Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001306146.2

Sequence Length

2306 nt

GC Content

0.5308

GAGUGCGCAGGACUGGCAAGAGGGAAGCCGGGCUGCUCCACGCCUUUCACGCCUUCCACCUCCUGCGUGUCCAUCUGUGAGAAGGAGCCAGAGCCCAAGGGAGAUGAUGGAGCCUGAGGAGUACAGAGAGAGAGGGAGAGAGAUGGUGGAUUACAUCUGCCAGUACCUGAGCACUGUGCGGGAGAGACGUGUGACGCCAGACGUGCAGCCUGGCUACCUGCGAGCCCAGCUGCCUGAGAGUGCUCCUGAGGACCCCGACAGCUGGGACAGCAUCUUUGGGGACAUUGAACGAAUCAUCAUGCCUGGGGUGGUACAUUGGCAGAGCCCCCAUAUGCACGCCUACUACCCAGCCCUCACCUCUUGGCCCUCCCUGCUAGGAGACAUGCUGGCUGAUGCCAUCAACUGCUUGGGAUUCACCUGGGCAUCCAGCCCUGCGUGUACAGAGCUGGAGAUGAACGUCAUGGACUGGUUGGCAAAAAUGCUGGGACUUCCAGAGCACUUCUUGCACCACCACCCCAGCAGCCAGGGCGGAGGCGUCCUGCAGAGCACGGUCAGUGAAUCCACUUUGAUUGCCCUGCUGGCAGCAAGGAAGAACAAAAUCCUGGAAAUGAAAACGUCUGAGCCCGAUGCUGAUGAGUCCUGCCUAAAUGCCCGACUCGUGGCCUAUGCCUCUGACCAGGCUCACUCCUCUGUGGAAAAGGCUGGUUUGAUUUCCCUUGUGAAGAUGAAAUUUCUGCCUGUGGAUGACAACUUCUCACUCCGAGGGGAAGCUCUUCAGAAGGCCAUCGAGGAAGACAAGCAGCGGGGCUUGGUGCCCGUCUUUGUCUGUGCAACACUAGGGACCACUGGGGUCUGUGCAUUUGACUGCCUGUCAGAGCUGGGCCCCAUCUGUGCCCGUGAGGGGCUGUGGCUCCACAUCGAUGCUGCUUAUGCAGGCACUGCCUUCCUGUGCCCCGAGUUCCGGGGGUUUCUGAAGGGGAUUGAGUAUGCCGACUCCUUCACCUUUAAUCCUUCCAAGUGGAUGAUGGUGCAUUUUGACUGUACUGGGUUCUGGGUCAAGGACAAGUACAAGCUGCAGCAGACCUUCAGUGUGAAUCCCAUCUACCUCAGGCAUGCCAACUCAGGCGUGGCCACCGACUUCAUGGGUACUGAAAUGGCUAAAUAUUUUGAAUCUCUGGUCAGAAACGACCCUUCCUUUGAAAUUCCUGCCAAGAGGCACCUUGGCCUGGUGGUUUUUCGUCUAAAGGGUCCUAAUUGUCUCACAGAAAAUGUGUUAAAGGAAAUAGCUAAAGCUGGCCGUCUCUUCCUCAUCCCGGCCACUAUCCAGGACAAGUUAAUCAUCCGUUUCACUGUGACAUCCCAGUUUACCACUAGGGAUGACAUCCUGAGAGACUGGAAUCUCAUUCGAGAUGCUGCCACUCUCAUCCUGAGUCAGCACUGUACUUCCCAACCCAGCCCUCGGGUUGGGAACCUCAUCUCCCAAAUCAGGGGUGCCAGAGCCUGGGCCUGUGGAACGUCCCUUCAGUCUGUCAGUGGGGCAGGAGAUGAUCCAGUCCAGGCCAGGAAGAUCAUCAAGCAGCCUCAGCGUGUGGGAGCCGGUCCCAUGAAAAGGGAAAAUGGCCUCCAUCUUGAAACCCUGCUGGACCCAGUUGAUGACUGCUUUUCAGAAGAGGCCCCAGAUGCCACCAAGCACAAGCUGUCCUCCUUCCUGUUCAGUUACUUGUCUGUGCAGACUAAGAAGAAGACGGUGCGCUCCCUCAGUUGCAACAGUGUGCCAGUGAGUGCUCAGAAGCCACUGCCCACAGAGGCCUCUGUGAAGAAUGGGGGCUCCUCCAGGGUCAGAAUCUUUUCCAGGUUUCCAGAAGACAUGAUGAUGCUGAAGAAAAGUGCCUUCAAAAAACUCAUCAAAUUCUACAGCGUCCCCAGCUUUCCUGAAUGCAGCUCUCAAUGUGGACUCCAGCUGCCCUGUUGCCCUCUGCAGGCCAUGGUUUAGACACAGGGCCUUCAGCCAGAGUCUGAGGAUAUACUUCAGGGACUCUGUGAACCCCUCACAAUUGUAUGCCAACUUUGUGUGCUUAUGUGUACAUGCAUUUUUCUUGGGGCGAGUUCAUAAUUUUAAUCAAAUUCUCAUAGGGGUUCAUGACCCACAAUAGGAUACAAACGAAGAGUUUAAGCCAGCAUGAUCCAGAUGGGUUCAGCAGUCUGGUCAGUGAGAAAGGGCCGAGGGUAGACAGGCAGCUUCUGUGGUUCAGCUUGUGACAUGAUAUAUAACACAGAAAUAAAUUAUGCUUGUCCCUGAAACAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-827.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -866.84

