Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001308054.2
Sequence Length
2590 nt
GC Content
0.6042
GUGGCUCGCUUCGCCGCGCUCCCUCCUUCCCCGCCUUCCAUACCUCCCCGGCUCCGCUCGGUUCCUGGCCACCCCGCAGCCCCUGCCCAGGUGCCAUGGCCGCAUUGUACCGCCCUGGCCUGCGGUGAGUGACCCCCGGCCCGGGGCCCACCCGCACCUUCCGCUGCGCUCGCCCCCUCGGGGCUGCCAGUGGCGCUCUCCUGCUCUCAGCCUCCGCCAGGUUUCCCAUCCUAGGCGGAGGCGGGCAGGGGCGACUGCUGUGGGUCCAGCCUCCCGCGCCGCGCGUCUCUUGGGAGGGCAGCCGGCCGGUGCUCCUCGUUUCCGCCUGCACCUCCCCUUCUCUGCCUCGCUCGCCUCUGACCGCGCGAUCUCUAUCUGCCACUCUCAGAACUUCCUCUCUCUCCUCGCUCCUCUCUGCUGAGCCAGGUCUCCGCAUAUCCUCCUUUCCUUCCCAGAUACCUCCCUCGGACCUCUAACGGGCUCUCAGCCAGCGCCCCAGGGUACUUCGAGAGGCAGCAGGGCCCUGGGGACAAGGGCUUAACUGGCAUGGGCUGAGCCCCUUGGGCUGGCCAUCAUGCCGUAGCAUCCAGACCCUGCGAGUGCUUAGUGGAGAUCUGGGCCAGCUUCCCACUGGCAUUCGAGAUUUUGUAGAGCACAGUGCCCGCCUGUGCCAACCAGAGGGCAUCCACAUCUGUGAUGGAACUGAGGCUGAGAAUACUGCCACACUGACCCUGCUGGAGCAGCAGGGCCUCAUCCGAAAGCUCCCCAAGUACAAUAACUGCUGGCUGGCCCGCACAGACCCCAAGGAUGUGGCACGAGUAGAGAGCAAGACGGUGAUUGUAACUCCUUCUCAGCGGGACACGGUACCACUCCCGCCUGGUGGGGCCCGUGGGCAGCUGGGCAACUGGAUGUCCCCAGCUGAUUUCCAGCGAGCUGUGGAUGAGAGGUUUCCAGGCUGCAUGCAGGGCCGCACCAUGUAUGUGCUUCCAUUCAGCAUGGGUCCUGUGGGCUCCCCGCUGUCCCGCAUCGGGGUGCAGCUCACUGACUCAGCCUAUGUGGUGGCAAGCAUGCGUAUUAUGACCCGACUGGGGACACCUGUGCUUCAGGCCCUGGGAGAUGGUGACUUUGUCAAGUGUCUGCACUCCGUGGGCCAGCCCCUGACAGGACAAGGGGAGCCAGUGAGCCAGUGGCCGUGCAACCCAGAGAAAACCCUGAUUGGCCACGUGCCCGACCAGCGGGAGAUCAUCUCCUUCGGCAGCGGCUAUGGUGGCAACUCCCUGCUGGGCAAGAAGUGCUUUGCCCUACGCAUCGCCUCUCGGCUGGCCCGGGAUGAGGGCUGGCUGGCAGAGCACAUGCUGAUCCUGGGCAUCACCAGCCCUGCAGGGAAGAAGCGCUAUGUGGCAGCCGCCUUCCCUAGUGCCUGUGGCAAGACCAACCUGGCUAUGAUGCGGCCUGCACUGCCAGGCUGGAAAGUGGAGUGUGUGGGGGAUGAUAUUGCUUGGAUGAGGUUUGACAGUGAAGGUCGACUCCGGGCCAUCAACCCUGAGAACGGCUUCUUUGGGGUUGCCCCUGGUACCUCUGCCACCACCAAUCCCAACGCCAUGGCUACAAUCCAGAGUAACACUAUUUUUACCAAUGUGGCUGAGACCAGUGAUGGUGGCGUGUACUGGGAGGGCAUUGACCAGCCUCUUCCACCUGGUGUUACUGUGACCUCCUGGCUGGGCAAACCCUGGAAACCUGGUGACAAGGAGCCCUGUGCACAUCCCAACUCUCGAUUUUGUGCCCCGGCUCGCCAGUGCCCCAUCAUGGACCCAGCCUGGGAGGCCCCAGAGGGUGUCCCCAUUGACGCCAUCAUCUUUGGUGGCCGCAGACCCAAAGGGGUACCCCUGGUAUACGAGGCCUUCAACUGGCGUCAUGGGGUGUUUGUGGGCAGCGCCAUGCGCUCUGAGUCCACUGCUGCAGCAGAACACAAAGGGAAGAUCAUCAUGCACGACCCAUUUGCCAUGCGGCCCUUUUUUGGCUACAACUUCGGGCACUACCUGGAACACUGGCUGAGCAUGGAAGGGCGCAAGGGGGCCCAGCUGCCCCGUAUCUUCCAUGUCAACUGGUUCCGGCGUGACGAGGCAGGGCACUUCCUGUGGCCAGGCUUUGGGGAGAAUGCUCGGGUGCUAGACUGGAUCUGCCGGCGGUUAGAGGGGGAGGACAGUGCCCGAGAGACACCCAUUGGGCUGGUGCCAAAGGAAGGAGCCUUGGAUCUCAGCGGCCUCAGAGCUAUAGACACCACUCAGCUGUUCUCCCUCCCCAAGGACUUCUGGGAACAGGAGGUUCGUGACAUUCGGAGCUACCUGACAGAGCAGGUCAACCAGGAUCUGCCCAAAGAGGUGUUGGCUGAGCUUGAGGCCCUGGAGAGACGUGUGCACAAAAUGUGACCUGAGGCCCUAGUCUAGCAAGAGGACAUAGCACCCUCAUCUGGGAAUAGGGAAGGCACCUUGCAGAAAAUAUGAGCAAUUUGAUAUUAACUAACAUCUUCAAUGUGCCAUAGACCUUCCCACAAAGACUGUCCAAUAAUAAGAGAUGCUUAUCUAUUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1092.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1134.47
