Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001310315.2

Sequence Length

1748 nt

GC Content

0.5767

AGGUCUCUGCGCAGCCCAGCCCGCCGGUCCACGCCGCGCACCGCUCCGAGGGCCAGCGCCACCCGCUCCGCAGCCGGCACCAUGCGCGAGAUCGUGCACAUCCAGGCGGGCCAGUGCGGCAACCAGAUCGGCGCCAAGUUUUGGGAGGUCAUCAGCGAUGAGCAUGGGAUCGACCCCACAGGCAGUUACCAUGGAGACAGUGACUUGCAGCUGGAGAGAAUCAACGUGUACUACAAUGAGGCUGCUGGUAACAAAUAUGUACCUCGGGCCAUCCUGGUGGAUCUGGAGCCUGGCACCAUGGACUCUGUCAGGUCUGGACCCUUCGGCCAGAUCUUCAGACCAGACAACUUCGUGUUCGGUAAAAGAAGAGUAUUCAAAAGAGAAGAAUCUGCCAGUCUAAGACCAGUCCUACCUUCUCCUCCAUAGUCAAAAUGACAGAUUUUGAAAUUCCUUAUGUUUUAGUGUCUAAUGUUCACUUUCCCUCUGGCAGGCCAGAGUGGAGCCGGGAAUAACUGGGCCAAGGGCCACUACACAGAGGGAGCCGAGCUGGUCGACUCGGUCCUGGAUGUGGUGAGGAAGGAGUCAGAGAGCUGUGACUGUCUCCAGGGCUUCCAGCUGACCCACUCUCUGGGGGGCGGCACGGGGUCCGGGAUGGGCACCCUGCUCAUCAGCAAGAUCCGGGAAGAGUACCCAGACCGCAUCAUGAACACCUUCAGCGUCAUGCCCUCACCCAAGGUGUCAGACACGGUGGUGGAGCCCUACAACGCCACCCUCUCUGUCCACCAGCUGGUGGAAAACACAGAUGAAACCUACUCCAUUGAUAACGAGGCCCUGUAUGACAUCUGCUUCCGCACCCUGAAGCUGACCACCCCCACCUACGGGGACCUCAACCACCUGGUGUCGGCCACCAUGAGCGGGGUCACCACCUGCCUGCGCUUCCCGGGCCAGCUGAACGCAGACCUGCGCAAGCUGGCGGUGAACAUGGUGCCCUUCCCUCGCCUGCACUUCUUCAUGCCCGGCUUCGCGCCCCUGACCAGCCGGGGCAGCCAGCAGUACCGGGCGCUCACGGUGCCCGAGCUCACCCAGCAGAUGUUCGACUCCAAGAACAUGAUGGCCGCCUGCGACCCGCGCCACGGCCGCUACCUGACGGUGGCUGCCAUCUUCCGGGGCCGCAUGUCCAUGAAGGAGGUGGACGAGCAGAUGCUCAACGUGCAGAACAAGAACAGCAGCUACUUCGUGGAGUGGAUCCCCAACAACGUGAAGACGGCCGUGUGCGACAUCCCGCCCCGCGGCCUGAAGAUGUCGGCCACCUUCAUCGGCAACAGCACGGCCAUCCAGGAGCUGUUCAAGCGCAUCUCCGAGCAGUUCACGGCCAUGUUCCGGCGCAAGGCCUUCCUGCACUGGUACACGGGCGAGGGCAUGGACGAGAUGGAGUUCACCGAGGCCGAGAGCAACAUGAACGACCUGGUGUCCGAGUACCAGCAGUACCAGGACGCCACGGCCGACGAACAAGGGGAGUUCGAGGAGGAGGAGGGCGAGGACGAGGCUUAAAAACUUCUCAGAUCAAUCGUGCAUCCUUAGUGAACUUCUGUUGUCCUCAAGCAUGGUCUUUCUACUUGUAAACUAUGGUGCUCAGUUUUGCCUCUGUUAGAAAUUCACACUGUUGAUGUAAUGAUGUGGAACUCCUCUAAAAAUUACAGUAUUGUCUGUGAAGGUAUCUAUACUAAUAAAAAAGCAUGUGUAGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-675.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -700.36

