Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001304462.2
Sequence Length
2304 nt
GC Content
0.5621
CUCUCUUCCGCCCGGCGGCCCACACCGGUCAGGCCCGGCGCGGGCUGCGCUCUCCAGCUGUGGCUAUGGCCCCAGCCCCGAGAUGAGGAGGGAGAGAACUAGGGGCCCGCAGGCCUGGGAAUUUCCGUCCCCCACCAAGUCCGGAUGCUCACUCCAAAGUCUCAGCAGGGACCUGAGGGAGCUCAGGGAGGGAGAGAAGCCAGAAGACCAGGCAGAGACUGAAGAGAGCUGGCAAGGCCUGGCUAGAAAAACUCCAGGCAAGGCCUGUGCCCCUGAGGGAGGGAGCUGUCAGCCAGGGAAAACCGAGAACACCAUCACCAUGACAACCAGUCACCAGCCUCAGGACAGAUACAAAGCUGUCUGGCUUAUCUUCUUCAUGCUGGGUCUGGGAACGCUGCUCCCGUGGAAUUUUUUCAUGACGGCCACUCAGUAUUUCACAAACCGCCUGGACAUGUCCCAGAAUGUGUCCUUGGUCACUGCUGAACUGAGCAAGGACGCCCAGGCGUCAGCCGCCCCUGCAGCACCCUUGCCUGAGCGGAACUCUCUCAGUGCCAUCUUCAACAAUGUCAUGACCCUAUGUGCCAUGCUGCCCCUGCUGUUAUUCACCUACCUCAACUCCUUCCUGCAUCAGAGGAUCCCCCAGUCCGUACGGAUCCUGGGCAGCCUGGUGGCCAUCCUGCUGGUGUUUCUGAUCACUGCCAUCCUGGUGAAGGUGCAGCUGGAUGCUCUGCCCUUCUUUGUCAUCACCAUGAUCAAGAUCGUGCUCAUUAAUUCAUUUGGUGCCAUCCUGCAGGGCAGCCUGUUUGGUCUGGCUGGCCUUCUGCCUGCCAGCUACACGGCCCCCAUCAUGAGUGGCCAGGGCCUAGCAGGCUUCUUUGCCUCCGUGGCCAUGAUCUGCGCUAUUGCCAGUGGCUCGGAGCUAUCAGAAAGUGCCUUCGGCUACUUUAUCACAGCCUGUGCUGUUAUCAUUUUGACCAUCAUCUGUUACCUGGGCCUGCCCCGCCUGGAAUUCUACCGCUACUACCAGCAGCUCAAGCUUGAAGGACCCGGGGAGCAGGAGACCAAGUUGGACCUCAUUAGCAAAGGAGAGGAGCCAAGAGCAGGCAAAGAGGAAUCUGGAGUUUCAGUCUCCAACUCUCAGCCCACCAAUGAAAGCCACUCUAUCAAAGCCAUCCUGAAAAAUAUCUCAGUCCUGGCUUUCUCUGUCUGCUUCAUCUUCACUAUCACCAUUGGGAUGUUUCCAGCCGUGACUGUUGAGGUCAAGUCCAGCAUCGCAGGCAGCAGCACCUGGGAACGUUACUUCAUUCCUGUGUCCUGUUUCUUGACUUUCAAUAUCUUUGACUGGUUGGGCCGGAGCCUCACAGCUGUAUUCAUGUGGCCUGGGAAGGACAGCCGCUGGCUGCCAAGCCUGGUGCUGGCCCGGCUGGUGUUUGUGCCACUGCUGCUGCUGUGCAACAUUAAGCCCCGCCGCUACCUGACUGUGGUCUUCGAGCACGAUGCCUGGUUCAUCUUCUUCAUGGCUGCCUUUGCCUUCUCCAACGGCUACCUCGCCAGCCUCUGCAUGUGCUUCGGGCCCAAGAAAGUGAAGCCAGCUGAGGCAGAGACCGCAGGAGCCAUCAUGGCCUUCUUCCUGUGUCUGGGUCUGGCACUGGGGGCUGUUUUCUCCUUCCUGUUCCGGGCAAUUGUGUGACAAAGGAUGGACAGAAGGACUGCCUGCCUCCCUCCCUGUCUGCCUCCUGCCCCUUCCUUCUGCCAGGGGUGAUCCUGAGUGGUCUGGCGGUUUUUUCUUCUAACUGACUUCUGCUUUCCACGGCGUGUGCUGGGCCCGGAUCUCCAGGCCCUGGGGAGGGAGCCUCUGGACGGACAGUGGGGACAUUGUGGGUUUGGGGCUCAGAGUCGAGGGACGGGGUGUAGCCUCGGCAUUUGCUUGAGUUUCUCCACUCUUGGCUCUGACUGAUCCCUGCUUGUGCAGGCCAGUGGAGGCUCUUGGGCUUGGAGAACACGUGUGUCUCUGUGUAUGUGUCUGUGUGUCUGCGUCCGUGUCUGUCAGACUGUCUGCCUGUCCUGGGGUGGCUAGGAGCUGGGUCUGACCGUUGUAUGGUUUGACCUGAUAUACUCCAUUCUCCCCUGCGCCUCCUCCUCUGUGUUCUCUCCAUGUCCCCCUCCCAACUCCCCAUGCCCAGUUCUUACCCAUCAUGCACCCUGUACAGUUGCCACGUUACUGCCUUUUUUAAAAAUAUAUUUGACAGAAACCAGGUGCCUUCAGAGGCUCUCUGAUUUAAAUAAACCUUUCUUGUUUUUUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-859.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -900.88
