Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001313902.2
Sequence Length
2356 nt
GC Content
0.4198
GAUUACCGAGUGCCGGGGAGCCCGGAGGAGCCGCCGACGCAGCCGCCACCGCCGCCGCCGCCGCCACCAGAGCCGCCCUGUCCGCGCCGCGCCUCGGCAGCCGGAACAGGGCCGCCGUCGGGGAGCCCCAACACACGGUCCACAGCUCAUCAUGAUGGACUUGGAGCUGCCGCCGCCGGGACUCCCGUCCCAGCAGGACAUGGAUUUGAUUGACAUACUUUGGAGGCAAGAUAUAGAUCUUGGAGUAAGUCGAGAAGUAUUUGACUUCAGUCAGCGACGGAAAGAGUAUGAGCUGGAAAAACAGAAAAAACUUGAAAAGGAAAGACAAGAACAACUCCAAAAGGAGCAAGAGAAAGCCUUUUUCGCUCAGUUACAACUAGAUGAAGAGACAGGUGAAUUUCUCCCAAUUCAGCCAGCCCAGCACAUCCAGUCAGAAACCAGUGGAUCUGCCAACUACUCCCAGGUUUCUUCGGCUACGUUUCAGUCACUUGUUCCUGAUAUUCCCGGUCACAUCGAGAGCCCAGUCUUCAUUGCUACUAAUCAGGCUCAGUCACCUGAAACUUCUGUUGCUCAGGUAGCCCCUGUUGAUUUAGACGGUAUGCAACAGGACAUUGAGCAAGUUUGGGAGGAGCUAUUAUCCAUUCCUGAGUUACAGUGUCUUAAUAUUGAAAAUGACAAGCUGGUUGAGACUACCAUGGUUCCAAGUCCAGAAGCCAAACUGACAGAAGUUGACAAUUAUCAUUUUUACUCAUCUAUACCCUCAAUGGAAAAAGAAGUAGGUAACUGUAGUCCACAUUUUCUUAAUGCUUUUGAGGAUUCCUUCAGCAGCAUCCUCUCCACAGAAGACCCCAACCAGUUGACAGUGAACUCAUUAAAUUCAGAUGCCACAGUCAACACAGAUUUUGGUGAUGAAUUUUAUUCUGCUUUCAUAGCUGAGCCCAGUAUCAGCAACAGCAUGCCCUCACCUGCUACUUUAAGCCAUUCACUCUCUGAACUUCUAAAUGGGCCCAUUGAUGUUUCUGAUCUAUCACUUUGCAAAGCUUUCAACCAAAACCACCCUGAAAGCACAGCAGAAUUCAAUGAUUCUGACUCCGGCAUUUCACUAAACACAAGUCCCAGUGUGGCAUCACCAGAACACUCAGUGGAAUCUUCCAGCUAUGGAGACACACUACUUGGCCUCAGUGAUUCUGAAGUGGAAGAGCUAGAUAGUGCCCCUGGAAGUGUCAAACAGAAUGGUCCUAAAACACCAGUACAUUCUUCUGGGGAUAUGGUACAACCCUUGUCACCAUCUCAGGGGCAGAGCACUCACGUGCAUGAUGCCCAAUGUGAGAACACACCAGAGAAAGAAUUGCCUGUAAGUCCUGGUCAUCGGAAAACCCCAUUCACAAAAGACAAACAUUCAAGCCGCUUGGAGGCUCAUCUCACAAGAGAUGAACUUAGGGCAAAAGCUCUCCAUAUCCCAUUCCCUGUAGAAAAAAUCAUUAACCUCCCUGUUGUUGACUUCAACGAAAUGAUGUCCAAAGAGCAGUUCAAUGAAGCUCAACUUGCAUUAAUUCGGGAUAUACGUAGGAGGGGUAAGAAUAAAGUGGCUGCUCAGAAUUGCAGAAAAAGAAAACUGGAAAAUAUAGUAGAACUAGAGCAAGAUUUAGAUCAUUUGAAAGAUGAAAAAGAAAAAUUGCUCAAAGAAAAAGGAGAAAAUGACAAAAGCCUUCACCUACUGAAAAAACAACUCAGCACCUUAUAUCUCGAAGUUUUCAGCAUGCUACGUGAUGAAGAUGGAAAACCUUAUUCUCCUAGUGAAUACUCCCUGCAGCAAACAAGAGAUGGCAAUGUUUUCCUUGUUCCCAAAAGUAAGAAGCCAGAUGUUAAGAAAAACUAGAUUUAGGAGGAUUUGACCUUUUCUGAGCUAGUUUUUUUGUACUAUUAUACUAAAAGCUCCUACUGUGAUGUGAAAUGCUCAUACUUUAUAAGUAAUUCUAUGCAAAAUCAUAGCCAAAACUAGUAUAGAAAAUAAUACGAAACUUUAAAAAGCAUUGGAGUGUCAGUAUGUUGAAUCAGUAGUUUCACUUUAACUGUAAACAAUUUCUUAGGACACCAUUUGGGCUAGUUUCUGUGUAAGUGUAAAUACUACAAAAACUUAUUUAUACUGUUCUUAUGUCAUUUGUUAUAUUCAUAGAUUUAUAUGAUGAUAUGACAUCUGGCUAAAAAGAAAUUAUUGCAAAACUAACCACUAUGUACUUUUUUAUAAAUACUGUAUGGACAAAAAAUGGCAUUUUUUAUAUUAAAUUGUUUAGCUCUGGCAAAAAAAAAAAAUUUUAAGAGCUGGUACUAAUAAAGGAUUAUUAUGACUGUUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-607.