Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001306213.2
Sequence Length
3121 nt
GC Content
0.5175
AAUUUGGGGGCUCUUGAGAGAUGAGAGAAACAACGACUGGAGGGAUUAAGAAGAACUCUUAGGAGCAGCUUGGCCUAAAGGCUGUGUGGGACGUGCCUGCUUUGCCUUCGCCUUCCACCAUGAUCGUAAGUUUUCUGAGACCCCCUCAGCCAUGUUUCCUGUAGAGCCUGUGGAGUUUCUUUGACCUUCUCCCAUCUUCCAGUCAGAGGCUAAACCCAGGCGCUCUGCUGCCAGUCCUGACAGACCCCGCCCUGAAUGAUCUCUAUGUGAUUUCCACCUUCAAGCUGCAGACUAAAAGUUCAGCCACCAUCUUCGGUCUUUACUCUUCAACUGACAACAGUAAAUAUUUUGAAUUUACUGUGAUGGGACGCUUAAACAAAGCCAUCCUCCGUUACCUGAAGAACGAUGGGAAGGUGCAUUUGGUGGUUUUCAACAACCUGCAGCUGGCAGACGGAAGGCGGCACAGGAUCCUCCUGAGGCUGAGCAAUUUGCAGCGAGGGGCCGGCUCCCUAGAGCUCUACCUGGACUGCAUCCAGGUGGAUUCCGUUCACAAUCUCCCCAGGGCCUUUGCUGGCCCCUCCCAGAAACCUGAGACCAUUGAAUUGAGGACUUUCCAGAGGAAGCCACAGGACUUCUUGGAAGAGCUGAAGCUGGUGGUGAGAGGCUCACUGUUCCAGGUGGCCAGCCUGCAAGACUGCUUCCUGCAGCAGAGUGAGCCACUGGCUGCCACAGGCACAGGGGACUUUAACCGGCAGUUCUUGGGUCAAAUGACACAAUUAAACCAACUCCUGGGAGAGGUGAAGGACCUUCUGAGACAGCAGGUUAAGGAAACAUCAUUUUUGCGAAACACCAUAGCUGAAUGCCAGGCUUGCGGUCCUCUCAAGUUUCAGUCUCCGACCCCAAGCACGGUGGUGCCCCCGGCUCCCCCUGCACCGCCAACACGCCCACCUCGUCGGUGUGACUCCAACCCAUGUUUCCGAGGUGUCCAAUGUACCGACAGUAGAGAUGGCUUCCAGUGUGGGCCCUGCCCCGAGGGCUACACAGGAAACGGGAUCACCUGUAUUGAUGUUGAUGAGUGCAAAUACCAUCCCUGCUACCCGGGCGUGCACUGCAUAAAUUUGUCUCCUGGCUUCAGAUGUGACGCCUGCCCAGUGGGCUUCACAGGGCCCAUGGUGCAGGGUGUUGGGAUCAGUUUUGCCAAGUCAAACAAGCAGGUCUGCACUGACAUUGAUGAGUGUCGAAAUGGAGCGUGCGUUCCCAACUCGAUCUGCGUUAAUACUUUGGGAUCUUACCGCUGUGGGCCUUGUAAGCCGGGGUAUACUGGUGAUCAGAUAAGGGGAUGCAAAGCGGAAAGAAACUGCAGAAACCCAGAGCUGAACCCUUGCAGUGUGAAUGCCCAGUGCAUUGAAGAGAGGCAGGGGGAUGUGACAUGUGUGUGUGGAGUCGGUUGGGCUGGAGAUGGCUAUAUCUGUGGAAAGGAUGUGGACAUCGACAGUUACCCCGACGAAGAACUGCCAUGCUCUGCCAGGAACUGUAAAAAGGACAACUGCAAAUAUGUGCCAAAUUCUGGCCAAGAAGAUGCAGACAGAGAUGGCAUUGGCGACGCUUGUGACGAGGAUGCUGACGGAGAUGGGAUCCUGAAUGAGCAGGAUAACUGUGUCCUGAUUCAUAAUGUGGACCAAAGGAACAGCGAUAAAGAUAUCUUUGGGGAUGCCUGUGAUAACUGCCUGAGUGUCUUAAAUAACGACCAGAAAGACACCGAUGGGGAUGGAAGAGGAGAUGCCUGUGAUGAUGACAUGGAUGGAGAUGGAAUAAAAAACAUUCUGGACAACUGCCCAAAAUUUCCCAAUCGUGACCAACGGGACAAGGAUGGUGAUGGUGUGGGGGAUGCCUGUGACAGUUGUCCUGAUGUCAGCAACCCUAACCAGUCUGAUGUGGAUAAUGAUCUGGUUGGGGACUCCUGUGACACCAAUCAGGACAGUGAUGGAGAUGGGCACCAGGACAGCACAGACAACUGCCCCACCGUCAUUAACAGUGCCCAGCUGGACACCGAUAAGGAUGGAAUUGGUGACGAGUGUGAUGAUGAUGAUGACAAUGAUGGUAUCCCAGACCUGGUGCCCCCUGGACCAGACAACUGCCGGCUGGUCCCCAACCCAGCCCAGGAGGAUAGCAACAGCGACGGAGUGGGAGACAUCUGUGAGUCUGACUUUGACCAGGACCAGGUCAUCGAUCGGAUCGACGUCUGCCCAGAGAACGCAGAGGUCACCCUGACCGACUUCAGGGCUUACCAGACCGUGGUCCUGGAUCCUGAAGGGGAUGCCCAGAUCGAUCCCAACUGGGUGGUCCUGAACCAGGGCAUGGAGAUUGUACAGACCAUGAACAGUGAUCCUGGCCUGGCAGUGGGGUACACAGCUUUUAAUGGAGUUGACUUCGAAGGGACCUUCCAUGUGAAUACCCAGACAGAUGAUGACUAUGCAGGCUUUAUCUUUGGCUACCAAGAUAGCUCCAGCUUCUACGUGGUCAUGUGGAAGCAGACGGAGCAGACAUAUUGGCAAGCCACCCCAUUCCGAGCAGUUGCAGAACCUGGCAUUCAGCUCAAGGCUGUGAAGUCUAAGACAGGUCCAGGGGAGCAUCUCCGGAACUCCCUGUGGCACACGGGGGACACCAGUGACCAGGUCAGGCUGCUGUGGAAGGACUCCAGGAAUGUGGGCUGGAAGGACAAGGUGUCCUACCGCUGGUUCCUACAGCACAGGCCCCAGGUGGGCUACAUCAGGGUACGAUUUUAUGAAGGCUCUGAGUUGGUGGCUGACUCUGGCGUCACCAUAGACACCACAAUGCGUGGAGGCCGACUUGGCGUUUUCUGCUUCUCUCAAGAAAACAUCAUCUGGUCCAACCUCAAGUAUCGCUGCAAUGACACCAUCCCUGAGGACUUCCAAGAGUUUCAAACCCAGAAUUUCGACCGCUUCGAUAAUUAAACCAAGGAAGCAAUCUGUAACUGCUUUUCGGAACACUAAAACCAUAUAUAUUUUAACUUCAAUUUUCUUUAGCUUUUACCAACCCAAAUAUAUCAAAACGUUUUAUGUGAAUGUGGCAAUAAAGGAGAAGAGAUCAUUUUUAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1109.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1159.39
Frequency: 0.0000
Diversity: 818.89
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((.((((.((.((((.......((.(((((.((((...(((((.....)))))(((.(((.(((((((.(((((...(((((.....)))))...))))).((((((......(((((((....((((((..((((((..(((.(((...((((((((((.((((((...(((((.(((((((((((.((((((((((.((((.........((((((((((((((((.((.(((.....((((((...(((.....(((((......(((((..((((((((......((((((((.((.(((((.((((....((((((..((((.(((((((((.......)))))))))...((((.((((.....))))..))))..))))..))))))......(..((.((((...(((.(((...))).))))))).))..))))).))))).))..(((((...))))).))))))))..)))))))))))))...(((((....)))))(((((((((.....))))))))).......))))))))....))))))....((((((((((..(((...(((...(((((((..((.((..(((.(((..(((((((...)).)))))))))))..)).))..)))))))...)))....)))....))).)))))))))))).)))))......))))))))))))))).))))))(((...)))...((((.((((...((((((((.(((.(((....))).)))...........(((((..(.((((..(((((((((.((((.(((((((..(.(((.......))).)..))).((..((((((((((((((......(((((((...((((((.((((((...(((.(((.((((((((....((....))..)))))))).......((((((((((((((((((((((((((((((((((...((.((((((((((....(((((.(((((.((((.((((((.((((......)))))))))).))))..((.....))((((((.((....)).))))))....))))).)))))....((((((((((((((.......(((....))).........((((((((((((.(((((((....)))))))))).))).))))))(((.((((((((((((((........(((((((.....(((((((....)))))))....(((((....)))))......)))))))........)))))..((((.(((((.((..((((((..(((((......)))))......)))))).....)).))))).)))).............))))))))).))).))))))))..)))))).))))))))....)).))....)))