Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001308204.2
Sequence Length
4184 nt
GC Content
0.3884
AAUCUCUCCAGCUCCCCUGAGCUCGGGGAGGCACGGAGCCUCUUCUUUGGGCACAGUGUUGUCGCUUGGGAUUGUCCUGUGCAGCACUCGGGGAGGUCACUUGUUAAAAGGUUAUACUGGCGAAUAUGGCAUAUGGAUCUUAUUCAGUCUGCUGUUUUGUAUAGUGUGAUGACCCUAGUAAGCACAUAUUUGGUAGCCUUUGCAUACAAGAAUGUGAAAUUUGUUCUCAAGCACAAAGUAGCACAGAAGAGGGAGGAUGCUGUUUCCAAAGAAGUGACUCGAAAACUUUCUGAAGCUGAUAAUAGAAAGAUGUCUCGGAAGGAGAAAGAUGAAAGAAUCUUGUGGAAGAAGAAUGAAGUUGCUGAUUAUGAAGCUACAACAUUUUCCAUCUUCUAUAACAACACUCUGUUCCUGGUCGUGGUCAUUGUUGCUUCCUUCUUCAUAUUGAAGAACUUCAACCCCACAGUGAACUACAUAUUGUCCAUAAGUGCUUCAUCAGGACUCAUCGCCCUCCUGUCUACUGGCUCCAAAUAGACCAUGUCAGCUUCACCCCCUGGCUUUGUGUCUAUGGGUGGCCUGUGGUAUAUGGAAAAGUAGCAGGGUGGUCAGGGUGGGAGACACAAGAUGUUUUUAUAGUCUAGAGCCUUUAAAAAACCCAGCAGAAUGUAAUUCAGUAUUUGUUUAUUGGCUGUUUUUUGACAGAUUGUUGAAAUUAAAUGAAUUGAAAGGGAAACUCAGAGUACUAGGACGUUUAUUAAAAGGAAAAAAAUGUCUUGCAAUGUGCUGUAAUCACAAGAGGAGAAAAUAACUUGUUUCCUUGAUCUGUCAGAGGUCACAGUAACCUGGGCCGAGCUGUUAUUAUUUAUUAUAUAAUAGUAGUAGGAAGUUAAUAACUGGUUCUCUGUGUUCCAAGCACAAUAUUACAACUUCUUUUGAACCGUAAAUAUCAGAAUGAAUCCUCUUCCCAGGGGAUUGAACAGAAGCUUAAUGUUUACAAGUGUUUGAAUUUGUGAUCUGAAAUAACACAAAAUUAAAAACAUGAUUUCUCUAAUUUUCCAACUAGAGGAAGAGAAACUUGUGGAAAAGUUCUUUUUUUUUCUUUUUUUUUUCUUAAAGAAGGGCAGCCAAGGUAGUAACCUAAAAAUAGUGCCCAGGCAUAUGAGAGUUGUCCUACGAGGUUAAAGAACACACUGUUCCACUGUAUGGCUUUGGCCCUGAGUGGCCAGGGAGGUCAACUUGACCCUGCCAUGUUGGUUUGACUUACUAAGACACAGGAAUCACUGUUUUCCUUGACCAGGGUCUCACACCCUGGAGGAAUGUUAAGUAAGAGAAAGAACCUCUUUCCUGAAUAUUGACAUGUAAAAGACCAAAGUAAUUUUUCUGAACUUCUGCAAUUCUGAGAACUCUCCAAGGAAUUUACAGUGAUUUUAGUGCUUGUCAGCAUUUUUCCAUGAGGACUUUCAUACAUUUGACUCUUUAGUUCACAGGUUCCCAUUGAUUGUGAGCAAGAUAUUUAUCUCUUUAGCCCUUGGGGAUCCAGCUGAGAGCAAUCUCUUGCAUUUUUUUACCCGUGUAUGUACAGAUAUCAUUUCUUGUGUAUGCCAUGACUUGAAAAAGUUUGGGAAGCUCUUUAGCAAUAUCAGCUAAAAGGAUAUGAAAUCACAGGUGAUAGCAGUUGUCAUUCAGUAAUUUCCUACAAGCAGCACCCCAAAGGAAAUAUAGUCCUAAUCUUUACUAUCCACUUCUAAAUUUAAUGUGAAUUUCAUACAUGUUAUUAGUUGUUUUCUUUAUAAUUUUAUAAAAAUUAUUCAUCGGGAGUUUAACUUCCACUUCCAUGCUAUCGGAUGUGUUGGGCUCCAUGCAAGAACUUGGAAGAAAAACAGGCAGGAAUGCAUUUGCAUAAUGACCCAGAUCAUCAUUUUCUGCAACUGAGAAUUAUAUUUCAUCAUUGCUUCUAGAAGUCUGCAAUUCUUUACUUUUCUUUGGUGCAUUAUUAUCUAGGUGCCAUCACUGGAUAAUGUGGAGUGACUAGAGAAGUCACAUAUCACUGUAAGGUACAGUUAGGGUAACACUUUAGAGGUUUAUUAUUUUUAAAAAACUUUUCUUGAACUCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACCAAAAUUAGCCAGGCGUGAUGGUGGGCGCCUGUAAUCUCAGCUACUUGGGAGGCUGAAGCAGGAGAACUGCCUGAACCCAGGAGGCAGAGGUUGCGGUGAGUCGAGAUCGUGCUACUACUGCCUGGGUGGCAAGGGUGAGACUCCAUCUCAAAAAAGAAACAAAAAAACCCAAAAAGUUUUCUUUACUGUUGGUUAAAAAAAAAAGCCAGACCAUAGUUUGACUGGUGGCAUGGAAUUUGUGUAUCAAAUAAAUGCAUUUGCUUAUUUGACAAACCAUCAGUGUCCACUAUUUGUUACCAGAGUUGGGCCACUAUCUUUUAAAAUUGCUGGUGAAAACUUGCCACUAGAUGGCAGUGCCUGUAUAGAUGGGGAAAAAAUUGCCACCAUUCUUGGUAUAAUACAGUGUAGCUUAGAUGAGGUGGUGAAAUAGGGGUAUCAGCCGAAUAUUCCUAAUAUAGUUUCUCUUGAAUUAAUAAACUGAAGAUUUGUAGGAAAAUGAGUGAGCAAAAUUUGUUUACUGUUGUGAAUUUUUCCUACAGCACUGUUUUUAAUCUUGAUGUUUUCCAACUUUCUGUACUAAUAGAUACAUUUCUGUGCAUAAGAUUAUAAAGCAUAUACUCACAGUUCAGUAGUUUUCGUUAAGGAUUUACUGUGUGAGUACUUUACUGUGAGGAAUUGCAGAACCUUUUCCCCUCUACUCUUGUCUAAAAGUUCUGUGUGGCACACAGAGAUGCGACCUACUCAAUCUGACUUAGUAAAACCAUGCUGUAGAAUUUUUGUCUUAAAAAGACCACAUACCCAGCACCCAUGAAAUAAAAGAUUCAUCUGUAAUUGGGAUUCAAAGUGAUUAAAUUCCUUUGUUCAUACUCAUAAAUAGCACUAAAGUGUUAUAACAUUUUCAUUUACCUAUUUUUAGUUCCUUCAUUUUAACUUAAUAAAAAUCUUGGAUUGAUAUUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGACAGCGUCUCGCUCUGUCACCCAGGCUGGAGUACAGUGGCUCUAUCUUGGCUCACUGCGAGCUCCGCCUCCCAGGUUCACGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUGCCGAGUAGCUGGGACUACAGGCGCCCGCCACCACACCCGGCUAAUUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCCUGUUAGCCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUGACCUCGUGAUCCACCUGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGAAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCCGGCCUAGAUUGAUAUUCUUAAGCAAUAAAAGUUUACUGGUUGUCCUAUUUGCCAUAUUAUUGAAACUUGGAAAGGAUAAUUUGAAACAAGGUUUGAAGUUAACUGAAAUAUGGAGAUUGAAUUUAUACUCAAUUCUUGUGAAAAGUCUUGCUUAAUAAGUAUGAUUAAACUUUGCUUCUUAAAAUUUGUAUUUUCCCUACACUUCUUUAUAAGAAUCCUAUGAUGAAGUACGUAAUCUUUAUUAUAUUAUUUUACAUUAACCAUCUUUUUUUUCAAAUUGUUUUAUUUUUUAUUUUACUUUAAGUUCUGGGAUACAUGUGCUGACCAUGCAGGUUUGGUACAUAUGUAUACAUGUAACCAUCAUUUUAAUAUCUCACACAUGUAAAUGCACAUCUUUGUAGUUACCAAUCAAAUGUAUGUGAGGCAAUGAAAGGCAUUGAGCAGUUACAGUAAAGGGCAGACAUCAGGCCUCUGCCAGUAUGUACCUGCUGUGCCUUCCUGCCUGCCCUAUUUCUUUGUUUUCAGUGUGCAUGCCAGUCACUGCUGCUUCUGGAGACAGGAUGGAAGGAUACAUGUAUGUGUACAUUUAUGGAGAAAACCAAUUUAUAGAUGUAUCAGAGCUCUAAGGGAUUCUCUUUCACUUCCUUGGGACUCCCAAGCAGAGGAAUUAAUAGAUUAGGAGGGUCUUUUGGGGGGUUGGUUUAAAUUUUCAGGGCGAUAGAGGCUAACUUCUCGUUGGCCUUCAUGAAUUUUCAAUAUAUCAUCUUUUCGCUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1304.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1381.37
Frequency: 0.0000
Diversity: 860.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((((((((.((((((((((((((.....))))))))...((((..(((((((.(((..((((...))))))))))))))...((.((((.(((.....)))((((((((((((((.((((((..(((((...)))))...))))))))))).)))))))))))))))......(((((((((((((((.......((((((.(((((........((((((((..(((((((...((((((((((((((((.((((...(((((((((...(((....))).(((((.((((((.((...(((.((.((((((((.(((((......)))))((((((((((((((..((.(((........))).))..))))))...)))))))).......)))).)))).)).)))..)))))))))))))..((((((((((..((((((((((.((..(((((((((...((((((...((((....(((.((((....(((((...((((.(((((...((((.....((((...(((..((((((...(((.....)))