Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001314063.2
Sequence Length
4505 nt
GC Content
0.5556
AGCCAAGCCGGAGAGGAGGCGAGCAGCAGGGCCUGGUGGCGAGAGCGCGGCUGUCACUGCGCCCGAGCAUCCCAGAGCUUUCCGAGCGGACGAGCCGGCCGUGCCGGGCAUCCCCAGCCUCGCUACCCUCGCAGCACACGUCGAGCCCCGCACAGGCGAGGGUCCGGAACUUAGCCCAAAGCACGUUUCCCCUGGCAGCGCAGGAAACGCCCGGCCGCGCGCCGGCGCACGCCCCCCUCUCCUCCUUUGUUCCGGGGGUCGGCGGCCGCUCUCCUGCCAGCGUCGGGAUCUCGGCCCCGGGAGGCGGGCCGUCGGGCGCAGCCGCGAAGAUGCCGUUGGAACUGACGCAGAGCCGAGUGCAGAAGAUCUGGGUGCCCGUGGACCACAGGCCCUCGUUGCCCAGAUCCUGUGGGCCAAAGCUGACCAACUCCCCCACCGUCAUCGUCAUGGUGGGCCUCCCCGCCCGGGGCAAGACCUACAUCUCCAAGAAGCUGACUCGCUACCUCAACUGGAUUGGCGUCCCCACAAAAGUGUUCAACGUCGGGGAGUAUCGCCGGGAGGCUGUGAAGCAGUACAGCUCCUACAACUUCUUCCGCCCCGACAAUGAGGAAGCCAUGAAAGUCCGGAAGCAAUGUGCCUUAGCUGCCUUGAGAGAUGUCAAAAGCUACCUGGCGAAAGAAGGGGGACAAAUUGCGGUUUUCGAUGCCACCAAUACUACUAGAGAGAGGAGACACAUGAUCCUUCAUUUUGCCAAAGAAAAUGACUUUAAGGCGUUUUUCAUCGAGUCGGUGUGCGACGACCCUACAGUUGUGGCCUCCAAUAUCAUGGAAGUUAAAAUCUCCAGCCCGGAUUACAAAGACUGCAACUCGGCAGAAGCCAUGGACGACUUCAUGAAGAGGAUCAGUUGCUAUGAAGCCAGCUACCAGCCCCUCGACCCCGACAAAUGCGACAGGGACUUGUCGCUGAUCAAGGUGAUUGACGUGGGCCGGAGGUUCCUGGUGAACCGGGUGCAGGACCACAUCCAGAGCCGCAUCGUGUACUACCUGAUGAACAUCCACGUGCAGCCGCGUACCAUCUACCUGUGCCGGCACGGCGAGAACGAGCACAACCUCCAGGGCCGCAUCGGGGGCGACUCAGGCCUGUCCAGCCGGGGCAAGAAGUUUGCCAGUGCUCUGAGCAAGUUCGUGGAGGAGCAGAACCUGAAGGACCUGCGCGUGUGGACCAGCCAGCUGAAGAGCACCAUCCAGACGGCCGAGGCGCUGCGGCUGCCCUACGAGCAGUGGAAGGCGCUCAAUGAGAUCGACGCGGGCGUCUGUGAGGAGCUGACCUACGAGGAGAUCAGGGACACCUACCCUGAGGAGUAUGCGCUGCGGGAGCAGGACAAGUACUAUUACCGCUACCCCACCGGGGAGUCCUACCAGGACCUGGUCCAGCGCUUGGAGCCAGUGAUCAUGGAGCUGGAGCGGCAGGAGAAUGUGCUGGUCAUCUGCCACCAGGCCGUCCUGCGCUGCCUGCUUGCCUACUUCCUGGAUAAGAGUGCAGAGGAGAUGCCCUACCUGAAAUGCCCUCUUCACACCGUCCUGAAACUGACGCCUGUCGCUUAUGGCUGCCGUGUGGAAUCCAUCUACCUGAACGUGGAGUCCGUCUGCACACACCGGGAGAGGUCAGAGGAUGCAAAGAAGGGACCUAACCCGCUCAUGAGACGCAAUAGUGUCACCCCGCUAGCCAGCCCCGAACCCACCAAAAAGCCUCGCAUCAACAGCUUUGAGGAGCAUGUGGCCUCCACCUCGGCCGCCCUGCCCAGCUGCCUGCCCCCGGAGGUGCCCACGCAGCUGCCUGGACAACCUUUGCUAGGGCAAGCCUGUCUAACAUGAAAGGCUCCCGGAGCAGCGCUGACUCCUCCAGGAAACACUGAGGCAGACGUGUCGGUUCCAUUCCAUUUCCAUUUCUGCAGCUUAGCUUGUGUCCUGCCCUCCGCCCGAGGCAAAACGUAUCCUGAGGACUUCUUCCGGAGAGGGUGGGGUGGAGCAGCGGGGGAGCCUUGGCCGAAGAGAACCAUGCUUGGCACCGUCUGUGUCCCCUCGGCCGCUGGACACCAGAAAGCCACGUGGGUCCCUGGCGCCCUGCCUUUAGCCGUGGGGCCCCCACCUCCACUCUCUGGGUUUCCUAGGAAUGUCCAGCCUCGGAGACCUUCACAAAGCCUUGGGAGGGUGAUGAGUGCUGGUCCUGACAGGAGGCCGCUGGGGACACUGUGCUGUUUUGUUUCGUUUCUGUGAUCUCCCGGCACGUUUGGAGCUGGGAAGACCACACUGGUGGCAGAAUCCUAAAAUUAAAGGAGGCAGGCUCCUAGUUGCUGAAAGUUAAGGAAUGUGUAAAACCUCCACGUGACUGUUUGGUGCAUCUUGACCUGGGAAGACGCCUCAUGGGAACGAACUUGGACAGGUGUUGGGUUGAGGCCUCUUCUGCAGGAAGUCCCUGAGCUGAGACGCAAGUUGGCUGGGUGGUCCGCACCCUGGCUCUCCUGCAGGUCCACACACCUUCCAGGCCUGUGGCCUGCCUCCAAAGAUGUGCAAGGGCAGGCUGGCUGCACGGGGAGAGGGAAGUAUUUUGCCGAAAUAUGAGAACUGGGGCCUCCUGCUCCCAGGGAGCUCCAGGGCCCCUCUCUCCUCCCACCUGGACUUGGGGGGAACUGAGAAACACUUUCCUGGAGCUGCUGGCUUUUGCACUUUUUUGAUGGCAGAAGUGUGACCUGAGAGUCCCACCUUCUCUUCAGGAACGUAGAUGUUGGGGUGUCUUGCCCUGGGGGGCUUGGAACCUCUGAAGGUGGGGAGCGGAACACCUGGCAUCCUUCCCCAGCACUUGCAUUACCGUCCCUGCUCUUCCCAGGUGGGGACAGUGGCCCAAGCAAGGCCUCACUCGCAGCCACUUCUUCAAGAGCUGCCUGCACACUGUCUUGGAGCAUCUGCCUUGUGCCUGGCACUCUGCCGGUGCCUUGGGAAGGUCGGAAGAGUGGACUUUGUCCUGGCCUUCCCUUCAUGGCGUCUAUGACACUUUUGUGGUGAUGGAAAGCAUGGGACCUGUCGUCUCAGCCUGUUGGUUUCUCCUCAUUGCCUCAAACCCUGGGGUAGGUGGGACGGGGGGUCUCGUGCCCAGAUGAAACCAUUUGGAAACUCGGCAGCAGAGUUUGUCCAAAUGACCCUUUUCAGGAUGUCUCAAAGCUUGUGCCAAAGGUCACUUUUCUUUCCUGCCUUCUGCUGUGAGCCCUGAGAUCCUCCUCCCAGCUCAAGGGACAGGUCCUGGGUGAGGGUGGGAGAUUUAGACACCUGAAACUGGGCGUGGAGAGAAGAGCCGUUGCUGUUUGUUUUUUGGGAAGAGCUUUUAAAGAAUGCAUGUUUUUUUCCUGGUUGGAAUUGAGUAGGAACUGAGGCUGUGCUUCAGGUAUGGUACAAUCAAGUGGGGGAUUUUCAUGCUGAACCAUUCAAGCCCUCCCCGCCCGUUGCACCCACUUUGGCUGGCGUCUGCUGGAGAGGAUGUCUCUGUCCGCAUUCCCGUGCAGCUCCAGGCUCGCGCAGUUUUCUCUCUCUCCCUGGAUGUUGAGUCUCAUCAGAAUAUGUGGGUAGGGGGUGGACGUGCACGGGUGCAUGAUUGUGCUUAACUUGGUUGUAUUUUUCGAUUUGACAUGGAAGGCCUGUUGCUUUGCUCUUGAGAAUAGUUUCUCGUGUCCCCCUCGCAGGCCUCAUUCUUUGAACAUCGACUCUGAAGUUUGAUACAGAUAGGGGCUUGAUAGCUGUGGUCCCCUCUCCCCUCUGACUACCUAAAAUCAAUACCUAAAUACAGAAGCCUUGGUCUAACACGGGACUUUUAGUUUGCGAAGGGCCUAGAUAGGGAGAGAGGUAACAUGAAUCUGGACAGGGAGGGAGAUACUAUAGAAAGGAGAACACUGCCUACUUUGCAAGCCAGUGACCUGCCUUUUGAGGGGACAUUGGACGGGGGCCGGGGGCGGGGGUUGGGUUUGAGCUACAGUCAUGAACUUUUGGCGUCUACUGAUUCCUCCAACUCUCCACCCCACAAAAUAACGGGGACCAAUAUUUUUAACUUUGCCUAUUUGUUUUUGGGUGAGUUUCCCCCCUCCUUAUUCUGUCCUGAGACCACGGGCAAAGCUCUUCAUUUUGAGAGAGAAGAAAAACUGUUUGGAACCACACCAAUGAUAUUUUUCUUUGUAAUACUUGAAAUUUAUUUUUUUAUUAUUUUGAUAGCAGAUGUGCUAUUUAUUUAUUUAAUAUGUAUAAGGAGCCUAAACAAUAGAAAGCUGUAGAGAUUGGGUUUCAUUGUUAAUUGGUUUGGGAGCCUCCUAUGUGUGACUUAUGACUUCUCUGUGUUCUGUGUAUUUGUCUGAAUUAAUGACCUGGGAUAUAAAGCUAUGCUAGCUUUCAAACAGGAGAUGCCUUUCAGAAAUUUGUAUAUUUUGCAGUUGCCAGACCAAUAAAAUACCUGGUUGAAAUACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1723.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1801.60
Frequency: 0.0000
Diversity: 1500.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((...(((((((.((....((((..(((.(((((((((.(((((.......(((((.((((.((.(.(((((((....))).)))))))..))))))))).....))))).))))...)))))........(((.(((((((....))).)))).))).)))..))))...)).))))))).((((((((((((((..((((((((.((((....))))..((((.((((((((((........))))).(((.(((((...((((((....).)))))...))))))))))))).)))).))))))))((((.((......)).))))......(((((((((..((...(((((.(((((((((((((((....(((((((((.(((.(((((((.(((((((((.(((((.........((((((((.......))))))))......((((.(((((.......(((((((((((.((((((..(((........((((((((((.(((.(((....))).(((..(((((((........(((((((.((((.(((......)))..))))...))))))))))))))..)))))).)))).....)))))).......)))..))))))..)))).))))))).....))).)).)))).....(((((((((.((((.(((.......)))..))))......((((.((((.(((..........