Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001304970.3
Sequence Length
4523 nt
GC Content
0.4941
AGUAGAGGGGGCUCCGGGGCUGAGUCCGCGUCGACGCCGGCCGCGGAGGCGGCACCAUGGGCAAGGGGUAGAGGGGCAAGUUGGCCACCGCCGCCGCCGGGGGUGGUGGGAGAGCCGCUCCGGGGGCGGGGGCCGGUGGGGGAGGGAGGGGCGGGCAGCCGCGCCGCCGCGGCACUUUUUUAAUUUUUUCGGGUGCCGCAGCGGCGACCCCUCGGCGCCGAUGUCCCUGAUCCCUGGAGCGACGACGGCCGCUGCCUAAGCUGGAAAGAGGAAUGCCAGCUCCUGAGCAGGCCUCAUUGGUGGAGGAGGGGCAACCACAGACCCGCCAGGAAGCUGCCUCCACUGGCCCAGGCAUGGAACCCGAGACCACAGCCACCACUAUUCUAGCAUCCGUGAAGGAGCAGGAGCUUCAGUUUCAGCGACUCACCCGAGAACUGGAAGUGGAAAGGCAGAUUGUUGCCAGUCAGCUAGAAAGAUGUAGGCUUGGAGCAGAAUCACCAAGCAUCGCCAGCACCAGCUCAACUGAGAAGUCAUUUCCUUGGAGAUCAACAGACGUGCCAAAUACUGGUGUAAGCAAACCUAGAGUUUCUGACGCUGUCCAGCCCAACAACUAUCUCAUCAGGACAGAGCCAGAACAAGGAACCCUCUAUUCACCAGAACAGACAUCUCUCCAUGAAAGUGAGGGAUCAUUGGGUAACUCAAGAAGUUCAACACAAAUGAAUUCUUAUUCCGACAGUGGAUACCAGGAAGCAGGGAGUUUCCACAACAGCCAGAACGUGAGCAAGGCAGACAACAGACAGCAGCAUUCAUUCAUAGGAUCAACUAACAACCAUGUGGUGAGGAAUUCAAGAGCUGAAGGACAAACACUGGUUCAGCACAGGCGUGUCUCCUUCAAGGGGGUCUCUGAGAACUUCUCUGGGUAGUGGAUUUGGCUCUCCGUCAGUGACCGACCCCCGACCUCUGAACCCCAGUGCAUAUUCCUCCACCACAUUACCUGCUGCACGGGCAGCCUCUCCGUACUCACAGAGACCCGCCUCCCCAACAGCUAUACGGCGGAUUGGGUCAGUCACCUCCCGGCAGACCUCCAAUCCCAACGGACCAACCCCUCAAUACCAAACCACCGCCAGAGUGGGGUCCCCACUGACCCUGACGGAUGCACAGACUCGAGUAGCUUCCCCAUCCCAAGGCCAGGUGGGGUCGUCGUCCCCCAAACGCUCAGGGAUGACCGCCGUACCACAGCAUCUGGGACCUUCACUGCAAAGGACUGUUCAUGACAUGGAGCAAUUCGGACAGCAGCAGUAUGACAUUUAUGAGAGGAUGGUUCCACCCAGGCCAGACAGCCUGACAGGCUUACGGAGUUCCUAUGCUAGUCAGCAUAGUCAGCUUGGGCAAGACCUUCGUUCUGCCGUGUCUCCCGACUUGCACAUUACUCCUAUAUAUGAGGGGAGGACCUAUUACAGCCCAGUGUACCGCAGCCCAAACCAUGGAACUGUGGAGCUCCAAGGAUCGCAGACGGCGUUGUAUCGCACAGGUUCAGGUAUUGGAAAUCUACAAAGGACAUCCAGCCAACGAAGUACCCUUACAUACCAAAGAAAUAAUUAUGCUCUGAACACAACAGCUACCUACGCGGAGCCCUACAGGCCUAUACAAUACCGAGUGCAAGAGUGCAAUUAUAACAGGCUUCAGCAUGCAGUGCCGGCUGAUGAUGGCACCACAAGAUCCCCAUCAAUAGACAGCAUUCAGAAGGACCCCAGGGAGUUUGCCUGGCGUGAUCCUGAGUUGCCUGAGGUCAUUCACAUGCUUCAGCACCAGUUCCCAUCUGUUCAGGCAAAUGCAGCGGCCUACCUGCAGCACCUGUGCUUUGGUGACAACAAAGUGAAGAUGGAGGUGUGUAGGUUAGGGGGAAUCAAGCAUCUGGUUGACCUUCUGGACCACAGAGUUUUGGAAGUUCAGAAGAAUGCUUGUGGUGCCCUUCGAAACCUCGUUUUUGGCAAGUCUACAGAUGAAAAUAAAAUAGCAAUGAAGAAUGUUGGUGGGAUACCUGCCUUGUUGCGACUGUUGAGAAAAUCUAUUGAUGCAGAAGUAAGGGAGCUUGUUACAGGAGUUCUUUGGAAUUUAUCCUCAUGUGAUGCUGUAAAAAUGACAAUCAUUCGAGAUGCUCUCUCAACCUUAACAAACACUGUGAUUGUUCCACAUUCUGGAUGGAAUAACUCUUCUUUUGAUGAUGAUCAUAAAAUUAAAUUUCAGACUUCACUAGUUCUGCGUAACACGACAGGUUGCCUAAGGAACCUCAGCUCCGCGGGGGAAGAAGCUCGGAAGCAAAUGCGGUCCUGCGAGGGGCUGGUAGACUCACUGUUGUAUGUGAUCCACACGUGUGUGAACACAUCCGAUUACGACAGCAAGACGGUGGAGAACUGCGUGUGCACCCUGAGGAACCUGUCCUAUCGGCUGGAGCUGGAGGUGCCCCAGGCCCGGUUACUGGGACUGAACGAAUUGGAUGACUUACUAGGAAAAGAGUCUCCCAGCAAAGACUCUGAGCCAAGUUGCUGGGGGAAGAAGAAGAAAAAGAAAAAGAGGACUCCGCAAGAAGAUCAAUGGGAUGGAGUUGGUCCUAUCCCAGGACUGUCGAAGUCCCCCAAAGGGGUUGAGAUGCUGUGGCACCCAUCGGUGGUAAAACCAUAUCUGACUCUUCUAGCAGAAAGUUCCAACCCAGCCACCUUGGAAGGCUCUGCAGGGUCUCUCCAGAACCUCUCUGCUGGCAACUGGAAGUUUGCAGCAUAUAUCCGGGCGGCCGUCCGAAAAGAAAAGGGGCUCCCCAUCCUUGUGGAGCUUCUGAGAAUGGAUAACGAUAGAGUUGUUUCUUCCGUGGCAACAGCCUUGAGGAAUAUGGCACUAGAUGUUCGCAACAAGGAGCUCAUAGGCAAAUACGCCAUGCGAGACCUGGUCAACCGGCUCCCCGGCGGCAAUGGCCCCAGUGUCUUGUCUGAUGAGACCAUGGCAGCCAUCUGCUGUGCUCUGCACGAGGUCACCAGCAAAAACAUGGAGAACGCAAAAGCCCUGGCCGACUCAGGAGGCAUAGAGAAGCUGGUGAACAUAACCAAAGGCAGGGGCGACAGAUCAUCUCUGAAAGUGGUGAAGGCAGCAGCCCAGGUCUUGAAUACAUUAUGGCAAUAUCGGGACCUCCGGAGCAUUUAUAAAAAGGAUGGGUGGAAUCAGAACCAUUUUAUUACACCUGUGUCGACAUUGGAGCGAGACCGAUUCAAAUCACAUCCUUCCUUGUCUACCACCAACCAACAGAUGUCACCCAUCAUUCAGUCAGUCGGCAGCACCUCUUCCUCACCAGCACUGUUAGGAAUCAGAGACCCUCGCUCUGAAUACGAUAGGACCCAGCCACCUAUGCAGUAUUACAAUAGCCAAGGGGAUGCCACACAUAAAGGCCUGUACCCUGGCUCCAGCAAACCUUCACCAAUUUACAUCAGUUCCUAUUCCUCACCAGCAAGAGAACAAAAUAGACGGCUACAGCAUCAACAGCUGUAUUAUAGUCAAGAUGACUCCAACAGAAAGAACUUUGAUGCAUACAGAUUGUAUUUGCAGUCUCCUCAUAGCUAUGAAGAUCCUUAUUUUGAUGACCGAGUUCACUUUCCAGCUUCUACUGAUUACUCAACACAGUAUGGACUGAAAUCGACCACAAAUUAUGUAGACUUUUAUUCCACUAAACGACCUUCUUAUAGAGCAGAACAGUACCCAGGGUCCCCAGACUCAUGGGUGUAGCAUCAAGAUGCCCAACAGAGGAACUCUUUCUUUCUAACCUUGUUCAGAUUGAGGUGAAAAGUCCAUCUUGCUGAUUUGAUGAUUGAAAUGUGAAAGUGAAGUGGAAGGAAUGAAUGAAGUGUGUUUUUUUUUUCUUUUUUGAGGAAUUAUCAGGGAAGUGAGGAAAUGUUUGGGAGAGGACUUUCUAAGCUCUAUUUAGGUGUUAGAUCUAAUUACUUAUAGAUUCUGUAGUCUGGUGAAGGUGUGGGUGACGUGAUGAGAGGUUUGAGAAAUGGGUGAAAUGAAAUGGGGGAUAUGUAGGUCAAAUCAAAUUAAAGAUGAUUUUUUUAAUGUGAAUAAAGUUAUGUUCUGAUAGUUUGUACAGAAAAAAUAAAAUGGAUGCCCAUGUUUUAUUGCUAUUACUAAAUGUCAAGAUUGUAUGCUAUUAUGUCUUGUAAAUUUCUUUUGUUGGUGUAAAUAUGGAAAUGCCACAUUGGUUAAGUGCCAUCAUUUGUAAUGCAAUGUGUCACUUGAAAAGAGAUUUGAAGAAACUGACAACUUCAAAAACAAAUGAGAAGCCCAAGGAACUGUGAGCAAUUAAAAGCAAACCGCGACACCCUUUGUCUCCACCACACAUAGUGUACUUUGGAAGCACAACGUCCAGGCUGGUACCGCAGCGCCAUGCCCAUUCCUCGCCUCAUUCAUAGGACACUUCACUGCCAUUUUCUAUUCACAUAAAAGAAAAAUAAAUGUGGAAAUUUCAUCCUUGGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1429.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1519.11
Frequency: 0.0000
Diversity: 1301.27
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((.(((((((((..(((((((((....))).))))))..)))).)).)))((((((((.(((.(((((.(((..((((((((.((...)).))))))))...)))(((((((((((((((((((((((...(((((....((((....))))(((((.(((((((((.............))))))))).)))))...)))))..)))))..))))))).)))))))))))((((.((.(..((((((((((((...((((..((((((...))).)))..))))..(((((((((((((((...(((.(((......((((((((..(((((((.(((((((.((((..((...(((((((((.(((((..(((((..((.((((.(..((.(((((....))))).))..)))))..))...))))))))))...))).((.((((((..(((..(((........)))((((((..........))))))...((..((((((((((....)))...........(((((..((....))..).))))...)))))))..))...........(((((.(.((((((.....................)))))).).)))))..((..(((((((.(((....))).))).((((((((......).)))))))....))))..)).(((((.((((.......)))))))))..(((......))).....