...)))))).)))))))...))))..)))))))))(.((((((((...(((((.(((((.(((((((((((...(((((((((((..((((.(((...)))....(((((......)))))((((((((((((((((((.....................((((((((..(.(((((((((((((((.............))))))))))....))))).)........(((..........))))))))))))))))))))))((((.(((....)))))))..((((((((..........)))))))).((((((((((((((((((......((((((...))))))..........(((((((((..........)))))).))).....((((((((((.(((((.(((....((.((((((((((((...((((((((((.(((((.......................(((((((..(((((......))))))))))))(((((((((((...........((((((..........))))))(((((....((((....))))........))))).((((.....((((((.(((.(..(((....(((((...)))))((((....(((....)))...)))))))..).))).)))))).....))))(((((((..........((((.(((.(((((((((((.(((((((.(((((((.....)))))))....(((((((...((.((((((...)))))))).....)))))))(((.(((..((.((......)).))..))).)))......(((....))))))))))...))))))))))).))))))))))))))))))))))))).....(((......)))...))))).)))))))))).)))...)))))))))...))....))).)))))))))))))))....(((((((((..((((..((.((((((....((((((((((((((.......)).)))))))).))))....))))))))..)))).)))).)))))..(((((.((.....(((.....)))..)).))))).))))))).......)))))))))))))))))).......((((.......))))...........(((((..((((...(((((((.........)))))))))))...........((((((((...))))))))......((((((((((....((.(((........))).))))))))))))(((((((((....((((((...(((((....((((....)))).((((......))))....((((((((.((((((......))).)))))))....)))))))))...))))))....))))....))))).(((((((((.........))))))))))))))((((((.....)))))).....((((((...))))))..)))).....)))))))))))))))).....))))))...)))))...(((((((.((((.((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((.((.(((.(((((((((((((((.((((((((((((((.(((((((.(((((((((..((.((((((..((((((.(((.(((((((((((((((((.(.(((((((((((((((((((((.(((((((((.(..((((((((((((((.((((((((((((((((....))))(((((.((((..............)))))))))....(((((((((((((..(((.((.((((((((..((....))))))))))...))...)))..)))).....)))))))))..)))))((.((((((........(((.(((....(((.((((.....)))))))))).))).))))))))......((((((((..(((.(.((((......)))).)..)))...))))))))...(((((((((((((((.............((((.....((((......((((((((((..((((((((((((((((((((...))))))))).((((((.......((((((((.((((((((((((((.(((..........(((((....)))))...........))))))))))).))))))..((((((((...((((((..(((.....))).)))))))))))))).(((((((((((...(((((...................(((......)))((((((((...)))))))).)))))....))))........)))))))....)))))))).......(((((...)))))......(((((.((..(((((........)))))..))..)))))...(((((.((......))))))).......))))))(((((((....)))))))..)))))))..))))..))))))))))..))))....))))...........)))).)))))))))))..))))))).))))))))))))))..).)))))))))))))))))))))...)))