Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001313972.2
Sequence Length
2610 nt
GC Content
0.4345
AUUCUUUGUCUACUUCCUAUUUGAGAUGUUAGUAGAGAACUGUCCUGGGUGAAUCUUUCAGUAUUGCAGGGCUUGGCAACUUGCUGCCCGACAAAAUACAUCAGAAUUUCUCUUUAAGAACAAUAUGGGAUGGAUUAAAAAAUAUAUAUAUGGGAUGAAAUUGGGGGUACUUCAAUACCUUGCAUGCCACCCAAGCAUUCCUUAUCACACAGAUGCAUUUUAAGUGUAACAGCAAGCCUAAUGGCUACUCGAUUUUCUUUCCCUUCAGGUGAGAAUGAGAUGGUGAUCAUGAGACCUGGAAACAAAUAUGAGUACAAGUUCGGCUUUGAGCUUCCUCAGGGGCCUCUGGGAACAUCCUUCAAAGGAAAAUAUGGGUGUGUAGACUACUGGGUGAAGGCUUUUCUUGACCGCCCGAGCCAGCCAACUCAAGAGACAAAGAAAAACUUUGAAGUAGUGGAUCUGGUGGAUGUCAAUACCCCUGAUUUAAUGGCACCUGUGUCUGCUAAAAAAGAAAAGAAAGUUUCCUGCAUGUUCAUUCCUGAUGGGCGGGUGUCUGUCUCUGCUCGAAUUGACAGAAAAGGAUUCUGUGAAGGUGAUGAGAUUUCCAUCCAUGCUGACUUUGAGAAUACAUGUUCCCGAAUUGUGGUCCCCAAAGCUGCCAUUGUGGCCCGCCACACUUACCUUGCCAAUGGCCAGACCAAGGUGCUGACUCAGAAGUUGUCAUCAGUCAGAGGCAAUCAUAUUAUCUCAGGGACAUGCGCAUCAUGGCGUGGCAAGAGCCUUCGGGUUCAGAAGAUCAGGCCUUCUAUCCUGGGCUGCAACAUCCUUCGAGUUGAAUAUUCCUUACUGAUCUAUGUUAGCGUUCCUGGAUCCAAGAAGGUCAUCCUUGACCUGCCCCUGGUAAUUGGCAGCAGAUCAGGUCUAAGCAGCAGAACAUCCAGCAUGGCCAGCCGAACCAGCUCUGAGAUGAGUUGGGUAGAUCUGAACAUCCCUGAUACCCCAGAAGCUCCUCCCUGCUAUAUGGAUGUCAUUCCUGAAGAUCACCGAUUGGAGAGCCCAACCACUCCUCUGCUAGAUGACAUGGAUGGCUCUCAAGACAGCCCUAUCUUUAUGUAUGCCCCUGAGUUCAAGUUCAUGCCACCACCGACUUAUACUGAGGUGGAUCCCUGCAUCCUCAACAACAAUGUGCAGUGAGCAUGUGGAAGAAAAGAAGCAGCUUUACCUACUUGUUUCUUUUUGUCUCUCUUCCUGGACACUCACUUUUUCAGAGACUCAACAGUCUCUGCAAUGGAGUGUGGGUCCACCUUAGCCUCUGACUUCCUAAUGUAGGAGGUGGUCAGCAGGCAAUCUCCUGGGCCUUAAAGGAUGCGGACUCAUCCUCAGCCAGCGCCCAUGUUGUGAUACAGGGGUGUUUGUUGGAUGGGUUUAAAAAUAACUAGAAAAACUCAGGCCCAUCCAUUUUCUCAGAUCUCCUUGAAAAUUGAGGCCUUUUCGAUAGUUUCGGGUCAGGUAAAAAUGGCCUCCUGGCGUAAGCUUUUCAAGGUUUUUUGGAGGCUUUUUGUAAAUUGUGAUAGGAACUUUGGACCUUGAACUUACGUAUCAUGUGGAGAAGAGCCAAUUUAACAAACUAGGAAGAUGAAAAGGGAAAUUGUGGCCAAAACUUUGGGAAAAGGAGGUUCUUAAAAUCAGUGUUUCCCCUUUGUGCACUUGUAGAAAAAAAAGAAAAACCUUCUAGAGCUGAUUUGAUGGACAAUGGAGAGAGCUUUCCCUGUGAUUAUAAAAAAGGAAGCUAGCUGCUCUACGGUCAUCUUUGCUUAGAGUAUACUUUAACCUGGCUUUUAAAGCAGUAGUAACUGCCCCACCAAAGGUCUUAAAAGCCAUUUUUGGAGCCUAUUGCACUGUGUUCUCCUACUGCAAAUAUUUUCAUAUGGGAGGAUGGUUUUCUCUUCAUGUAAGUCCUUGGAAUUGAUUCUAAGGUGAUGUUCUUAGCACUUUAAUUCCUGUCAAAUUUUUUGUUCUCCCCUUCUGCCAUCUUAAAUGUAAGCUGAAACUGGUCUACUGUGUCUCUAGGGUUAAGCCAAAAGACAAAAAAAAUUUUACUACUUUUGAGAUUGCCCCAAUGUACAGAAUUAUAUAAUUCUAACGCUUAAAUCAUGUGAAAGGGUUGCUGCUGUCAGCCUUGCCCACUGUGACUUCAAACCCAAGGAGGAACUCUUGAUCAAGAUGCCCAACCCUGUGAUCAGAACCUCCAAAUACUGCCAUGAGAAACUAGAGGGCAGGUCUUCAUAAAAGCCCUUUGAACCCCCUUCCUGCCCUGUGUUAGGAGAUAGGGAUAUUGGCCCCUCACUGCAGCUGCCAGCACUUGGUCAGUCACUCUCAGCCAUAGCACUUUGUUCACUGUCCUGUGUCAGAGCACUGAGCUCCACCCUUUUCUGAGAGUUAUUACAGCCAGAAAGUGUGGGCUGAAGAUGGUUGGUUUCAUGUUUUUGUAUUAUGUAUCUUUUUGUAUGGUAAAGACUAUAUUUUGUACUUAACCAGAUAUAUUUUUACCCCAGAUGGGGAUAUUCUUUGUAAAAAAUGAAAAUAAAGUUUUUUUAAUGGAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-760.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -810.86