Frequency: 0.0000
Diversity: 765.04
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((((((((..(((.(((((((..(((((.(((((((((.(..((((.(((((...(((.((((((..(((.(((((((((((..((((((((((..((((((((((...(((((.((((...((......))..((((.(((....(((((....)))))..))).))))...)))).)))))....)))).(((((.((((..((..(((((((((.(((((((((((.((.((.....)).)).).)))))).))))(((((((..((..((((...(.((((....................)).)).)...))))..))..))))))).((((((......)))))))))).))))).)).)))).)))))(((...(((((...(((((((...))))))).((((..((((((...(((((.((((...((((((((......)))))))).))))...)).)))))))))....(((((....))))).)))).....))))).)))..(((((((.(.....).))))).))...............((((....)))).))).))).)))))))..))).))).))).))))).)))...((.((((((((((((((............))))))).(((((((.((((((..((((((.((((........))))))..(((((((.(..(((((((((((.(((((((((..((..((((......(((((((((..(((..((((((.....)))))).)))...((((((.(((((((((((.(((((.(((.....))).))))))))...(((((((((.....))))...))))).)))))))).))))))(((((.(((((....(((.((....))))))))))))))).......((((((((...))).)))))......(((((((.((((.....(((((((.((.(((((..(((((((((((...((((((................))))..))....))....))).))))))..))))).)).....((((.((((.((......)).))))..))))(((((((((.((((((..((((....))))..)))..((.(((.........))).))...........((((((..((((........))))...))))))))).))))))))).....((((..((((..((((((...))))))..))))..).))))))))))...)))).)))))))(((((.((.((((((.(......).)))))).)).)))))))))))...))).......)))).))..))).)))))).)).))))))))).....).))).))))))))..)))))))))))))....))))))).))...)))))).)))...))))).))))..)..)))).......))))))))))...))))))))))(((.....(((((((((((((..((........((((((.((..((((...(((...(((......))).(((((.((.((.((((((............)))))))))).)))))..((((.((((((((((...)))).....)))))))))))))...))))..)).))))))...........))..)))))).))))))))))...(((.((.(((((((((((((.(((...(((...(((.(((.((((...(........).))))))))))...))).)))..)))))))...((........)))))))))).)))..)))...))))))))..))).((((((...))))))((((((((((((((......(((((.......(((((.(((((..((((((((((((..((((......((((((....)).))))...)))).))))))))))))((((...(((((....))))).))))(((((.....((((.(((((((((((.........(((((.(((...(((((((.((.(((..((((.((((((.........)).)))).).)))..))))).(((((.((((((...)))))).))))))))))))..))).......))))).........)))))..)))))).)))).))))).....))))).))))).......)))))...(((((..((.((((.((...)).))))..(((.(((((......))))).))).))..))))).)))))))))))))).............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