(((((((.......))))))).....((((.((((...(((((((((.(((((((.(...((((((((((((.((((......)))).)))....((((((((..((((........((((......))))....(((((.(((((((........))..))))))))))..((((((((...(((((((((.(((.......(((((((....))))))).......)).).)))).).))))((((((((((.(((...(((((.(((((((.((.(((.......(((((.((...)).)))))((((((.((((...((((.((((.........))))))))...((((((.(.((((....((((((((((.(....).)))..(((((.(((((.((((((((((((.....)))))..((((((..(((.(((..((((((..(((...)))..(((((((((.((((((((((.((((((((..(((.((.((((((((.(((.((((((.(.(((((.......))))).)..))))))..............))).)))))).)))).)))..(((...)))...((((((((.........(((((((..(((((((((((((.((.............))))).)))..(((((..(((((...)))))((((((((.....)))).)))).......((((((((.(((((((((...((..(((((........)))))..)))))))).((((((.((((((........)).)))))).))))(((((.....)).)))...((((((((.......((((........))))....(((....(((((((.(((((((.....(((((......))))).....)))))))....((((..(((((.................)))))..)))).......(((((....))))).....)).)))))....))).........(((((............))))))))).))))((((((........))))))..))))))))).))(((((.((((((((.(((.((....)).))).).)))))))...)))))(((((.((......)).)))))))))).)))))))..)))))))(((((..((((.(((((((((((..(((((((((((.((....((((.((((((.(((((((.((((...(((((((((((((((((((...((.((((....)))).))((((((((((((((....((.(((((.((.(((((((.(.((..((.((........)).))..)).).)))))))((((...))))..........)).))))).))(((((((........)))))))..))))).))))))))).((((((((((((....(((((((((...((((((.(((....))).))))))..)))).)))))))))...))))))))((..((....))..))))))))))))))....((((.(((((((((.(.....).)))))).))).))))..))))).))..............)))).)))))))...)))))).))))...)))))))).)...))))..)))))..))))))))))..))))).((((((((((.((((((....(((..((((....)))))))....)))))).)))))).))))..))))))))((......))...)))))))).))))))))))...((....)))))))))))..........((((((...))))))))))))..))).))).))))))..))))))).)))))(((((((..(((((((...)))))))..(..(((((((.(((((....))))).)))))))..))))))))((((((((........)))))))).))))).........))))))).)))).).))))))((.((((((....)))))).))..((((((((.........))).))))).)))).)))))))))))))))))))))))...))).))))))))))..(((((((((.((.......(((((...(((((..((((((...((((((.(((((((((((((((((((((.((((((....((.((......)).)).))))))))))))((((.((((.(((((.......((.((....)))))))))..))))))))((((.((....((((((((((((((((....)))).))).)))))))))..)))))).(((((.((((....)).)).)))))..(((((((((((.((((((((.(((...((.....)).....((((((.....))))))))))))))))).)))))))))))(((((((....)))))))((((.(((((((.(..(((.((((..((.(((.(((((((.(((((........(((((...)).))).....((((((((((((........((((.(.((.(((..((((.......)))).)))))).))))))))))))))))...))))))))))))..))))))))).)))....).)))))))...)))))))))))))))).......(((.(((((((((.((((((.((......)).))))))..))))).)))))))))).))))))....))))))))))).....)))))............)))))))))))