Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001304971.2
Sequence Length
3101 nt
GC Content
0.5224
AGUAGAGGGGGCUCCGGGGCUGAGUCCGCGUCGACGCCGGCCGCGGAGGCGGCACCAUGGGCAAGGGGUAGAGGGGCAAGUUGGCCACCGCCGCCGCCGGGGGUGGUGGGAGAGCCGCUCCGGGGGCGGGGGCCGGUGGGGGAGGGAGGGGCGGGCAGCCGCGCCGCCGCGGCACUUUUUUAAUUUUUUCGGGUGCCGCAGCGGCGACCCCUCGGCGCCGAUGUCCCUGAUCCCUGGAGCGACGACGGCCGCUGCCUAAGCUGGAAAGAGGAAUGCCAGCUCCUGAGCAGGCCUCAUUGGUGGAGGAGGGGCAACCACAGACCCGCCAGGAAGCUGCCUCCACUGGCCCAGGCAUGGAACCCGAGACCACAGCCACCACUAUUCUAGCAUCCGUGAAGGAGCAGGAGCUUCAGUUUCAGCGACUCACCCGAGAACUGGAAGUGGAAAGGCAGAUUGUUGCCAGUCAGCUAGAAAGAUGUAGGCUUGGAGCAGAAUCACCAAGCAUCGCCAGCACCAGCUCAACUGAGAAGUCAUUUCCUUGGAGAUCAACAGACGUGCCAAAUACUGGUGUAAGCAAACCUAGAGUUUCUGACGCUGUCCAGCCCAACAACUAUCUCAUCAGGACAGAGCCAGAACAAGGAACCCUCUAUUCACCAGAACAGACAUCUCUCCAUGAAAGUGAGGGAUCAUUGGGUAACUCAAGAAGUUCAACACAAAUGAAUUCUUAUUCCGACAGUGGAUACCAGGAAGCAGGGAGUUUCCACAACAGCCAGAACGUGAGCAAGGCAGACAACAGACAGCAGCAUUCAUUCAUAGGAUCAACUAACAACCAUGUGGUGAGGAAUUCAAGAGCUGAAGGACAAACACUGGUUCAGCCAUCAGUAGCCAAUCGGGCCAUGAGAAGAGUUAGUUCAGUUCCAUCUAGAGCACAGUCUCCUUCUUAUGUUAUCAGCACAGGCGUGUCUCCUUCAAGGGGGUCUCUGAGAACUUCUCUGGGUAGUGGAUUUGGCUCUCCGUCAGUGACCGACCCCCGACCUCUGAACCCCAGUGCAUAUUCCUCCACCACAUUACCUGCUGCACGGGCAGCCUCUCCGUACUCACAGAGACCCGCCUCCCCAACAGCUAUACGGCGGAUUGGGUCAGUCACCUCCCGGCAGACCUCCAAUCCCAACGGACCAACCCCUCAAUACCAAACCACCGCCAGAGUGGGGUCCCCACUGACCCUGACGGAUGCACAGACUCGAGUAGCUUCCCCAUCCCAAGGCCAGGUGGGGUCGUCGUCCCCCAAACGCUCAGGGAUGACCGCCGUACCACAGCAUCUGGGACCUUCACUGCAAAGGACUGUUCAUGACAUGGAGCAAUUCGGACAGCAGCAGUAUGACAUUUAUGAGAGGAUGGUUCCACCCAGGCCAGACAGCCUGACAGGCUUACGGAGUUCCUAUGCUAGUCAGCAUAGUCAGCUUGGGCAAGACCUUCGUUCUGCCGUGUCUCCCGACUUGCACAUUACUCCUAUAUAUGAGGGGAGGACCUAUUACAGCCCAGUGUACCGCAGCCCAAACCAUGGAACUGUGGAGCUCCAAGGAUCGCAGACGGCGUUGUAUCGCACAGGUUCAGUAGGUAUUGGAAAUCUACAAAGGACAUCCAGCCAACGAAGUACCCUUACAUACCAAAGAAAUAAUUAUGCUCUGAACACAACAGCUACCUACGCGGAGCCCUACAGGCCUAUACAAUACCGAGUGCAAGAGUGCAAUUAUAACAGGCUUCAGCAUGCAGUGCCGGCUGAUGAUGGCACCACAAGAUCCCCAUCAAUAGACAGCAUUCAGAAGGACCCCAGGGAGUUUGCCUGGCGUGAUCCUGAGUUGCCUGAGGUCAUUCACAUGCUUCAGCACCAGUUCCCAUCUGUUCAGGCAAAUGCAGCGGCCUACCUGCAGCACCUGUGCUUUGGUGACAACAAAGUGAAGAUGGAGGUGUGUAGGUUAGGGGGAAUCAAGCAUCUGGUUGACCUUCUGGACCACAGAGUUUUGGAAGUUCAGAAGAAUGCUUGUGGUGCCCUUCGAAACCUCGUUUUUGGCAAGUCUACAGAUGAAAAUAAAAUAGCAAUGAAGAAUGUUGGUGGGAUACCUGCCUUGUUGCGACUGUUGAGAAAAUCUAUUGAUGCAGAAGUAAGGGAGCUUGUUACAGGAGUUCUUUGGAAUUUAUCCUCAUGUGAUGCUGUAAAAAUGACAAUCAUUCGAGAUGCUCUCUCAACCUUAACAAACACUGUGAUUGUUCCACAUUCUGGAUGGAAUAACUCUUCUUUUGAUGAUGAUCAUAAAAUUAAAUUUCAGACUUCACUAGUUCUGCGUAACACGACAGGUUGCCUAAGGAACCUCAGCUCCGCGGGGGAAGAAGCUCGGAAGCAAAUGCGGUCCUGCGAGGGGCUGGUAGACUCACUGUUGUAUGUGAUCCACACGUGUGUGAACACAUCCGAUUACGACAGCAAGACGGUGGAGAACUGCGUGUGCACCCUGAGGAACCUGUCCUAUCGGCUGGAGCUGGAGGUGCCCCAGGCCCGGUUACUGGGACUGAACGAAUUGGAUGACUUACUAGGAAAAGAGUCUCCCAGCAAAGACUCUGAGCCAAGUUGCUGGGGGAAGAAGAAGAAAAAGAAAAAGAGGACUCCGCAAGAAGAUCAAUGGGAUGGAGUUGGUCCUAUCCCAGGACUGUCGAAGUCCCCCAAAGGGGUUGAGAUGCUGUGGCACCCAUCGGUGGUAAAACCAUAUCUGACUCUUCUAGCAGAAAGUUCCAACCCAGCCACCUUGGAAGGCUCUGCAGGGUCUCUCCAGAACCUCUCUGCUGGCAACUGGAAGUUUGCAGCAUAUAUCCGGGCGGCCGUCCGAAAAGAAAAGGGGCUCCCCAUCCUUGUGGAGCUUCUGAGAAUGGAUAACGAUAGAGUUGUUUCUUCCGUGGCAACAGCCUUGAGGAAUAUGGCACUAGAUGUUCGCAACAAGGAGCUCAUAGGUAUGUUCUGGUGACAAGAUGAGCUGUAAAUGUGAGAGCAGCUACAAAAUUCAUGAAACUCUUCUUUUGAUUAAUAAAUAUAUGGCUUGUAAAAUCAUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1048.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1105.80
Frequency: 0.0000
Diversity: 860.06
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((((((((((((.(((((.(((.(.((((((((.(((((((((.((...(((...((((...(((((...((.((((((.(((....))).)))))).))...)))((((((((((((((((((((((...(((((....((((....))))(((((.(((((((((.............))))))))).)))))...)))))..)))))..))))))).)))))))))).......(((.((.(((..(((((...((((..((((((...))).)))..)))).)))))..))))).)))..))....))))))).))..))))))))).).))))..))).).).)).)).)))..))))).)).........((.(((.....))))).)))))).((.((((((...(((....)))..)))))).))((..(((((....)))))..))..(((........)))((((((..........))))))...((..((((((((((....)))...........(((((..((....))..).))))...)))))))..))...(((...(((.(((.(.((((((.....................)))))).).)))))).)))..)))))))).((((((((((....(((((((......).))))))((.(((((((((..(((((.((((.......)))))))))......((((((......(((..(.(((((((.(((...(((((.(..(((((((((((((((........((.((((((((.(((((((......))..(((((((((((((((((((......(((((.((...(((....)))...)).))))).(((.....)))(((((((((((...((((((......)).)))).....)).)))))))))......((((.((.((.((........(((((((...((((...)))).(((.(((.......))).)))(((...))).))))))).......)))).)).))))..)))))).)))))))).....(((((....)))))..((((((((((...)))....((((........(((....)))((((((((((.(((.......))).)))..)))))))....((((((.((.((((........(((((....).))))((((......)))).....(((.((((........)).)).)))...(((((..((..((((.(((.((((((((...........)))))))).))).))))...))...)))))......((((...(((.(((((........))))).))).....))))..............)))).)).))))))....(((((......)))))