Frequency: 0.0000
Diversity: 755.09
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((.((((((..(..........)..)))))).))......((((((((((...((((...((((((((.((((.(..((.((((...........(((.(((((((((((...........((((.(((.............(((.((((((...(((((((((...(((....)))..)))).))))).)))))).)))........((((((...))))))......((((....)))).........))).))))((((((.((((.(((((.((((....((((.((((((......(((((((........(((..(((((((.(((((((((.((((((....((((....))))......((((((.(((((((((((((...((((...((((......))))..)))).))))).....(((((.....)))))......(((((((((.((((((.((((.((((((..(((((((((((..(((((........((((......))))..(((((((((((...)))))))(((((...(((((...(((..((.((((((.....)))))).))..))).)))))...)))))))))....((((.((((....)))).)))).((((((.(((((........))).))...))))))........(((...))))))))..))))))).........((((((.((.....))))))))...))))..)))))).(((((........)))))....(((((....)))))...(((((((((((........))))..((((.((....))))))...........))))))).)))).)))))))))))))))...((((((....))))))(((.((((......((.((((((...))))..)).)).......))))...)))........(((((((......))))))))))).)))).)))))).......))))))(((........)))....(((......)))(((((((.........(((((((...(((.((.(((...))).))..)))..)))))))...........))))))).....)))))))))...))))))).))).......))))))).((((((((((((..((((.((((...((...))....)))).))))((((((((((((((((..........)))))))))).......))))))...((((((....((.((((((((....)))))))).))..))))))))))))))))))((((((((((.(((........))).)))))).))))....))).))).)))).((((((......))))))((((.(((((((.(((......))).))))))).))))(((((((((....................))))))))))))).)))))..))))))))))......(((((((((.(((....((((..((((.......))))))))(((((((...((((((((((....((((.(((((((........))))))))))))))))))))))))))))....))).)))))).))).((((..(......)..))))..))))))))))).))).....((.(((((...(((((((((((....(((((((...........)))))....)).....))))...)))))))(((((.((((((((((((.((((((((((((((((((((((..(((.....(((((((((.(((((((.((.((....))))))))))).........)))))))))...(((((((.(((.((.....(((((((.((((((.....)))))).)))).)))....)))))...)))))))...)))..))))).)))))...)))..)))))))))....))))..((((((((..((((((......))))))....)))))))).))))))))....)))))........((.((((((((.(((.(.(((((...........(((((...((......))...))))).......))))))))).)))))))).))))))).))..((((((....))))))..(((.........)))...)))).)).).))))))))))))..)))).)).)))..))))).(((((...(((.(((((((..........)).)))))))).)))))........(((((((((((((.((((((((..((((...........)))).......)))))))).)....(.((..((((........))))..)).).(((((((.....))).)))).((((((((....((......(((((.(((.(((...))).))).)))))......))...)))))))).....((((((...(((....))).....)))))).((((((.((((((((....(((((((((((...((((((((.(((((((.