Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001304435.2
Sequence Length
2642 nt
GC Content
0.4341
AGUUCCCAGCCAGCGUGUUCAGCCUGCCUGCCUGCCUGCCUCUGUGUGUGUGUGAGCGUGUGUGCGUGCGUCUACUUUGUACUGGGAAGAACACAGCCCAUGUGCUCUGCAUGGACGUUACUGAUACUCUGUUUAGCUUGAUUUUCGAAAAGCAGGCAAGAUGUCCAGCACACCACAUGACCCCUUCUAUUCUUCUCCUUUCGGCCCAUUUUAUAGGAGGCAUACACCAUACAUGGUACAGCCAGAGUACCGAAUCUAUGAGAUGAACAAGAGACUGCAGUCUCGCACAGAGGAUAGUGACAACCUCUGGUGGGACGCCUUUGCCACUGAAUUUUUUGAAGAUGACGCCACAUUAACCCUUUCAUUUUGUUUGGAAGAUGGACCAAAGCGAUACACUAUCGGCAGGACCCUCAUCCCCCGUUACUUUAGCACUGUGUUUGAAGGAGGGGUGACCGACCUGUAUUACAUUCUCAAACACUCGAAAGAGUCAUACCACAACUCAUCCAUCACGGUGGACUGCGACCAGUGUACCAUGGUCACCCAGCACGGGAAGCCCAUGUUUACCAAGGUAUGUACAGAAGGCAGACUGAUCUUGGAGUUCACCUUUGAUGAUCUCAUGAGAAUCAAAACAUGGCACUUUACCAUUAGACAAUACCGAGAGUUAGUCCCGAGAAGCAUCCUAGCCAUGCAUGCACAAGAUCCUCAGGUCCUGGAUCAGCUGUCCAAAAACAUCACCAGGAUGGGGCUAACAAACUUCACCCUCAACUACCUCAGGUUGUGUGUAAUAUUGGAGCCAAUGCAGGAACUGAUGUCGAGACAUAAAACUUACAACCUCAGUCCCCGAGACUGCCUGAAGACCUGCUUGUUUCAGAAGUGGCAGAGGAUGGUGGCUCCGCCAGCAGAACCCACAAGGCAACCAACAACCAAACGGAGAAAAAGGAAAAAUUCCACCAGCAGCACUUCCAACAGCAGCGCUGGGAACAAUGCAAACAGCACUGGCAGCAAGAAGAAGACCACAGCUGCAAACCUGAGUCUGUCCAGUCAGGUACCUAUUGCUAGCAUUGCUCGUUCUCCAGUGUCAGGCUGCGCACUAAGGACAUAAACUCGCGUGGUUGUUACACAUCAGGAGGCGAUGUUUAUUUCCUGUAGAAAUCAAAUAUGCGUCUCGGCCCCCGACAUUGAGACUUGACCCCGUUGUACAGUACACGAGUGUGUCUGUCCUAGAUUCCCCGACUCCUCCCACUGUUAUUUUAAGCUGAGCUUCUCUCUCCCAAGGUUUCCCUGUAAUAAUGUCAGCUGCUGUUCACAGGAUGUGAUGGUGGUAGGAGAGCCAACUCUGAUGGGAGGUGAGUUUGGGGACGAGGACGAAAGGCUAAUCACUAGAUUAGAAAACACGCAAUAUGAUGCGGCCAACGGCAUGGACGACGAGGAGGACUUCAACAAUUCACCCGCGCUGGGGAACAACAGCCCGUGGAACAGUAAACCUCCCGCCACUCAAGAGACCAAAUCAGAAAACCCCCCACCCCAGGCUUCCCAAUAAGAUGAUCGGCACCAGAAUCCACUGUCAAUAGGCCCGUGGGUGAUCAUUACAAUUGCAAAUCUUUACUUACAGGAGAGGAAACAGAAGAGAUAAAAACUUUUCCAUGCAAAUAUCUAUUUCUAAACCACAAUGAUCUGAUUUUCUUUCUUCUUUCUUUUUUUCUAAUUGAGAGGAUUAUUCCCAGUAAGCUUCCAUGACCCUUUCUUGGAGGCCUUCACAGGUAAUACAGAUACUGGCACUGAUUGUAAUUAAAAUGAGAGAAAACUCUAGCGCAUCUUCUGGCACGGUUUUAACAACGUGUUUGUGUUGAAUUUCCUUUUUAUGCAUCAAACGAAGGCCAUAUUGUCCAUAAAUGCUCAGUGCUCAGGAUCUCAUUAAUAUGCCGAACCUAACUACAGAUGACUUUUUAAUAUUGUAAAAUAUUUUCUGCUUUUUGACUUGCAUCUGAGAGUUUCUUGUUUCAGUAAAAAAAGAAAAGACAAAAAAAUCAGCUUUGGAAAGUAAUUUAAAUGUACCUUAUUUUUUUUUUCUUUAUGUUUUCUUUCAUUGGGCAACAGCUAAGAGGGCCCAGCAAGGUAAUUUAUGGUUGAGCUGAUGUCAAUUGGUUCUUGUCUUGAGUCGACUCAAUUUAGCCCAAGUGCUGAAACAAGAAAUGUCAUUUUUUUCAUCAAAGACACCAGGGCAGAUUUUUAAGUAAAGAAAGACAAUUGGACCCUUAAGAAUUUAUGCAUUUGUAAAGUUGCUGUUGAUCCAAAUAUUUUCAAGCCAUGUAAUCCAUUGGUUUUGUGGGCAGUUUAAUAAACCUGAACCUUUGUGUGUUUUCUAAUUGUACCUGAGUUGACCAUCCUUUCUUUUUAUAGUAUAUUUCUUGUAUGAUAUUUUGUAAAGCUCUCACCUGGUUCUUUUAUGGGGACUUUUCGUUUUUGGGCAACUCCAGUGUAUUUAUGUGAAACUUUAUAAGAGAAUUAAUUUUUCCAUUUGCAUAUUAAUAUGUUCCUCCACACAUGUAAAGGCACAGUGGCUCCGUGUGUUAAAAAACAGCUGUAUUUUAUGUAUGCUUUACUGAUAAGUGUGCCAAUAAUAAACUGUGUUAAUGACCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-687.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -743.93