...)))))).).)).))))))).(((((((((..((((.((((((((.......)))))))).))))..)))....)))))).......((((((.(((((....(..((......))..)..(((((....((.((((.....))))))......))))).))))))))))).(((...((.((((....((((((((.(.(((((((((((((...((((((((((((....))))))).)))))........(((((((.....(......)...))))))))))).))))).....)).))).))))))))..)))))).))).....)))))))))))).))).(.(((.....))).).....)).).))).)))))))))))).....(((((..((((((((((.((..(((((((((((((.((((.(........).)))).))))).))))))))...)).).))))))))).)))))......((((((((((((.............)).))))))))))..(((((..........)))))((((..(((....((((((((((...(((........))).....((((((((.((..((...(((.(.(((((((.........))))))).).)))))..)).)))))))).......(((....)))..))))))))))......)))....))))..((((((........))))))..))))))).(((((.((..(((((((((((((........))))..((((((((((((((((((((((.....))).(((.(((((.........))))).))).((((((......)))))).......)))).))))))))).))..))))(((((..........)))))..((((((((((((...(((((.((.(((.(((((.((.....)).)))))..))))).)))))...((((((...(((((((....)))))))))))))..))))))............))))))..((((((.(.((.....))).)))))).(((((.((((....(((((.((((((((((....))))))))))....))))).......))))..))))).))))))))).)).)))))....))))))))))))))...))))))...)))).))).)))))).(((((...))))).....((((((((...)))))))).))))..)..)))))...))))))))...)))).)))).)))).)))))..)))))).)))))....)).)))).)))).)))))).))))))...))).))).....)))))))))))))....)))))).....(((.((((.((((......)))))))).))).((((.....)))))))))))..(((.(((((((..........))))))).))).))).)))..)))).))..))).)).........)))).)).)))))))))))..((((((((..(((......((..(((((...............)))))..)).....)))..))).)))))................((((((.......(((((((..((((..(((......(((((...........))))).....)))....))))..)))))))......)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,(((((((.,{(((((..((((((.........,(((((((.,{,{{{.,..,}|}|}|{,{({{{{{{{{...,{((({{,(((((..,,,}}}||...}}}}|,|)}}}}},,...{{{((({{{{{,.(((((.....)))))..{{(((((((.,..,((((((,,.(((((...{,(({((.{({.{{{{{(((,((((((((.......})).))))|(((((.((,.(({.((.({(({,((((...({({,,...{{|},,..|,|{{{{,,((((((((......((((((((.((.(((((.((((....((((((..((((.(((((((((.......)))))))))...((({.((((.....))))..)))}..))))..))))))......,..((.((((...(((,{{,...,}).})))))).))..,)))).))))).))..(((((...))))).))))))))..))))))))(((((((((((.((((.((({((((((((((.....))))))))))....,,}}.....,,,...)))).....))))))))))).(((....))).,,.{,,,...||,||}.,((((((..(((((((...)).))))))))))),{|}.,,}}|((((((.((.(((((((((({.((((.(({{((,||...,).))))