Frequency: 0.0000
Diversity: 448.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.......)))))(((((.(((((...((((.......(((((((..((((((.(((((((((((...((((.(((..((.((((((.(((.((((((((....(((((........)))))(((.(((.(.((((.((((((..(((((((....((((((.((..(((((...))))).))))))))(((.(.(((((((...((((((((((((........))).)))))))))))))))))))).....)))))))...))..)))).)))).).))).)))((((((((((.(((.(((......)))...))).)))).))))))...(((((((((((.((((.......(((.(((....))))))..(((((((((.....((((....(((((........)).)))((((((((((((......(((((...(((((((...(((((((((((.((((...((((.((.....)).)))).))))...)))))).))....)))...))))))).)))))......(((((((((((.(((((...)))))))))..))))))).(((((((((...))).)).))))..))))))))))))(((((.......)))))....))))))))).))))...((((((((..((((((((..(((((((.((((((....)).)))).....(((..........))).(((((.((((((((...))))))))(((((((((..(((((((((..((((....((((((((((((((((...........((((((((((((((..(((.((((........))))..)))...))).....((((.(((((((((((((...((((.(((((((..((((((.((.((((...(((((.(((((...........))))).)))))...)))).)).))))))..)).))))).))))(((((((((((.((((...((.((((((..((((((((((((.(((...))).)))))...))))))).))))))))....)))).)))..))))))))....((.(((.....))).))((((.....))))...)))))).)))).))).))))..))))).))).))))))))))))))..(.(((((((.(((((((.(.((..(((((((((((..((...............))..)))))))..((((..((.(.((((((...)))))).)))..).)))(((((((.....(((((((.((((.....((((((((((................(((((((((.......)))))))))))))))))))(((((.......))))).....)))).))))))).....))))))))))).)).).))))))).)).))))).).....(((.((((((...(.(((.....)))).)))))).)))..)))))..))))))))))........)))))))))))).....))))).((((((.(((.(((.......))).)))..))))))..(((((((((....(((((....)))))....)))))))))(((.(((((.......((.((((((((((......(((.(((.((((....)))).))).))).......(((((((((........))).))))))..)))))))))).)).((((((((((((((......(((....(((((......(((((..(.(((((................))))))..))))))))))....))).....).))))))).))))))..((((.(((((.((((.(((..(((((((....)))))))........))).))))))))))))).....((.(((.......))).))(((((((((.((((((((((((...)))))....)))))((((....))))...................)).))))..)))))..))))))))))))))).))))).)))....))))))))....(((((.(.((.(((.(((((((((..((...(((((......))))))).)))))))))))).)))))))))))).).)))))))))).......))))))))))))))))).))...))))))).))))....)))...))))))))..))..))))))).....((((((..(....)..)))))).))))...))))).)))))...(.(((((...(((((((.((((...((((((.(((((..(((((.........)))))..)))))..((((((.((((.......)))).)).))))...(.(((((((......))))))).).....)))))).....))))))))))).((((.((...(((.((((...)))).(((((((..(((((((.......)))).)))...)))))...)).....(((((((..............((((.(((..((((...............))))..)))))))..))))))))))....)).)))).......))))).)............