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -652.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 530.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((.(((..((((..(((.((.(.((.((....((.((.((....)).)).)).)).)).......((.((((((((((.((.((......)).))))).))))))).))).)).)))..))))..))).))))..((((.((((.((((((((((((((((.....((((.(((((....))))).)).)).(((((......(((((.(((((......((((((....))))))))))).)))))(((((.....))))).(((.....(.....((((.....(((......))).....)))).....)....)))........((((....))))...((((((((((((((((((.(((....))))).))))))...))))...)))))).....(((((((((...(((.(((((.(........).))))).)))...((.(((((((((((.((((((((((((((((....(((..((((((......(((...((.((((......)))).)).)))....))))))..)))....)))))))..(((.....)))))))))(((((((..(........)..))))))).....))).))))))))))).)).............(((.....)))((((..............)))).))))))))).....))))))))))))))))....((((...(((..((((.(((......))).))))..)))(((((((((.....))..(((((((((.(((....((((.............(((((.((((((....)))))).)))))......((((((((..(((.....((((((.(((....((((.......)))).))).))))))((((.....((((((((.((((.((((((.......(((((........)))))...(((.((((((.....(((......))).((((..((((((.(((((((...((((((((((((((((.(((((((.((((.......(((((((.............)))))))..(((((((((....))))))).))..((.((((..........)))).))))))))).))))...))))).)))))))....(((((....))))).....((((((..((((((.....))))...))..))).))).....)))).))))))).......((((((..(...........)..)))))).(((((...(((((((((...)))).))))))))))(((((..((((....))))....)))))..((((....)))).))))))..)))).((((.(((((...(((....((......))..((......))...........)))))))).))))(((((((....)))))))....))))))...)))..................))))))))))))))).)))...))))(((((....)))))(((((.(((((.((((((((((.(((((((((((((..(((((...(((.(.((((.(((((((.....((.((((..(((((.((.....((((((.........((((((.((((..((.......((((((..(((...((((((...)))))).....)))..))))))........(((.(((.............))).))).((((.........))))((.(((.((((.((.(((.........))).)).))))))).))....))..)))).))).))).........))))))..((((((.((.(((...))).))))))))..........)).)))))...((..(((((((((((.(((((((((......))))..))))))))))))))))..))..)))).)).....))))))))))).).))))))))...(((((...))))).((((((((...................))))))))....((((((.(((((((......))))))).)).))))))))).......)))))).)).))))))........)))).))))).))))))))....))))))))..((((((((((...........)))))))))).(((((..((((..(((((((((((((......)))))..))))))))..))))....)))))...........)))).....))).))))))))).........))))))).......)))).................