......{{{,((((({((((,.{.,{((((,((,|(((((,(|((((|,{.{..,,(({(,(((...,||},||||(,,(|(|,{(((((({{({{(((,{((((({.,{{||||{(({....|||,{((({{,,,..{{{{||{,((({.(({....(((((....))))).||||,}}}),,,|({{((|{(((.{{({{{{((((({((((..{.,,(((({{{({.(((((((((({,((.({.....)).}),).}))))).)))),{(((((.,(({,({((.({{.,((((......,.........,,..|,||{{,.,|||}{.||{{|,},|||{.(((({...{{{|,,,,)))))})))))))..,)))})),))||{...(((((...(((((({...,)))))).{(((..{{{{({...{{{{,...{({{,(((((({{......})))||||,||}|,,.|,.,},)})))},,,}|||||,,,,)))}}.)))}.....))))).}}}..{{(((((.({...,)}))))).))............}},||||......,),}}}.}}|,|})))))}}),,.}}}.))}.))))).}}}...|{.((((((((((((((............))))))).(((((((.((((((..((((,(,((((........)))}||,,{{{,{(({(.{(((((((((((.(((((((((..((..((((.....,{(({{{{{|..{{{..{({{{{.....}))))),,,....((((((.((((((({{((,(((((.(((.....))).)))))))}...(((((((({.....))))...))))).)))))))).))))))(((((.(((((....(((.((....))))))))))))))).......((((((((...))).)))))......(((((((.((({.....{((((((.{(.{((((,.(((((((((,{..,{{,(((.........(({.,,.,,))|{||,,..}}..|,))).))))))..))))}.|,,,...,{|{.((((.,{......||.|}||..}}},(((((((((.{((((,..,(((((.......})))}.||,|{{,.,,.....|||.||.....,....,((((((..((((........))))...)))))))))})))))))))...,,{{((..((((..{(((({...}))))}..)))).,),}))))))))}...}))).))))))){((((.((.{(((((.(......).)))))).)).))))}})))))...))},......)))).))..)))}}))))).)).)))))))))}},,,}|))}.})}}))))..)))))))))))))....)}))))).||{..||||||{|||..,|||||.||,,..)}.)))))}}}},.}))),,)))),,,}},}|}}}}}|||.,,,,||{|{{|||||||..,,....,,,,,|||||.{|,,|{||,,,|||...(((......))).(((((.((.((.((((({..,........,)))))))))).)))))..{((,{((((((((({...}))).....))))))))))))),,})))).}))})))))),,,,}}}}}}})}.})))))}..||||}},}},..(((.((,(((((((((((((.{{{.,,(((...(((.{{(,{{{(|,,|........),})))))))))...))).))}..))))))}...,,........)}))))))}}.))).,))),}}})))))))},})),||||,|}}})))))){(((((((((((((.{{...((((({{,....(((((.(((((..((((((((((((..((((...{(,{(((((....))},)))}}.)))).))))))))))))((((...(((((....))))).))))(((((.....((((.(((((((((((.{.,.....(((({,{,{...(((((((.((,{((,,({(,,((((((,....,{..}|{{|||.,.}}),,))))).{||||,|||{{,...))))}}.))))}))))))).,}}....,.,.})))).........})))),.}})))).)))),))))).....))))).))))),,.....)}},,...((({{,{(,.((((.{(...}}.))))..,{{,{({{{......})))}.))},,.}}))))),)))))))))))))),,...,{{,{{.......,,}}},.....
Back