Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001317161.2
Sequence Length
3243 nt
GC Content
0.4736
CUCACUCUCCGGGCGGGUGCUGGACGGACGGACGGACGGGGCAGCCGUGCUCACAGCUCAGCAGCGCGGGGCCUUGGCGCGCGGGGCGCUUCCCCGGGUCGCCGUCAUGGCCGCGGAGGUGGCACGCCCGAGCGGCCUCGCCUGAGCUCCGGGGGUCGUCGCCCCGCAGGGAUUGCUGUCACGUCUAAUGUGGCUGCUGCCUCGUGUCACAUCUGAAACUCAUCUGUACCUCACUUAGAAAGUCGACAGAAACCUAAUGGGACCAUUGAAGAAUUCCAAACAGGUAUUUGCAUAGGAAUCAGAGGAGUUAAUCUUGUCUCUUCUCACAGGUUUGAAUCUUCAGACAAACUUCUGGGAGGACUCGGUCCCUGCCUCGCAGCAGAUGUUCCCUGUCACUCAGUAGCCAAUCCGGGGGACCCAGGACAUGCCCCAGCUAUAGUGAUGCAGAUUACCUUUCUGCUCCUGAAUCGCACCUGUGCCUCAGACUUUCUCCCCUCAGCUUGAGACUGCAUGUAAACUGGGAUGUGUGAAAGCAGGAAGCAAAGCUAGUGACAGCUGAGAGGUCCAUGUCUGGGUAGAACCAGGCCCACGAUGCUGCCUCUCCCGUGGUCUGGAGUUCAGCUGCAGGGACUCUGCUGAUGUGCCCAGCACCAUCGUUCUGUUUGUGCUUAAAUGGCACAGCAUUUGGUCAGCACAUCUGAAAAGGAAGGUGUGAGAAGCAAAGCCCAUGGCCACGUUCCCCUGCCAGUUAUGUGGCAAGACGUUCCUCACCCUGGAGAAGUUCACGAUUCACAAUUAUUCCCACUCCAGGGAGCGGCCGUACAAGUGUGUGCAGCCUGACUGUGGCAAAGCCUUUGUUUCCAGAUAUAAAUUGAUGAGGCAUAUGGCUACCCAUUCUCCCCAGAAAUCUCACCAGUGUGCUCACUGUGAGAAGACGUUCAACCGGAAAGACCACCUGAAAAACCACCUCCAGACCCACGACCCCAACAAAAUGGCCUUUGGGUGUGAGGAGUGUGGGAAGAAGUACAACACCAUGCUGGGCUAUAAGAGGCACCUGGCCCUCCAUGCGGCCAGCAGUGGGGACCUCACCUGUGGGGUCUGUGCCCUGGAGCUAGGGAGCACCGAGGUGCUACUGGACCACCUCAAAGCCCAUGCGGAAGAGAAGCCCCCUAGCGGAACCAAGGAAAAGAAGCACCAGUGCGACCACUGUGAAAGAUGCUUCUACACCCGGAAGGAUGUGCGACGCCACCUGGUGGUCCACACAGGAUGCAAGGACUUCCUGUGCCAGUUCUGUGCCCAGAGAUUUGGGCGCAAGGAUCACCUCACCCGGCAUACCAAGAAGACCCACUCACAGGAGCUGAUGAAAGAGAGCUUGCAGACCGGAGACCUUCUGAGCACCUUCCACACCAUCUCGCCUUCAUUCCAACUGAAGGCUGCUGCCUUGCCUCCUUUCCCUUUAGGAGCUUCUGCCCAGAACGGGCUUGCAAGUAGCUUGCCAGCUGAGGUCCAUAGCCUCACCCUCAGUCCCCCAGAACAAGCCGCCCAGCCUAUGCAGCCGCUGCCAGAGUCCCUGGCCUCCCUCCACCCCUCGGUAUCCCCUGGCUCUCCUCCGCCACCCCUUCCCAAUCACAAGUACAACACCACUUCUACCUCAUACUCCCCACUUGCAAGCCUGCCCCUCAAAGCAGAUACUAAAGGUUUUUGCAAUAUCAGUUUGUUUGAGGACUUGCCUCUGCAAGAGCCUCAGUCACCUCAAAAGCUCAACCCAGGUUUUGAUCUGGCUAAGGGAAAUGCUGGUAAAGUAAACCUGCCCAAGGAGCUGCCUGCAGAUGCUGUGAACCUAACAAUACCUGCCUCUCUGGACCUGUCCCCCCUGUUGGGCUUCUGGCAGCUGCCCCCUCCUGCUACCCAAAAUACCUUUGGGAAUAGCACUCUUGCCCUGGGGCCUGGGGAAUCUUUGCCCCACAGGUUAAGCUGUCUGGGGCAGCAGCAGCAAGAACCCCCACUUGCCAUGGGCACUGUGAGCCUGGGCCAGCUCCCCCUGCCCCCCAUCCCUCAUGUGUUCUCAGCUGGCACUGGCUCUGCCAUCCUGCCUCAUUUCCAUCAUGCAUUCAGAUAAUUGAUUUUUAAAGUGUAUUUUUCGUAUUCUGGAAGAUGUUUUAAGAAGCAUUUUAAAUGUCAGUUACAAUAUGAGAAAGAUUUGGAAAACGAGACUGGGACUAUGGCUUAUUCAGUGAUGACUGGCUUGAGAUGAUAAGAGAAUUCUCGAACUGCAUGUAUUGUGCCAAUCUGUCCUGAGUGUUCAUGCUUUGUACCAAAUUUAAUGAACGCGUGUUCUGUAAUCAAACUGCAAAUAUUGUCAUAACCAACAUCCAAAAUGACGGCUGCUAUAUAUAAGUGUUUGUCAUAUGGAAUUUAAUCGUAAGCCAUGAUCAUAAUGUUAACUAAAUAACUUUAUGUGGCACUGCCUAGUAAGGGAACUAUGGAAAGGUUUGGAUUUCUCCAAAUCUGGGAGAAUUUUCAAAAUAAGAAAAUAACCUUUAUAUGAUAUACUAUGACUAGGCUGUGUAUUUCUUUUCAGGGAUUUUUCUACCUUCAGGGUUGGAUGUAGUUUAGUUACUAUUACCAUAGCCAACCUGUAGUUUUACAUAUACAUUUUCUUGUGGAGCAAUAGAGUUCUCCAUUUUACAGAAGCAUUUUAAAUGUAGUUUGAAUAUUUUCCACAAGAUGCUGCAAUGUGAGUUAUCACUUCAUUUAUCUUAAAGAAAGACUAAACUGGUUGUCAGUUACAUCUGACAGAAAAAAAAAAAAAAUCACUGUGUAACCAGGUUAAGUGGUAAAAUAAUCCAGGCGUCAGUCAAAGGCAUUUUGCUGACUUUAAUAUUGAUUAUAUUUUUAACAGGAAUUUAAGAAAAUAUUACUGGAAUUAAAAAUAUAUAUAUAUUAAACAAGAAUUUUCUUUGCUCUGUCUAGCUUAAACUACUACUCAAGCUGCUUAAGUUCUUAAGUAUUGUUUGUAAUCACCAAUAAAUAAGUGCAUUUGUAAUUCAUCAGUCAUUAUUAGCUUUUAUUAAAAGAAGAUUACGUUUUACAAUGUAACUAUAAUCUCUUGAAUUUGGUAUCUUAUUAAUGAGUUUUAAAGAUGUAAAACCUAACCUUUUUUAAAGCUCCAUUGUCUUAUGUUUUUAGAGGCUUUUCCGUAAACAUAUAUCUUACAUAUAAUAAACUUUUCAAAUCUUGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1019.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1080.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 661.34
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.((((((((.((.((((((...(((((..((((((((((.((((((((........).)))))))((((.((((((.(((((.....))))).).)))))....))))((((.((((((((.((((((((((...)))...))).)))).)).)))))))))).......((.(((((((...))))))).))))))))))...(((((((.......(((((.(...((((...)))).))))))........((((((........(((((...(((....)))....))))).(((.(((.....))).)))(((((((.(((((((..........))))))).)))))))....))))))(((...))).))))))).)))))))..)))))).))..)))))))).(((((.((((((...((((..(((((.(((((.......)))))..((((..(((....)))..))))...........))).))..)).))))))))...)))))((((((((..((((((.(((.((((((((.((((((((((((((((((((((((........))))).))((((((......(((((((((((((((((..((((.....))))((((((((...))).)))))...((((.(((((.....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).(((((((((.(....((((((.((...(((((......)))))............((((((((..........................))))))))...(((.(((((....))))).))).)).))))))...).)))))))))..........((..((.((...((((....))))...)).))..))((((((.((((....))))))))))...((......))....))))).))))).......))))))).))))).(((((.......((((((.(((((((.((((((((((.((((((............((((((...((.(((((((((..((((..((..((((..(((.((((((((....)))))))).))).)))).))...))))..)).))))))).))((....))....)))))).(((((.((((.(((....((.((((((.(((...(((((((((((((....))))).).....)))))))......((((((.(((.(...(((....((((((((.(((((((.(......).))))))).......(((((((((....))))))))).))))))))......)))......(((((.(((..((.((((..((........))..))))..))..)).)..)))))).)))))))))..........(((((((.......))))))).(((((.(((((((((........))))).....((((.....))))