((((((((((....................)))))))).)).........))))).))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((.(((..((((..(((.((,(.((.((,(.,((.((.((....)).)).)),)).)).......((.((((((((((,((,({....,,)).))))),,)))))).))).)).)))..))))..))).))))..((((.((((.((((((((((((((((.....((((.(((((....))))).)).)).(((((......(((((.(((((......((((((....))))))))))).)))))(((((.....))))).{((.....|.....{{{{.,...(((......))).....,|||.....,....,,}........((((....))))...((((((((((,((((,.((({{....,}),).))),))}}.))))...))))))....,(((((((((...{{{.,{,{(,{.{{{{{{{|{||||,.,},...|,.|||||,|}}|}}|,.(((((((((((((,.{({{(..((((((......(((...{|.{(((......))}}.,,})}}.,,.))))))..)))}.,.)))))))..(((.....)))))))))(((((((..(........)..))))))){{,{{|||,}|,|||||||(((.......))).,}}}|}}}}}.}})||||.....,,}}....,),}..)))))))))}....))))))))))))))))}...((({...(({..((({,(((......})).}}}}..}}}((((((({{.....))..(((((((((.(((...{((((......{{{{{,.(((((.((((((....)))))).)))))......((((((((..((({....((((({.(((....{{{,.......}}}}.))),||||||((((.....((((((({,((((.((((((.......(((((........)))))...(((.((((((..,,.{{{.,,,..|||.((((..((((((.(((((((...((((((((((((((((,(((((({.((({..,....(((((((.............)))))))..{{(((((((....))))))).}}..{{.,,,............})).,.))))))).))))..,))))).)))))))..{((((((.,,.}||||...{{(({,{{,,{,{{{|},.,,))},,,}))}}))||}},.,})})))).))))))).......{(((((..,..........|}..)))))}.((((({..{(((((((,...}))).))))))))))(((((..((((....))))....)))))..{(((....)))}.))))))..)))).|{{|.{||||...|||....((......),..,,......}}.......,,.,|||,)))).})))(((((((....)))))))....})))))...)))..................))))))))))))))),}))...)))}|||||,,,.))))}{((((.(((((.((((((((((.{{(((((((,.{{,.{,,....{((((((((((.{{{{({({{((........{(({{((((,......,}|||.........,|||.......|}}}....,,.((((((..(((...((((({...}))))).....))}..))))))........{((,{.............,}))}.,))}||,,........})),,,.,,,}))}}}}}}}}{{,(((({(((({{.|},|.,|||},,((....}).,.)))}}).,}}|.{{{{{{{.{{{.,..((((((.((.{((...))}.))))))))..,...{{{,.{.,{|...,,((..(((((((((((.(((((((((......)))},}))))))))))))))))..)).,}|,,,,,....}}},,}}|||||{|{|||..,}}}},||{{|,..,}))}.{(((((((.......||,......,,,)))))))}....,,,,...,,,{,,....}}}.,)))))})}}))))))))),..,},))))))).}}.))))))........)))).))))).))))))))....))))))))..((((((((((...........)))))))))).,,,{{..((((..(((((((((((((......)))))..))))))))..))))....))))),....,}....)))).,...))).))))))))).........))))))).......)))).,||,,,.,..,,....{{((((((((...,,,,........,,,..)))))))).}},}}}},,,.))))).))))))))....
Back