..)))).)))))))...(((((((....)))))))...(((((((((.(((....))).))))...((((((((((((((((((....((((...((((((((((..(((((((((((((.((((..((((((....((.((((.((....)).)))).))...(((..(((.(((((((.((...(((((.((((((((((((..(((.....)))..)))))........(((....)))...................(((.((....))..))))))))))...)))))......))..))))))).)))..)))..................))))...)).)))).))..))))).))))))..))......))))).)))))))...((((((((....((.(((((.......))))).))....))))).)))((((((.(((....))))))))).........((((((...((((....(((((.(.....))))))...)))).((((((.......))))))..)))))).)))))))))))).))))))..)))))....)))))..(((((((((..(((....)))...)))))))))..(((((((((((((...(((....))).....))))...)))))..............))))))))))))))))).))......)))))))))(((..((((.......(((....)))))))..)))(((((((((.......)))))))))(((.....)))))))))..))))))...(((((...))))).).)).))))))))..))).......))))))(((((((((((......).)))))))).))......((((....))))...............((((.....))))((((((...))).)))))))))))).))((((.((((((((((((((((.((((((((.((....))..)))...((((..((((.((((((..((((((.(((((((.....((((....))))....))))))))))))).....((((((..((((....)).((((.((.(((..((((((..((((((..((((.......))))..))))))..)))))).........(((........)))((...(((((((........)))))))...))..))).)).)))).....................))..)))))).(((((((((.(((((((((.....))).))))))(((((.....)))))(((....)))..((.(((...((.((((....)))).))....))).))))).)))))).(((((...((((((..........))))))...))))).))))))..))))..))))..(((((..((((...))))..)))))......(((((....)))))........(((((((((.((....)).))))))))).................))))).))))))))))(((....)))(((..((((((........)))))).)))...))))))...)))).))))))))))(((((.((((((((..........)))))).))....(((.(((....)))...)))...............)))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((({((((((((((((.(((((.(((.(.((((((((.(((((((((.((.,.(((...((((.,.,{(((..,((,.((((((((.((...}).))))))))....,,(((((((((((((((((((((((...(((((.,.{(({{...,))}|(((((.(((((((((.............))))))))).))))),.,)))))..)))))..))))))).))))))))))).},,,.|||.||,|||..|||||...((((..((((((...))).)))..)))).}||||,,}}},},|}}..)).,..,))))))})}..))))))))).).))))..))).).)},).)).)))..))))).)).........((.(((.....))))).)))))|{((.((((((...(((....)))..)))))).))||..(((({....,))))..}}.,||{.,....,.}}}((((((.,......,.))))))...((..((((((((((....)))..,.....,..{(((|..{{....))..}.)))}...)))))))..))...(((...(,(((((.(.((((((.....................)))))).).)))))).)))..))))))))|((((((((((.{{((((((((,,....),))))))),.,(((({,,||,{(({{{((((.......))))))))