Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001303626.1
Sequence Length
2159 nt
GC Content
0.5104
CCACUGAAGAUCCUGGUGUCGCCAUGGGCCGCCGCCCCGCCCGUUGUUACCGGUAUUGUAAGAACAAGCCGUACCCAAAGUCUCGCUUCUGCCGAGGUGUCCCUGAUGCCAAGAUUCGCAUUUUUGACCUGGGGCGGAAAAAGGCAAAAGUGGAUGAGUUUCCGCUUUGUGGCCACAUGGUGUCAGAUGAAUAUGAGCAGCUGUCCUCUGAAGCCCUGGAGGCUGCCCGAAUUUGUGCCAAUAAGUACAUGGUAAAAAGUUGUGGCAAAGAUGGCUUCCAUAUCCGGGUGCGGCUCCACCCCUUCCACGUCAUCCGCAUCAACAAGAUGUUGUCCUGUGCUGGGGCUGACAGGCAUGCGAGGUGCCUUUGGAAAGCCCCAGGGCACUGUGGCCAGGGUUCACAUUGGCCAAGUUAUCAUGUCCAUCCGCACCAAGCUGCAGAACAAGGAGCAUGUGAUUGAGGCCCUGCGCAGGGCCAAGUUCAAGUUUCCUGGCCGCCAGAAGAUCCACAUCUCAAAGAAGUGGGGCUUCACCAAGUUCAAUGCUGAUGAAUUUGAAGACAUGGUGGCUGAAAAGCGGCUCAUCCCAGAUGGCUGUGGGGUCAAGUACAUCCCCAGUCGUGGCCCUCUGGACAAGUGGCGGGCCCUGCACUCAUGAGGGCUUCCAAUGUGCUGCCCCCCUCUUAAUACUCACCAAUAAAUUCUACUUCCUGUCCACCUAUGUCUUUGUAUCUACAUUCUUGACGGGGAAGGAACUUCCUCUGGGAACCUUUGGGUCAUUGCCCUUUCACUUCAGAAACAGGUUGACAACUCAGCCCUGCUCAUGAGGCAGCAAACCCUGCAAAGGGCUGGGACUGGUGGCCUUAUGUCAGUUGUCUACUCUGGAGCUUGACUUGGACCUCCCCAGGUCCUAGGCAGUAGGUUGAAAAACACUGAAGUGCUUUUCAUGAAGCACAGCUGCAGCAAAGCCUUGCAAUCCCAGGCUGGGGUCAGCCUACAGUUGUGUUGCUUAUUACAACACAUGCGGACCAAGAGGGGCUUGUGGGCUAGAGGCUGACCAGCAGCGUUUAUUUAGCAAGGGUAGGUGUGCAUCACAUUGGGCUUGUUCUCACCCAUCUGGUUUGGCCAUUCCUCCUUGGUGGGAAUCAUCCAGGUACUGCUGAGGUCACCUGCGAUUUGCCCCAUUUCCUAUCUCUAGCAACCUCCUGGGCCCCAUGCCCCCACCCCUUCUAGAACCUGCAUUCCCAGGGCCUUCACCACCUGACCAAAGGUCUAGGCUAACCUUUGGUCAUUUGUAACAAGACCUCGGAACAGACACGUGUGUGGCAUGGUUUGGCCUGGGGAUCUUAGAUGUCUGACCUGAACUAUUGUAGAACAGCGCUGGCUUUUGGGGGAGCAGCAAAAAUGAGAGGAGUGCUAGGUGGGUGGCCUGAGCAUCUGUAUCCAGGGACAGGACUCCAAAGGCUUUUGGUCCCAGAGCUGGGGUAUGUUGGCCCCAGCCCCCAGCCUGUGGCUCCCAAAAGGCCUCUGGUUUUUUGUAAUCUCAGUUUACAGCCAUUUCUUAGGUUUUUAAUUACCUUUAUUUUAUUUUGCCAAACAUACCUGGGAAUACCUUUUAUUUUUUUUUUACCUUGGGGUGAUGGUUCCAAACCAUAAAUGUGAUUAUAGUUAACACAUGACCCUUCUAGCGUCCCAGCCAGUGUUUUUCCUGACCUCUCUUCUUUGGAGAGGAGGAUGGAAGGGAGGGGUCCGGCAUGCUGCUGGCAUUUUGCUGUGUCCUGCAGCCCCUUUCCGGGACACCUGGGUUCACACAGCUUUUUAGCUUACAUAACUGGUGCAGAUUUUCUGUGUGGAGAUGUUGCCUUGACCAGCCUUGGCUGGACUUUACCAGGCAUGCAGAAGCCUGUACCAACACAGACUACAGCACCCAGGAGGUGCGAGUGUGGCUGCUCAGCGGUUAUAACAGGCCUGACUGCAUUGUUCACCGGAUUAUAAUGAGCCAAAAUGUUUCCCGGUGUUUGCUGGUUUCAGGGAAGGAGUUUGAUAUAGCAGAUUAACCACCCUCCUUGUAGCUAUUGGGGCUUAAUGGUUUCCUGGUGAUUCUUACCAAUCCACAAUAAACAUGGCCCAUUGGCAUAUCUGCAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-792.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -829.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 380.40
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..............(((((.(((((((((((..((((((((.(((((.((((((((.((........)).)))))....((((...(((((((..((.(((...(((((........)))))...)))))..)))))))..)))).((((((((......))))))))(..(((....)))..).........((((((((((.((((...(.((((((..((((...((((((((((((.((.(((...(.((((((((((((......((((...))))(((((((((..(((..(((((((((.........(((((.....)))))......((.((((((((..(((((((.....)))))..))...)))))))).))(((.(((((((........)))))))))).......(((((((....((((((.((((...(((((.((.(((.(..((((((....))))))..).))).)))))))((((((((((((..((((.(((...))).))))..))))..((((((((.......)))))))).......(((.(((....))).)))..(((((((((((((.(((((.......))))))))))))(((((.(((......))).)))))((((.(((((((((((............))))...............................((((((.....((((..........))))....))))))(((((...((((....)))))))))((((....))))((((......))))((((((((....)))).)))).)))))))))))....((((....)))))))))).)))))))).................)))).)))))).((.((((((....)))))).)).(((......(((((((((((..