Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001305004.1
Sequence Length
2845 nt
GC Content
0.4211
GAGAAGAGGACAAAGAUACUCAGAGAGAAAAAGUAAAAGACCGAAGAAGGAGGCUGGAGAGACCAGGAUCCUUCCAGCUGAACAAAGUCAGCCACAAAGCAGACUAGCCAGCCGGCUACAAUUGGAGUCAGAGUCCCAAAGACAUGGACUAUGAGUAUCUCAUCAAUGUGAUCCAUGCCUUCCAGUAUGUCAUCUAUGGAACUGCCUCUUUCUUCUUCCUUUAUGGGGCCCUCCUGCUGGCUGAGGGCUUCUACACCACCGGCGCAGUCAGGCAGAUCUUUGGCGACUACAAGACCACCAUCUGCGGCAAGGGCCUGAGCGCAACGGUAACAGGGGGCCAGAAGGGGAGGGGUUCCAGAGGCCAACAUCAAGCUCAUUCUUUGGAGCGGGUGUGUCAUUGUUUGGGAAAAUGGCUAGGACAUCCCGACAAGUUUGUGGGCAUCACCUAUGCCCUGACCGUUGUGUGGCUCCUGGUGUUUGCCUGCUCUGCUGUGCCUGUGUACAUUUACUUCAACACCUGGACCACCUGCCAGUCUAUUGCCUUCCCCAGCAAGACCUCUGCCAGUAUAGGCAGUCUCUGUGCUGAUGCCAGAAUGUAUGGUGUUCUCCCAUGGAAUGCUUUCCCUGGCAAGGUUUGUGGCUCCAACCUUCUGUCCAUCUGCAAAACAGCUGAGUUCCAAAUGACCUUCCACCUGUUUAUUGCUGCAUUUGUGGGGGCUGCAGCUACACUGGUUUCCCUGCUCACCUUCAUGAUUGCUGCCACUUACAACUUUGCCGUCCUUAAACUCAUGGGCCGAGGCACCAAGUUCUGAUCCCCCGUAGAAAUCCCCCUUUCUCUAAUAGCGAGGCUCUAACCACACAGCCUACAAUGCUGCGUCUCCCAUCUUAACUCUUUGCCUUUGCCACCAACUGGCCCUCUUCUUACUUGAUGAGUGUAACAAGAAAGGAGAGUCUUGCAGUGAUUAAGGUCUCUCUUUGGACUCUCCCCUCUUAUGUACCUCUUUUAGUCAUUUUGCUUCAUAGCUGGUUCCUGCUAGAAAUGGGAAAUGCCUAAGAAGAUGACUUCCCAACUGCAAGUCACAAAGGAAUGGAGGCUCUAAUUGAAUUUUCAAGCAUCUCCUGAGGAUCAGAAAGUAAUUUCUUCUCAAAGGGUACUUCCACUGAUGGAAACAAAGUGGAAGGAAAGAUGCUCAGGUACAGAGAAGGAAUGUCUUUGGUCCUCUUGCCAUCUAUAGGGGCCAAAUAUAUUCUCUUUGGUGUACAAAAUGGAAUUCAUUCUGGUCUCUCUAUUACCACUGAAGAUAGAAGAAAAAAGAAUGUCAGAAAAACAAUAAGAGCGUUUGCCCAAAUCUGCCUAUUGCAGCUGGGAGAAGGGGGUCAAAGCAAGGAUCUUUCACCCACAGAAAGAGAGCACUGACCCCGAUGGCGAUGGACUACUGAAGCCCUAACUCAGCCAACCUUACUUACAGCAUAAGGGAGCGUAGAAUCUGUGUAGACGAAGGGGGCAUCUGGCCUUACACCUCGUUAGGGAAGAGAAACAGGGUGUUGUCAGCAUCUUCUCACUCCCUUCUCCUUGAUAACAGCUACCAUGACAACCCUGUGGUUUCCAAGGAGCUGAGAAUAGAAGGAAACUAGCUUACAUGAGAACAGACUGGCCUGAGGAGCAGCAGUUGCUGGUGGCUAAUGGUGUAACCUGAGAUGGCCCUCUGGUAGACACAGGAUAGAUAACUCUUUGGAUAGCAUGUCUUUUUUUCUGUUAAUUAGUUGUGUACUCUGGCCUCUGUCAUAUCUUCACAAUGGUGCUCAUUUCAUGGGGUAUUAUCCAUUCAGUCAUCGUAGGUGAUUUGAAGGUCUUGAUUUGUUUUAGAAUGAUGCACAUUUCAUGUAUUCCAGUUUGUUUAUUACUUAUUUGGGGUUGCAUCAGAAAUGUCUGGAGAAUAAUUCUUUGAUUAUGACUGUUUUUUAAACUAGGAAAAUUGGACAUUAAGCAUCACAAAUGAUAUUAAAAAUUGGCUAGUUGAAUCUAUUGGGAUUUUCUACAAGUAUUCUGCCUUUGCAGAAACAGAUUUGGUGAAUUUGAAUCUCAAUUUGAGUAAUCUGAUCGUUCUUUCUAGCUAAUGGAAAAUGAUUUUACUUAGCAAUGUUAUCUUGGUGUGUUAAGAGUUAGGUUUAACAUAAAGGUUAUUUUCUCCUGAUAUAGAUCACAUAACAGAAUGCACCAGUCAUCAGCUAUUCAGUUGGUAAGCUUCCAGGAAAAAGGACAGGCAGAAAGAGUUUGAGACCUGAAUAGCUCCCAGAUUUCAGUCUUUUCCUGUUUUUGUUAACUUUGGGUUAAAAAAAAAAAAAGUCUGAUUGGUUUUAAUUGAAGGAAAGAUUUGUACUACAGUUCUUUUGUUGUAAAGAGUUGUGUUGUUCUUUUCCCCCAAAGUGGUUUCAGCAAUAUUUAAGGAGAUGUAAGAGCUUUACAAAAAGACACUUGAUACUUGUUUUCAAACCAGUAUACAAGAUAAGCUUCCAGGCUGCAUAGAAGGAGGAGAGGGAAAAUGUUUUGUAAGAAACCAAUCAAGAUAAAGGACAGUGAAGUAAUCCGUACCUUGUGUUUUGUUUUGAUUUAAUAACAUAACAAAUAACCAACCCUUCCCUGAAAACCUCACAUGCAUACAUACACAUAUAUACACACACAAAGAGAGUUAAUCAACUGAAAGUGUUUCCUUCAUUUCUGAUAUAGAAUUGCAAUUUUAACACACAUAAAGGAUAAACUUUUAGAAACUUAUCUUACAAAGUGUAUUUUAUAAAAUUAAAGAAAAUAAAAUUAAGAAUGUUCUCAAUCAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-807.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -862.48
