Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001314057.2
Sequence Length
4785 nt
GC Content
0.3680
AGUCUUUUCACUGCAGCUGAAUGAGUUGUGGCGCCCACAAUGCUCCCAUGACAAGGAGCUGACAAGUUCCAUUUUCCGUCGCGGGCAUCUUGGAAUCAUGACUCCCACAAUGCCUUGGGCACUUGGUCGACAGUGGGGCCGCCUCUGAAAAAAAAAUGUGAGAGCAGUCACUCAGGAAAUGUUGUUUAAGGGGAACCUUCUGGAUCCUUUUCAUGGCACCAUGGCAAGAAGAAGCUGUAUCUUAUCUAUGGAAGAUAAAGCAUGGAGUUGGCUAAUGGAUGCUGAUAGGACCAUCUAGUUGCAGGAAAACAAGCUCAGGGCUCCCACUGAUUCUACAUUAUGGGCCGUUGCUCCAGGGAGAACUGCAAAUAUCUUCAUCCACCCCCACAUUUAAAAACGCAGUUGGAGAUAAAUGGACGCAAUAACUUGAUUCAGCAGAAGAACAUGGCCAUGUUGGCCCAGCAAAUGCAACUAGCCAAUGCCAUGAUGCCUGGUGCCCCAUUACAACCCGUGCCAAUGUUUUCAGUUGCACCAAGCUUAGCCACCAAUGCAUCAGCAGCCGCCUUUAAUCCCUAUCUGGGACCUGUUUCUCCAAGCCUGGUCCCGGCAGAGAUCUUGCCGACUGCACCAAUGUUGGUUACAGGGAAUCCGGGUGUCCCUGUACCUGCAGCUGCUGCAGCUGCUGCACAGAAAUUAAUGCGAACAGACAGACUUGAGGUAUGUCGAGAGUACCAACGUGGCAAUUGCAACCGAGGAGAAAAUGAUUGUCGGUUUGCUCAUCCUGCUGACAGCACAAUGAUUGACACCAAUGACAACACAGUCACUGUGUGUAUGGAUUACAUCAAAGGGAGAUGCUCUCGGGAAAAGUGCAAAUACUUUCAUCCCCCUGCACAUUUGCAAGCCAAGAUCAAGGCUGCCCAAUACCAGGUCAACCAGGCUGCAGCUGCACAGGCUGCAGCCACCGCAGCUGCCAUGACUCAGUCGGCUGUCAAAUCACUGAAGCGACCCCUCGAGGCAACCUUUGACCUGGGAAUUCCUCAAGCUGUACUUCCCCCAUUACCAAAGAGGCCUGCUCUUGAAAAAACCAACGGUGCCACCGCAGUCUUUAACACUGGUAUUUUCCAAUACCAACAGGCUCUAGCCAACAUGCAGUUACAACAGCAUACAGCAUUUCUCCCACCAGGCUCAAUAUUGUGCAUGACACCCGCUACAAGUGUUGUUCCCAUGGUGCACGGUGCUACGCCAGCCACUGUGUCCGCAGCAACAACAUCUGCCACAAGUGUUCCCUUCGCUGCAACAGCCACAGCCAACCAGAUACCCAUAAUAUCUGCCGAACAUCUGACUAGCCACAAGUAUGUUACCCAGAUGUAGAAUUUUCAUCACUAAACAAUCAUGCUAAAGAGGAAAGGACAGUGUGCUUGGUUAGAGUAAAGGACGAGGUCAUUAGCCAUAUUGUAUAUAUCGUCAAGCAACACACACAAAAGUUCCUCAGCCACAAGACAUCCACAUAUUGCAUGUUAACCAGAAGAAAAGACAACAUUUUCCGGAAAUCCACUGCACACUGUUGCCUAUACACUUUGUACAUUUAAUUGAUAUUUGUGCUGAGGUGAUAUUCCUGUCUAAAAGAACAACAUUGUCUUUCUUUUCUAGCACAGAGUUAUGCAUUCAAAGAUGCAUACCUAGUUAGUUUCCUAUAUAUUCAUGCCAUCUUGAAAAGACAGACUAUGGUGUAACCAUGAUUCUAUUAUGUAUUGGUACGUCUGUAGACCAAGAUAUAAUUUUUUAAAAAUAAGUUUAUUUCUUUCAAGGUUUACAAAUAACAAAGGUGCACCUUGUAUUUAAAAUUGCCAUUAUAGAUGAGAGCGUGCAUGCACAGUCAUUUUUGUUUAAGAGUAAUAUUUUUAAUGUAAUAGAUUGUAAGACGUGGUGAGGGAGGGAUCUGACAGAGAUGAAUGUGCCAAGCAAAACCACAACUGUGUAUAUUUUAAAGCACAUCAUGGCUUUAAGUACCAUGUUGUUAAGGAUUCUCAUGAAGUGCCAUAGACUGUACAUCAAAUUAGAGUAUUAUUUCUUCAGUGUUAUUGUUUUCAGAGCCACAUUUUGUUGCAUAUUUGCUAGUACUAAUCAGUCAAAGGGCACCAUUCUUUUUUUUUUUUUUUGAAACCAAAGCUGUCUCAGAAAUGGCCAAUUUAACUUUACAGUAACAAUAGACAGCACAACACAAACUCUCUCAAUACAGAUAAACUCACACAUACUGGAGAUAUAUAUAUAAUAGAUAUAUAUAAAAUUAUUUUAAUGCAUUGUAGUGUAAUAUUUAUGCAUACUAUACUGUAUAACAUGUUAUUCAAAAGGGAUUGCCAUUUCUGAGACACAGUAACAAAAAAAUGAGGAAAUUAUUUUGCUUCUAUUUAUAGCCUCUGUCAAAAGUCAAAAGACUAUAAAUGCUUUGCAAAAAUGGUUUCACGUUUGCUUAAAUGCUUCAUCACAGUCACAUUCAAAAUAGUGACUCUAAACAAAGAAGAAAGCAGCACUGUCAUCAGAUGCAUGAUAAACCAAAAUAUGAAAAUGGGAAAUGUUUAAUUAACCUAGUAAUUGGGUGGGUUAAGUACAUGGGUGAAUUUUAUAUGUGAUUUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUCAGAUUAACUGCUUAUAGCCUUAGAAAGCCUUUUACAAAAUUAAAAAAAAAAUAGAUGUGCAUUCAGUUUUUAAGAAUGGAAUCAUCCAAAGGAAUUCCUUUUUUUGAGGUUUGGAUGUUGCAGCUAGUAAAGGAUAUUUUUGCUCUGUUCAGCAGUUCUAAAAAUUGCUGAAGUAGGGGCCAGGUCACUGGUAGUUAUAGUAUGGAAUGGGAGAAGUGAAAGUUCAGUUAUAGAACUUUCCAUACUUCCAAGUUUACUGCAAGUUUUUAUGCUUGAGAGAGAUGCUUUCUAAUAUAAGACUGAUGUGUUGAUUUUACUGAUUGUACUGUACAUCUAUUAAAGCCUUAGAUUAUUACAUUACGGGUUGGAACCCAUACCAAUGUAAUUUCAAUCGUGUUAAGAAAGUAAUGGUGACUUCACAUGUUAUUGUAGUUAGUUACAUUAUAGAAUAUUACUUAUUUUUCUUGUUAAAAUGUAGUUUUUCAUUUCCUACAUUUAUUAGAUUUUCAUUUUCUAUUAACAAUUGAAUACCAUUUCAGUUUAUAGACUUGUUUUAUUAGAUUUUACCAAUGAAUUUUUCAAAAUACAAAAAAAAGUAGUUUUUCCUUCAUAACAUACUCAGUUUUGAAUUACAUGUAGUGUCACAUGAAUAUUCGUAUUGUUAACUAAAUGAUUUAUAUUUUACUGAUUUAAUAUUACAGUGUAAGAAUGUCAGUCAUUGUUAGUUCUUGUCUAGUUUUCAUUAAAAGAACAAAGAUCUUUUAUAUGGAUAUCUUAUAAAUAUAUAAUCAUUGCUAAGUAAGAAGUUAAGUUGUUGCUAUCGCAACAAUCCUGGCAGACAAUUGAGUAAUAUUUUGAUGAUUUAUUUUGUUUGUAAUUAGUUAUUAUAAGAAGAUCUAGAUCCUAGAUAUUAGAAUAAAAUUUAUUUUCUACUGUAUCCAUUUCAAAUGUUAAAAUAUUGUUUAAUAUUUUUGAAAUCCCUGAGUAUCAGGCCUUGUUAUAAAUAAGCUGCAUAAUCAAUAAAUAGAACAAGGGACUUUUUGUUGAUAAUCCAAAUACUCAAAGUUUACGUAAUGAAAAUUAUAGCGUGUGUGCAAACUCUUGAGGGUUGAUUAUGCUGCAAUUUAGCAUGUUGGAACGUCUAGGGAGAAGGUUGACUUUUUGCACUUCUGUAUAUAGUCAAAAGAGAGAAACCUGUAUAAUAGUAAGAUCUUAUUUUGAAUAAAAACGUCUAUAAUUACAAGGAGUUUUGUUAAGGCUAAUACAAUGACAGACUGAGCAAAAUUGCUUGCAAAAGUGGCACAGAGUUAGCACUCCAUACCCCUUCAAACAUGUUGCUUUGCUUUCUUGUGGACAGCUUGUAGUUUGCCAGGAUUUUUUCAGCUGGAAAGAUACGCCAUCCUUUCAAACCCUCAUGACUGACAAAAACUCCAUGGGGCCAAAUCUGCCUGAAGAUCAUUACCAAAAAUAGCAGGUACUUCUACCAUUAAGGUGAAAUCAUGGAUCAGAUAUUCCUUACAUUUUUCAAAACUACUGCAUGUUUAAAACUUCAACAAAAAAAGAGAGAAAGAACUAUACUAAGAACAUAUAUUAUUCAGAUCAGUUUCUGCCAAUUUCAGUGGUUUAUUGUUCACAAAAAAAUCUUCAAAACAAGUAUUGACUUUCACAAAAUUUAAAUCAUAAACAGGCAAACCAAACAGCACACUGUAGCUAUAGUUGUUAUGUGAUUGUUUUUUAAUUGCUGUAGGAUCCUGUUCUUUCAGCAGGUGAAAAAUAAAACGCAGUUCAAAUUUCAUGGUUUUAAUUUUCAACUCAGAAGCACUCAAAAAUGCAAAAUGUGAUAAUGGGCACUUGUUUAAAAGAAUUAGUGUAUCCAGCCUUCACUCCAGCUGGUUAAAAAUGUUGCACUUAUCAGCAACCCUACCACUUUCAUCUGCUGAAAGGACAAAUGUGCUUGGUUUUACUAUUAUGUAAUCACAACUUACUUUCUGCUUGUAGUUGCUUAAAAUUAUGUAUUUUGUCUUGGGCUGCAAUUUGUUUUAUGCUUAUUUUAUUAUUACUGCAGUAGUUGACUUUGCUGUAUGGAAAAAUAAAGUGAAAUUGCCCUAAUAAAACUUCUCUUUCUUAAGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1214.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1311.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 1054.99
