Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001314048.2
Sequence Length
2559 nt
GC Content
0.3435
ACAGAGCUGCAGCUCUUCAGGGAAGAAAUCAAAACAAGAUCACAAGAAUACUGAAAAAUGAAGCCUAAAAUGAAGUAUUCAACCAACAAAAUUUCCACAGCAAAGUGGAAGAACACAGCAAGCAAAGCCUUGUGUUUCAAGCUGGGAAAAUCCCAACAGAAGGCCAAAGAAGUUUGCCCCAUGUACUUUAUGAAGCUCCGCUCUGGCCUUAUGAUAAAAAAGGAGGCCUGUUACUUUAGGAGAGAAACCACCAAAAGGCCUUCACUGAAAACAGGAAUUUCACCUAUUACAGAGUAUCUUGCUUCUCUAAGCACAUACAAUGAUCAAUCCAUUACUUUUGCUUUGGAGGAUGAAAGUUAUGAGAUAUAUGUUGAAGACUUGAAAAAAGAUGAAAAGAAAGAUAAGGUGUUACUGAGUUACUAUGAGUCUCAACACCCCUCAAAUGAAUCAGGUGACGGUGUUGAUGGUAAGAUGUUAAUGGUAACCCUGAGUCCUACAAAAGACUUCUGGUUGCAUGCCAACAACAAGGAACACUCUGUGGAGCUCCAUAAGUGUGAAAAACCACUGCCAGACCAGGCCUUCUUUGUCCUUCAUAAUAUGCACUCCAACUGUGUUUCAUUUGAAUGCAAGACUGAUCCUGGAGUGUUUAUAGGUGUAAAGGAUAAUCAUCUUGCUCUGAUUAAAGUAGACUCUUCUGAGAAUUUGUGUACUGAAAAUAUCUUGUUUAAGCUCUCUGAAACUUAGUUGAUGGAAACCUGUGAGUCUUGGGUUGAGUACCCAAAUGCUACCACUGGAGAAGGAAUGAGAGAUAAAGAAAGAGACAGGUGACAUCUAAGGGAAAUGAAGAGUGCUUAGCAUGUGUGGAAUGUUUUCCAUAUUAUGUAUAAAAAUAUUUUUUCUAAUCCUCCAGUUAUUCUUUUAUUUCCCUCUGUAUAACUGCAUCUUCAAUACAAGUAUCAGUAUAUUAAAUAGGGUAUUGGUAAAGAAACGGUCAACAUUCUAAAGAGAUACAGUCUGACCUUUACUUUUCUCUAGUUUCAGUCCAGAAAGAACUUCAUAUUUAGAGCUAAGGCCACUGAGGAAAGAGCCAUAGCUUAAGUCUCUAUGUAGACAGGGAUCCAUUUUAAAGAGCUACUUAGAGAAAUAAUUUUCCACAGUUCCAAACGAUAGGCUCAAACACUAGAGCUGCUAGUAAAAAGAAGACCAGAUGCUUCACAGAAUUAUCAUUUUUUCAACUGGAAUAAAACACCAGGUUUGUUUGUAGAUGUCUUAGGCAACACUCAGAGCAGAUCUCCCUUACUGUCAGGGGAUAUGGAACUUCAAAGGCCCACAUGGCAAGCCAGGUAACAUAAAUGUGUGAAAAAGUAAAGAUAACUAAAAAAUUUAGAAAAAUAAAUCCAGUAUUUGUAAAGUGAAUAACUUCAUUUCUAAUUGUUUAAUUUUUAAAAUUCUGAUUUUUAUAUAUUGAGUUUAAGCAAGGCAUUCUUACACGAGGAAGUGAAGUAAAUUUUAGUUCAGACAUAAAAUUUCACUUAUUAGGAAUAUGUAACAUGCUAAAACUUUUUUUUUUUUAAAGAGUACUGAGUCACAACAUGUUUUAGAGCAUCCAAGUACCAUAUAAUCCAACUAUCAUGGUAAGGCCAGAAAUCUUCUAACCUACCAGAGCCUAGAUGAGACACCGAAUUAACAUUAAAAUUUCAGUAACUGACUGUCCCUCAUGUCCAUGGCCUACCAUCCCUUCUGACCCUGGCUUCCAGGGACCUAUGUCUUUUAAUACUCACUGUCACAUUGGGCAAAGUUGCUUCUAAUCCUUAUUUCCCAUGUGCACAAGUCUUUUUGUAUUCCAGCUUCCUGAUAACACUGCUUACUGUGGAAUAUUCAUUUGACAUCUGUCUCUUUUCAUUUCUUUUAACUACCAUGCCCUUGAUAUAUCUUUUGCACCUGCUGAACUUCAUUUCUGUAUCACCUGACCUCUGGAUGCCAAAACGUUUAUUCUGCUUUGUCUGUUGUAGAAUUUUAGAUAAAGCUAUUAAUGGCAAUAUUUUUUUGCUAAACGUUUUUGUUUUUUACUGUCACUAGGGCAAUAAAAUUUAUACUCAACCAUAUAAUAACAUUUUUUAACUACUAAAGGAGUAGUUUUUAUUUUAAAGUCUUAGCAAUUUCUAUUACAACUUUUCUUAGACUUAACACUUAUGAUAAAUGACUAACAUAGUAACAGAAUCUUUAUGAAAUAUGACCUUUUCUGAAAAUACAUACUUUUACAUUUCUACUUUAUUGAGACCUAUUAGAUGUAAGUGCUAGUAGAAUAUAAGAUAAAAGAGGCUGAGAAUUACCAUACAAGGGUAUUACAACUGUAAAACAAUUUAUCUUUGUUUCAUUGUUCUGUCAAUAAUUGUUACCAAAGAGAUAAAAAUAAAAGCAGAAUGUAUAUCAUCCCAUCUGAAAAACACUAAUUAUUGACAUGUGCAUCUGUACAAUAAACUUAAAAUGAUUAUUAAAUAAUCAAAUAUAUCUACUACAUUGUUUAUAUUAUUGAAUAAAGUAUAUUUUCCAAAUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-571.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -622.93
