Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001308242.2
Sequence Length
3002 nt
GC Content
0.4634
AGUUUCCUGGCUGAACACGCCAGCCCAAUACUUAAAGAGAGCAACUCCUGACUCCGAUAGAGACUGGAUGGACCCACAAGGGUGACAGCCCAGGCGGACCGAUCUUCCCAUCCCACAUCCUCCGGCGCGAUGCCAAAAAGAGGCUGACGGCAACUGGGCCUUCUGCAGAGAAAGACCUCCGCUUCACUGCCCCGGCUGGUCCCAAGGGUCAGGAAGAUGGAUUCAUACCUGCUGAUGUGGGGACUGCUCACGUUCAUCAUGGUGCCUGGCUGCCAGGCAGAGCUCUGUGACGAUGACCCGCCAGAGAUCCCACACGCCACAUUCAAAGCCAUGGCCUACAAGGAAGGAACCAUGUUGAACUGUGAAUGCAAGAGAGGUUUCCGCAGAAUAAAAAGCGGGUCACUCUAUAUGCUCUGUACAGGAAACUCUAGCCACUCGUCCUGGGACAACCAAUGUCAAUGCACAAGCUCUGCCACUCGGAACACAACGAAACAAGUGACACCUCAACCUGAAGAACAGAAAGAAAGGAAAACCACAGAAAUGCAAAGUCCAAUGCAGCCAGUGGACCAAGCGAGCCUUCCAGGUGAAGAGAAGCCUCAGGCAAGCCCCGAAGGCCGUCCUGAGAGUGAGACUUCCUGCCUCGUCACAACAACAGAUUUUCAAAUACAGACAGAAAUGGCUGCAACCAUGGAGACGUCCAUAUUUACAACAGAGUACCAGGUAGCAGUGGCCGGCUGUGUUUUCCUGCUGAUCAGCGUCCUCCUCCUGAGUGGGCUCACCUGGCAGCGGAGACAGAGGAAGAGUAGAAGAACAAUCUAGAAAACCAAAAGAACAAGAAUUUCUUGGUAAGAAGCCGGGAACAGACAACAGAAGUCAUGAAGCCCAAGUGAAAUCAAAGGUGCUAAAUGGUCGCCCAGGAGACAUCCGUUGUGCUUGCCUGCGUUUUGGAAGCUCUGAAGUCACAUCACAGGACACGGGGCAGUGGCAACCUUGUCUCUAUGCCAGCUCAGUCCCAUCAGAGAGCGAGCGCUACCCACUUCUAAAUAGCAAUUUCGCCGUUGAAGAGGAAGGGCAAAACCACUAGAACUCUCCAUCUUAUUUUCAUGUAUAUGUGUUCAUUAAAGCAUGAAUGGUAUGGAACUCUCUCCACCCUAUAUGUAGUAUAAAGAAAAGUAGGUUUACAUUCAUCUCAUUCCAACUUCCCAGUUCAGGAGUCCCAAGGAAAGCCCCAGCACUAACGUAAAUACACAACACACACACUCUACCCUAUACAACUGGACAUUGUCUGCGUGGUUCCUUUCUCAGCCGCUUCUGACUGCUGAUUCUCCCGUUCACGUUGCCUAAUAAACAUCCUUCAAGAACUCUGGGCUGCUACCCAGAAAUCAUUUUACCCUUGGCUCAAUCCUCUAAGCUAACCCCCUUCUACUGAGCCUUCAGUCUUGAAUUUCUAAAAAACAGAGGCCAUGGCAGAAUAAUCUUUGGGUAACUUCAAAACGGGGCAGCCAAACCCAUGAGGCAAUGUCAGGAACAGAAGGAUGAAUGAGGUCCCAGGCAGAGAAUCAUACUUAGCAAAGUUUUACCUGUGCGUUACUAAUUGGCCUCUUUAAGAGUUAGUUUCUUUGGGAUUGCUAUGAAUGAUACCCUGAAUUUGGCCUGCACUAAUUUGAUGUUUACAGGUGGACACACAAGGUGCAAAUCAAUGCGUACGUUUCCUGAGAAGUGUCUAAAAACACCAAAAAGGGAUCCGUACAUUCAAUGUUUAUGCAAGGAAGGAAAGAAAGAAGGAAGUGAAGAGGGAGAAGGGAUGGAGGUCACACUGGUAGAACGUAACCACGGAAAAGAGCGCAUCAGGCCUGGCACGGUGGCUCAGGCCUAUAACCCCAGCUCCCUAGGAGACCAAGGCGGGAGCAUCUCUUGAGGCCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGGCAGCAUAGCAAGACACAUCCCUACAAAAAAUUAGAAAUUGGCUGGAUGUGGUGGCAUACGCCUGUAGUCCUAGCCACUCAGGAGGCUGAGGCAGGAGGAUUGCUUGAGCCCAGGAGUUCGAGGCUGCAGUCAGUCAUGAUGGCACCACUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAGCAAGAUCCUGUCUUUAAGGAAAAAAAGACAAGAUGAGCAUACCAGCAGUCCUUGAACAUUAUCAAAAAGUUCAGCAUAUUAGAAUCACCGGGAGGCCUUGUUAAAAGAGUUCGCUGGGCCCAUCUUCAGAGUCUCUGAGUUGUUGGUCUGGAAUAGAGCCAAAUGUUUUGUGUGUCUAACAAUUCCCAGGUGCUGUUGCUGCUGCUACUAUUCCAGGAACACACUUUGAGAACCAUUGUGUUAUUGCUCUGCACGCCCACCCACUCUCAACUCCCACGAAAAAAAUCAACUUCCAGAGCUAAGAUUUCGGUGGAAGUCCUGGUUCCAUAUCUGGUGCAAGAUCUCCCCUCACGAAUCAGUUGAGUCAACAUUCUAGCUCAACAACAUCACACGAUUAACAUUAACGAAAAUUAUUCAUUUGGGAAACUAUCAGCCAGUUUUCACUUCUGAAGGGGCAGGAGAGUGUUAUGAGAAAUCACGGCAGUUUUCAGCAGGGUCCAGAUUCAGAUUAAAUAACUAUUUUCUGUCAUUUCUGUGACCAACCACAUACAAACAGACUCAUCUGUGCACUCUCCCCCUCCCCCUUCAGGUAUAUGUUUUCUGAGUAAAGUUGAAAAGAAUCUCAGACCAGAAAAUAUAGAUAUAUAUUUAAAUCUUACUUGAGUAGAACUGAUUACGACUUUUGGGUGUUGAGGGGUCUAUAAGAUCAAAACUUUUCCAUGAUAAUACUAAGAUGUUAUCGACCAUUUAUCUGUCCUUCUCUCAAAAGUGUAUGGUGGAAUUUUCCAGAAGCUAUGUGAUACGUGAUGAUGUCAUCACUCUGCUGUUAACAUAUAAUAAAUUUAUUGCUAUUGUUUAUAAAAGAAUAAAUGAUAUUUUUUAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-865.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -921.28