Frequency: 0.0000

Diversity: 711.07

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((((((..(((....(((.(((((((((((((((((.(((((.(((..((((((((((.(.(.((..((((((...(((..(((...((....))......)))..)))......))))))..)).).).)).))...))))))..(((..((((((...))).))).)))))).))))).)))).))..........))))))))))).)))((...(((((((((((.((.......)).))).......))))))))...)).....(((((((.........((((((((((((((((.(((((.((((..((((((((((...(((.........(((((......((((((((.......))))))))....))))).(((((.((((...((((((((.....))))))))((((((.(((......))).))))))))))..)))))((((..((((((((....))))..))))))))((((((((((.((((.((.....(((((....((((..((((((.((((..((((.((.((((.((......)).)))))).)))).))))..((((.........))))..........))))))..))))..)))))(((((((..((......))..)))))))(((....)))((.((((((.((...(((.....)))..)).)))))).))....((((.((((((.(...(((((.(((.(((((((.......))).))))))))))))))))))).))))((.....)).......(((((((((...((((((((((((((((((((((.(((.(((((....(((((((((.((.((((((.....)))))))))))))))))...(((((((((((.(((((((....)))).....))).))))))..)))))....))))))))(((((.....)))))......(((((((.(((.......))))))))))(((....((((........))))...)))....(((((((.............)))))))((((((((...((((.(((((...(((((((.....(((((.....((.((((((((......))))).)))...))....)))))))))))).((((.....((((((((.....((((......)))).....))))))))....)))).((((((.((((((.(((((((...(((((....((((((.........((((.....)))).....((...((((....)))).))...(((((((......((((........(((...........))).(((((..(((.(((((((((.....))).)))))).)))..)))))((((((((((((....)))))((((..((((.......)))))))).......((((((((((.......))))))))))..((((((((.....((.((((.((((...)))))))).))....(((((..............))))).)))))))))))))))..)))))))))))......(((((..((((.(((.(((.((((.((((.......))))...)))))))))).))))....)))))))))))....)))))..((((((....)))))).......))))))).)).)))).)).))))....))))))))))))))))))))))))))......)))))))).))))).)))).)))))....)))))).)).))))))))(((.(((.(((....))).))).))))))....))))))))))..)))).))....)))..)))))))...........)))))))))((((.((((.........................)))).)))))))))))))).)))))..)))).))).(((..((((((.((((((((.((((((((((....((((.((((((((((....(((.....)))(((((((((((.....))))..)))))))((((((((((((.......((((.......((((((......))))))))))......))))).).))))))............(((((.....(((((...))))).....)))))...........))))))))))((.(((.((((((.(......).))))))))))).......))))))))))).)))))))))...)).))))))..))).((((.(.((((................))))).))))............