Frequency: 0.0000
Diversity: 636.72
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((...(((((((.(((((((((.......................((((((..((((.....))))..))))))..(((((......)))))............(((((....))))).......((((...(((.....)))...)))).))))))))).....((((((..(((((......)))))...((((((((((....((((((((((((.((((((.((((.......((((((((((((((.....(((.(((((((.(((((((((...((((........).)))..))))))((((((.(((.((((((((((((..(((((((((.....((((....))))...)))).(((((..((((........)))).)))))((((((.........))))))((((..(((((.(((....)))))).))..))))..)))))))))))))...))))..))).))))))....)))))))))).)))...................((........))(((((((((((.((..((((((((...(((((......)))))..))).)))))....((((((...((((((.(((....((((....))))..(((((((((.(((((...................(((((((((.((((.((.....)).))..)).)))))..)))).(((.(((((((((..((((..((....))....))))...))))))))).))).)))))....)))))))))((((..........)))).))))))))).)))))).........(((((......)))))....((((((((((..........)))))....)))))..(((((((......((((...(((((((((.....)))).(((.((......)).)))......((((..(((((((((...((.(((....))).))....)))))))))..)))).......((((((((.((((((.((((.((((........)))))))..).)))))).)).))))))(((((((......).)))))).)))))...))))(((((.((((..(((((.((((((((((((((...(((((....)))))))))..)))...((((((((..((....)).))))))))...)))))))...(((((..((((((((((.((((((((.((..........)))))))))).)))))).))))..)))))...........((((((..(((.((((((.........)))))))))....))))))...))))).)))).)))))............((((.....)))).)))))))..(((((((..((.....((((((.......))))))..))..))))))))).)))))))))))...)))))))....)))))))..................((((((.......((((((..((.(.((((.(((((.(..(((((((.....(((((.((((....(((((((...)))))))))))..)))))..(((((.....(((((.((.((..((((....))))..)).))))))).......)))))......(((....))).......((((((.((.(((....))).)).).)))))..)))))))..).))))).)))).).))..)))))).........(((((((((((((.((((((((((((((.......((((((.....((((....))))......))))))(((((.......(((((......)))))(((((((((...))))).))))......((((((((.((((........((((((((((((((((((...((.....))....)))))).)))))..)))))))..((((((((((.(((((.....((((..((((((((((((((.((((((.((((((..((((....)))).))))....)).))))))......((((((((((((..(((((.((((((....))))))....)))))..))....))))))))))((((((((...(((((((..(((((.....))))))))))))))))))))........)))))))...)))))))...)))).....))))))))))))))).)))).))))))))...........)))))(((.(((((((....)))))))..)))..))))))))))))))((((((((.((...(((((.((((............)))))))))...)).)))))))).((((((((............((((((.....)))))).......(((((((.....((.((((((((((......))))))))))))...))))))).)))))))).......))..))))))))))).(((((.....)))))........(((((((((.(((....))).))))).))))....)))))).)))).)))))).))))))))))))....))))))).)))....(((((((((((((.((((.(..(((.....)))))))).)))))))))))))......................................))))))................((((((.....(((((((((......((((((((...(((((((.(((((...))))).)).................)))))...)))))))).))))).)))).....))))))((((......)))).................)))))))..))...............