Frequency: 0.0000
Diversity: 908.50
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((.......))))).(((((((((...(((((..............((((((...(((((((((((....(((((...(((((((((((.(((((((((....((.((.(((((((((..((((((....((((((.(.(....)).)))))).....(((......))).(((...((((((.((((((((.((((.(((((.(.((((....))).).).))))).(((((..((((((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((.((((.((.((((..((.((((.(((.(((...(((((((((...((((((((.......)))..)))))))))).))))...(((..((((...(((((..........)))))...))))...)))..)))...)))..)))).)).........(((.....)))..)))).)))))))))))))))..(((........)))......(((....)))..(((.....))).......(((......((....)).....)))...)))))))).).)))).((....((((.....))))....))((((((...(((.....)))...))))))((((.((((((((.(((..((.......(((......((((((((.(.....(.(((((.((((((((....)))))...(((......)))...))).))))).)...))))))))).....)))...((((..((((((((((..(((((...((((((..((((((((.((.....((((.......)))).....))..............((((((((.....))))))))..(((.......)))....(((((.............)).)))...(((....)))(((....)))(((((..(((((((.((((((((.(((....)))....)).)))))).).))))))..))))).)))))))).))))))...)))))..)))).))).))))))).(((.(((((.(((.((......)).)))..)))))..))).....((.((...(((.(((.((((.(((((.......((((((((((.((((((.(((((..((((......))))..)))).................(((((((...(((((..((((((.((((....)))).((.((((((((((((((((.......(((((((.......................((.........))..(((.(((((.(((..((((..(((....((((((..(.(((((..(((((((...(((((((((..............((..((((((......))))))..))(((((.((..((((......((((............(((.(((((....)))))...)))............)))))))).)).))))).....))))))))).....)))))))..(((..........)))...))))).).))))))..)))..))))..))).))))).)))...((((....))))........)))))))......)))((((...))))....))))))))))))).))..)))))).....)))))..))))))).......).))))))...))))))))))......(((......)))(((((..((((.....((((......))))......))))..))))).(((..(((....)))..))).))))).)))).))))))..)).))))..))).).))))))).))))))).))))))............)))))....(((((((((......)).)))))))....)))))((((((..............))))))..((((((....)))))))))).)))))))).))))))...)))....(((((((...(((...........)))...))))))).)))))).))))((.(((.......)))))))))).)).))..)))))))))(((((((......)))))))..((((((..((((...))))...)))))).))).))))))))..((((((((.(((.(((((((........))))))).)))..((......))..((((.(((...........(((.(((((((.(((...(((((((((((((.((.((.....)).)).))))).....(((((...)))))((((((((.(....(((((((.....)))))))..).)))))))))))).))))))).)).)))))..))).))).))))..((((..((.....))..))))..))))))))......)))))...((((((.((((.......(((((.((.(..(((.((((((((.((.(((.(((...((.(((....))).))..))).)))))..........(((((((..........)))))))...(((....)))..........(((.....))).....(((((((.......)))))))...((((((((((..(((((((((..(((....)))..((........))..((((((((..((((..............)))).....)))).))))............(((((....)))))))))))))).....))))))))))..(((((((((((.((....((((........)))))))))))))))))...........)))))))))))..).))...)))))........)))).))))))))))))))...................(((((((......)))))))..)))....))))))...)))))..)))))).)))