCUGGCUUCGCGCCGCUCACCAGCCGCGGCAGCCAGCAGUACCGGGCCCUGACCGUGCCCGAGCUCACCCAGCAGAUGUUCGACGCCAGGAACAUGAUGGCCGCCUGCGAUCCGCGCCAUGGCCGCUACCUGACCGUGGCCACCGUGUUCCGCGGGCCCAUGUCCAUGAAGGAGGUGGACGAGCAGAUGCUGGCCAUCCAGAGUAAGAACAGCAGCUACUUCGUGGAGUGGAUUCCCAACAACGUGAAGGUGGCCGUGUGCGACAUCCCGCCCCGCGGCCUGAAGAUGGCCUCCACCUUCAUCGGCAACAGCACGGCCAUCCAGGAGCUGUUCAAGCGCAUCUCCGAGCAGUUCUCAGCCAUGUUCCGGCGCAAGGCCUUCCUGCACUGGUUCACGGGUGAGGGCAUGGAUGAAAUGGAGUUCACCGAGGCGGAGAGCAACAUGAACGACCUGGUAUCCGAGUACCAGCAGUACCAGGAUGCCACCGCCAAUGACGGGGAGGAAGCUUUUGAGGAUGAGGAAGAGGAGAUCGAUGGAUAGUCGGAAUAGAGCCGCCCCAACUCAGAUCCUACAACACGCAAGUUCCUUCUUGAACCCUGGUGCCUCCUACCCUAUGGCCCUGAAUGGUGCACUGGUUUAAUUGUGUUGGUGUCGGCCCCUCACAAAUGCAGCCAAGUCAUGUAAUUAGUCAUCUGGAACAAAGACUAAAAACAGCAGAGAAUUGCGGGUUCUACCCAGUCAGAAGAUCACACCAUGGAGACUUUCUACUAGAGGACUUGAAAGAGAACUGAGGGGCCACAAAAUAAACUUCACCUUCCAUUAAGUGUUCAAGCAUGUCUGCAAAUUAGGAGGGAGUUAGAAACAGUCUUUUUCAUCCUUUGUGAUGAAGCCUGAAAUUGUGCCGUGUUGCCUUAUAUGAAUAUGCAGUAUGGGACUUUGAAAUAAUGAUUCAUAAUAAAAUACUAAACGUGUGUCUUCAUCUCUCUAGCCAUGUGCAUAAAUGACGUAAGUUACUUUGUAUGGUUAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-736.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -771.54
Frequency: 0.0000
Diversity: 477.44
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((....((((((......((((.((.(((((.((........(((((((...((((((....))))........))...)))))))..........)).((((((.((((.(.(((.((((.(.(((((......)))))......).)))))))).))))))))))..(((((...((((...))))....))))).((.....))))))).)).))))))))))..((..(((.((....)).)))..)).((((((((((................(((((((((.((.(((((.....((.(((((((...)))))).).))...((((((((((((((.....(((((.((((((((...((.((((.(((((((((((.........((((((((((((.(.((((.((.((((....(((((.((..((((((.....(((((((.(((.((((.(((..((.(((((((..((((((((((((((((((((((.(((((......))))).))))...(((((.((....))))))).((((..(((((((...(((((((..((((.....))))..).))))))..)))..))))..))))..(((((.(.(.....).)))))).((((((.((.((((.((((((((((((((((((........(((....((((((((((..((((.((...........)).))..))..))))))))))....))))))))......((.(((((........))))).)).....(((......))).......))))))..))))))).)))).)).))))))(((((.((..(((((((.....(((.((((.....)))).))))))).))).)).)))))....(((((.......))))).))))))))))..((...))..))))))))...)))).))).))..))).)))).))).)))))..))))))))....)).)))))...((((((........))))))((((((((((((((...((((...(((((((.........))))))).))))...)))))))((((.(((.....))).))))...(((....))))))))))....((....(((.(.(((((((((((..((((....)).))..)))))).))))).))))...)).))))))))))))))).))))))))((((..(((.((((..(((.(((....((.((((((...((((((...((.((((((....(((((((.((.((..((((.(((.((....))))).))))..)).)).)))))))..((.((((......))))))....))))))))....)))))).)))(((((((..((((.....))))..))))))).(((.......))))))))..))).)))..)))))))..))))..(((....))).)))))))..)))).)))).))))))))))......)))))..((((......))))...((.(((...........)))))...))))))).))))))).....((((..(((.(((((((((..........((((((.(((..((((((............))))))..)))(((......)))((((...))))(((.(((((.((.((...))..)).))))))))....)))))).........)))))))))))).))))((((...((((((......(((............))).....)))))))))).....(((.((((.((((.....)))).)))).))).....((.(((((((((..(((....))).))))))))).))))))).)).)))))))))......((((.....)))).......))))))))))...(((((....((((....))))...))))))))))))...............
