Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001304441.2
Sequence Length
3146 nt
GC Content
0.4088
GACACAUGAUGCUGUGAACGUCAGGGUGCUCGCCAGGGAAGGGCCCUACCCAGAGGGACAGAAAGAAAGCCAGGAGGGGUAGAGUUUGAAGAGAAGAUCAUGUUCUCCCUGAAGACGCUUCCAUUUCUGCUCUUACUCCAUGUGCAGAUUUCCAAGGCCUUUCCUGUAUCUUCUAAAGAGAAAAAUACAAAAACUGUUCAGCAGAAUAAAUAAGCCUUUUCUACAGUAGUGAAGAGGAUAAAAAAGAGGAACUGCACUGAUGCAACAAAUACCUCAAGAGAAGUCAAUUAAUGACUACCUGGAAAAGUUCUACCAAUUACCAAGCAACCAGUAUCAGUCUACAAGGAAGAAUGGCACUAAUGUGAUCGUUGAAAAGCUUAAAGAAAUGCAGCGAUUUUUUGGGUUGAAUGUGACGGGGAAGCCAAAUGAGGAAACUCUGGACAUGAUGAAAAAGCCUCGCUGUGGAGUGCCUGACAGUGGUGGUUUUAUGUUAACCCCAGGAAACCCCAAGUGGGAACGCACUAACUUGACCUACAGGAUUCGAAACUAUACCCCACAGCUGUCAGAGGCUGAGGUAGAAAGAGCUAUCAAGGAUGCCUUUGAACUCUGGAGUGUUGCAUCACCUCUCAUCUUCACCAGGAUCUCACAGGGAGAGGCAGAUAUCAACAUUGCUUUUUACCAAAGAGAUCACGGUGACAAUUCUCCAUUUGAUGGACCCAAUGGAAUCCUUGCUCAUGCCUUUCAGCCAGGCCAAGGUAUUGGAGGAGAUGCUCAUUUUGAUGCCGAAGAAACAUGGACCAACACCUCCGCAAAUUACAACUUGUUUCUUGUUGCUGCUCAUGAAUUUGGCCAUUCUUUGGGGCUCGCUCACUCCUCUGACCCUGGUGCCUUGAUGUAUCCCAACUAUGCUUUCAGGGAAACCAGCAACUACUCACUCCCUCAAGAUGACAUCGAUGGCAUUCAGGCCAUCUAUGGACUUUCAAGCAACCCUAUCCAACCUACUGGACCAAGCACACCCAAACCCUGUGACCCCAGUUUGACAUUUGAUGCUAUCACCACACUCCGUGGAGAAAUACUUUUCUUUAAAGACAGGUACUUCUGGAGAAGGCAUCCUCAGCUACAAAGAGUCGAAAUGAAUUUUAUUUCUCUAUUCUGGCCAUCCCUUCCAACUGGUAUACAGGCUGCUUAUGAAGAUUUUGACAGAGACCUCAUUUUCCUAUUUAAAGGCAACCAAUACUGGGCUCUGAGUGGCUAUGAUAUUCUGCAAGGUUAUCCCAAGGAUAUAUCAAACUAUGGCUUCCCCAGCAGCGUCCAAGCAAUUGACGCAGCUGUUUUCUACAGAAGUAAAACAUACUUCUUUGUAAAUGACCAAUUCUGGAGAUAUGAUAACCAAAGACAAUUCAUGGAGCCAGGUUAUCCCAAAAGCAUAUCAGGUGCCUUUCCAGGAAUAGAGAGUAAAGUUGAUGCAGUUUUCCAGCAAGAACAUUUCUUCCAUGUCUUCAGUGGACCAAGAUAUUACGCAUUUGAUCUUAUUGCUCAGAGAGUUACCAGAGUUGCAAGAGGCAAUAAAUGGCUUAACUGUAGAUAUGGCUGAAGCAAAAUCAAAUGUGGCUGUAUCCACUUUCAGAAUGUUGAAGGGAAGUUCAGCAAGCAUUUUCGUUACAUUGUGUCCUGCUUAUACUUUUCUCAAUAUUAAGUCAUUGUUUCCCAUCACUGUAUCCAUUCUACCUGUCCUCCGUGAAAAUAUGUUUGGAAUAUUCCACUAUUUGCAGAGGCUUAUUCAGUUCUUACACAUUCCAUCUUACAUUAGUGAUUCCAUCAAAGAGAAGGAAAGUAAGCCUUUUUGUCACCUCAAUAUUUACUAUUUCAAUACUUACAUAUCUGACUUCUAGGAUUUAUUGUUAUAUUACUUGCCUAUCUGACUUCAUACAUCCCUCAGUUUCUUAAAAUGUCCUAUGUAUAUCUUCUACAUGCAAUUUAGAACUAGAUUUUGGUUAGAAGUAAGGAUUAUAAACAACCUAGACAGUACCCUUGGCCUUUACAGAAAAUAUGGUGCUGUUUUCUACCCUUGGAAAGAAAUGUAGAUGAUAUGUUUCGUGGGUUGAAUUGUGUCCCCCAUAAAAGAUAUGUUGAAGUUCUAACCCCAGGUACCCAUGAAUGUGAGCUUACCAGGGUCUUUGCAGAUGUAAUUAGUUAAGUUAAGGUGAGAUCACACUGAAUUAGGGUGGGCUCUAAAUCCAUUAUGACUGUUGUUCUUAUAAGAAGAAGAGAGGCAUAGUCACCUAGGGGAGGAGGCCGUAUGAAGACAGAGGCAGAGAUUGGAGUGACGCAUCUCCAAGCCAAGGAAUUCCAAGGACUGUAAGCCACCAGUAGAAGCUUUGAAGAGGCAAGGAAGGAUUCCCUCCAAUAGCCUUCAAGUGUGACCCUGCUGACACCUGCAGAAUUCGGACUUCUAUCCUCCAAAACCGUGAGGGAAUAAAUUUCCUUUGUUUUAAGCCACCAACUUUGCAAUACUUUGUUACAGCAACCCUAGACAUGAGGUACUAGACACAGUACAUCUACACAUAUGAAAAUGAAUCAACACAGAAUGCAGAAGUAGAACCCUUGCUAAGGACUACUGGGCAUCUUCCCAGGACAGCAGCCAAAAGAGAACCACCACUUCCUCUCCUGCCUCCUCCUUGCUCUCUCCUAGAGUCCAAACCCAAAUGGGCCAGUUGGAUCUGAUGUUCGUCAGUUCUUUACUUCUAUUUCCUGGGGUACUCAGGAGGGCACACACUAUAGAUAACUUGGGUUAGCUGCAUAAAAUUCAAUGUCUCAUUAAGUUGCAUUAAACUGAGCUUAGAUGUGUAAGUUUGCUAACGGAUGGGUUUUUUUGUUAAGAACUAUAGGAUUUAUGGGACCAAGUCUAGCGAGUCCAGAUAUCAAAAUCAUUAUAAUGUUAUAUUUGCUGUUAUUAGAAUAUAAUAUAGCUUAUUAUACAAUAAAUAUGUAGACUGUAAAAUAUAUUUCUCACUAGUACCUCCUAUUUUCUUUCUCUGUUGAAGUUUUUAAAUCCCACAGAUAAUUAAAUUGGCACCUUUAUGCUUGUUCAAAAAUUAAAAUAAUCUAUUAAAUAAGUUCAAAUUAAAGAUUUUUACUUCAAAUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-805.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -869.61
Frequency: 0.0000
Diversity: 895.17
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((..((..(((((.(((((((((((....((((.....)))).(((...)))..((((((((((..((((((((((((((((((((((((((..(((((((..((((((((((.((.((((.(((((((....((.((((((..((((.(((.....)))((((.((((....))))..))))......(((((....)))))......(((((((.((....)))))))))..........))))))))))))......................(((((.....))))).((((((((.(((((.((..............................)).)))))((((((.((((((((((((.....((...)).....)))))))((((((((......(((((((((((((((...(((....)))((((...(((((...((((((((((((((((((((.((..(((.((((((.((.......)).))))))))).)).))...)))))..((((.....))))...............))))))).....))))))(((((....((((...((((((....)))))).)))).((........)))))))))))).(((((..((((((...(((((((((((.........))))))))).))...))))))..)))))......))))(((((((...((...(((..(((((((((((((.(((((...((((..(((((((((((((..((.......(((.(((((((...((((.((((.......(((....((((........))))...)))........))))))))))))))).).))))...)))))).....(((((.((((((.((((.......))))..))))))..)))))..........(((..(((((((..(((.((((((......)))))).)))...(((((((((......((((......))))................((((((...((((((.((.....((((((.((.((((.....))))((((.(((((.(((....))).))))).))))...)).))))))....(((....(((((.(((((((...)))))))...)))))))).......)).))))))..)))))).))))..))))))))))))..)))..........(((......)))....))))))).))))))))).))).))))......))))))...)))...))...)))))))...))))))))))(((.(((((.((....))))))).)))(((...((((((((((.....))))))..))))...))).....((((...(((((..............)))))...))))))))))))))))))))))..))))))))))))))