Frequency: 0.0000
Diversity: 604.39
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((....)))))....((((((........((((((.((..(((((((.....................)))))))............((((((......))))))((((((((...((...)).)))))))).....(((((...))))).((.(((((((.((......((..((((.....))))..))....)).))))))).))........(((((((((((.((((...)))).))).......)))))))).(((.....(((.......)))....))).)))))))).(((((((((((.....((((.......)))).....))).))))))))...........((((((((((((((((..((((((.((((((...(((((((((((((((((((((((((((......((((((((..(((..((...))..))).))))))))))))))(((((((((.((((((..(((((........)))))..))))))...((........)).(((((.(((((....))))))))))...........(((......))).....(((((((((((.(((.((((((((...((.((.(((....))).)).))......)))))))).)))..)))..))))))))((((((.((((((...........(((....)))..((((((((..(((....(((((((((((((((((((....(((((((((((..(((((.(((.((((((.....))))))..)))....(((((...(((((.(((((.((((.((((..(((...(((....((((((((((((((((((..((((((((((((....))))))).)))))...((((....))))..........)).))))).))))))))))).)))....)))..)))).........(((((((((..........))))))))).......(((((((..(((....)))....)).)))))....))))))))).)))))..)))))..(((((((........((((((.(((..((......)).))).)))))))))).)))......)))))..))))))......))))).)))))((((....))))....((((((.((....(((((........)))))....)).....(((((...((((.(((...))).))))...)))))...)))))).........(((((((((..((.((((...))))...))..)))))))))((((((......))))))((((..((((.....(((.....))).....))))..))))(((((((((((((((.......))).....(((((......))))).(((.((((..(((((((((((.(........).)))))).)))))..)))).))).))))))))))))))))))))))))))..))).)))))))).(((((((((....((((((....)).)))))))))))))....(((((((((.....(((...(((((((.......)))))))....)))....)))))))))............(((((((((.......))).))))))(((..((((...))))..)))..))))))..))))))........))))))))).....))))))))).(((((.....)).))).((((....)))).........((((((...)))))))))).)))))))).........((((((((.(((.(((.................))))))))))).))).(((.....((((((((........................))))))))......))).)).)))).))))))..)).))))))...((.((((((....((((((......((((((.(((....((((((......((((....(((.((.(((((((((.....((((((((((...........)))))))))).......(((((.......)))))))))))))).)).)))....))))(((((((..(((((((((((........)))))...........(((((((.....)))))))...))))))..))))))).....((((.............))))........(((((.((......)).)))))..))))))..(((..((((........))))..))).(((((.((..((..((((.........))))..))..))))))))))..)))))).....)))))).))).)))))(((((......(((((((((((((....)))).......)))))))))......)))))(((((((((((.........((((..........(((...)))..........)))).........))))))))))).(((((....)))))............