..)))))).).))))))))))))))))).))).))))))..)))))).))..))))))))).))))))).)))))))))))))).))))))))))))))).))).)).))))))))))...)))))))))))))))))))))))))))).)))).)))))))..)))))....)))))))).))))))...)))).((.((((..(((......))).......((((((......)))))).)))).))..)))....)))).))))))..)))))))))((((((((.....(((.............)))..)))))))).........)).))))))))..))..))))))))))((((........))))(((....))).((((.(((((...))))).)))).....))))))))).))))..)))))))))))...))))).....(((((..((((((((((........))))))))))..))))).........................................)))))))..))).)))))((((((((...((((........)))).))))))))(((((((......................)))))))....))))).))))))))))))))......)))))))(((((..(((.(((((..(((((.((((......((((((.........))))))....)))).))))))))))))).)))))))))..(((((((((((((((...(((.((........)))))..))))))))))...)))))(((((((.((((.((.......(((......))))).)))).))))))).)))))).(((((((((((((((.(((.((((((...))))))..))))))...........)))))))))))))))))))))).............(((((..(((((((((.....)))))))))..(((....))).............)))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......((((((((((.((((((((((((((.....))))))))...((((.,(((((((.(((..((({...}))})))))))))).|,((.((((,(((.....})){((((((({(((((.((((((..(((({...}}))}...))))))))))).}))))))))))))))......(((((((((((((((....,,.{{{(((.(((((...,,...((((((((..(((((({...((((((((((((((((.((((...(((((((((...((,....})).(((((.((((((.((...(((.((.((({((((.,((((......))))|((((((((((((((..((.(((........))).))..))))))...))))))))}......)))).)))).)).)))..)))))))))))))..((((((((((..(((((((((({(,..(((((((((...((((((...((((....((((({((.{{,,.{{{{.,((((.(((((...((((.,{{.((((,,.{{(,.,(((((...(((.....)))...)))))),})))))).},))))..)))))))))|.((((((((...(((((.(((((.(((((({,(({...(((((((((((..((((.{{,...|||....(((((......))))}((((((((((((((((((..,....,,.....,.,,...,(({,{,|,,{.(((((((((((((((.{{.......,,.))))))))))....))))).}........{{({{{{.......}},))))))))))))))))))((((.(((....)))))))..((((((((,{,.....}.)))))))).((((((((((((((((((.{{{{{((((({...,}},,,....,,,...{(({{{{||..........)}}}}}.}}|.....((((((((((.(((((.(((....{,.(((((((((,{(...((((((((((.(((((........,,,,,,......}|}||{((((,.,,,,,....,})))}||||||||(((||{,{{||||}|}}}}},,,{(((({{{{......))))))|||,,(((.,((({.{{.,,,.....}}.))))..})).{{{{{(({{||{({{.{{,((,.{{{(((({...})))),{{{.{{{(((,{{{|||....,,)))))}||.(((({...}))))}}}))}}}.|}|},{{|{,....(((.(((.{((((((((((.(((((((.(((((((.....)))))))....(((((((...((.((((((...)))))))).....))))))}(({.{((..,{.{{.....,}},)}..))).})),.....(((....))))))))))...))))))))))}.)))))))},))}}}}}.,)).}))))))))))))}....,}....))))).)))))))))).,)}...)))))))))...,,....))).)))))))))))))))....(((((((((..((((..({.((((((.,..