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{...(((((((.(((((((((..,...............,....((((((..((((.....))))..))))))..(((((......)))))......,,.{,.(((((....))))}...,||,{||{,.{((({....,,,.,})))).}))})}})).,,..,{{{{{,.{((((..,{{{|},,|,.,{{{{|||||,..,,{{{{(({{(((((((((((.((((....,{,((((((((((((((...,.{({.(((((((.(((((((((...((((........).)))..))))))((((((.(((.((((((((((((..(((((((((.....((((....))))...)))).(((((..((((........)))).)))))((((((.........))))))((((..{{{((.(((....)))})).}}..))))..)))))))))))))...))))..))).))))))....)))))))))).))),.................,((........}}{((((((((((.((..((((((((...(((((......)))))..))).)))))....((((((...((((((((,((((((({,....}}},.{(((((((({.(((((...........,.......(((((((((.{(((.({.....)).}},.}}.))))),.,))).(((.(((((((((.,({((,.,,....},....}))),,,))))))))).))).)))))....}))))))))}.........,})))))..))))))))).)))))).......{.(((((......))))),...{(((((((((..........)))))....})))),.(((((((......((((...(((((((((.....)))}.(((.((......)).))).{{,,{((((..(((((((((...((.(((....))).))....)))))))))..))),.,,)}}.{{((((((.((((((.({({.((((.,......))))},,,.).)))))).)))))))))((((((,,.....).)))))),)))))...))))(((((.((((..(((((.(((((((((((((({..(((((....))))))))),.,))...((((((((..((....)).))))))))...)))))))...(((((..((((((((((.(((((((({{{..........}))))))))).)))))).))))..)))))......,....((((((..({(,((((((.........)))))))))....)))))),,.))))).)))).)))))............((((.....)))).))))))).,(((((((..((.....((((((.......))))))..))..))))))))).))))))))))}...)))))))....))))))}.,,,...,,.,,,|,,,}|||||{,,,,..,((((((..((.{,(((({(((((.(..(((((((.....(((((.((((....(((((({...}))))))))))..)))))..(((((.....(((((.((.((..((((....))))..)).))))))).......)))))...,,,({,.,..,||..,.,.,(({(({.,|.{{|,}}.))).)).),)))))..)))))))..}.))))).))))}).))..))))))},,,.|,.,{{{{{{||{{,{{,|((((((((((({(.......{||(((|,.|,{({{,,,,}|}|.,,,.,}},,{{(((((((......,,}}}}}}}}}{{.((((((((((...)))))}}}))))),,,((((((({,({{{..{{{{({((((((((((((((((((,..((.....))..},))))))}}))))..))))))},.((((((,,,||||||{..,{{(,(({,(((((,,{{{{{||,||{{||.||{{,,||||||....}}}}.,,,...,{||{|||||,{{,,,.{{((((((({{(..(((((.((((((....)))))}....|}}}}..}},...)))))))))},(((((((...(((((({.,(((((.....)))))))))))))))))))||,.|,|,,|}}||||.,,||}}}}|,||||},||,,.,,}}}))))}}}})}})))),)))})))).,,,,)},}.}))}}}|||,{{(((((....))))))}.,}}}..))))}}}))))))}{({{({((,({.,,((((.{(({{.......}}}.,))))}})))|,.)).))}}}}}|.((({{{{|,,,,....,...,,,,.,,|||||,}}}},,,,,,,(((((((..,,.{{.{|{|{||||{......))))))})))}}.|,}}}}}}}|}}}}}}}},,.....}}..})))}}})))).|||{{|.,,||}}},........(((((((((.(((....))).))))).))))...,))}},,.)))).)))}}}}))}))))||||}....||{|{||..,,....(((((((((((((.((((.{..{.......}}).}))).)))))))))))))......,...}},..........,,}},,,},,....,}},.,}},,,..,,.....,..((((((.....(((((((((......((((((((...(((((,(,,,,((...{||||,,,..,}}}}}.,,...,..)))))...)))))))).))))).)))).....)))))){{{{......},,,....,,....,,.....)))))))..))...............
Back