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((.((..((((((.((.(((((((((((((....(((((........)))))((((..............)))).((((((..(((...........)))..)))))))))))....((.(.((((((((((.(((((..............))).)).))).....(((((((((((..(((((((.((....)).)))))))...(((((((.((((.......(((.((((((........)))))).)))((((.((((((((.(((..(((((((((.((((....((((..(((..((((..(((..(((((...............(((((....)).))))))))..)))((..((((((((..........................))))))))..))..........)))).))).))))......)))))).))))))))))((....))...)))))))).))))..)))))))))))............((((...((....))...))))...(((.((((.....(((....)))....................((((((.((((....))))..))))))(((((.....)))))((((((..((.(((((((((((((((..(...)..)))))))...((((((.((....)).)))))).......(((((.(...((((((.(((((((..(((((.(........).)))))...((((((((.((........)).)))).))))((((..((((...))))..))))...((((((.((((......)))).)).))))(((.....)))....(((((...)))))((((((((((....))))))..))))..((((....))))((((........))))........(((((((((...((((((((((.....))))))))))........((((.(((....((((.((.(((......)))))))))...))).))))....))))))))).....))))))))))).))...).)))))...(((((.....))))).....)))))))).)).....))))))........(((((((....)))))))...))))..)))....((((.((....)).)))))))))))))))..(((((((..(((((((((((.........)).)).)))))))..))..)))))...((((...))))..)))))))).))(((((((.((((.((......))))))...)).)))))....))))))))....((((((.......))))))....(((((((..((((.........))))..)))))))..................)).))).)))..))..)))))))).((((((((((...((.......(((((((.....)))...)))).....)).)))))).))))......(((((...(((((.(((((((.......(((((((.(((((.(((((((.....((((((((((((((((..((((((......))).(((.(((((((((((..((.....))..))))).)))))))))...(((((((((((((..((...))..))))))..))).))))((.((((((((....)))))))).)))))..)))))).......((((((.((((.((...((((...((((((...)))))).((((....((((.(((((....((((((((((((.((((.(((........))).)))).))))....))))))))....((((.((....)))))).........))))).))))....)))).((((.(((....((.((((((((((.((((..((((((.(((((............((((((((((((.(......(((((((((((((((.(..(((((((((((((((((.((((...(((((((........))))))))))))).)))))...)).(((....)))(((((...(((((.............(((((((........(((...(((....)))...)))........(((....))))))))))...)))))....))))).....(((((((.((((((((..((....(.(((((((((((((((.(((((..((((..(((((((......................(((......)))