Frequency: 0.0000
Diversity: 789.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((..((((((((.((((((..(((.(((((((((((((((((((...(((((((((((((.......))))).((((((((...((..((((((...(((.((((((((..((....(((((((...((((...)))).))))))))).)))))))))))...))))))....))....))))))))........((........))..)))))))))))))))(((((.......)))))..((((...))))......(((((....)))))))))))))).)))..(((((((.(((((((...(((.(((..((((((....((((((((......))))......))))....))))))..((((((......(((((...)))))(((((.(..(((((((((.(((....((((...))))))).)).)))))))..).)))))...............((((....))))..............))))))..((((.((((....)))).)))).(((....)))))).)))...)))......)))))))).))).))).)))))).))))...(((((((..((...(((((((((((((((((((....((((((((((((.((((((.(((((..((((........(((.(.((((((.(((((...((.(((((.....((((((.(((((.....)))))...........(((.(((((........))))).)))........(((((((((((.(.(((((((..((......))..)))))))..).))))))............(((((.....)))))))))).)))))))))))..))...)))))..)))))).)..))).(((.((((((((.(((.(((.........((....)).......((((...))))..(((((((((((...(((((((.((((.............)))).)))(((((...............))))).....(((((((((((((((((((.......((.(((...))).)).(((.((((((.((((((((((((((((.((((((((((.(..(((........))).).)))).)))))).)))).)))..........)))))...))))...)))))))))))))))).((((((...((.((((....))))))(((((....((((((((((((((((..(((......))).(((.((..((((((..(((....)))............((((((((.((((...)))))))))))).))))))..)))))...)))))))..)).)))))))..)))))......((((((....))))))......((((......))))..))))))..)))))).((.(((((......((..(((.(.((.((((........)))).)).))))..))...)))))))..(((((((((((((((((((..((((...((((((.(((((.......((..((((.......).)))..))......))))).).)))))...(((((..((((................((((((((((((((((((.(((((......(((..((((.....((((((((..........((((((((.((((((..((((((((((...((((((((((....)))......(((((((.((.....)).))))))).......((((.((.(((..((((((((((..............((((....))))...((((.((.(((.(((((..........(((((((((((((.......)))).))).))))))........)))))))).))))))))))))).)))..)))...))...))))......((((.((((((.(...((((....(((.((....)).)))...))))...)))))))..)))).....))))))))))))))))))))).)).)))))))).))))))))...))))..)))........))))).))))))).)))))))))))..(((((..(........).))))))))).)))))....))))...))))).....))))))....)))))))).)))))).....((((..(((((.....((((((......))))))......)).)))..))))(((((((((((....................)))))))))))......)))).))).))))))))................))).)))........)))))))).))).(((((.......)))))))))..))))).)))))).)))...))).)).)))).......((((((((.(((((........))))).))))))))........))))))))..)))))).....)))))...))..)))))))(((((...(((.((((..(((.........)))..))))))).)))))....((((((........))))))....))))..)))))...((.((((....