Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001304723.2

Sequence Length

2057 nt

GC Content

0.5868

GUUAGUCCCCGCGCGGCGAGGACGGGGCGGCGGGGGCGCAGGGCCUGGAGGGAACCUGGGAGCCUCUCCGCGCCCGGCCGGCGCCCCUGCCACUUGCAGCCCCGGUUGUUUAUUCGGGAGCGGGGGAGGGGAGCGGGGGGAGUUCCUCGGAGUGAAAACCUUUCCGAAGUGGGAGCGAACCUGGGGCGGCCCCCCGCCCCCCGGCCGCAGCCUUCGGAGGAGACUGGGCCGCCGAGGCGGUCGUGAGAGACGGACGGAGAGGAAGCGCCGGCUGGAAUCUCCUAACCGCCCGCUUCUCAUCUUGUCCUGGGGCAGGGACCUCAGGAUGGAAACCAGCAGCCUGCACCGCCCGAGAAGGUCGGCUGGGUCCGGAAAUUCUGCGGGAAAGGGAUUUUCAGGGAGAUUUGGAAAAACCGCUAUGUGGUGCUGAAAGGGGACCAGCUCUACAUCUCUGAGAAGGAGGUAAAAGAUGAGAAAAAUAUUCAAGAGGUAUUUGACCUGAGUGACUAUGAGAAGUGUGAAGAGCUCCGGAAGUCCAAGAGCAGGAGCAAGAAAAAUCAUAGCAAGUUUACUCUUGCCCACUCCAAACAGCCCGGUAACACGGCACCCAACCUGAUCUUCCUGGCAGUGAGUCCAGAAGAGAAGGAAUCGUGGAUCAAUGCCCUCAACUCUGCCAUCACCCGAGCCAAGAACCGUAUCUUGGAUGAGGUCACCGUUGAGGAGGACAGCUAUCUUGCCCAUCCCACUCGAGACAGGGCAAAAAUCCAGCACUCCCGCCGCCCCCCAACAAGGGGACACCUAAUGGCUGUGGCUUCCACCUCUACCUCGGAUGGGAUGCUGACCUUGGACUUGAUCCAAGAGGAAGACCCUUCCCCUGAGGAACCAACCUCUUGUGCUGAGAGCUUUCGGGUUGACCUGGACAAGUCUGUGGCCCAGCUGGCAGGGAGCCGGCGGAGAGCGGACUCAGACCGCAUCCAGCCCUCCGCAGACCGGGCAAGCAGUCUCUCCCGACCUUGGGAAAAAACAGACAAAGGGGCCACCUACACCCCCCAGGCACCCAAGAAGUUGACGCCCACAGAGAAAGGCCGCUGCGCCUCCCUGGAGGAGAUCCUAUCUCAGCGGGAUGCUGCCUCUGCCCGCACCCUCCAGCUGCGGGCUGAGGAACCCCCAACCCCUGCCCUCCCCAACCCGGGGCAGCUGUCCCGGAUCCAGGACCUGGUAGCAAGGAAACUGGAGGAGACUCAGGAGCUUCUGGCAGAGGUUCAGGGACUGGGAGAUGGGAAGCGAAAGGCCAAGGACCCCCCUCGGUCUCCGCCGGAUUCUGAGUCAGAGCAGCUGCUGCUGGAGACGGAACGGCUGCUGGGAGAGGCAUCAUCGAAUUGGAGCCAGGCAAAGAGGGUGCUGCAGGAGGUCAGGGAGCUGAGAGACCUGUACAGACAGAUGGACCUGCAGACCCCGGACUCCCACCUCAGACAGACCACCCCGCACAGUCAGUACCGGAAGAGCCUGAUGUGAGGGCAGGGUGGGGUCUGGAACUUGUCGGGUUGGACAGACUCUUAUCUCCGUGUUGCUGGAUAAAGCUUUUUUAUUUACCUCAAUCAAAAAAAGAAAACAAAAAUGAACUCAUUGCUCUUGCUGAUGCCUGACCCCACUACAACCCUUAUUGCCCCACCUACUUUCCAUAUGCCCCUCGUAUGCCCCUCAGGUUUGAGGAAGUGACCCCGCAGCAGUAGCAGGAAGUUUUUACCCAGCCAGAGAGAGAGAAGGCACGGUAAAGACACAGUCUGACCACUCCACACACCGCCCGCCCCCAAGACGGCACAGGGAGUCCACUGCUGCUCCCAAGGAUACAGUGGGCUUCUAAGCUUAGAGCGGGAGGGGGAUGAGGAUGUUUUCUGUUAUGUCCCACCCCAGGCCUUCAGUUUGAGGGUGAAGUUUCAGCUGCCCAACUCUAGUUGUAGGGAUGUGGAGGCCAGUGUCACCUGUCCGUGCACAUGGAAGUGAAAUUUAUCCCAGCCCUGAGGAGGAUUUGUGGAAUUAAAAUCUCCCCAGCCAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-807.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -843.12

