Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001308122.2
Sequence Length
3349 nt
GC Content
0.5148
GCCUUCGCCGGCGCCGCUCUGCCUGCCAGCGGGGCGCGCCUUGCGGCCCAGGCCCGCAACCUUCCCUGGUCGUGCGCCCUAUGUAAGGCCAGCCGCGGCAGGACCAAGGCGGCGGUGUCAGCUCGCGAGCCUACCCUCCGCGGACGGUCUUGGGUCGCCUGCUGCCUGGCUUGCCUGGUCGGCGGCGGGUGCCCCGCGCGCACGCGCAAAGCCCGCCGCGUUCCCCGACCCCAGGCCGCGCUCUGUGGGCCUCUGAGGGCGGCAUGCGGGACUACGACGAGGUGACCGCCUUCCUGGGCGAGUGGGGGCCCUUCCAGCGCCUCAUCUUCUUCCUGCUCAGCGCCAGCAUCAUCCCCAAUGGCUUCACCGGCCUGUCCUCCGUGUUCCUGAUAGCGACCCCGGAGCACCGCUGCCGGGUGCCGGACGCCGCGAACCUGAGCAGCGCCUGGCGCAACCACACUGUCCCACUGCGGCUGCGGGACGGCCGCGAGGUGCCCCACAGCUGCCGCCGCUACCGGCUCGCCACCAUCGCCAACUUCUCGGCGCUUGGGCUGGAGCCGGGGCGCGACGUGGACCUGGGGCAGCUGGAGCAGGAGAGCUGUCUGGAUGGCUGGGAGUUCAGUCAGGACGUCUACCUGUCCACCAUUGUGACCGAGCAAGACAGUGGGGCCUACAAUGCUAUGAAAAACAGGAUGGGAAAGAAGCCUGCUCUCUGCCUUCCUGCCCAGUGGAACCUGGUGUGUGAGGACGACUGGAAGGCCCCACUCACAAUCUCCUUGUUCUUCGUGGGUGUGCUGUUGGGCUCCUUCAUUUCAGGGCAGCUGUCAGACAGGUUUGGCCGGAAGAAUGUGCUGUUCGUGACCAUGGGCAUGCAGACAGGCUUCAGCUUCCUGCAGAUCUUCUCGAAGAAUUUUGAGAUGUUUGUCGUGCUGUUUGUCCUUGUAGGCAUGGGCCAGAUCUCCAACUAUGUGGCAGCAUUUGUCCUGGGGACAGAAAUUCUUGGCAAGUCAGUUCGUAUAAUAUUCUCUACGUUAGGAGUGUGCAUAUUUUAUGCAUUUGGCUACAUGGUGCUGCCACUGUUUGCUUACUUCAUCCGAGACUGGCGGAUGCUGCUGGUGGCGCUGACGAUGCCGGGGGUGCUAUGCGUGGCACUCUGGUGGUUCAUCCCUGAGUCCCCCCGAUGGCUCAUCUCUCAGGGACGAUUUGAAGAGGCAGAGGUGAUCAUCCGCAAGGCUGCCAAAGCCAAUGGGAUUGUUGUGCCUUCCACUAUCUUUGACCCGAGUGAGUUACAAGACCUAAGUUCCAAGAAGCAGCAGUCCCACAACAUUCUGGAUCUGCUUCGAACCUGGAAUAUCCGGAUGGUCACCAUCAUGUCCAUAAUGCUGUGGAUGACCAUAUCAGUGGGCUAUUUUGGGCUUUCGCUUGAUACUCCUAACUUGCAUGGGGACAUCUUUGUGAACUGCUUCCUUUCAGCGAUGGUUGAAGUCCCAGCAUAUGUGUUGGCCUGGCUGCUGCUGCAAUAUUUGCCCCGGCGCUAUUCCAUGGCCACUGCCCUCUUCCUGGGUGGCAGUGUCCUUCUCUUCAUGCAGCUGGUACCCCCAGACUUGUAUUAUUUGGCUACAGUCCUGGUGAUGGUGGGCAAGUUUGGAGUCACGGCUGCCUUUUCCAUGGUCUACGUGUACACAGCCGAGCUGUAUCCCACAGUGGUGAGAAACAUGGGUGUGGGAGUCAGCUCCACAGCAUCCCGCCUGGGCAGCAUCCUGUCUCCCUACUUCGUUUACCUUGGUGCCUACGACCGCUUCCUGCCCUACAUUCUCAUGGGAAGUCUGACCAUCCUGACAGCCAUCCUCACCUUGUUUCUCCCAGAGAGCUUCGGUACCCCACUCCCAGACACCAUUGACCAGAUGCUAAGAGUCAAAGGAAUGAAACACAGAAAAACUCCAAGUCACACAAGGAUGUUAAAAGAUGGUCAAGAAAGGCCCACAAUCCUUAAAAGCACAGCCUUCUAACAUCGCUUCCAGUAAGGGAGAAACUGAAGAGGAAAGACUGUCUUGCCAGAAAUGGCCAGCUUGUGCAGACUCCGAGUCCUUCAGUGACAAAAGGCCUUUGCUGUUUGUCCUCUUGACCUGUGUCUGACUUGCUCCUGGAUGGGCACCCACACUCAGAGGCUACAUAUGGCCCUAGAGCACCACCUUCCUCUAGGGACACUGGGGCUACCUACAGACAACUUCAUCUAAGUCCUAACUAUUACAAUGAUGGACUCAGCACCUCCAAAGCAGUUAAUUUUUCACUAGAACCAGUGAGAUCUGGAGGAAUGUGAGAAGCAUAUGCUAAAUGUACAUUUUAAUUUUAGACUACUUGAAAAGGCCCCUAAUAAGGCUAGAGGUCUAAGUCCCCCACCCCUUUCCCCACUCCCCUCUAGUGGUGAACUUUAGAGGAAAAGGAAGUAAUUGCACAAGGAGUUUGAUUCUUACCUUUUCUCAGUUACAGAGGACAUUAACUGGAUCAUUGCUUCCCCAGGGCAGGAGAGCGCAGAGCUAGGGAAAGUGAAAGGUAAUGAAGAUGGAGCAGAAUGAGCAGAUGCAGAUCACCAGCAAAGUGCACUGAUGUGUGAGCUCUUAAGACCACUCAGCAUGACGACUGAGUAGACUUGUUUACAUCUGAUCAAAGCACUGGGCUUGUCCAGGCUCAUAAUAAAUGCUCCAUUGAAUCUACUAUUCUUGUUUUCCACUGCUGUGGAAACCUCCUUGCUACUAUAGCGUCUUAUGUAUGGUUUAAAGGAAAUUUAUCAGGUGAGAGAGAUGAGCAACGUUGUCUUUUCUCUCAAAGCUGUAAUGUGGGUUUUGUUUUAUUGUUUAUUUGUUUGUUGUUGUAUCCUUUUCUCCUUGUUAUUUGCCCUUCAGAAUGCACUUGGGAAAGGCUGGUUCCUUAGCCUCCUGGUUUGUGUCUUUUUUUUUUUUUUUUUAAAACAGAAUCACUCUGGCAAUUGUCUGCAGCUGCCACUGGUGCAAGGCCUUACCAGCCCUAGCCUCUAGCACUUCUCUAAGUGCCAAAAACAGUGUCAUUGUGUGUGUUCCUUUCUUGAUACUUAGUCAUGGGAGGAUAUUACAAAAAAGAAAUUUAAAUUGUGUUCAUAGUCUUUCAGAGUAGCUCACUUUAGUCCUGUAACUUUAUUGGGUGAUAUUUUGUGUUCAGUGUAAUUGUCUUCUCUUUGCUGAUUAUGUUACCAUGGUACUCCUAAAGCAUAUGCCUCACCUGGUUAAAAAAGAACAAACAUGUUUUUGUGAAAGCUACUGAAGUGCCUUGGGAAAUGAGAAAGUUUUAAUAAGUAAAAUGAUUUUUUAAAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1187.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1247.43
Frequency: 0.0000
Diversity: 834.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((.(((((.(((((((......))))))))))))..)))(((((((...((.....(((((.((((((..(((.....((((((..((((((.(((....((((.(((((....)).)))..))))..)))))))))..))))))(((.(((((((((((.((((.....))))))))))))))).)))((((....))))...((..(((((.(((...(.((((((((...)).))).))).)...))).)))))..)))))..)))))).))).))..))...)))))))((((((((((((.(((((.((......((((.(((((((.(((((((.............((((.....))))........(((((((.............)))))))(((((((((((.((((...))).).))))).)))))).))))))).....((((((((((..(((((((.(((...(((....)))..))).)))))))(((.(((.(((((((....(((.((((........))))..)))....))))))))))))).........)))))))).))))))))))))).(((((((.(((((((....)))))))(((((......)))))............(((((((..((((((((((................(((((.((.(.(((.......))).).)).))))).(((((.(..(((........))).).))))).)))))))))).........)))))))...(((((.((((((..((((((((......(((((..((((((((...((((.(((.(((((....((((((((((....))))))).)))(((((((...(((...(.((((((..(((((((....))))))).)))))).).)))))))))).(((((((((((((((((.(((((((.((.((((((((((((((((...))))))..(((((((((.((..(((.........)))..))..)))))))))(((((((...))))))).((....))..)))))))))))).)))............)))))))))((((((((((.(.((((.....(((((.((((((((((((((((((.((((......((.((((((((.......((((...)))).)))))))).)).....)))))).((((((((((((((...((((.....))))..((((((((((((..(((..(((.((((((((.(....).)))).))))....)))...)))..))))))))))))....(((((((.((......)).)).)))))...)))))))))))).)).....((((((((((.((((..((((....))))........((((.(((((..(((.((((..........))))..)))...)))))..))))...((((((....)))))))))))))))).)))).(((..((((.((((..((((...))))..))))))))..))).