((((((.....))))))......(((.............)))........))).)))))).)).....(((......))).......))))))..))..))))...))(((((((...((.(((........)))..))...)))))))(((((.(((...))).)))))))))))))))))..))))).)))))).)))...).))))....(.(((.....))).).....))))))))))........(((((....)))))..((((((((((...)))....((((........(((....)))((((((((((.(((.......))).)))..)))))))....((((((.((.((((........(((((....).))))((((......)))).....(((.((((........)).)).)))...(((((..((..((((.(((.((((((((...........)))))))).))).))))...))...)))))......((((...(((.(((((........))))).))).....))))..............)))).)).))))))....(((((......)))))..)))).)))))))...(((((((....))))))))))))))))))).).)).))))..)))).).))))))..))))).......((((((..((((((.(((((.......((((((((((.((((..(((....((.((((.((....)).)))).))(((((((.(((((((((((.((....((((((((((((((..(((.....)))..)))).........(((....))).................)))).))))))......(((.((.....))))).....((((((.............((((....))))........))))))..))))))))))))).))).))))(((((((((((.(((((((((((((((((((.((...(((((((((((.......))))).).).))))((.((((((((((.(((....))))))))((((((((((((..(((((((......)).)))))((((((((((.(((((.(((((((.......))))))......).))))))))))).))))))))))(((((((((..((((.((((((((.(.....).)))))))).)))).)).)))))))))))))....(((....))).....))))).))...................(((((((........((((((...))))))))))))))).)))))......)))))))))).........)))).)))))....((((((...(((((((((......((((((........(((((...))))).((((.....)))).......(((.....)))..(((((((((......).)))))))).((.((....)).))..))))))....))))))))))))))).((((((((((.......((((((((.(((.(((.....(((((((.((.((((....((............))..)))).)).)))))))((((.(((((((((((.(((((((.....((((....))))....)))))))...)))..))))).)))..))))........))).)))))))))))......)).)))))))).))))))...))).))))))))))).))).......((((((....(((.((...(((((((........)))))))...)).)))(((.((((..........................)))))))..........(((((((((.....))).))))))(((((.....)))))..(((((((((((.(.((((((((((((((...((((((...((((((..((((((....(((((...((((((..........))))))...)))))))))))....((((.....))))(((((((..((((((((((((.(((((..(((((....)))))........(((((((((.((....)).)))))))))..(((.(((((((......))))))).))).((((((((((.(((((.(...((((((.(((((((((..........(((....)))......((((((((((((((((....((((....))))((((((((((.(((..(((((((...)))))))..)))..))))).))))).(((((((......((((((((...............((....)).((((((..(...)..))).)))....)))))))).....((((....((((((.((....)).))))))....))))....)))).))))))))))))).......)))))).....(((.....))))))))))))...((((.((((((..........((((((((((....(((((..((((((((((((.(((..(((((....(((........))).........(((.(((..((((.(((((((((((.(((.((..(((.((((((((((((((.(((((((((((..((((((.......))))))........((......)).)))).)))))........(((((.(((...(((.........))).....)))))))).......((((((((((..((((((((.(((((((((((((.....(((((((.((((((.((..(....(((((((.