Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001313992.2
Sequence Length
1316 nt
GC Content
0.5904
CAGGUUUGGAAAACUGCAAUAGUCACUAAGACCAUUCGGGGCUGUUUGGGUCUAGCUUGGUCUAGACGGGUCUGAAACUCCGCAGGACCCACCCAACAAGAAGUCAUUGUUCCAAGCCACGUGUCAGUGGUGGGUGAUACCCCAGGAUGGAAGGAGUUGGUAUGAGCCGACUGAAAUCUACUUGAAGGUCAAAACGGAGCCUUAUGUCUUUUGUGUUCCCCAGCGGUUAGCCCAGUGCCGGCCACAGGGGAAGCGCGCAAACGAAGUCCUCGCGAACUGAACUGAGAGCAGACAAAAGCACGCGCUCUUCUCCACCGCCACGCCGGUCCUACCCAAACCCGCGAGUUAUCCGUAUUCUCCUUCAGGAGUCAUAGUCAGGCCAGAAGAGUGCGGAGGGACGGGGCCCGGGAAGAGCAGGGAACCCCCAGAGCCCGCAGCCAACGCGGAGACAAUGGCGAUGACCACUCAGAAGGAGGCCUGGUGGAGAACCACGUGGACAGCACCAUGAACAUGUUGGGCGGGGGAGGCAGUGCUGGCCGGAAGCCCCUCAAGUCGGGUAUGAAGGAGCUGGCCGUGUUCCGGGAGAAGGUCACUGAGCAGCACCGGCAGAUGGGCAAGGGUGGCAAGCAUCACCUUGGCCUGGAGGAGCCCAAGAAGCUGCGACCACCCCCUGCCAGGACUCCCUGCCAACAGGAACUGGACCAGGUCCUGGAGCGGAUCUCCACCAUGCGCCUUCCGGAUGAGCGGGGCCCUCUGGAGCACCUCUACUCCCUGCACAUCCCCAACUGUGACAAGCAUGGCCUGUACAACCUCAAACAGUGCAAGAUGUCUCUGAACGGGCAGCGUGGGGAGUGCUGGUGUGUGAACCCCAACACCGGGAAGCUGAUCCAGGGAGCCCCCACCAUCCGGGGGGACCCCGAGUGUCAUCUCUUCUACAAUGAGCAGCAGGAGGCUCGCGGGGUGCACACCCAGCGGAUGCAGUAGACCGCAGCCAGCCGGUGCCUGGCGCCCCUGCCCCCCGCCCCUCUCCAAACACCGGCAGAAAACGGAGAGUGCUUGGGUGGUGGGUGCUGGAGGAUUUUCCAGUUCUGACACACGUAUUUAUAUUUGGAAAGAGACCAGCACCGAGCUCGGCACCUCCCCGGCCUCUCUCUUCCCAGCUGCAGAUGCCACACCUGCUCCUUCUUGCUUUCCCCGGGGGAGGAAGGGGGUUGUGGUCGGGGAGCUGGGGUACAGGUUUGGGGAGGGGGAAGAGAAAUUUUUAUUUUUGAACCCCUGUGUCCCUUUUGCAUAAGAUUAAAGGAAGGAAAAGUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-524.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -543.78
Frequency: 0.0000
Diversity: 274.44
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((..((((((......(((.(((((..((((((.(((((((((((......))))))))))).)))))).(((((...((((((((((((((.......)))))....(((((......))))))))))......((((.((((...(((((((....)))))))....))))))))..))))....)))))......)))))..))).......))))))...)))).)))((.((((((((.((((((........((((((.((........)).)))..))).......)))))).((((((((((((.(((.(((.........))).)))..............((((((..((((....((((.((((......((((..((....(((((.(((..............))).).))))....))..)))).......))))..)))).)))).)))))))))..)))))))))..(((((..((......))..))))).(((((((((.(.((((((((((.((..((((........))))....((((.(((((((.(((((((.((..((((.(((.(((((.(((.....)))))..((((((...(((.(..(((((.((.....)).)))))..).)))..))))))..))))))))))..)).))....)))))))).)))).))))...((((.(((.(..(((.(((((((((((((...(((((.((((((((((((..((((((((((.(..(((.....(.((((......((((((..........)))).))....)))).).....)))..).))))))))))..)))))......(((......))).......))))))).)))))...)))))))))).((((((.(.(((.(((((.((......)).)).))).))).).)))))).........))).)))..).)))))))..)).))))))).))).).)))))))))....(((((((((((((....((.......((((((.(((.(((.((((((((((((....((((((((.....................))))))))...))))))))........)))).))).)))))))))...(((((((.(....(((((((((.(((((((((..........))))))).)).))).))))))...).)))))))))....)))))))))))))....((((((....))))))...)))))))).))(((((.(...............).)))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((({(((..((((((......(((.(((((..((((((.(((((((((((......))))))))))).)))))}.(((((...((((((((((((((.......))))}....(((((......))))))))))......((((.((((...(((((((....)))))))....))))))))..))))....)))))......)))))..))).......))))))..,)}},.)))((.((((((((.((((((........((((((.({........}).)})..))).......)))))).(((((((((({{.(((.(((.........))).)))............,{((((((..((((....((((.((((......((((..((....(((({.(((..............))).).))))....))..)))).......))))..)))).)))).))))))))}.,))))))))}..{((((..({......))..))))}.(((((((((.(.((((((((((.((..((((........))))....((((.(((((((.(((((((.((..((((.(((.(((({.(({.....})))}..((((((...(((.(..(((((.((.....)).)))))..).)))..)))))).}))))))))))..)).))....)))))))).)))).)))),..({{{.{||,|..{{{.({(((((((((((.,.(((((.((((((({(({(,.((((((((((.(..(((...,.(.((((..,.,.{{((((..........)))).))....)))).}.,...)))..).)))))))))){,|||||.,,...,{|.,}}}}))}..}.,,.))))))).)))))...))))))))))}{(((((,(,{((.{(({({(,.....})).)).}}),})),).}))))).,...,,..})),}))..}.}))))))..)).)))))))}})).).)))))))))..,.(((((((((((((.,{{,.......,|(((((.(((.(((.((((((((((((....((((((((....,{,....,,..,.,...))))))))...))))))))........)))).))).)))))))}}..{(((((((.(....(((((((((.(((((((((.{,,.....,)))))))))),))),})))))...).))))))))....,))))))))))))),..,((({{{....})))))...)))))))),)|(((((..........,.,}),,},.........
Back