((.((((((((((.....))).))))))).)).......))))))..)))))))))).(((((.....(((((.((((.(((.....))).)))).)))))...)))))..(((((.......((((.....))))....)))))((((((..(((((((.(.(((.....))).).)))))))..))))))....))))).))))).))))))))))...................))...))))))))))...)))))..(((...........)))..))).))))...))))))))........)))))........)).)))))))))))))))))..)))))))........(((((((..((.((((((((.......(((.(((..((((..((((.(((((((((((((.(((.((((.....((((........))))....)).))..))).))))))).(((((.....)))))......((((.(......).))))((((....))))...))))))..))))..))))..))).)))(((((.(((....))).)))))))).))))))))))))))....))..))))).)))).))).))))).)))))......(((((((((.(..((...........))..).)))))))))((((.((.((.(((((.((.(((((................))))).))..((((((............(((((((......)))))))..))))))...(((((..(((((((((....((((........((((((((.((......((((........)))))).))))))))............(((.(((((.......))))).))).......(((((((((((.(((((.((.....)).)))))))).))))))))((((...((((((((...(((((((((.....(((((((((((((((((.((((((((((((.....(((.((((.....(((((((((..((((((....(((.......(((..(((((..((((((((((((....(((.(.((((((........)))))).).)))))))))))...))))..)))))..))))))....))))))......))))))))).....)))).)))....(((((((....)))))))..(((((...((((((.(((...)))))))))...)))))...(((.(((.(..((((((.(((((....)).))).))))))..).)))))).((((.((((((((((............................(((.((..(((((((........))))).))..)))))(((((((....))))))).............................))))))))))))))..(((((.(((....))).)))))((((((........)))))))))))).)))).)).).)))))...))))....(((((...)))))(((...(((((((.((((.....)))).)))))))...)))..................(((....((.(((...))).))...)))..................))))).)).....)).))))))).....))))))))....))))..((((....))))))))......)))))))))))))).(((((....(((((((....))))))).....))))).))))))).))))))...(((((((((((((.....))))))..))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((.(((({{(((((((......))))))))))))..)))(((((((...((.....{{(((.((((((.,(((.....((((((..((((((.(((....((((.(((((....)).)))..))))..)))))))))..))))))(((.(((((((((((.((((.....))))))))))))))).))}((((....))))...||.,|||||.{,,.,,{.((({((({,.,}|.,})})))}},..)})}))))),,)})))..)))))).))).)}..))...)))))))((((((((((((.(((((((((((..(((((((.,{.((((((((((((.(((((((,,{((,,,{,{{(((({{((((((.((((((.,..(({..{(({((||{|{(((((((((((.((((...))),}.})))).)))))).,||||||,.,....,|||,|||..(((((((.{{{.|}|||,,.,|}||,|||,}}}||||(({{(((.(((((((....(((.((((........))))..)))....)))))))))))))..)))}.,,)))))}}})))))))))))}((((((((((({((..((((((((((.(((.((((((((..(({({,...,)|)}}.(((((((..((((((((((................(((((.((.(.(((.,....,))).).)).))))).(((((.(..