....(((.((.....))))).(((((((((.....)))))))))...........(((((.((((((((...........)))))))).)))))....)))))))..))))))))))))))))))))))))).))..)))))))).)))))))...))))))))))))))))...))))))))..((((....))))...........(((((..((....))..))))).....).))))))))).)))))))).))))))...)))))))))))))).))..))))))))))).))))))))))))...................))))))))))...((((((((.(.....).)))))))).((((((...........))))))......((..((((((((..(((...((((((((((..(((((....(((.(((..((((..............(((((((((((((((((.(((((((((.(((((..(((...))))))))..))))))))).))))))..(((((.((((((((..........(((((((((((((((.....)))))))))).)))))(((((....))))).....(((((.....((((((....((((((((.......))))))))....))))))....)))))(((((......)))))((((((...))))))....(((.((....)).))).)))))))).)))))..))))))))))).....((((((((((((((((..((..(((...)))..))))))))))...))))....))))...)))).)))...)))....))))).)))))))))))))..))))))))..))...))))))).))))).)))))))................(((.((((.........)))).))).(((((((......))))))).....(((((((((...(((((((.....((((...))))..............(((((((((((((............((((((((...((((((((((.....((((.....(((.((((((.....(((........))).....)))))).)))((((((((..((((((((((((...((((((.(((((((((((((((((((.......))))))).)))))..((((((....................))))))........((((((....))))))((((((((((((.((((((......))))))((((((..((.((((((((.....))))))))..))..))))))...((((((((((...........)))))..))))).(((((((((((((((......))))))))..))))))).(((((...)))))...........((((((((((((((((((......(((((((....))))))).............((((((((((((((.((((...)))).)))))......)))).))))).))))))))))).((((..(((((((((.(((.(..((.((((...(((((((((.(((((((.((..(((((((((((((((.....((((...)))).....)))).))))))..........)))))....((((.(((((((((.((.................)).))))))))).)))))).)))).))).))))))))).)))).))..).))).)))))))))..)))).(((....))).))))))).))))))))))))......))))))))))).))..))...............)))))))))).....((((((((((.......))))((((.....((((..........))))))))((((.....))))....))))))..........)))))))).))))....))))))))))))))))))............))).).))))))))).....(((((((.((((((.((((..((....))..)))).)))))).)).))))).....)))))))..)))))))))..........(((.(((((.((.((...((((((((((((...((((((......(((((((.((((.............)))).))))))).....((((((((((((((((((((..((((((.((............))))))))(((((.(((.(((..(((........))).....((((...((((((((.((((....)))).)))))..)))....)))).....)))))).)))))(((((........)))))........))))))))))))))))))))..)))))))))))((((......))))...............)))))))...)).)).))))).)))....)))))))))))).)))))(((((((((((((((((((.