Thermodynamic Ensemble Prediction

,{(({{.(((((,.(((,..,(({.(((((((((((.,((((,(((((.{{(,.((((((((((.(.(.((..((((((...(((..(((..,((....))......)))..)))......))))))..)).).).)).))}..)))))}...,..{(((((({..,,,.},)})).)))})))}).}))),}|,,.....})}))))))))))).))}((..,((((((((((({{(.({.{{|||.})|.|,,,|.)))))))).,.))....,{(((({(.,{{,....{{{{{{{{{{{{{{{|.|||||.,{((,.({(({{{{{,..}|,||||..{{{{(({((({{,..((((((((.......)))))))).,{(({(((({{{{{,{{{{...((((((((.....))))))))((((((.(((......))).))))))}||}..}})),{{{..|||{.{(({,.,.{{({,((...,)).{||||,||,|}||,|.||}}..}||((({..,((((,,{(({(({({(({{((({.(({(((({({....,,|||)}))||.}}}},))))|,|{{{.........}|||{{,,,.,...}}}|||,.}|||..||}}}(((((((..((......))..)))))))(((....)))((.((((((.((...(((.....)))..)).)))))).)}....((((.((((((.{...(((((.(((.(((((((.......))).))))))))))))})))))).)))),|,}}|,|}.......(((((((((...(((((((((((((((((((((({({...((((((..(((((((({.((.((((((.....))))))))}))))))))...,,((((..,.,}}}}..,((((((((((.((.(((((({..((((,,.)})}(((({{{.,(((((.....))))){{{{{(((,(((((({((((,,,{{,}}}}..,|{((.,,.((((........)))),,.))}|,,....,..((((((..(((((......))))).)))))}.{{||,|||||...(((((((.....(((((.....,,.((((((((......)))))}}))...},....)))))))))))}.{|||...,,||||{,||}}}}},,||}}}}}}|||{{{{....|{{||..{{.|{{|.,{(((,.,,,,|}}||||||..}}}}|....}})))}|,,..{{{{{{((((.....)))).....{{{..,{({....},|(({{(..............}))}},,,.,}}.||}},},,,,....|||{{{(({..(((.(((((((((.....))).)))))).)))..})})}||{{|||(((((....)))))((((..((((.......)))))))).......((((((((((.......))))))))))..{{{{{(((,....{{,||||.{{{{.,,||||||}}.||{,.,((((({...{{{{......})))),))})))),)))))))}}))))))))))......}}||||}.||.,.}}|}|||}|||}}||||.,,,..,||||...,||||||}}|{||||,..{|},||}}|,.|{{{{,,.))}}|,,||}}}},,))))),..,},,||},,,,.||.,,,)})}.,},,.}}}}}}}}))},....})),)))))))))......)))))))).))))).)))).)))))....|||}|},||{|}}|}}}},,,.)))}|||,.||)||,|||,|||||}....)))))))))),,))})})),,,,,}).,))))))),,,..,,.,,.,}|||||||{{((,(({,..,,..,}},,......,}},....}))).)))})))}})}))),)))))..})},))))}||..,,||||.}},{||||||||||||{{{({(.{((((.((((....||.}}.))))}.,,),|(((((((((((.....))))}.}))))))|(((((((((((.......((((.......((((((......))))))))))......))))).).))))),............{((((.,,.,(((((...))))).....})))}..,{{{.....)))),}))))}|}||{.((((({.{......).))))))))})})}}...,))),}})))))).))))))))},,||,|}}}},,,,{{,{.,,{{,,.,,,..))))},.......,.}}},.))))}))...,....