..............))))))))))))))))))))((((......))))(((..((((((((..((((.((....))........((((((.((((.(((((..(......)..))))).)))).))))))))))..)))))))))))))))))))).......).)))))))...)))))))))...)))).))))))).)))).)))).(((((....))))).)))))))))..((((((((..(((((((((.(((....))).))))))...)))..)))))))).))))).))))))((((((((((.............(((....(((....((((((((((((......)).))).))))).))......))).....))))))).))))))..))).).)))))).))).))))).......(((((((((((.....(((.......)))..((((((.(((..(....)..))).)))))).(((...)))((((.((((((((((..(.((.....((((........)))).....)).)....)))))).)))).))))..........(((((...........(((((.(((((........))))))))))))))).)))))..))))))))))...))))))))....(((((......))))).(((((((((.(((((((.......)))..)))))))))))))((((((...((((.....)))).))))))...(((((((....)))))))..........(((((((..(((..((((((((((.((((.(((.......))).)))))))))........)))))..)))..))))))).))))).)))))))))..))))))))).....((((((...((..((((......(((((((...)))))))....))))..))....))))))..........)))))).)))))))).............))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,,{(((((.{.(((((((.((....((((,{((({(((((((((.(((((.....,.(((((.((((.((.(.(((((((....))).))))}))..))))))))).....))))).))))...))))).,},}..,{((.(((((((....))).)))).))|.,,...))))...)).))))))),((({{{(((({{{{..{{{{((((.((((.{{{|||,..((((.(((({(((((........))))).(((.(((((...((((({....}.)))))...))))))))))))).))))}))))))))|,||}|{|....,||.}|||,..|,{{{{{{{{({,,{{.,|((({(,(((((((((((((((.,,.(((((((((.(((.((((((|.(((((((((.(((({.........((((((((.......))))))))......(({{.(({{{.......(((((((((((.((((((..(((...,,...((((((((((.(((.(((....))).(((..(((((((,,......,(((((({((((..,...}}}})))})).,....,)),,},)))))))..)))))).)))).....)))))).,}....)))..))))))..)))).))))))).....}}}.)),))))...|.{((((((({.,{{(.(((.......)))..}}}}......,(((,(((({{{{....,.,,,.{((((((.......))))))}.....{{{{.((((,,,(((((((({.{.((,(({({,...,,}}}}}|||,((((......)))).,,|,.{{,((({.{((({{{..,{.....({((,,,..,|||},,{,{{((({.{,{|||,||,,|||{.{{{{{{(((,{{{,,,{{{{,,{.,((((((((,,,{{.......((((({|...,)}))))),,.}},.)),),)))).},)))),|||||||,({((,...||||({(({{({({({.{((..,.{{((({{({{,....|{{||||,,{{{{{{((({{{((({.{{,,....,.,.{|||||||}.,|||.,,..,,,||,,,.{|||{,||{{{||.{||||||||,,,{,{{{|{{{{{.,,,})|||{,{.,.||||||,{,{{{||}.||},|||},||||||.|{{(..{{||..||{{||||{,((((((((((.(((((({,..(((.((.((((((((.(((.((((((.(.(((((,....}.))))).)..)))))|,...........,.))).)))))).)))).)))..(({...})).,.{((((({{......,,,(((((((..(((((((((((((.((.............))))).)))..(((((,.(((((...))))){((((((({...})))},)))),,....,((.((((({(((((((({...{{|,{((((.....,,,)))))},},)))))){{,,(((.((,((({.||{{{{||....,.((({(((((,{{,...,.........,,.,}}}|{|||,,,((({,.....{{||,...}|||,,,..}},,|}.||||||{..,,,({{{{......))))).}}}.))))))).,.))))))))))),)))))..))...{{.(((......)))..}}..,.(((((....)))))....))))..))))),)}|....,,.......