(..(((((((((......)))))))).)..).))))))))))....))....)))))))................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.........((((((((.((((((((((((((.(((((...(((((........)))))(((((((({{{,......{{,..((((((..(((,........,,)))..))))))}})),))))}}))}...)))))))}((((.(((...,,...((((((((((((.....((((((((..{{{,(((((((.((....)).)))))},...(((((((.((((.......(((.((((((........)))))).)))((((.((((((((.(({{(((({.,,{{,,|,||||{((((,,{....{,{{|,,{{|,{{{{,.{(({.,,....,,,(({(({{{{||{|{|,,,,,.,|||{...,,,,,,{,.....................}}}}}))))),}},,})}.}.}}.,...,,),.))}),,}..,..,,,((({,.|,}))))}}||...}})}..)))))))).))))}.})))))))))),{{{{{{.....((({.,.({....)},},))))...{{,.,||,,,,..{||,,,,|}},..},...............((((((.((({....})))..))))))(((({.....}))))((((((,,{...((((((((((((((..,...}..)))))))}..{(((((,({..,,)),))})}}.......(((((.(,..{{((((.(((((((.,..(((((((({{(....||}.....((((((((.((........)).))))))}))((((..((((...))))..))))...{(((((.((((......)))).)),)))),{{.....}}}}...,}|.|.)))))))((((((((((....))))))..))))..((({....})))((((........))))........(((((((((...((((((((((.....))))))))))......,.((((.(((....((({,((.(((......)))))))))...))).))))....))))))))))}...))))))))))).}),,...))))).,.(((((.....))))),....,)))))))})}.....)))))){((((((((((((((....)))))))..{((({.{{|......((((({,(((((((,,,..((((((((((.(((((((..(((((((((((.........)).))}}})))))..})..))))|(((((((((.....)),})))))),..((((.,......,)))){{.((((({{({{{..(((((((((.(((.((((...((((((.......))))))....(((((((..,,{,,,,,.{,,.}|||,,||||||}.,.....,}|||............{((((.(((((((((((((((((({(({{{{,((,,....((((({({.....}}}.,.,}},.....))})),,}}.............||,{{{{{{||{{{{(((((.((.....}).))))}..,,.{,,((,,{.....,.})))).||....,,..,|||,,.}}}}},.,.,,{{,,,||||{{..,,...,.,,.})))))})))),}}}.....|||||,,.,},.},}}}})))))))))))).)))))..,{(.((((((((....)))))))).)).,,..{{(((((((,{{{(((((,,((({,((...((((,..((((((...)))))}.{(((..,.((((.(((((....((((((((((((.((((.(((........))).)))).))))....)))))))).,,.,{,{{((....))))))}}},.....))))).)))).}..)))}.{(((.(((....((.(((((((((,{((((..((((((.(((((............((((((((((((.(....,.(((((((((((((((.{..((((((({{{(((((((.((((...(((((((.{....,}))))))))))))).)))))...)}.{{(....|},(((((...(((((,,,........,,(({{{{{.,,,,...((({,.{((....}}},},})).....,..(((....)))}}}}}}}...)))))....)))))..,,|{({{(((,(({{((((..,,,,,.{.(((((((((((((({,(((({..((((..(((((((....,.,,............{,({{,.....,|,....,{{.,,.....))))),(((((((((.....)))))))))...........(((((.{(((((({..,....,},,))}))))}.)))))