((((((((((((((.......))}})))))))},)))....))))))))..)))).))))}}})))..,{{{,,||....}}}}.,,..,.)}}))},)),).))))))).......)))))))))))}))))))...((((((((({.{{(({..........}))}}..((..((({...{{(((((,.....,},}}}}}},})))..}}....,,,((((((({...)))))))}......((((((((({...{((.(((........))).)))))))))))).{{({,{,.,{||||||,,...,,{((({{,((((....)))}.,{{{..,,,,,,,},,,,}}})}|||.{(((({......))).}))}}}),}}}}}}}))}))},.........})))))))))|,((,{(((((((((,.,....}.)))))))))))).,((((((.....)))))).....((((((...))))))..)))).....))))))))))).,,},...,,))))))...)))))...(((((((.((((.((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((.((.(((.(((((((((((((((.((((((((((((((.(((((((.(((((((((..((.((((((..((((((.(((.(((((((((((((((((.(.((((((((((((((((((((,,(((((((((.(..((((((((((((((.(((((({(((({{(((....}}}}(((({{((((...........,,,}}}}}}}))....(((((((((((((.,{{({({.((((((((..((....))))))))))...}}}).})),.)))).....)))))))))..}))))((.((((({........,((,(((,...{{{{((({.....)))))))}}}.}}}.))))))))......{(((((((..(((.({((((......)))),),.)))...)))))))}...(((((((((((((((.,|||..,,.,.,(({(,,...,|||......((((((((((..((({((((((((((((((({...})))))))).,(((((.......((((((((.{((((((((((((,{(((..........(((((....)))))...........))))))))))).)))))}..((((((((...((((((..(((.....))).)))))))))))))).{{{{((({({{,..,{(({{{{..,{||.............,...,,}})||||||((..,|)))))}}.}}}}},...,|},.,,,....})))))}....)))))))).......(((({...)))))......(((((.({..(((((........)))))..))..}))))...(((((.((......))))))).,,,,..,,,,,.(((((((....)))))))..)))))))..})))..))))))))))..,}}}.,,.}}},...,,..},,.)))).))))))))))}.,))))))).))))))))))))))..).)))))))))))))))))))))...)))..}))))).).))))))))))))))))).))).))))))..)))))).))..))))))))).))))))).)))))))))))))).))))))))))))))).))).)).))))))))))...)))))))))))))))))))))))))))).)))).))))))).,)))))...},))))))).,|{||||{{}|,|{{{.{(|,..}}..}).)}))),,)))).((((((......)))))).))))}.)),}))....)))).))))))..)))))))))((((((((..,,.(((..,,.....,,..))),,)))))))).........)),))))))))..))..)))))))))){(((........)))}|{{....}},.((((.(((({...})))).)))).....})))))))).})))..)))))))))))...))))).....{((((..((((((((((........))))))))))..))))).....................,,,.................}))))))..))).))))){(((((((,((({{.....|||.||||||||.,,,.,,{||||.,}}}.............,,,}))))))).,,.))))),))))))))))))))......)))))))(((((..(,(((((((..(((((.((((......((((((.........))))))....)))).))))))))))))}.)))))))))...,{((((((((((((.,.(((.({.{{...}})))))..))))))))))},,|},,.,,,{|||.,,||.(((((((((((((.........)))))))))))))}.)))))).((((((((((((({{.(((,((((((...))))))..))))},..........})))))))))))))))))))))).............(((((..(((((((((.....))))))))}.,(((....,,,.....,,,,....)))))..
Back