....))))))))))).)).)).))))).)))..))))))).)))))....)))))))((((....(((((..((((((((((....(((((((((.((((((((..(((((.....)))))...)))..))))).)........))).))))).))))))))))...)))))....)))).((((((((.(((((((..((((.((((............))))..))))...)))))))))))))))...........................))))))))........((((((((((((((.(((((..((.((......)).))..)))))((((((((((...(((((((....(((((((((((.((.....)).))))((((((.....(((......)))..))))))........((((((((((((((((((((((.....((((((((...(((((...(((((((......(((....(((((..((((.(((...(((((.......)))))))).))))))))).)))...))))))).)))))...))).))))))))))((((((((.....................))))))))((((((....))))))....((((((((...(((.(((.(((((((((((((((..........))))).....))))).)))))).((((((((((..(((((.((((((.....(((.((...........)).)))....)))))).)))))......((((((((.((((...(((....(((((((..(((((..........)))))..)))))))....)))..)))).)).......(((((((((((((.((((((........)))))).((..((....))..))((((........))))....((((....((((((((((((.((((((((..((((.....((((.(((..((((........))))...))).)))))))).............))))))))...))))).)))))))))))......))))))....)))))))......))))))..)))).)))))).)).)))...))))))))........(((((..((.......((((((......(((((..((.(((((...(((((......)))))....((((.....((((............)))).))))....))))))).(((((((.((((....(((((((((((..(((.(((.(((((....))))).)))..))))))))))....)))))))))))))))...................)))))..)))))).........))..))))).((((......))))))).))))))))))))))))))))).)))))))......)).))))))))...((((((...((((...))))...)))))).(((......)))......(((((((((((..........))))))))))).((.((((........)))).))........)))))))))).)))).....)))))).))))))))))((((.(.............).))))...........))))))))...(((((((......................)))))))..........))).)))))..)).))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{{(,.(,..{((((,(((((((((((,,.,,{(({(((((({.{(((.(((((((((((((.(((((((((.(((((((((.{((((((((((..(((((((..((((((((((.((.((((.(((((((..,,(,.((((((..((((.,({.....))|((((.((((....))))..)))),....,((({{.,,,)}}},......(((((((.((....)))))))))..........)))}))))))||,,|,..........,,....}.(((((.....))))).{(((((({.{{{{{.{{................|},,,.,,,,,...||,||}||((((((.{(((((((((((.....((...}).....)))))))|{((((((.,,...,,{{{((((((((((,{{((({...|||((..,,.{{{,....{{{{{{((((((((((((((.{(..(((.((((({.((.......)).})))))))).}).)}...)))))..{(((,,,..}}))..,,,..........))))))).,,,,||||}}{,(({,(,.,({(||.{({(((,.,,}}}}}}.}|||((((((..({{{{,{{{||,|,..(((((..((((((...(((((((((({.........})))))))).))...))))))..)))))......