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((({..(((({{{{,...|||{||||.(((,((({{(({{,..,,|||||...||||||,.,,)}},..,,||,{|,,..,|,||||{{..,,,,..,,.||||{{,((((.{.((({{((({(((,{({.,....,,,},,.,.}},.)))))))}.}}))))}}}}..(((((...(((,...})))....))))).{(,,,,.}},|||}.}},.|||||||},.}||}.|||}|}...}}),}}}}}},.((((((((((......,,........{((((((((.{{.(((({.....((,(((((((,,.}))))),).}}...{{{{{((((((((,{{...(((((.((((((((...,{,((((.(((((((((((.........{(((((((((((.(.((((.((.((((....(((((.((..((((({....,(((((((.(((.((((.(((.,((.(((((((..((((((((({.|(((((((|{|.{((|{,..(({|||.}|})|},}})|}}.,}}},,}{{((({{((((({.((((({(,,{(((((({..((((.....})))..|.||||}|,,|}},.}}))|,}}||,,{{(({.{.{,.,||||}},,})|(({(((.((.((((.(((((((((((((,((((,{,.....(((.,..((((((((((..,(((.((...........}).)).,},..))))))))))..,.)))),,,,......{(.(((((........))))).)}.....{{{......)))}..})).))))))..))))))).)))).)).)))))){((((.{{..(((((((.....(((.((((.....)))).)))))))},)).)).))))}.,,,|||||....,,.)}))),)},,..,,,}.}))}})))}}))))))))...))))),)).)).,))).)))).))).)))))..))))))))....)).)))))...((((((........))))))((((((((((((((...((((...(((((((.........))))))).))))...)))))))((((.(((.....))).))))...(((....))))))))))....{{....{({,(.(((((((((((..((((....))},)..)))))))))))).)))).,.}}.))))))))))))))).)))))))}((((..(({(((((..(((.(((....{(.((({((,,.((((({.,.{{.((((({....(((((((.((.((..((((.(({,((....))))).))))..)).)).))))))).,((.(({{.....,|)))}},...))))))))..}.)))))}.}}|(((((((..((((.....))))..)))))))}(({{,...,.}))))}))..))).)))..)))))))..))))..(((....))).))))))}..)))).)))).))))))))})......)))))..((((......))))}},||,|||,,,,,,,...,))))),).,}))))),}}}}}}}....,{{{{..(((.(((((((((..........((((((.(((..((((((............))))))..)))(((,....,)))((((...))))(((.(((((.((.{....,},.)).))))))))....)))))).........)))))))))))).,,,,{{{{...((((((.....,(({....,,.,....)),.....))))))}}},.,...(((.((({.((((.....)))).)))).))).....((.(((((((((..(((....))).))))))))).))})))).}}.)))))))))......{(((.....}}))}}.....)))))))))),,.||||{,,{,((((....)))).}}))),))))))))...............
Back