Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001303526.2
Sequence Length
1768 nt
GC Content
0.5701
AGUUGCCGCUGUCGUCCGCAGAGCCAGUUCCUAGCGCAGAGCCGCGCCCGCCAUGAGGGAGAUCGUGCACAUCCAGGCGGGCCAGUGCGGGAACCAGAUCGGCACCAAGUUUUGGGAAGUGAUCAGCGAUGAGCACGGCAUCGACCCGGCCGGAGGCUACGUGGGAGACUCGGCGCUGCAGCUGGAGAGAAUCAACGUCUACUACAAUGAGUCAUCGUGCCAGACGGGUGCAGGGAACAACUGGGCGAAAGGGCACUACACGGAGGGCGCGGAGCUGGUGGACGCAGUGCUGGACGUGGUGCGGAAGGAGUGCGAGCACUGCGACUGCCUGCAGGGCUUCCAGCUCACGCACUCGCUGGGCGGCGGCACGGGCUCAGGCAUGGGCACGCUGCUCAUCAGCAAGAUCCGUGAGGAGUUCCCGGACCGCAUCAUGAACACCUUCAGCGUCAUGCCCUCGCCCAAGGUGUCGGACACGGUGGUGGAGCCCUACAAUGCCACACUGUCGGUGCACCAGCUGGUGGAGAAUACAGACGAGACCUACUGCAUCGACAACGAGGCGCUCUAUGACAUCUGCUUCCGCACUCUGAAGCUGACAACGCCCACCUACGGGGACCUCAACCACCUGGUGUCCGCCACCAUGAGUGGGGUCACCACCUCGCUGCGCUUCCCGGGCCAGCUCAAUGCUGACCUGCGCAAGCUGGCGGUGAACAUGGUGCCCUUCCCGCGCCUGCACUUCUUCAUGCCUGGCUUCGCGCCGCUCACCAGCCGCGGCAGCCAGCAGUACCGGGCCCUGACCGUGCCCGAGCUCACCCAGCAGAUGUUCGACGCCAGGAACAUGAUGGCCGCCUGCGAUCCGCGCCAUGGCCGCUACCUGACCGUGGCCACCGUGUUCCGCGGGCCCAUGUCCAUGAAGGAGGUGGACGAGCAGAUGCUGGCCAUCCAGAGUAAGAACAGCAGCUACUUCGUGGAGUGGAUUCCCAACAACGUGAAGGUGGCCGUGUGCGACAUCCCGCCCCGCGGCCUGAAGAUGGCCUCCACCUUCAUCGGCAACAGCACGGCCAUCCAGGAGCUGUUCAAGCGCAUCUCCGAGCAGUUCUCAGCCAUGUUCCGGCGCAAGGCCUUCCUGCACUGGUUCACGGGUGAGGGCAUGGAUGAAAUGGAGUUCACCGAGGCGGAGAGCAACAUGAACGACCUGGUAUCCGAGUACCAGCAGUACCAGGAUGCCACCGCCAAUGACGGGGAGGAAGCUUUUGAGGAUGAGGAAGAGGAGAUCGAUGGAUAGUCGGAAUAGAGCCGCCCCAACUCAGAUCCUACAACACGCAAGUUCCUUCUUGAACCCUGGUGCCUCCUACCCUAUGGCCCUGAAUGGUGCACUGGUUUAAUUGUGUUGGUGUCGGCCCCUCACAAAUGCAGCCAAGUCAUGUAAUUAGUCAUCUGGAACAAAGACUAAAAACAGCAGAGAAUUGCGGGUUCUACCCAGUCAGAAGAUCACACCAUGGAGACUUUCUACUAGAGGACUUGAAAGAGAACUGAGGGGCCACAAAAUAAACUUCACCUUCCAUUAAGUGUUCAAGCAUGUCUGCAAAUUAGGAGGGAGUUAGAAACAGUCUUUUUCAUCCUUUGUGAUGAAGCCUGAAAUUGUGCCGUGUUGCCUUAUAUGAAUAUGCAGUAUGGGACUUUGAAAUAAUGAUUCAUAAUAAAAUACUAAACGUGUGUCUUCAUCUCUCUAGCCAUGUGCAUAAAUGACGUAAGUUACUUUGUAUGGUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-660.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -691.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 492.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((((..(((.(((((..((((.((((((.((((.(.(((.((((.(.(((((......)))))......).)))))))).))))))))))..(((((...((((...))))....))))).((.....)).((((.........))))..))))..))))).))).)))))))...((((((((((....(((.(((.((((((((((((..((((((..((((.((((((......(((((....((((((.....(((((((.(((.((((.(((..((.(((((((..((((((((((((((((((((((.(((((......))))).))))...(((((.((....))))))).((((..(((((((...(((((((..((((.....))))..).))))))..)))..))))..))))..(((((.(.(.....).)))))).((((((.((.((((.((((((((((((((((((........(((....((((((((((..((((.((...........)).))..))..))))))))))....))))))))......((.(((((........))))).)).....(((......))).......))))))..))))))).)))).)).))))))(((((.((..(((((((.....(((.((((.....)))).))))))).))).)).)))))....(((((.......))))).))))))))))..