{(((({,(,||...|,}}}|||..(((((,{,,,(((,.,,,|..,|}||}}||,|||||}}|.||||},||||||{{,.(((((((,..{(((.((((.......(((....{(((........}))),,.)))....,...)))))))))))))))|},}}..}},,,}}},}))}.(((((.((((((.((((.......))))..))))))..)))))...........,...}}}})}))}|||.((((((......)))))).}})...,,{,{{{{{......{(((......)))}....,,,.........((((({...((((({.{{.....((({{{.{{.((((.....))))((((.(((((.(((....))).))))).)))),,,)}.)))))),,..{{{,...(((({.(((((({...))))))).,.}))})))}.......}).))))))..}))))).}))}}.|||}|}}|,|}.}}))).}})))}}..,(({{{{,.}||{..|||,,,,)})))),))))})),.,|||{{{{{{,,,,||...,))...))}.}))))).....})))))))))(((.(((({,((....))))))).))){{{...((((((((((.....))))))}.})))...))).....((((...(((((..............)))))...))))))))}))))))}})))))..))))))))))))))....))))))))))).)).)).)))))},))..))))))).)))))....)))))}|((({....{{(((..((((((((((....((((((((,.(((({(((..{((((.....))))}...)))..))))).}........))),,)))).))))))))))...))))),}},,.,..(((((((,,(((((((..((((.((((............)))}..))))...))))))))))))))).,|,.,.,{......,.,},},.....))))))))).))))..,((.{((((.{,.{(((....))))}})))}.}},.))))}........(((((...((((.((((...{{.(((....})).,,.)))).)))).))))).))))))))).))))......,,..{,,,{{..,,,,{(((((((,,..{(((((.....((((((((...(((((...(((((((......,,,..{.((((({,{(((.(((...(((((.......)))))))).))))))))).)),...))))))).)))))...)))}}}))))))))|(((((((.,{,........,}.....,.)))))))}{(((((....}))))}((((((((.....))))))))({(((,.({.,,,,,||.}}}}}...}}))))}}}}})}),,}}|||,,.{{|{{{{{{,..{((({.((((((.,,|.(({.((.,,,,,.,.,.}}.}}},,..)))))}.})))}.,...,,.)))}||}||}|...|||....(((((((,.(((((........,.)))}),}))))))).{{{{{(,,((,{({,...,,{{({{{((((,{{,{.((((((........)))))}.,,..((((.(((.{{..(((({.{....((((((..(((((((.,((((..(({,((....)))))....))))))))).))....))))))....,)))))..}).))).)))).|{{{{{......,.|||||{,....,))))))))))))..}}}.}}..,,|{((,,....,}}},...}}},))))})....(({((((({{....|||{|{{|{{{{,,,.,,,..,||..,,.....,|,{((({{.{(({{...(({{,..|}||.}}}||(((,.....}}}|(((..((((.....,((({.........,.,))),)))).))})}},|{|.({(((((.((((.,..,((((((((((..(((.(((.(((((....))))).)))..)))))))))}..}}))},)))))))))))},,,..,,..,,....|||||}||,,}}|||,...,|},,,||,,|||||.{{{|,|,.,.}}})}})|}}}}})))))}|||||},|||||||,,||,.,,|,})}})})))))...((((((...((((...))))...)))))).{{{......}))....,..(((,{{({..((((,,((((.....)))))))))..}},,,)}}.,,,,,.})))}}.)))}...,,,,,,,.,..)))))))))).,.,,,,,,,|,|{{{{,{,.{{,.....||,..}}}))......,,..)))))))}..,|{{{|||,|...|||,....,,,...,,.}}}}}||.....,,...))),)}}))..},.,}}.
Back