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((.......)))))(((((.(((((...((((.......(((((((..((((((.(((((((((({,({(({(.(((..((.((((((.(((.((((((((...,(((((........))))){((.(((.(.((((.((((((..(((((((....((((((.((..(((((...))))).))))))))(((.{.(((((((...((((((((((((........))).))))))))))))))))))))...}.)))))))...))}.)))).)))).).))).))}((((((((((.(((.(((......}))...))).)))).))))))...(((((((((((.(((({{{{,..({(,(((....}))}))..,,,|||||,.....{{{{,,..{((((........}}.)))((((((((((((......,((((...(((((((...(((((((((((.((((...((((.((.....)).)))).))))...)))))).))....)))...))))))).)))))......,((((((((((.(((((...)))))))))..))))))).(((((((((...))).)},))))..))))))))))))(((((.......)))))....)))),,,}).))))...((((((((..((((((((..(((((((.((((({....}).)))).....(((.,......,.))).(((((.((((((((...))))))))(((((((({..((((((((...((((....((((((((((((((((.,,...,....{{,{{|{(((((((.{({(,((((........))))..)))}}.))).{{,,((((.(((((((((((({,.{((((.(((((((..(((((({((.((((...,((((.(((((...........))))).)))),...))))})),))))))..)).))))).))))|{(((((((((.((((...((.((((((..((((((((((((.(((...))).)))))...))))))).))))))))....)))).))),.})))))}}....,{.(((....,))).},{{{|,,,..)))),..}))))).))))}})).))))..}))}),})),))}))))))))))),,,.(((((((.(((((((,,.{(,.(({,(((((((..,....{((........)))..)))))))..||{|,,|,.|.((((((...)))))).|||{.|{,||,((((((.,..,(((((((.((((.....((({{{((((,...{{,,.||,,.,{(((((((((.......)))))))))))})))))}}||||{......})))),,,}..)))).))))))).,..,)))))))),)).))}).))))))).)).))))),).....(((.((((((...{.(((,...,))),.)))))).)))..)))))..))))}}))))}.......)))))))))))).....))))).{(((((.(((.(((.......))).)))..))))))..{((((((((....(((((....)))))....))))))))}(({{(((((.......((.((((((((((....,,(((..{(.((((....)))).))),))).......(((((((((........))).))))))..)))))))))).)).((((((((((((({......(((....(((((,.....(((((..(.(((((................)))))}..))))))))))....))).....}.))))))).)))))).,((((.(((((.((((.(((.{(((((((....))))))},.,.....,,,.))))))))))))).....((.(((.......))).))|||||{(((,,(((((((((((...)))))....)))))){((....)))),,}}}...{{{..,..,..,.,},,)..))),}..))))))))))))))).))))).)))....))))))))....(((({.(,((.(((.(((((((((..{,...(((((......)))))}).)))))))))))).)))))))))))).).)))))))))).......))))))))))))))))).))...)))))))))))),...)))...))))))))..))..))))))).....((((((..(....}..)))))).))))...))))).))))).,(({(((((((.((((((({((((...((((((.(((((..(((((.........)))))..)))))..(((({(,((({.,.....)))),)).))))...{.(((((((......))))))).,.....)))))).....)))))))))))))}}}}}..,,.{{.((({...}))),}|(((((..(((((((.......)))).)))...))))}..{||{{..|((,.,((({{.{{{.{{{.,{(((,{{,,..||.|}}}}........}}},))).})))).,...)))))))}.......,})))},..,,,,{||||.},,}},,......
Back