((...))..))))))))...)))).))).))..))).)))).))).)))))..))))))))..))))).((((((..((((((..((((.........)))).(((((((...((((...(((((((.........))))))).))))...)))))))((((.(((.....))).)))).))))))..)))))).((((((..((..(((((((..((.(((((((..((((....)).))..)))))))(((((((((((((......)))...(..((((((((.(((...))).)))))..)))..).))))))))))..))..)))))))..))((........)).(((((((.((.((..((((.(((.((....))))).))))..)).)).))))))).))))))....((((..(((((.(((((..................((((((((..((((.....))))..))))))))))))).....((((((((((((..(((((((((((.....((...(((((.....))))).......)).......))))..)))).)))...))...)))))))))).....))))).))))..))))...))))))..))))))..)))))).)))))).)))))).(((((((((..........((((((.(((..((((((............))))))..)))(((......)))((((...))))(((.(((((.((.((...))..)).))))))))....)))))).........)))))))))........((((...((((((......(((............))).....)))))))))).....(((.((((.((((.....)))).)))).))).....((.(((((((((..(((....))).))))))))).))..((((.......)))).......((((.....)))).......))))))))))...(((((....((((....))))...))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(,{((((..(((.(((((..((((.((((((.((((.{.({{.{(((,({({(((......}}})},...,.,.)))))))).))))))))))..(((((...((({...})))....))))).((.....)).((((.........))))..))))..))))).))).)))))}}||,((((((((((....,{{,,,..,,,,(((((((({.((((({.,{{{{|{|,((({,....(((((....((((({....,(((((((.(((.((((.(((.,((.(((((((..((((((((({.|(((((((|{|.{((|{,..(({|||.}|})|},}})|}}.,}}},,}{{((({{((((({.((((({(,,{(((((({..((((.....})))..|.||||}|,,|}},.}}))|,}}||,,{{(({.{.{,.,||||}},,})|(({(((.((.((((.(((((((((((((,((((,{,.....(((.,..((((((((((..,(((.((...........}).)).,},..))))))))))..,.)))),,,,......{(.(((((........))))).)}.....{{{......)))}..})).))))))..))))))).)))).)).)))))){((((.{{..(((((((.....(((.((((.....)))).)))))))},)).)).))))}.,,,|||||....,,.)}))),)},,..,,,}.}))}})))}}))))))))...))))),)).)).,))).)))).))).)))))..))))))))..))))}.((((((..((((((..((((.........)))).(((((((...((((...(((((((.........))))))).))))...)))))))((((.(((.....))).)))).))))))..)))))){(((((({{((..(,,,,,,..||}||||,||},,|||.,,}))..,..}|||||{(((((((((,(((......)))..})}}|||{((((.{{{,..))),)))))..|||..|,||||||||||,{||{.|||||||..|,{{.{{{{{{.,|.(((((((.((.((..((((.(({,((....))))).))))..)).)).))))))).|||}||,,..{,,{||||||{..,|||}}}}}..,.},..,,...((((((((..((((.....))))..)))))))).||||,....{((((((((,(({{{{(((({({(({{,(.((,,,(({,({{...|,|{{.......})}},}}..))),.,)))).}}},,,,.,,})))))))))}..,},}}}})}})}),.})),.,}))}}}}.,}))))},}}})}},..,})))))),|||.(((((((((..........((((((.(((..((((((............))))))..)))(((,....,)))((((...))))(((.(((((.((.{....,},.)).))))))))....)))))).........))))))))),,......{{{{,,.{({{{{......{{{.,..,|,,...,)),..,.,))))))})}}.,...{{{.{|{{,((((|....}})),)))).))).....((.(((((((((..(({....}}).))))))))).))..|,,....,,}}))))}......{{{{.....}}))}}.....))))))))))..,{{(((.{{.((((....)))).},))))),....
Back