((((....))))))))))..(((((((((....)))).)))))(((..(((.(((((((((((....))))).)).)))).)))..))).....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(((({(((((.......))))).(((((((((..,(((((,{,,,{,,{.{,,.,,,{{{|,,{((((((((((....||||,...(((((((((((.{{{{({{{{,.,{{{.{{,(((({((((..{{|||,....((((((.{.(,,..}}.})))||||{,.({(......))).(((...((((((.((((((((.({{||{,(((||,|{|{...,),}.}})}}||||{{((({...,||||||{{{{,,.((((.(((((((((..(((((((((.((((.{({(((,..((.((((.(((.,,{...(((((((((...((((((((.......)))..)))))))))).))))...(((..((((...(((((..........)))))...))))...)))..}))...)))..)))).))...}}}}}.{{{,,...}}}..))),.,})))))))))))))..(((........))).....,{{,....}},..(((.....))).......(((....,.{{....)).....)))...)))))))).).)))).(({.{(((((..{({.,,|.,..||||{{{{,..|||..,,,))),},}})))}{{{{.{{{{((({,(({,,{{.........|......,,{{{(((.(,(,,.({(((({,(((((({(,{{,||||,...{,,....,,))}...|||,|}|||,,...||||}||||,,{{{|||.,.((((,.((((((((((.,(((((.,.((((((..((((((((.((.....((((.......)))).....))..............{(((((((.....)))))))},,(((.......))).|,.{(({{...,,....},..||,||}...{||.,,,),,(((....)))(((((.,(((((((.((((((({.{{,....,},....)).)))))).))))})))..))))),)))))))).)))))).,.))}))},)))).))).))))))).{((.(((({.(((.((......)).)))..)))))..}}}....,{{,{{.,...,.(((,({{{.{,((({(((..{((,,,,|||,.,,||||}|||||.,||||......)}}}.,|{{{,{...,,,},.......|||||||,..,{{{,..{,{(((,{(((....}))}.,|}|||{{{{{|||||||,.}}}},.....{{,...............,,,}}}},|,........}))},,,{,|||{|,|||,,{{{{..{||,}},,|||||.,|,{{{{{,,(((({((,,,((({((({,......,,,,,,..{{..((((((......))))))..|},,{,,..,..((((,.,..{{{,,.,,,,,,.....{((.{((({.,,.}}}}|,,,}},..,.........}}}}||||.}},|||,...,.,}}}||}}}|,,,..,}}}))}..{{{....,,....)}}..,})))),,.}})}}),.}}}..}}|),,)}}.|||}|,}},...{(({....}))).....}}.))),},,.....,))}||||...})})}}})))))}}})))))),))..)))))},,,|,}}}},,|}|}}|||{{,...,|,,|||||.,.}})}))}}}},,.}}}|||......}}}(((((.,((((.....((((......)))).....,))))..))))).,{{..{((....)))..)))})},,,..,}},))}})))}}},))))),}))|},))))))).}}}||||.,..,,,.}}},.|,....|||}},.,.(((((((((......)).)))))))....}}},.((((((..||...},...,.))))))..{{{{{{....)))))),})).)))))))).))))))...})}....(((({{{,..{{,...........,||,,,||||}}|,||}}}}.))))....|||},||||}|,,,}}}})})),))},)))}}}|||((({{(({{{{|.}}},|||,.((((((..(((,...})))...))))))}))}.))))))))..{{{{(({{.{((.(((((((........))))))).))).,({,...{{||{||,,{(((((.,,......,.)))))|.......,...{{{{{{{{({(((.{{........}}.)),))))),,,,,{{{{|.,,)))))|(((((((.(....(((((((.....))))))}..}.)))))))}})}).))}}}}}}})}})}))}}.},.,,,,}},|||((({..((.....}}.,)))),.}))))}))...,,,)},,}..,((((((.((((.{,....,{{{{.,{.,..((({((,((((({,,.,||}|||.|}||,|,,...,|)),}}.,|||.|||||....,,...,(((((((,{...,,,{.}|||||}...,{{....}}}..........{{{.....,,,...,|(((((((.......)))))))...,(((((((((..(((((((((..{((,,..}},..{{.,.,,,}.}}..((((((((..((((..{........}..)))).....)))).))))............(((((....)))))))))))))).....)))))))))|..(((((((((((.((....(({{........)}}}))))))))))))},||.,,....,},)))},,,))}})}))},.))))).,,,,},.)))).))))))))}||}},.||||,.............(((((((......)))))))||}},....,,,)))..,))))}..)))))).)))((((....)))))))))}.,(((((({(({{{{,,,,})))))...,.|||,||||||{{{,,....}}},,.{{{{||{{||...,,,}}}}}}}})).....,.....
Back