Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001306159.2
Sequence Length
1097 nt
GC Content
0.5287
GGAAGUGGAGUGCGCUGCGGUGCGAGCUGGGCCGGCGGGGUGGUUCGAGAGCGCGCAGAGUCCAGACUGGCGGCAGGGCCCGAGGGGCCGACCCGCAGCGUCCCUGGUCUCUCCAGCCCUCACUCGGAACCGCACUGACAAUACCCUCCCCUCCCUUGGGCUGGACCCCUCUCUACAGCUAGGAGCCAAUGGCAGAAGACAAAACCAAACCGAGUGAGUUGGACCAAGGGAAGUAUGAUGCUGAUGACAACGUGAAGAUCAUCUGCCUGGGAGACAGCGCAGUGGGCAAAUCCAAACUCAUGGAGAGAUUUCUCAUGGAUGGCUUUCAGCCACAGCAGCUGUCCACGUACGCCCUGACCCUGUACAAGCACACAGCCACGGUAGAUGGCAAGACCAUCCUUGUGGACUUUUGGGACACGGCAGGCCAGGAGCGGUUCCAGAGCAUGCAUGCCUCCUACUACCACAAGGCCCAUGCCUGCAUCAUGGUGUUUGAUAUACAGAGGAAAGUCACCUAUAGGAACCUGAGCACCUGGUAUACAGAGCUUCGGGAGUUCAGGCCAGAGAUCCCAUGCAUCGUGGUGGCCAAUAAAAUUGAUGCAGACAUAAACGUGACCCAAAAAAGCUUCAAUUUUGCCAAGAAGUUCUCCCUGCCCCUGUAUUUCGUCUCGGCUGCUGAUGGUACCAAUGUUGUGAAGCUCUUCAAUGAUGCAAUUCGAUUAGCUGUGUCUUACAAACAGAACUCCCAGGACUUCAUGGAUGAGAUUUUUCAGGAGCUCGAGAACUUCAGCUUGGAGCAGGAAGAGGAGGACGUGCCAGACCAGGAACAGAGCAGCAGCAUCGAGACCCCAUCAGAGGAGGUGGCCUCUCCCCACAGCUGAGGGGCUGGGGCUAGGGGAAUAGUUUGGACCUUGUGCCUCCUGUGGGAGGCUGAGGACUGCAAGAGGAGAGCUAGCAGAUAUGCCUGUUCACCCCUCUCUGGUACUUGUGGCUUGCUAGUAUGUUUUUAUGAUAAUCUCGGGCAUUGUUUGCAUUGUGUUUAUUAAUAGGGUUUUGUUUUUAUUGUUUCCUUUUUUACAGUAAAGGCUGAAUGACAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-367.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -388.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 358.45
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((..((((((((((((((.(((((((((.(((.(.(........).).))).).)))))).)).)))....(((((...)))))...))))))))).((((((((.((((((..((((((((.................((..(((......)))..)).......(((.(.((((........)))).).)))..........))))))))))))))(((.((..((.(((((..(.(((....))).)..))))))).)))))..((((((((.((((..(((.(((...(((((.(((....)))))))).))).)))...)))).)).))))))(((((.(..(((...(((((.(((((......((((((..(((((.....))))).))))))..(((((((.((((....((((((.((((((((.(((((.(((((...(((.........)))..))))).))).))..(((((((.............))).))))....))))))...)).)))))).....((((((...)))))).(((((......(((((...))))))))))..........(((....)))...)))).)))))))..((.........))...(((((((((...((.((((.(((((((((.((.((((...))))))..((((((((((((..(((((......))).))..)))).....)))).))))(((.((....)).)))..)))))))))....)))).))..))))))))).)))))..)))))...)))..))))))..))))))))((((..((((((((..((((((((((((......)))))(((((.(((.(((((....))))))))..)))))........((.(((((.((((((....))))))))))).))...(((((.((((..(((....)))..))))...)))))..))).))))..)).)))).)).))))....((((((.(.((((((.....))).))).).))))))..........(((((((((((..........)))))))))))...))..)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((..{,((((((((((((.(((((((((.(((.(.(........).).))).}.)))))).)).))|....(((((...)))))...))))))))},(((((({{.{(((({.,((((((((.................((..(((......)))..)).....,,{{{...|{{|,,.{,,..}))).,.,,,..........))))))))))))))||,,||},,(.(((((.,(.(((....})).}..))))))},||||||.((((((((.((((..{((.(((...(((({{(((....)))))))).))).})}...)))).)).)))))){,{{{.({{(((,..(((((.{{{{(....{{((((((..(((((.....))))).)))))).}|{{||{{.{{{{|||||{||||.|||{||||,|,|||,||,|||||},,,,,.}}...,))}}}}})){|||{||,,{((({,{....,.,..,,,..,,.}}}),...|||,{{{((({.|{((|....},|.||,}}}}).}))).(((((......(((((...))))))))))...,,...||||||}|.|,....}}}}.}}}}},...((..,,,...,}|,..(({((((((,..((,(({(.,{{{{(((({((,({(((..{({.,,..(((((((({(((,,(({{{......,}},})..}}}|,..,,}}}},,,}},,.|{{|}}|||.,||..})})))))}....)))).))..))))))))).))))),,)))})..,))),})}))))..)))))})),||{..{|||||||..||{{||((({{{{{.,{.|||||(((({,{((.{{{{{,,,,)))})))),.))))),,,..|,|{|.(((({.((((((....))))))})))).}},}.{({((.((((..(((....)))..)))).,,))))).,))).)))).,)))}})).}}.)))},,{,{{{{{{.{.{|||||.....))),))).}.))))),,}}}}{{{{.(((((((((((..........))))))))))).})))..)}}...
Back