Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001318013.2
Sequence Length
1252 nt
GC Content
0.4018
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-306.77 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -336.55
Frequency: 0.0000
Diversity: 240.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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