{{...}}.....(((((....((.(((.((((((........))))))..))))))))))..(((((.((((((({.(((.((....)).))).}.}))))))...)))))(((((.((......)).)))))))))).)))))))..))))))){((((..(((({(((((((((((..(((({((((((.{{..,.((((.((((((.(((((((.((((,,,({(((((((((((((((({..,((.((((....)))).))|(((((((((((((.,..((.(((((.((.{((({{{.{,{..{{{,{|.|||{.,.,|{||{|||{|,}||||||{{({,|,}})),..|,},.,,)),))))).))(((((((........)))))))..))))).))))))))}.((((((((((((....(((((((((...((((((.(((....))).))))))..)))).)))))))))...)))))))){{.,{|....)}..)),)))))))))))....((((.(((((((((.(.....}.))))))},)).)))}..))})),}}..,.,,........)))).)))))))...)))))).)))),..}})))))).)...))))..)))))..))))))))))..}}}}}.((((((((((.(({{((.,,,{{({.,{{,...,|}||})},,,.})})}}.)))))|.||||..}}})))))||,,.,.,....,)}))))||,||}}}}}))),,.{||,,||,.}}||||||,{{{..,|,,,|||{{,,.)))}|||||,{{,,||.{|||,{||||,|||,||||}||}|(((((((((,.(,,,,((,{{||,,,,,,,(,.,,((((({(,,,({{{{,,,))})),,,,)}})))))))){(((((((........))))))))...|||,.....,},||||{||||||}.||||||||||.||}}}}..}))))))))}}}}||||||||,},{{,,{{|}|,,}}}},|||.,,,,}}}(((((.{(,.((((....))))..)),))))).}}}}}|||||{(|{({.||,,,|||,{|||||}|||||||||{|,,{,,|||,||,(({{{||||||||{||||,{({(((,...((.((,,....)}.||,|}}}}}}}}}}}{|||,||||.{{{{{..{,,.,{{,||,,,,)),,})))),,|||}}}})||||}|{|,..((((((((((((((((....)))).))).)))))))))..}}}))).(((((.((((....))}}).)))))..(((((((((((.(((((((({((,...||,....}}....{((((((.....))))))))))))))))).)))))))))))(((((((....)))))))((((,({{{{{{.|,|||{.(({,..{{.(((.|{(((((.{((({.{,.||,,,||||...||.,,||||,,((((((((((((........((((.(,((.(((..((((.......)))}.}))))).))))}))))))))))}}}})))))))))))}..)))))}))),))),,,,},)))))))}},))},})))))}})))},,,,,,.{||}|||,||||,.((((((.((,....,)).)))))),,|||||.,,)))))))|.,,||||(((({{{(({((({{...,,,,(((((,...}))},}}..})}}}||{,{|||{{||{{|,..||||||||,,,}||||{|}||||},,..}))))||,|,,}}},))}}))))))}.})),)))),,..}}}|||||}||||}||||{,,...,,,))}}.,}))})))},,}))))))).}})))))))))|||}}}.,))})},.}}}})))))))}...}))))))))...)))),))))}}},)))}.)))}|(((((....)))))|}))))))))|.((((((((..(((((((((.(({....})).))))))...)))..)))))))).,)))).))))))(((((((((((({....(({.....{,....,{,,,..,{(((((((((......},,))).))))),)}}}}...})),..}))}.}))).))))))..))).).,))))).))).))))).......{{{((((((((..,,{(({{{.....,,.,}{|||||.{||.||,,..},}))).)))))).}|||||},|((((.((((((((((..{.((.....((((........)))).,...)).)..},})))))})})).))))..........(((({...........(((({{(((((........))))))))))})))),))))}}.,))))))))).,.))))))))}...(((({,....,))))).{((((((((.{{{((((.......)))}.,}}}))))))))}{{((({...((({.....,})},))}))}...(((((((....)))))))..........{{{{{{(..(((,,((((((({((,({{{.{||,.,...,})),)))),}})},....,}})))))..)))..))))))).,}}}}.)))))))))},)))}}}|||{,...((((((...((..((((......(((((((...)))))))....))))..))....)))))).....|||..},}))),)))})))).............)))))),.......
Back