(((((((...))))))).))))))))..(((.(((((((......))))))).)))..)))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((....)))))..,,(((((,..,,....,,,{{{.,,.,((({{{(,,,,,..{,......,,{{,,|||||||............((((((......))))))|,,(((((.,{(({..,,..}||||||{,,{,(((((...,}}}}.((.{((((((.((..{,..((..((((.....))))..))....)),))))))}.))........(((((((((({.{(({.,.,}}}.}}).......)))))))).{((.,,.,||{.......}}}.,,.||}.|{||||||{(((((((((((.....((((.......)))).....)))}}})))))}.,.,|||...}||||||,||{{(((((((((,,,,.{({{{{...(((((((((((((((((((({((((((......((((((((..(((..((...))..))).)))))))))))))}(((((((((.((((((..(((((........)))))..))))))...((........)).(((((.(((((....))))))))))...........(((......))).....(((((((((((.(((.((((((((...((,((,({{..,.))),)),)}......)))))))).)))..)))..))))))))((((((.((((((.......,.,.(((....}}}..{(((((((..(({..,.((((((((((((((,{{{{...,{{{{{((((((..(((((,(((.((((((.....))))))..))}....(((((...(((((.(((((.{{{(,((((..(((.,.,{{.,..((((((((((((((((((..((((((((((((....)))))))},))))..,{{{,....}}},..........)),})))))))))))))))).})}....)))..)))},........(((({((((.......,..))))))))).,|,,,.((((({{..(({....)))....)).))))),}}.)))}))))).)))))..)))))...,..,,......,,.((((((.(((..((......)).))).))))))}}}|{||||.|,||}))))..))))}).....,}}}}},,))))|{{,....}}}},,,|||||||.{(....(((((........)))))....)).....((((,...{{{{,|||...}}}.}}}}..,}}})}..||||.........}}||((((((((..((.((({...})}},,,))..))))))))}{(((((......)))))}{(((..((({....,(((,....))}..,,,})))..)))}((((((((((({,,,...,,...||{{,..,|||||,....||||,.{{{.{{{{..{((((((({{{.|,.,,,,..}.}})))),,)))),.}}}}.))}.)))))))))))))))))))))))))).,))).)))))))}.(((((({{,..,{(((({{....}}.)))))))))))))....(((((((((....,(((...(((((((.......)))))))....)))....))))))))}..,,..,.....(((((((((.......))).))))))(((..((({...,)))..)))..))))))..))))))........))))))))).....})))))))).(((((.....)).))).((((....)))).........((((((...)))))))))).)))))))).........((,((((,{(((.(((,................))})))))))),)))}|||}},..{{{|||||||,...,},.,,}}}}))},.}}}))))))))}}}}},|||..,.}))}.)))))),})}}},,,.,....,(((((((({({{,...,,.((..,,|},{{{......,,,,|||||,..,{{{....|||.|{.(((((((({.....((((((((((...........))))))))))......,(((((.......)))))))))))))).)}.}}}...,)))}..))))))..,....,{{{,........,},},...........{((((((.....))))))}..,,,,,,,{{{(((,({.{,..,,,.........,},}}.}}}}}}.....,{{{{.{,....,,||.}})))}..{{{{{...{{{{{...,,}}}...,))))),...,{{{{.{{..((..((({,.,,.....}}}}..}}..}}}}}}}||||.|||||||,,,|}}||},||,|||||,||||,...,,..,|||})||}|{{{....}}}|,{|,,....}}})}))))},}}}})}|(((((((((((,........((({..........(({...}))..........}))).........})))))))))),(((((....)))))............(((((((...)))))))..}}}}}}},,|||.|((((((......))))))),)))..}})))).......
Back