Frequency: 0.0000

Diversity: 381.57

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....(((((((((((((((.((((((((...(((((((.(((((..(((((((.((((..........)).)).))).)).((((((....))))))..))..)))))....))))))).....))))))))((((...))))..(.(((((...))))).).((((......))))...((((((((..((....))))))).))).))))).....((((((((((.(((((..(((((.(((((((.((....)))))).((((((((((....))))...).)))))(((((((((...(((..((((((((.((....)))))))))).)))(((.((((......)))).)))......(((...(((......)))...)))((.(((..((((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))((((((((.(((((.((((.........)))).((((((((...((((....(((..((((......)))).)))..))))......))))))))((((....(((((.(((((.(((.....(((((((((.(.(((((........))))).).))).(((((((..((((.(((.(((...))))))))))..)))))))((((.(((((((.((.(((((........((((((((.(((..(((.((((.(((((............((...(((..((((..(((((.((((...(((((((...........)))))))...))))((((((....)))))).......((((..........))))......(((((((((((((...((.(((((........))))).)).))........))))))).))))...)))))))))..))).)))))))))))((...))..)))..))).))))))))(((((((...((((....))))..)))))))))))).)).))))))).))))....((.(((((.(((((((((((((....(((((.(.....).)))))))))........((((((((...)))))))).(((.....)))..((((((........))))))((((((((...(((...)))((....((((.....(((.((((((((.(((((((.((((((((...(((((((((.((.((...((((....))))...((.....))........)).)).)))))))))))))..))))......((....))(((((((.(((......)))..))))))).))))))).)))))))).))).))))....)).))))))))...(((((((((............))))))))).((.((.(((.((((.(((.((....))))).)))).))).)).)).))))))))).))).)).)).))))))))))))))...........)))))((((((((..((((.....))))..))))))))))))....))))).)))))))).)))))))))))))))((((((((.........(((.....(((((....)).)))...))).........)))))))).....)))))))...))).))...)))))))))..)))...))))))).)))......)))).)))))).......((((((...(((.......((((((......)))))))))..))))))...........)).))))))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....(((((((((((((((.((((((((...(((((((.(((((..{,(((((.((({..........)}.)).))).)).((((((....))))))..,,..)))))},..))))))).....))))))))(((,...,)))..(.(((((...))))).).{(((......))))...((((((((..((....)}))))),,)).))))).....((((((((((.{{{{,..(((((.{{{(((,{((....)))))).{((((|{({{.,,,}}}}||||||}|||(((((((((..,(((..((((((((.((....)))))))))).)))|((.((((......)))).))}....,.{{{...{{{.....,}}}...))}{{.{((..{(({(({(((((.((((((((((....,((({{{{,,,..}}}}}}}{(((((((.(((({.,{{(,{....{,,|}}},(((((((({..{{||,,,,{||,.((((......)))),||,..)))|,,,,{,}}}}|||||((({{,.,,,.|.|||||}|||...}}|||||{(({.(.(((((.,....}.))))).),))).(((((((..((((.(((.(((...))))))))))..)))))))((((.(((((((.((.(((((........((((((((.(((..{{(,{(((.{{{((,,.....,,,},}|,..(((..((((..(((((.((((...(((((((..,.....,..))))))).,.))))((((((....)))))).....,,{{{{..........}}}}......((((((((((({(...((.(((((........))))).)).,,........))))))).))))...)))))))))..)))...}}))}||||(,...,,.,))),.))).))))))))(((((((...((((....))))..)))))))))))).)).))))))).))))..,,|{.{({((,((((((((({(((..,,(((((.{.....},)))))}))},,,.....((((((((...)))))))).(((.....)))..((((((........))))))((((((((..,(((...||}{{...,|{{(,....(((.((((((((.(((((((.((((((((...(((((((((.,(.((,..((((....))))...{(.....,}........)).)}.)))))))))))))..))))......{{....}}(((((((.(((......)))..))))))).))))))).)))))))).))).})))....)).))))))))...(((((((((............))))))))).{(.((.(((.((((.(({,((....))))).)))).))).)),)).))))))))).))).}}.}},||}})|||||}}}}.,,....,,..||.{{((((((((..((((.....))))..)))))))).)),}}..))))).)))))))),)))))))))))))))(({((((({{.......,||,,.,.{{{{,.,,,}},,))..,}}),},,.,,},)))))))).....}))))}}...))).)}...))))))))),)))}...))))),},,}}......)))).)))))).,,.,,.{{((({...|||,......((((((......))))))}}}..}}}}))},.........)).))))))))...