(((((((....))))))).((((..((((....))))......((((((....))))))...(((((((((.......))))))).))(((((.((((((((.((((...((((.((((.....)))).))))...((((((....((((((...))))))...)))))).((((.....(((((((((((((.((((..((((((((...((((((((.((((.(((((((((((((..((...))..))......((((((..(((((((((.....))))......(((.......((((.(((((((((((.....((..(((((((((((........)))))))))))..))....((((((((((..(((((.(((((...))))))))))..)))))).))))((.((.(((..(((........)))..)))))))))).)))))))).)))).......))))))))))))))))))))))))).)))).(((((..(.(((((((((..(((.((((((((((.(((((.(((((((...((((....)))))))))))))).))...)))))).)))).)))..)))))...)))).)..))))).........((((........))))....................))))))))................))))))))..)))).)))))..)))))))).....))))..........)))).).))))))).).)))))))))))))))))))))).(((((((.....))))))).))))))).)))))))))..)))..(((((.(((((......))).)).)))))(((.....))).)))))))))...)))))))))))).).))).))..))))))))))))(((((((((......(((((((((((((....)))))...)))..)))))(((((....))))))).)))))))...))))..))))).).)..))).)))))))))))..))).))))).)))......(((.....((((((......((........)).....))))))..)))(((((.((((((.((((((((......)))))).....)).)))))).)))))..)))))....(((.....((((((...))))))..))).........))))))).)))))))))....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..............(((((.(((((((((({,.((((((((.(((((.(((((({(,((....,,,,)),)}}}}....{{((.,,{((((((.,((.(((...(((((........)))))...))))).,))))))}..,))).((((((((......)))))))),,||||.,,,}}}},},........((((((((({.{(((.,.{.((((((..((((...((((((((((((.,,.(((...(.((((((((((((......((((...))))(((((((((..(((..(((((((((....,,.,.(((((.....))))).}...{((.((((((((..(((((((.....)))))}.,}...)))))))).))|{{.(((((((,.....,.)))))))}},.......(((((((.,..((((((.((((...(((((,,{.(((.(..((((((....))))))..).))).}})))))((((((((((((.,((((.(((...))).)))),.))))..((((((((.......))))))))......,(((.(((....))).)),,,{((((((((((((.(((((.......))))))))))))(((((.(({......))).)))))((((.(((((((((((..,......,..)))}.............................{(((((((.....((((..........))))....)))))))}{|||..,|||,.,|))},.....((((....)))),{((......))},((((((((....))))))})),)))))))))))....((((....)))))))))}.))))))))....,..,,....,.,,)))).)))))).((.((((((....)))))).)),,...{{{,,(((((((((((..(((((((....))))))).(((({.{{..,{{{|||}....,,|||||{.|{|||||||.,,{{(((((((.......))))))).||{{,((.,,,|||||}||||}|}|,{|,||||..,.,)))).},,...{{(,(((({(.,(((((.(((((({((((..{{....}}))),..(((((((((((((.((((..((((((((...,(((((((.((((.(((((((((((((..{(...}}..})......((((((..(((((((((.....))))......{{{.......((((.(((((((((((.....{{..(((((((((((........)))))))))))..}}....((((((((((..(((((.(((((...))))))))))..)))))).)))),{.,(.(((..(((..,.....)))..)))})},)))))))))))).)))).......))))))))))))))))))))))))).)))).(((((..(.(((((((((..(((.((((((((((.(((((.(((((((...((((....)))))))))))))).))...))))))))))).)))..))))),..}))).)..))))).........((((........)))}....................)))))))||{|,.....,,,,,..))))))))..)))).)))))..))))))))..,})))))},,...,,.,)))},.})))))))}|,,}}},,))))))))))))),,},||(((((.....))))))).))))))).)))))))))..)))..(((((.(((((......))),)}.)))))(((.....))).)))))))))...)))))))))))).).))).},..))))))))))))(((((((((......{((((,({(((((....)))))...,},..))))}{((((....))))})),}))))))...))))..))))).).).,))).)}))))))))).,))}.})})).)))..,,,.{{{.....((((((...,,,.{,.,.....,}}}...))))))..})){((({.((((((.(({(((((,,....}}}))),,...)),)))))).}))))..)))))....{{{.....((((({...})))))..}}}.........,))))))}}))))))))....................
Back