Frequency: 0.0000

Diversity: 638.27

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.(((.(((.((((((....(((((((((((((((((.((((.(((((((...........))))))).)))).....))))))))))).......))))))(((((((...((....))((((((((.((.((((((.(((((((((((((....((((((....(((((.(..(((..(((((((....)))))))..(((....))).((((.((((((((((((((....))))))(((((((.(((.(((..((((....((....))....))))..))).))).))))))).(((((((((((......)))))))))))...(((((.((((.............))))..)))))((((((....((((((((...((..((((((((....))))))))..))((((((((((.((((.((((((.(((((((.(((((..(((..((((((..(((....(((.....)))...((((.....))))((((((((......))).......((((.((....))..)))).((.((((((.((((........))))..))))))))..........(((.(......))))......(((..(((((.((((.....).))))))))..))).....(((((...((((((...(((.......(((....((((((......))))))....))).......(((..(((..((......))...)))..))))))..))))))...))))).)))))((((.(((((((.....)))).........))).)))))))..))))))..))))))))))).))))..((((((.....))))))(((.....)))))))))((((......))))....(((...))).((((((....))))))...((((((...((.((((((.....))))))))...)))))))))))))))))..)))..))))))))))))))...)))))))).)))).((((((..............((((.........)))).......))))))..)))..).)))))...))))))......)).))))..((((((((((((........))))).)).)))))(((((((.(.....).))))))).))))))).)))..))))).))))))))...(((((((....))))))).(((((..(((.......)))...)))))...(((((((((...((((((.((((((.((((...(((...(((...........)))....))))))).)))))).))))))))))))))).)))))))))))))))).)))..)))(((((..(((((((((.(((......))).))).(((((.((((((......((.((((((((((.((((((..((((.........(.(((((((((...((((((.(((((((............(((.((((.((((...(....)...)))))))).)))..)))))))))))))...))).)))))).))))).)))))).))))..((((.((((((((.....))))))))...)))).................((((....))))((((.....)).))))))))))......)))))).)))))((((........((((((.....))))))(((((((((.(((.(((.(((....)))........((((..(((((((((..(((............)))..)))))))))....))))....(((((((..((.(((.(((((.....(((...((((((((((((.((.(((...)))))))))))))))))..)))......))).)))))....((((((........))))))((((((((((.....))))).)))))......((((((........))))))..))..))))))).((((((.(((......)))))).)))............)))))).))))))).))....))))........)))))))))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

....((((.(((...}}}.))}){{((((((((((((((.,(((({((((({....,,{{,{|}.})))}.,}}}}}}}.))))))))))).{{{{{.{{(((((........))))).)).((((((((.((.((((((.((((((((((({{....{{{{(({,,.{,(({.{,,..{,.(((((((....)))))))..|{{|,|.|}},{{{{.|(((((((((((((....))))))(((((((.(((.(((..((((,{,.{{.,,,}}....))))..))).))).))))))).,{(((((((((......)))))))))}}...(((((.((((.,.,,....,...))))..))))){((({(....((((((((...((,.((((((((,...|}}||}}}..}}(({{{(((({.(((..{(((({.{((((((.(((((({{((..{{((({...,,.,,,,.......}}},..((((.....)))){{{{{,{{.,,,...,|,,...,.||||.((..,,|}..|||}.((.((((({.,,,|,...,,,,|,},..})))))}).})}....{{({({(,.....||||......(((..(((({|{(((.....},)}})))))..))).....|||||,,.|||(((((((..{(((.(((.(({({,,,,{,......,))))).))))),}}..))))))).(({..{{,...{{((((.{{,,....}.)}..)))))}..,},}}||,.}}||||||,{((({.....))))..,||....))}})))))))}}))))))..}})))}})})}.))))..((((((.....)))))),((.,,..})})))))){(((......}}}}..{,({{,..|||,(({(((,,{.|||||,...((((((..{((.((((((.....))))))||,..||||}}}}}}}))))}),,})),,}))))}))}}))))...)})))))|{|||,.{,||||,.......,.,...((({,,.,.....,,,,},,)}},))),}),,)))..},}}))),},},,}}||,.,,,})}})}},,|{{{({{(({{{.,,,,.,,))))),)),))))}(((((((,,.....).))))))).)))))))})))..})})).))))))))...(((((((....))))))).,((((..{|||,..,}}))}...||}||{..,.}}},},,||,{(({{{.|,||,((((((.((((((..((((.{((({{{(((,..(({{{..,,,.)))))..)))(((...((.((((((.{.((((((((((..,.{({..,((({{{{(,(((.(((((.({.(((.{((.{...(((((.((((((...,..((.((((((((((.((((((..((((.........,.(((((((((...((((((.(((((((............(((.((({,((((...(....,.,.)))))))).)))..)))))))))))))...))).)))))).,)))).)))))).))))..,,,({({{,,,,|}},,{|||}||},...,,,,...,,,,,},.......{{{{....}}}}{{,,..}}.}},}}))))))))......)))))).)))))...})},..))).}}))))),))),)).)))(((((....)))))..,,....)}))))))))))).,...(((((((((..(((............)))..)))))))))...,)))))))).))).....{(.((({({{,,.....{((...((((((((((((.((.(((...)))))))))))))))))..))}..,.}}))).)||||.||.((((((........))))))||||||{{((,,,,.}}})),))))}...}})).))).)))}{{((((..((((.(((({.((.(((....))).))})))).))))..)))},))........))))))))))))(((((.((({......}})).)))))}}.))),,.