((.....)).))))))))))))))).))))..)))))))....))))))))))))))....))))))))..)))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,{{(({{(((({{{{.....,.}}.)..))))))})}...,,,((((((((,,...((((...((((((({,((((.,..((.((((..,......{((({,.,{(({{{{,,.|||..,....{{||}|{{,,...........,{{.((((((...(((((((((...(({....}))..)))).))))).)))))).}}}..,,,,,{((,{,{,{{{||||..,.,..{{((...,||||,{.,{{{(((((({{{,{((((({,,,,{(((...,,.,.}}}|,,,}}}||||......(((((((....,,..(((..(((((((.(((((((((.{(((((,,{,({{(,,,,||},,,,{,,((({({{({(((.{{.(((({{{(({,..,|||{,.,,,||||{({{|{{,{{{,.,,,,.{{{{{.....))))).,}}..|||,{|}||}||,,|},.}},)))).})))},..{({((((|.{((({|,,.....{..,.,..,,||||.,(((((({{(((,..|||}|||((({{...(((((...(((..((.((((((.....)))))).))..))).)))))...)))))}})}}.,}}}|},||,,,,})))}},}}},.{(((((.,,{{,.,..,,,.}|||||...})))))..,..|||{,,..,))},))}},,)))))||{,||,}|,.,,{(((((({(.{(((({{{{({.....((((((((({,{({,{((({((((((.((.,.((({{(((((({((((..{{,..((((((((((((.(((.((((((((...((,{((.{,....,,...)))))...))))).))).))).))))...)))))))),...,||,,((((,,{,,......))}})}}}.{||||{{{{.,{.{{.,..,,,,|,|,,|||.|.|,,...(((((((......))))))).)))})))),.,,,,.)))).}))),.))))))).,,),)))))).,})))))),,}))))}})))....))}}}{,{,{.,.,.,,..,}}})))}}.)))))},,||,|||||}},..,..})}}..})))........)))))))))...))))))).))).......))))))).((((((((((((,,((((.((({,{..,...}),..,)))).))))((({((((((((((((.,......,.)))))))))),......}}}}}}...((((((.{..{,.((((((((....)))))))).}}.}))))))))))))))))))((((((((((,(((.....,,,))).)))))).)))).,{{{{{((({{{{,,.((((((......)))))}{{((.(((((((.(((......))).))))))).))}|{{(((((({..................,.))))))))))}{{,||||||.||,}}},))}}}}}},{((((((((.(({....{(((,,{{{{.....||)))}||}}(((((((...((((((((((....((((.(((((((........))))))))))))))))))))))))))))....})).)))))).)))..,}}......}}}))}}))),.,})))))))}}})))}}}..,{.||||{...(((((((((({....{{(((((...........))))}.,.,,}.....}}}},..})))))){((((.{(((((((((((.((((((((((((((((((((((..(((.....(((((((((.(((((((.((.({....))))))))))).........))))))))}...(((((,,..|}}||.....{,,{(({,{|{{{{|,,.,}))))),)))).|||,,..|||,....})))))),..)))..))))).)))))...))).,)))))))))....))))..((((((((..((((((......))))))....)))))))).))))))))....))))).,,.....{{.{|||||{{.{{{,{.{|||,.,}}}......{({({...(({,....}|,{,||}}}.......,))),,}}),))))})}}.)))))}}.}}..((((((....)))))).,|||}},,,.,,})))...)))).)).}.))))))))))))..)))).)).}))..})))).(((((...(({{((((({{..........}}.)))))))).))))).....{,,({{((((,{{{((,((((({{{...,,,.....,,,,}})},,.....,.|}}}}}}}.|,,,,|,|{..||||.......,}}))},,}})}|{{((({{,,,{|||{,|||.{{{{((((,,,,{{......(((((.(({.(((...))).))).))))).,,,,.||...|||}}}}}.,,,.,.}})),,,))})),)))},,,|}}))}}},{(((((.{((((({{....((((((((,({...((((((((.(((((((.((.....)).))))))))))))))).}},}.})))))))....}})))))})))))}....}}}})))},.,,)),........
Back