Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001304348.2
Sequence Length
1699 nt
GC Content
0.5780
GUUUUGAAAGUUCCUUCUGUCUGCUGUGUAGAGAAUUGACUACAGGGGAUGAAGGUGGAACUGGGAGACUAGGGAGGAGGUCCAGAACGUCUCCCAGUCCAUGGAGGUCCUUGAGUUGCGGACGUAUCGCGACCUCCAGUAUGUACGCGGCAUGGAGACCCUCAUGCGGAGCCUGGAUGCGCGGCUCCGGGCAGCUGAUGGGUCCCUCUCGGCCAAGAGCUUCCAGGAGCUGAAGGACAGGAUGACGGAACUGUUGCCCCUGAGCUCGGUCCUGGAGCAGUACAAGGCAGACACGCGGACCAUUGUACGCUUGCGGGAGGAGGUGAGGAAUCUCUCCGGCAGUCUGGCGGCCAUUCAGGAGGAGAUGGGUGCCUACGGGUAUGAGGACCUGCAGCAACGGGUGAUGGCCCUGGAGGCCCGGCUCCACGCCUGCGCCCAGAAGCUGGGCUGUGGGAAGCUGACCGGGGUCAGUAACCCCAUCACCGUUCGGGCCAUGGGGUCCCGCUUCGGCUCCUGGAUGACUGACACGAUGGCCCCCAGUGCGGAUAGCCGGGUCUGGUACAUGGAUGGCUAUUACAAAGGCCGCCGGGUCCUGGAGUUCCGUACCCUGGGAGACUUCAUCAAAGGCCAGAACUUUAUCCAGCACCUGCUGCCCCAGCCGUGGGCGGGCACGGGCCACGUGGUGUACAACGGCUCCCUGUUCUAUAACAAGUACCAGAGCAACGUGGUGGUCAAAUACCACUUCCGCUCGCGCUCUGUGCUGGUGCAGAGGAGCCUCCCGGGCGCCGGUUACAACAACACCUUCCCCUACUCCUGGGGCGGCUUCUCCGACAUGGACUUCAUGGUGGACGAGAGCGGGCUCUGGGCUGUGUACACCACCAACCAGAACGCGGGCAACAUCGUGGUCAGCCGGCUGGACCCGCACACCCUCGAGGUCAUGCGGUCCUGGGACACCGGCUACCCCAAGCGCAGCGCUGGCGAGGCCUUCAUGAUCUGCGGUGUGCUCUACGUGACCAACUCCCACCUGGCUGGGGCCAAGGUCUACUUCGCCUAUUUUACCAACACGUCCAGUUACGAGUACACGGACGUGCCCUUCCACAACCAGUAUUCCCACAUCUCGAUGCUGGAUUACAACCCCCGGGAGCGCGCCCUCUAUACCUGGAACAACGGCCACCAGGUGCUCUACAAUGUCACCCUGUUUCACGUCAUCAGCACCUCUGGGGACCCCUGAGCCAAUGCUGUGGCUCGGGCUGCUGCCUGGGGGGCCUCUGGGGGCUGGGGGCCCUUUUCAUUCUGCCUGUGUCCCUCAAGGGUGAUCUCUCUGUCUCUGUCACGCCCUUUCUCCCCGCCUUUUUGCUGGGCUUUUGUUCUCUGCCUAUGUAUUUCUGUCUAUUUUUUCAAUUUCCCCUCUUCUCCUUUAUUGAUCUCUGCUUUUAAUACACCACUUCUUUCUUUCUGCCUUUUUAUGGAUGUCUUUUUCUUUUUAUGGCUCUGGUUCUCCAGUUCUUUCCGUCUCUGCCUCUCUCUGUCUCUCUCUCUCUGUCCUUCCACCCCUCCCUCCUUGCUUCCCACCCAUUCCUCAUCCCUCACUCCCACCCCCACCCCCACCCCCAGGAGUUGAGUGCAUGGAUCUGUUUCUUUUUUUAUUUACACUUUUUCUUUCCGGUUUGCCGGAAUAAACAGGACCUUUGACAUUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-639.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -668.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 474.23
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((...((((.((((..(.(((((...))))).)...((((...((((.((..(((((...((((((...((((((((((((..((((((((..(((.(((.((....)).)).)))).)))))).))..)))))))...........(((..((.((((((((.((...(((((((.((...))))))))).))))).))))))).....)))..((((.....((((..(((((((((((.((.(((.(((..((......)).)))))).(((((((....(((((((...(((((....((..(((((((.((((.((((.....)))))))).)))....))))..))...(((((((((.(((......((((...((((.(.(((((..(((((.(((.((((((((((((((((.....)))...((((((...))))))(((((((((((((.((((.......(((((((..((.....))..)))))))))))..)))))).((((((((.........((((((((((((((((...(((((((((((........((((........)))))))))).)))))...)))))))..)))).............))))).....)))))))).((((...((((((((((((((..((((((((((((((((((((((.((((....((((....))))