Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001317782.2
Sequence Length
1070 nt
GC Content
0.6355
CUCUUUCGGCCGCGCUGGUGAACAGGUAGGUCAUCCUUGCGGCCUUGCGGCAUGGGCAGUAUCCGCCGCCAUCCUCUUCCGUGAGGCGCGCUGAGACCCGGACCGGCCCUCCUGAGAGGAUGCCGGUGCGGGCGCCCGCGGAGAGGGUAGGGAGUGGUGGGCGCGGCGGCCUCGGGGGCGGGGUCCCGGAAAGCCGGGCUGGCGGGGGUACCCGGGCCGCCCGGCCGCGCUAAUCGUGAGUCGCCCCCAGGACCCGUCGCCAUGGGCCGUGUGAUCCGUGGACAGAGGAAGGGCGCCGGGUCUGUGUUCCGCGCGCACGUGAAGCACCGUAAAGGCGCUGCGCGCCUGCGCGCCGUGGAUUUCGCUGAGCGGCACGGCUACAUCAAGGGCAUCGUCAAGGACAUCAUCCACGACCCGGGCCGCGGCGCGCCCCUCGCCAAGGUGGUCUUCCGGGAUCCGUAUCGGUUUAAGAAGCGGACGGAGCUGUUCAUUGCCGCCGAGGGCAUUCACACGGGCCAGUUUGUGUAUUGCGGCAAGAAGGCCCAGCUCAACAUUGGCAAUGUGCUCCCUGUGGGCACCAUGCCUGAGGGUACAAUCGUGUGCUGCCUGGAGGAGAAGCCUGGAGACCGUGGCAAGCUGGCCCGGGCAUCAGGGAACUAUGCCACCGUUAUCUCCCACAACCCUGAGACCAAGAAGACCCGUGUGAAGCUGCCCUCCGGCUCCAAGAAGGUUAUCUCCUCAGCCAACAGAGCUGUGGUUGGUGUGGUGGCUGGAGGUGGCCGAAUUGACAAACCCAUCUUGAAGGCUGGCCGGGCGUACCACAAAUAUAAGGCAAAGAGGAACUGCUGGCCACGAGUACGGGGUGUGGCCAUGAAUCCUGUGGAGCAUCCUUUUGGAGGUGGCAACCACCAGCACAUCGGCAAGCCCUCCACCAUCCGCAGAGAUGCCCCUGCUGGCCGCAAAGUGGGUCUCAUUGCUGCCCGCCGGACUGGACGUCUCCGGGGAACCAAGACUGUGCAGGAGAAAGAGAACUAGUGCUGAGGGCCUCAAUAAAGUUUGUGUUUAUGCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-475.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -494.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 220.79
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((((..(((((.(.....).)))))..))))))).(.((((..((((((((.((((..(((((((((.(((((.(((((........(((.((((((((((....))))..)))))).)))))))))))))))))))).))..)))).(((((((.((((((.((.((((((.(((.((...(((((((.((((((....)))..)))))))))).(((((.......)).)))..)).))))))))).))..)))))))))).)))(((((..(.(((.(((((((((...((((((..(((((((((((.(((.((.....)).))).))))..))))))).((((....((((...((((.(((((...(((((((....((((((((.....)))....((((((((((((((.(...).))))...)))))...))))).(((((.((.......)).))))).(((((((............((((((((((((((((((((((((((....(((((.....((((((((((((.....((((..((((((.....))))))..))))))))((((((....))))))..)))).......)))).....))))))))))))))))).((..((((((..........................))))))..))..........)))))))..)))))))))))))).....((((((((((..(((((.((.(.(.......).).)).)))))))))))))))...)))))....))..))))).)))))))))))))..)))).........((..(.((((.....((((((((.........))))))))....)))).)...)).(((....)))(((((...))))))))))))))))..))))))).)..))))).(((((.((..(((.....)))..).).)))))..)))))))))))).)(((.((((((..((....)).)))).)).)))..))))))).............(((....(((((.......)))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((((((..(((({.(.....,,)))))..))))))).{.((((..((((((((.((((,.(((((((({{(((((.(((({.......,(((.((((((((((....))))..)))))).)))))))))))))))))))).))..)))).((((((,{((((((.((.((((((((((.((...(((((((.((((((....)))..)))))))))).(((({....,,,}}.}}}..)).))))))))).))..)))))))))).)))(((((..{.((,,((((((((({,,(((((({{(((((((((((.(((.((.....)).))).))))..))))))).((((....((((...((((.(((((...(((((((..,.(({{,(((.....|}}..,.((((((((((((((.{...}.))))...)))))...))))).(((((.((,.,....}),}))))}))),.,,}||.,||},(((((((((((((((((((((((((((((....(((((,....((((,,..(((......((((.,((({,({,,..|||||}..))))}}}}||{{||....)))))),})},},,,,}..)))).....))))))))))))))))),((..({((((..,..,,,....,.............))))))..}).........,)))))))..))))))}})))..|||...((((((((((..(((((.((.{.(,......),).)).)))))))))))))))...)))}}...,}}..})))).)))))))))))))..)))).........||..{.((((..,.,((((((({.........))))))))....)))).)}}})),{((....))}(((((...)))))})})),)))))..))))))).}..))))).((({,,{({{({(,....}),.}),)))))))..)))))))))))).}(((.((((((..((....)).)))).)).)))..))))))).......{,,,,{{((..,{{,.....,,},,))},.))}.
Back