}.,{{{.{(((((,.....{((,,(,{{{{{||,|||...(((({,(..(((((((((((((((........((.((((((((.(((((,(......}}.......((((((((((((((......(((((.((...{((....}}}...)).))))).(((.....)))(((((((((((...((((((......)).)))).....)),,))))))))......((((.((.{|,{,........(((((((.,.((((...}))).|({,{,{{(...{{||,.,}}}||}..,})}))))))).......}}}}.)).))))..)))))),,)))))))...((((((({{((((.{..((((.((....)).))))...}|{{{(((....{{{.{(((((((((((((((.(((.......))).))),.}))))))....((,,,,.,|,{,,.........{(,(({,..}.))))|||({{{{{{,.,||{,..((({(,,,.,.,,...}}.)},}},.}}|||,,}}|,..||||}||,.((((((((...........)))))))).)))}))}}..,))...))))}{{{{..,,,..,}}},,{((((.,,....{|||||,,||||.,,}|}}|||,..{{,,,...,|||.||{,||{|,..(((((((..(((.{|{((((.(((.{{.((....))||.))}.)))))).,.))).)))))))...}}}},}},)))}}},))}||..,,||{||||.,,...,|||.....,,},})))))}........,,|||}.}}||},.||||.(({.....}))..(({{{{{,,{({{{{{(((((({.(((((((((((.((...(((((.(((((((,((((..(((.....)))..))))}........{,,..,,|.,........,..........(({,{{....,...})})))))))...)))))....{{{{{{.,...,|......(((,....}))}..,.,...}))))}..))})))))))))),))).)))}(((((((((((.,...........,.{{((((((((....((.(((((.......))))).))..,.)))))}})}}}}((((((.{((.((((({..,.....((((((..(((((((......)).)))))((((((((({.(((((.(((((((.,.....}}})}),,,,..).)))))))))))},))))))))).}))))).))).)))))|(((((((..(({....}))...)))))))}}....)))))))))))...|{{....})),}}}))),}}}))}}})).................})))))))))))).))......)))))))))(((..((((...,,..,||....,,,))))..))){((((((((.,...,.)))))))))(((.....)))))))))..))))))...(((((...))))).|,||.}})))))}..}}}.......}}))))|,{((((((({.....{|{}|||||||{{({{{{{{({((,...}})}...,,......,,{{((((,,...|||||||{{{...,}|,||||||||{|.,{{,,{{{(((((((,((,((((....(({,{,..{{....})..)))}.}},|}}}))}{{{{{((,,({(((((.(((((((.....((((,...}))),,..)))))))}|||||,||,|||||||,.}|||....))|{|||{,|||.||||||{,...{||{||,|||{|||,|.,|||||.|||||,,.})))),)}}......,|||,,,,,|,,||.{{...{{{{(((,,,,,,,.}}}||}}...}}.}}}||||||||||,,.{{{,,...........{{((.,{(((({{(.,..({{,(((((((({.....})),))))))(((((.....)))))(((...|))}||||,,|.||||||,.,|}.,,|(({{{...}})}}.}}},.,}))))},}}}},.,,}}}}}.}}}})}},,,,}))}}}).))},))))))}))}))},.,))))}.|||||}||||{,..))))}})}))}....,,|(((|,,,,}}||}........{((({{{{|,|{..,,)),)))))))))......||||,,{,,.,}}))))))))})))}}||{.,,,)}|,||.,|||{{{,,,.{{{,|,||||.......,))))}}.))))).))))))))))|{{{{,((((((((..........)))}}).}}....{{{.{{,....,}}...}}}..........,,,..)))))...........
Back