....)))))))..))))}))))))))))))))))))),.)}..}))))))).)))))),...})))))))})))))))...))))))))..((((....)))).......,...(({{{.{((....,,}}))))).....,.))))))))).)))))))).))))))...)))))))))))))).))..))))))))))).)))))))))))).........,}}),...)))))))}|{{,|,,(({(((((.{...,,),))))))))..}},)})))}},...}}|,|}|},{{(((,(((({(((((({{{{{..,,.,,,,..(({...}}}.,,},.,}},.....))))))}.)))}.,)))}))})})},|||{{.....,,,{|||,|{{{{,,||{,,,||},}})),})}}}))}))))))).))))))))).,}....)))))))).))(((((((((((((((.....)))))))))).)))))(((((....))))).....{((((.....((((((.,,.((((((((.......))))))))..,.))))))....)))))(((((......))))).)))))))))).,,{,,,.,,|,||.,.}))))))......))).))))))))))......,}}.))))}..(({{((((((((..((..(((...)))..))))))))))...}}}}))))))))...|||||||(((((.,(((......))),},,)}}}}||,,,,{{{{{{.....}}})))}}}}},..{(((((((...........)))))))}..||||,...,,,,,)))}.,,..(((((((......))))))).....(((((((((...(((((((.....{({,...,}}}..............(((((((((((((............((((((((...((((((((((,....{(({.....(((.((((({...,.{{{.....,,,)}}.,.,.}))))).))){(((((((,,((((((((((,{,,,((((((,,{((((,{(((((((((((.......))))))).))))}..,,((((,....,}},,.....||,..)))))),.,...,{((((((....))))))||((((((((((.,,{(({{,,,,,||||||(((({(,{{{.{(((((((.....)))))))},|}},,|||}}},,,|||{{(((((.,.........)))))..}}}}}.(((((((((((((((......)))))))},.,)))))}.(((((...))))).,,|.|,...,{{(((({(((((((((((......{(((({{....,)))))),............((((((((((((((.((({...)))).))))}.....,)))).))))).))))))))))).((((..(((((((({.(((.{..,,.((((...(((((((((.(((((((.(({.,,{{,(((((({(((.....((((...)))).....)))).))))))..........}},,.....{(((.(((((((((.{(.,,...........}}.)).})))))))).))))}).)))),})).))))))))).)))).,,..,.))).}))))))))..)))).,{{....)}},))))))).))))))))))}},......,,}}|||}||,.....,...,,,,........)))))))))).....((((((((((.......))))((((.....((((..........)))))))){(((.....))))....)))))).......,,.)))))))}.,}}}....})))))))))))))))))............))).))))))))))).....((((({{.((((((,((({..{{.,,,)}..}}}}.)))))).}},})))).....)))))))..))))))))))))).))))))))...}}}...))).....)))),(((((...((((((......(((((((.((((...,,........)))).))))))).....((((((((((((((((((((..((((((.((............)))))))).,,{({......}},(((........))).....((((...((((((((.((((....)))).)))))..)))....))))....,,||||.......(((((........)))))...}}},.))))))))))))))))))))..)))))))))))|(((......))),.,))))))))..))).))}}))))){((((((.,....,..{(((({..,(((,.((({{,.......,}}((((((((((.(..(((((((((......)))))))).)..).))))))))))}}}})))),}))))))..........))))))}
Back