..)))))))))......(((((((.............)))))))...........(((.((...((....)).)).)))(((((.....)))))...........))).))).))).))))))))).))))).............................)))))).)).)))))))).)))........((((........)))).......(((((((((((..............((((.....))))))))))))))).(((((..((((((.((......)).))))))..))))).((((....((.(((.......))).))....(((((((((.((((.((.(((.......))).)).))))......(((....))).(((....))).....))))))).))))))..(((((((((((.....))))))..))))).....)))).)))))))))))......((((((((((......))))..))))))))))))(((((........))))))))))))...(((((..((((.(((......)))...))))...)))))...)))))))))).)))))))).)))..))))))..........)))))))).....((((((((.((((((((((((((((((.....))))))))..........)))))))))).)))))))).....)))).((((((((((((..(((((((((((.((((.......((((((((((((((((((.....(((((((((((((((((((((.((..((((...(((((.....((((((((..((((...))))....))))))))(((((.((((.......)))))))))(((........)))((((..(((((((.((((.......)))).))))))).))))............((((....(((((.((((......)))).)))))))))....((((((......)))).))..(((((((((....))))))))).((((((((((....((((((((((......((((((....(((((.....(((((((.((((((....))))))...(((((((...))).)))).(((((......)))))...))))))).....)))))....)))))).))))))))))........)))))))))).....))))).))))..)).)))))))))))....((((...((((((.......((((....))))......))))))...)))).......(((((((((((......))))))).............((((((...((((...))))))))))........))))..(((((.((((.....)))))))))((((((((....((((((((((((((..((..........))..)))...)))))))))))...))))))))...)))))))))).(((......)))...........)))))))(((((((....)))))))((((((((........)))))))).(((....)))......)))))))))))((((((.....(((((((.(((.((((((((............(((...(((((((.((......)).)))))))...))))))))))).))).))))))))))))))))).)))))).)))))....((.....))((((.........))))...........))))))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((({.((((((((.((.((((((,.,(((((..(,(((((((((((((((({........).)))))))((((.((((((.(((((.....))))).).))))}....))))((((.((((((((.((((((((((...)))...)))}}))).)).)))))))))).,......|,(((((((...))))))).}))))))))).,,(((((((.,,,,,.(((({.{,,.((({...,))).}}||||.,,{,...(((({{......,,{||||...,||},.,)))....))}}})|||.|||,,...}}},}}{(((((((.(((((((..,,....,,))))))).))))))))...)))}}|(((...)))}))))))).}})))))..}))))).))..)))))))).(((((.((((((..,{(({..,{,({.(((((.......))))),,((((..(((....)))..))))..........,|,},}},}}).,,))))))...)))))((((((((,.((((((.(((.((((((((.((((((((({{(((((({(((({{....,,,,))}}}.,,((((((......(((((((((((((((((..((((,...,)))){(((((((...)))},)))}...(({{((((((.....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).