(((........))).).))))).)))))))))).........)))))))...)))))))).))))))))))))),}},}}}})))))))).,,.}}}})}},.}|||||{,{,.,|.||||||||||,||}}})}({(((..((((({..((((...{.((((((..(((((((....))))))).)))))).}.))))...}.}},}))..))))).(((((.(((({({..,.((((((((((((((((...)))))}..{{{((((((.{(,.((,..,,.....||,,.||,.}})))))))(((((({...))))))).|{,,..},.,)))))))))),},}}}............)))))))))))))).)))}..,})))))))}}..(((((((((((({....))))))))))))},.((.((((((((.....,....|}.......)))))))).))...)))))))..))))))...........((((.....))))...((((((((.(.((((((.(((((((((..((((.((((((((..((......((((...(((((((..(({(,,........,)))})))))))))})(((({...))))){(((((({{{{{{{,,,,,..}}}.,)))).))))))|{(((((({(((......)))}..}))}}))).}}..)))))))).))))((((((((((((.,,((((...{((((((....))))))}..,,))}}..{((({{(({{((({.((((..((({...})))..)))))}}}..}}}.}}}|(((((((((.....))).))))))}{((({(((({...(((.(((((....(((((({{(((.......,.)))))),,))).}..(((((((((((..((((.((.,((((((.....((((.....))))......,,.((((((..(((((((.(.(((.....))).).)))))))..))))))..{,((.....},,,)))))))....)).))))..)))).))))))).,(((({(,..,,..({...,{||,.....,{{{{.{((((.({{.{,,....,.||},|.....,,,....,}},.,}}})))))))....)))},,....,,..}}.}}}},.,,))))).))).}))))...)))))....,}}}}}.......,...,}}..)))))))))))).)))))))))...),}})))},))))))))...(((.(((({(((((..,,,..(((((.....)))))....,}.})))),..).)))))))((((....)))).(((..((.(((((.{.(.(((....((.((((({.(((....))).})))))))...)))}.).)))))))..))).))))).)))).))).))))).)))))......{{{((((((.(..{{.,.{,.,,,,|))..|.||||}}|}|{{{{.{(.,.{(((({.{{.(((((................))))).}}..((((({............(((((((......))))))),.))))))...(((((..(((((((((....((((........,(((((((.((......((((........)))))).)))))))}............{((.(((((.......))))).))}....,,,|((((((((((.(((((.((.....)).}))))))).)))))))|((((...(((((((({{,(((((({((.....(((((({((((((((((,((((((((((((.....(((.((((,....(((((((((..((((((.{{{{,,.,,,,,.(((..(((((..((((((((((((....(((.(.((((((,.....,.)))))).).)))))))))))...))))..)))))..)))}))....))))))......)))))))))..,,.)))).)))..{.(((((((....)))))))..(((((...((((({,(((...)))))))))...)))))...,{{.(((.(,,((((((.(((((....)),)}),))))))..}.)))}},.|||||{{{{{{{{{{..............,..,..,,,....,{{{,{{..{{{{{{{,,.....,)}}}||||..|||},|((((({....,)))))),}}}},..}}}}.,...............})))))))))))}}..(((((.(((....))).))))}((((((....,...})))))))))))}}))).||,|||}}}}.,,)))}....{{(({...,||||({(,,.(((((((.((((.....)))).))))))),,.)))}.................{{{..,.((.(({...})).)),..)))..,,}}}))))..,,...,)))).)).....}).))))))).}}}.})))))))....))))}.{{{{....)))}))))......)))))))))))))).{((({....(((((((....))))))).....})))}.})))))),))))))...{{((({{((((((.....}))))}..)))))),.....
Back