((((((.....(((((...)))))...))))......)))))))))....(((((((....)))))))..((((....))))...(((((..........((.(.((((((((((((.((((((((...........))))).))))))...((((.(((((((((.((((((((((......................(((((.((((...(((((((((((....))))).))))))..((((....)))).....((((...)))))))))))))((((((.......)))))).))))))).....)))))))))).)).)))).....))))))))).))))))))......)..)).))))))..)))))))...)))))))).....))))).)))......(((((((((.....)))))))))(((((((((((.....))))))......)))))...)))))..)))))))))))).))))).).))..))))))))).))..))).)).)))))..)))).))))))).)))........((((((((.....)))))))).)))))...))).))))))))).)))..)))))....))))))))))..)))))).))))..)))))).......).))))).)))).))))))))))).)))))))))))).))))))).....))))))...))))))..)))....)))))))(((((((.........((((((((.(((.....))).)))....))))).........)))))))....((.((........)).)).......))))...).)))).)))))))..((((..((((...))))....)))).......))))))(((((((........)))).)))...))))).))))))..)))))).........))).))))))))((((((.............))))))...(((((....))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((((({(((((((((((.,(((({((({,...)))}}})))),.)||}.}},{{(((.{(((({.{,,(((({.{((,.((((((((.((...}).))))))))...,}}(((((((((((((((((((((((...(((((.,.{(({{...,))}|(((((.(((((((((.............))))))))).))))),.,)))))..)))))..))))))).))))))))))).,,,,(({{{((((({{.{((((,..(((,..(((((({{{||,.|||{{||,|{{((((((((({(((....,,...,,||||||{|,,.,{{{|||||,|{{{{,..(({.(((...})}.}.)}...))).{{{{,.,(((((..((,(((,,(..((.(((((....))))).))..)))))..)),..))))))))))...|||||.,|,}})}}.}}}.,{{{.,....,.}}}((((((.,......,.))))))...((..((((((((((....}}}..,,,...,..{((({..{{....))..}.})}}...)))))))..))...({{...{{(((((.(.((((((.....................)))))).).)))))).}))..}))))}.}}}}}},,....,...{{(((((.{{...|{{{((,.{{.{(((((({{,.{(({{{((((.......)))))))))..,,,.{({(((,.....{((,,(,,{{{{||}|||...(((({,{..(((((((((((((((........((.((((((((.((((({(......}}.......((((((((((((((,,..{,{.(((((((...((.(((........)))..)),..))))))).(((((((.,.((((...}))).|({.,,{{(...{{||,.,}}}}}}..,})})))))))...}}|||,....,,}.....))))))}})))))))...{{(((({..((({.{,.((((.((....)).))))..,}}|||||{,...{{{.{(((((((((((((((.(((.......))).))),.}))))))....((,,,,.{|,{,,.........{(,(({,..}.))))|||({{{{{{,.,||{,..((({(,,,.,.,,...}}.)},}},.}}|||,,}}|,..||||}||,.((((((((...........)))))))).)))}))}}..,))...)))),{{{{..,,,..,}}|,.(((((..,....,}}}}}.}}}},.,.}}})}}),..{{,,,...,|||.||{,||||}..(((((((..(((.|||({{(.(((.{{.((....))||,|||.}}}))),},))).)))))))...)})),}},))}}}},})})},.,,{{{{{||.{,...,{{{{....,{{{||||||{...,{{{{(((((|.,,{{{{.(((({({{....,|||..((((((.{((((.,,,,,(({{,.||((((,(({.,||....((((((((((((((..(((.....)))..)))),........{{,..,,|.,........,........,))).)))))).,....|||,||.,}}}))))).}}}}}|{{||,,...........((({....)))).,,.....,))}},..)).))),})))})}))).}}}}(((((((((((.,.....,,....,.{{((((((((....