(((((((((.,....((((((.({...(((((......))))).}..........((((((((........,{,.....,,,.......)))))))).,.(((.(((((....))))).))).)).})))))...}.)))))))))..........,{..{(.((...((((....))))..,)}.))..,.((((({,((((....))))))))))...,.,,,....},,..))))).))))).......)))))))}}}))).(((((.......((((((.(((((((.((((((((((.((((((......{{{((((((,({,,..(((((.....}}}})}..,}.).)))))}|})}((((((({....}))))))}(((,...((((((((((.{.(((((((,({{,.{((,,,.,,,,.{{{{{{..,{((..,(((((({,,,,((.((({..,((({..(((((((((((((....))))).}.....)))))))......((((((.{(({(...(((....((((((((.(((((((.{......}.))))))).......(((((((({....})))))))).))))))))......)))......(((((.{((..({.{{{(,,((........}},,)))}..}}..)).}..)))))}.)))))))))..........(((((((.......))))))).((,,..,,}}.}}}}}}}),,..})).)))))),{||.....))))}}|||||,,,)}}}}..{{{{{||},,,.,,,.....}}}}}}}......,....(((.((...((....)).)).)))(((((.....)))))...........))))))).},)))))))))),...))).,,..,.............,.........)))))).)).)))))))).)))..{{{.,.,|||.{(({{,,{((({,......|((.,,|}}.......}}}}})}}}})).{{,{{|,,.|||}},,||{.(((((..((((((.((......)).))))))..))))).})),....((.{{{...,...}}).))...,(((({{({{.((((.(({(({{{,{{{{|||.,|.,,}|,.....||,...,},,.,,,}}}}))).}}}.))))})),),..}},,|((((((((((.....))))))..))))}.....)))).)))))))))))......((((((((((......))),.,))))))))))))(((((........)))))))))))){{.(((((..((((.{{(,.....})),..))))...)))))),,)))))))))).)))))))).)))..)))))).,..,.....)))))))}...,.((((((((.((((((((((,(((({{,...,,|,}}))),.....,,}}.)))))))))).)))))))),....)))).((((((((((((..{{(((((((((.{(((.......((((((((((((((((((..,..{((((((((((((((((((((.,{..((((...(((((.....((((((((..,(({...,}))....))))))))((((..((((,..,(((((({.....,{{........},,((((..(((((((.{(((.......)))).))))))).)))).....{{{{{.....|}}}}(((((.((((......)))).))))),,{(((.(((((((..,{....{(({.{((((((((((.{(((((.......)))))|,,|||}......,,,,,.,)))))}.}))}.....))...))))))).))))...,,,....|||||....,,..||}...|((((((.,(((((......))))).,,.},..)))))))))))))))))).))))........{(((((.{{,...))))))))}...))))).))))..},.))))))))))}..||{(((,,,{(((((.,,.,,.((((....)))),,,,..}))))}...},}},,.,,..(((((((((((......)))))),.............,{{{{{...,,||}},,,},}))))},,,,,,..}}}}..(((((,((((....}))))))))){(((((((..,.((((((((((((((..((.,......,.})..)))...))))))))))),..)))))))}..|)))))))))).{{{......|}}...........)))))))(((((({....)))))))((((((((........)))))))).{{{....}}}......))))))))))){(((((.....(((((((.(((.((((((({.,,,,{{{,.,.{({,..||,|,||}|,.,....||,,||||||||||||}}}}}}}}.}}).}}))))))))))))))).)))))}.|}}|,..{,{,....,),,,||,..||,,,..,...,,,.......))))))))))))....
Back