}.)))).)))),}))))))).)).))))))})))),...)))).)}}},}}.)))}),..{{{{(({....}}}.,,}.....},.....}))))))))),)))))..,..,.}}}}}.)))))),.}))))))}}{{{{|,,||,.......,,,)),}}}})}}})))))))}}}})))))}..}}}}}},,,,,.{((((......||,|||||}}}}||,{((((((((.,{|{......}}.(((((((,.{({({(.,..,,,||||||,,..})}))}},,((((((((....(((((.(((((.((((.(((({((((((......)))))))))).))))..((.....))((((((.((....)).))))))....))))).)))))....((((((((((((((.......({{..,,|},..}}}....((((((((((({,(((((({....}))))))))).)))))})))}(((.(((((((((({{{{{.......(((((((.....{((((((....))))))|....(((((....))))).....,)))))))......}}}}}||..((((.(((((.((.,((((((..(((((......)))))......))))))...}.)).))))).))))...,.........))))))))).))).))))))))..)))))).))))))))....)..))))))))).||.,,,.{((({((({(.(((((...(((((..((((.((((((((.......)))))))).))))..))))}...))))).......((((((.(((((.......{(......}}..}..(((((..,.((.((((.....))))))...,..))))).))))))))))),,{{{..,}}|{({..|{((({,{(,,{{{{{,,{{{,{((({{.,,{{,||||||,.,,,}})))}}.|||}}...|||},||,.,||,,|||,,.,...{,,,{|{{{((({{{{},|{{,|{..||,|.{{.(((((((..............)))))))}}.{((((,(((,..{({.{,{((||(((,((.((({{({({{{,{{{{{,........,||||}.((((((((({,((..(((((((((((((.((((.(........).)))).))))).))))))))...)).).))))))))).}))))},....((((((((((((..,,.........)).)))))))))).{(((((((...(({..((((..(((..(((((((({((((((((.,.{{{,,,....,))}..,,.,(((((((.((..,,...(((.(.(((((((.........))))))).).))),,,.,,.)),)))))}}..,,.{((....))},.))))))))|(((((((((,,,,..{{({{((((((........)))))),|},{{{.,.(((((.((..((((((((({({(.,{.....||||..((({({((((((((((((({((.....))).(((.(((((.........))))).))).((((((......)))))).......)))).))))))))).||,.}}}}{||||,{,,,,....}}}}}..||||||({{(((...(((((.((.(((.(((((.((.....)).)))))..))))).)))))...{{((((...(((((((....)))))))}}}}}|..}||}}}.}}}...}},..}}}))},,{{{{{{.{.{{....})|}.))))}}.(((((.((((..,.(((((.((((((((((....))))))))))....))))).......))))..))))}.))))))))).)).)))))....)))|||,..{{{{{...)))))....)))}..,.,.)))))))))}..))))))))..))).))))}))..))))))))..,{{{||{.(((({((,{({{,((((((...,,{,||({,..{{,|{({|((.((((({...}))))).))||||,,,,,..)))),,,)))}|||(((.(((({{.(((((((.,........,...))))))),,|.||||}},}},}}}}.))),)))),),}.((((.....)))).))))})))))).(((((((..........))))))),))}))),})))).}}))}..}}}})).))}.}.,},,)))))))))))},|}),..|||||{{.....,.}}}.}||,,..(((((...............)))))..})}}}...,))))))}),.}},......)))}})}}}},,,,,.......(((((((..((((,,(({.,....(((((...........)))))....,)))...,)))),.)))))))......,,,,,..
Back