....(((((((...((((((......))))))..((((((.(((((((((..(((.(((((((((((((((((.(..((.................))..).))))))).)))))))).....)).))).))))).)).)).))))))))))))))))))))))))))).........((((((...(((...((((.((((((.(((((.(((.(((.....)))..))))))))(((....)))(((......))).....))))))..))))...))).))))))))).)))...)))).))....)))))..)))))))))..)))).....................(((((((.((.......))..)))))))...))))))).((((((((..........)))))))).........((((((((((.((((((((....)))).....((((.(((((((((.....((((...........))))....))))))..))))).))...((((((......)))))))))))))).))))))))))))))((((((.(.((((............)))).)))))))..))))).))).).))))..))).)).).))))....))))......((((((((...........))))).)))......................))).))))))))).((((((.........))))))..................(((.......(((........)))......))).((((....)))).....))))).)))))))....))).)))).)))).))))))))).....))))......))))...............)))))..))))))...)))))..)).))))...))))(((((.(((((............)))))...))))).....((((((....)))))).....)))).)))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,.,.((((.((((..,.,,,,,.{{|||||{|{..{{,.{{{(((((((,.(((((...((((((.,.(((((((((({{,.{,.,{||||,{{{{{(,((({(((|{{{{.{{((({,||||{|,|.|,,,,}).}}}}},.}}}}||..{{,{{{{{||{,|(||,((({({{.{|..|))))))||},|||}}.}||||}}....}}})},}}))),)),||||}}(((((((((({.({.((,{(((..((......)).)))))).{((((((....(((((((...(((((.....{..{{{{{((,(((((((((,.,,.}}}}}))),||||...|||||.},...(((((((((.(((.,....{(((,,.((((,(.{((((..(((((.(((.((((({(((((({(((.....)))...((((((...)))))){((((((((((((.(((({......(((((((..((.....))..)))))))))))..)))))).((((((((,,{.,..,,((((((((((((((((...(((((((((((........((((........)))))))))).)))))...))))))}.})))).|....,,,}...})})),....)))))))).{(((...((((((((((((((.,(((((((({{{{(((((((((,,(((({{{{((((,,...}},.{,,(((((((...((((((,.....})))))..|{||{|,(({,{||||}}|||)),{{(((((((((((((.(..((.................)}..).))))))).))))))}|{..((((.....)))).,)).,},)))))))}}}})))))))))))))))).........{{{(((,..{{{,||((((,((((((,((({{{(((.(((.....)))..)))))))),{(....))}|||...,,.||{{...})))))}..})))..,})).))}))))))}))),..)))).))..,.)))))..)))))))))..}))}.......,,,...........(((((((.((.......,,.,)))))))...}}))))}.((((((((..........)))))))).......,{((((((((((.((((((({....}))).....((((.(((((((((.....((((.,....,....))))....)))))),.})))).))...((((((......)))))))))))))).))))))))))))))||||{||{,((((............)))},})}))))}.})))).))).},)}))..))).,,,),))))...,)))),,...,|||||||{....,,,,,..)))),.)}}......................})),))))))))).{{{{{{.........}})))}..................(((.......(((........))}......))).((((....)))).....))))).)))))))....))).)))}.}}}},)))))))))....}))))})}},,),)))))}.}}}..},}}}))))},{||||,|...,,,,,..,..,,...))})},|||||.,,||{.}}}}.}}..,,}},.},}})))...,,..((((((....))))))..,,.)))).)))),),......
Back