((.(((((.......))))).))..,.)))))}})}|}|((((((.{((.{(((({..,.....((((((..(((((((.,....}).)))))((((((((({.(((((.(((((((.,.....}}})}),,,,..).)))))))))))},))))))))),}))))}.))).))))||(((((((..(({....}))...)))))))}}....)))))))))))..,|{{..,.}})}},,}))})}})),,.,},,.............,.})))))))))))).))......)))))))))(((..((((..,,,..,||....,,,))))..))}{((((((((.,...,.))))))))}(((.....)))})))))..})))))...{((((...})))}.|{||.}}}})))}..}}}.......}}})))|{{((((((({.....,}.)))))))).}}.,,,{,{{{{,...}))}.............||{{{{.....)}}}|||{{{...}}}.}})))}}))))}|},.)))}||||,|},|}})}|.,..{({....}))..})),)),))))),)))))))))))..}}}.,((((((.(((((((.....((((,...}))),...))))))))))))}.,..((((((((..{((....))}{(({.{{,{{{{,((((({..((((((.,((((.|....})))).,)))))}..)))))).,.......,{|....,...,,,{{...{{{{(((,,,,,...}}}}}}}...}}.,)))|))|)))),...................,.(({{{,(({,.{.,,.{{..(((((((({.....})),)))))),||||..,,.))))),,(((((((((((.{.(((({(((((((((...((((({...((((((.{,,,.,..{{(((((({.,{(((,,((((.((...,{|{{{,((((((..(((((((,{{{...,{{{,,{((((,,((({...})}).,))))}......(((((....)))))........(((((((((.((....)).)))))))))}}},.,||{{(((......)))))||{||||,.(((....)))..)}))},.,{.((.((({{.((((........))))}}.)))))......((((((((((((((((....((((....))))((((((((((.(((..(((((((...}))))))..)))..))))).))))).(((((((.,..,.((((((((........,......((....)){((((((..{...)..))).}}}....)))))))).}...((((....((((((.((....)).))))))....))))...,)))).))))))))))))).......))))))......))))))).)))))).}}}..,....)).)))))))}|{((((((.((((((((.(((.,({((.((((..((((.((....(((....)))...))})))..)))).}}}},..(((.(((.,((((.(((((((((((.(((.{{..(((.((((((((,(((((.{(((((((,((..((((((.,....,)))))),{,{.{{{((......,,.))))},),)),,......{((({,(((...(((.........))).....))))))))}},,|}.((((((((((..(((({(((.(((((((((((((..,,.(((((((.(((({(.((.,{{,{{(({{{{{.,|||||.....(((({...}))))...}}}}......,})))}))}....(((((((....)))))))..((({....}})}.},{,,{{,,,,,..,..{(.{.(((((((((((..(((....(((((.((((..(((((((((((....((.{{(.({,.....||.{,...,,...............,{{{,...,|||,,{{,,,,{((((((((((....))))).)))))}..((((....)))).....{(((((,....}))))},,....}}))))...,}),))))}..)))))),..}))))..)))))))))))}.}).))))))))).)))}})),.,},,,}..)).)))))),,))))))),}.)))))))).....))))).)))......(((((((((.....))))))))){(((,.{(((({,,,.,,,))).,}}},})))}...)))))..)))))))))))),))))).).)}.}))))))))).}}..))).)))}})))..)))).))))))).)))........((((((((.....)))))))))))))))))))...)))))))},{{..{{|,,,....{{{{{{{(((....)))),})))})),,},,.,}.,,,{..((((({.{((......))}))))))...,}},.})))))))).}},.))))))...))))))..)))....))))))|(((((((.........((((((((.(((.....))).)))....))))).........)))))))}...((,({.,....},}).)).......})))...}.)))).))))))))))))))){(((...)))}...,{{,,.,..},...))))}{|||}....}))))))).})))),})))))})))),},,,,,}}}..,,,,.}}))}.||||||,|((((({.............))))))}..{{{{{....))))}.
Back