((((...((((....((((((((.......))))))))....))))..)))).....))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((((((.((.((((..,..(({,(((.(({{((((({((((((((((((...(((((((((((((.......))))).((({{({{....,..((((((...(((.((((((((..{{....{((((((..,(((,...}})}.))))))))}.))))))))))).,.))))))....,|,,,.}}}}}|||{,...,,..,.......}))}})))))))))))))))(((((.......)))))..{(({...}))}......{{{{(....|||||||}||||||.,.|.,....}||||||||||,|.(((((((((((......,,{{{,((((,.....,,,,....{{((({..,{,,,|||}}|||||,......(((((...)))))(((((.{..(((((((((.,,,,,,,(((,...}))},)),)).)))))))..}.)))))....,,}|,||},,.{{{{....)}))...........,,.}}||||,.((((((((,.(((((,,....,.))))).,..{(((.(((...))).)))}..{{{((((,.((.{....,,,.|}}..}||}}}|}}}}}}}){{((((..((....))..)))))}.,{((({.,{,,,..{(((.(((..((({{({({(((({,,{,{,,({{{.,{,{,,.,}.,}|}....({{({....,,,,,||}}}...{{{,|....,||...},})))))}))))},,...,,,,...,,,.}}},.))).)))..))).)))}..})),))),.,}..((.,(((({((.(((........))),},,,.)))))|)},}}}}}}},||{,,{,|..,,..))))))).))))))))))).{(,(({{..,)))),)),..},))).}))}}........{{....)).......((({...})))..,,)))))}.....)))))).).))))))))).{((({,.,{(({(((((({{..{,,,,{{{.{{..(|||{{{((((((.{......}.)))))).....}}}},|)}..}}.||{||||{{((((((.((((((((((({((((.((((((((((.(..(((....,,,.}}}.}.)))).)))))).)))).}))..........))))}..}))))...)))))))}|||..{{{,,{{||({{,,,,||||}.}.)})))}||{{{....((((((((((((((((..{,,......|||.({(,{{..((((((,.{((....))),...........(((((({,{((({...}))))))))))).))))))..},))}.,.))))))).,))})}))))).,)))))|{{{{{,,..{{{,||(((((((((((((((((....((((.,....}.)))),|..{.((.(((((..,...,,..(((,(.{(.((((........)))).}),))),..}}...)))))))}}.{{{{.{((((({,.,,,,..,,,,...,,...{,(((((...{(({....((((((((.{{{.((((((.(((....)))..)))))).....{(((((,((({..{{({{,{{{,{{{((((((((((({((((((.(((((......{{({,(,,,.....((((((({..........((((((((.{((,{(,(((((((((((...((((((((((....}}}..{,,,(((((((.((.....)).))))))).},.,,.((({,{,.(((,.((((((((((..............((((....))))...((((.,..(((,(((((........,,({{{(((((|{((......,})}}.))).}}}))),.}},...}})))))).,,))))))))))).))).,)))...,....))}},,,...,{((.((((((.{...((((.,..(((.{{....}}.)))...))))...}))))))..))))}},,.))))))))))))))))))))).}).)))))))).)))))))),..,,,}..,)),,......})))).))))))).))))))))))).}||(((,,,,{{{,,,.,{{||{{{{.,,,|,.....,},}},,||||,|,,,.,))))))}|||||{({{{....}}}|{,{{.((((..(((((,,...{(((((......)))))}......)).)))..))))}}}}|..|}})},}}}},,},}}}}}},.,,}}},}},,,,,.}}}}.}})))}.,,)).))))))))....}))}...))))).||.......}})))))),)))}{,({({....,,.,)),,}..)))))))))))))))),,,,,})})},,)),...}}}}}}.,(((((((.(((((........))))).)))))))},,,.....|{((((({,,,{||||,}},,.,||..,||}|},.,}}}})}}}....|||.||,.,,}))))}|||||,,,..,}}}}..}}}})}},...{{{{({......,,|||||}..,{|({||||}|}}.,}}}|||,.....||||,,,{{{{.,..((((((((.......))))))))....}}},.,))))))}..,,.,....
Back